mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:56:57 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 public class PTMExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 36     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 37     private Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     /**
2 26 Feb 07 jari 40      * Constructs a <code>PTMExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 41      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 42      */
2 26 Feb 07 jari 43     public PTMExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String centroidName, Vector vector, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 44       super(experiment, clusters, centroidName, vector);
2 26 Feb 07 jari 45       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 46       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 47       this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 48       this.auxData = auxData;         
2 26 Feb 07 jari 49       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 50       getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 51       setBackground(Color.red);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     /**
2 26 Feb 07 jari 55      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public PTMExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 58         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 59         super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {                
2 26 Feb 07 jari 66       JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 67       addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 68       return popup;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /**
2 26 Feb 07 jari 74      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 77       Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 78       try {
2 26 Feb 07 jari 79         //saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 80         ExperimentUtil.saveAllExperimentClustersWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getClusters(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 81       } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 82         JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 83         e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 84       }
2 26 Feb 07 jari 85     }
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 91       Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 92       try {
2 26 Feb 07 jari 93         ExperimentUtil.saveExperimentClusterWithAux(frame, getExperiment(), getData(), getCluster(), auxTitles, auxData);            
2 26 Feb 07 jari 94       } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 95         JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster.", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 96         e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 97       }
2 26 Feb 07 jari 98     }
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     /**
2 26 Feb 07 jari 101      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 102      */
2 26 Feb 07 jari 103     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 104       Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 105       Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 106       if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 107         setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 108       }
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110     
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 115       setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 116     }
2 26 Feb 07 jari 117     
2 26 Feb 07 jari 118     /**
2 26 Feb 07 jari 119      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 120      */
2 26 Feb 07 jari 121     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 122       
2 26 Feb 07 jari 123       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 124         String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 125         if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 126           onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 127         } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 128           onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 129         } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 130           onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 131         } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 132           storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 133         } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134           launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 135         }
2 26 Feb 07 jari 136       }
2 26 Feb 07 jari 137       
2 26 Feb 07 jari 138       public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 139         maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 140       }
2 26 Feb 07 jari 141       
2 26 Feb 07 jari 142       public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 143         maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 144       }
2 26 Feb 07 jari 145       
2 26 Feb 07 jari 146       private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 147         
2 26 Feb 07 jari 148         if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 149           return;
2 26 Feb 07 jari 150         }
2 26 Feb 07 jari 151         popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 152       }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)