mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ptm/PTMGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2006, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: PTMGUI.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.11 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/02/14 15:31:10 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ptm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterList;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.ClusterRepository;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLGUI;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54
2 26 Feb 07 jari 55 public class PTMGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 58     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 59     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 60     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 61     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 62     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 63     Vector templateVector;
2 26 Feb 07 jari 64     private float[] pValues, rValues;
2 26 Feb 07 jari 65     private boolean clusterGenes = false;
2 26 Feb 07 jari 66     private Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 67     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 68     private boolean drawSigTreesOnly;    
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Default constructor.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     public PTMGUI() {
2 26 Feb 07 jari 74         
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     /**
2 26 Feb 07 jari 80      * Initialize the algorithm's parameters and execute it.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 83         int k = 2; //number of clusters
2 26 Feb 07 jari 84         boolean modality = true; // HOPE THIS IS OK; DID THIS TO CALL UP THE DIALOG BOX
2 26 Feb 07 jari 85         boolean useAbsolute = false;
2 26 Feb 07 jari 86         boolean useR = false;
2 26 Feb 07 jari 87         FloatMatrix templateMatrix;
2 26 Feb 07 jari 88         float threshold = 0.8f;
2 26 Feb 07 jari 89         
2 26 Feb 07 jari 90         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 91         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 92         Vector sampleNamesVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 93         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 94         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 95         
2 26 Feb 07 jari 96         for (int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 97             sampleNamesVector.add(framework.getData().getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(i)));
2 26 Feb 07 jari 98         }
2 26 Feb 07 jari 99         
2 26 Feb 07 jari 100         Vector uniqueIDs = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 101         int labelIndex = framework.getDisplayMenu().getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 102         for (int i = 0; i < number_of_genes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 103             uniqueIDs.add(framework.getData().getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), labelIndex));
2 26 Feb 07 jari 104             //uniqueIDs.add(framework.getData().getUniqueId(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)));
2 26 Feb 07 jari 105         }
2 26 Feb 07 jari 106         
2 26 Feb 07 jari 107         Vector clusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 108         
2 26 Feb 07 jari 109         Color clusterColors[] = framework.getData().getColors();
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111         boolean assignedToACluster[] = new boolean[number_of_genes];
2 26 Feb 07 jari 112         
2 26 Feb 07 jari 113         for (int i = 0; i < number_of_genes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 114             assignedToACluster[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 115         }
2 26 Feb 07 jari 116         
2 26 Feb 07 jari 117         //for (int i = 0; i < clusterColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 118           //  Vector currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 119             
2 26 Feb 07 jari 120             /*
2 26 Feb 07 jari 121             for (int j = 0; j < number_of_genes; j++) {
2 26 Feb 07 jari 122                 if (!assignedToACluster[j]) {
2 26 Feb 07 jari 123                     if (clusterColors[i].equals(framework.getData().getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(j)))) {
2 26 Feb 07 jari 124                         currentCluster.add(new Integer(j));
2 26 Feb 07 jari 125                         assignedToACluster[j] = true;
2 26 Feb 07 jari 126                     }
2 26 Feb 07 jari 127                 }
2 26 Feb 07 jari 128             }
2 26 Feb 07 jari 129              */
2 26 Feb 07 jari 130         
2 26 Feb 07 jari 131         //can't assume that a null cluster color means that a gene is not in a cluster.
2 26 Feb 07 jari 132         ClusterRepository geneClusterRepository = framework.getClusterRepository(org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 133
2 26 Feb 07 jari 134         //need to get total cluster count
2 26 Feb 07 jari 135         int numClusters = 0;
2 26 Feb 07 jari 136         for(int i = 0; i < geneClusterRepository.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 137           numClusters += geneClusterRepository.getClusterList(i).size();
2 26 Feb 07 jari 138         } 
2 26 Feb 07 jari 139
2 26 Feb 07 jari 140         clusterColors = new Color[numClusters];
2 26 Feb 07 jari 141         int clusterIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 142         
2 26 Feb 07 jari 143         for(int i = 0; i < geneClusterRepository.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 144             ClusterList list = geneClusterRepository.getClusterList(i);
2 26 Feb 07 jari 145             Vector currentCluster;
2 26 Feb 07 jari 146             
2 26 Feb 07 jari 147             //clusterColors = new Color[list.size()];
2 26 Feb 07 jari 148             
2 26 Feb 07 jari 149             for(int j = 0; j < list.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 150                 //make a vector     
2 26 Feb 07 jari 151                 currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 152                                 
2 26 Feb 07 jari 153                 //get cluster
2 26 Feb 07 jari 154                 org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster mevCluster = list.getClusterAt(j);
2 26 Feb 07 jari 155                 clusterColors[clusterIndex] = mevCluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 156                 clusterIndex++;
2 26 Feb 07 jari 157                 
2 26 Feb 07 jari 158                 //check genes for membership and add to cluster vector
2 26 Feb 07 jari 159                 for(int m = 0 ; m < number_of_genes; m++) {
2 26 Feb 07 jari 160                     if(mevCluster.isMember(experiment.getGeneIndexMappedToData(m)))
2 26 Feb 07 jari 161                         currentCluster.add(new Integer(m));
2 26 Feb 07 jari 162                         assignedToACluster[m] = true;
2 26 Feb 07 jari 163                 }
2 26 Feb 07 jari 164
2 26 Feb 07 jari 165                 clusterVector.add(currentCluster);
2 26 Feb 07 jari 166                 
2 26 Feb 07 jari 167             }  
2 26 Feb 07 jari 168         }
2 26 Feb 07 jari 169     
2 26 Feb 07 jari 170         
2 26 Feb 07 jari 171         //Experiment clustering
2 26 Feb 07 jari 172         Vector expClusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 173         Color expClusterColors[] = framework.getData().getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 174         boolean expAssignedToACluster[] = new boolean[number_of_samples];
2 26 Feb 07 jari 175         
2 26 Feb 07 jari 176         for(int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 177             expAssignedToACluster[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 178         }
2 26 Feb 07 jari 179
2 26 Feb 07 jari 180         //11.04.2005 JCB, bug fix, GENE_CLUSTER->EXPERIMENT_CLUSTER
2 26 Feb 07 jari 181         ClusterRepository expClusterRepository = framework.getClusterRepository(org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         //need to get total cluster count
2 26 Feb 07 jari 184         numClusters = 0;
2 26 Feb 07 jari 185         for(int i = 0; i < expClusterRepository.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 186           numClusters += expClusterRepository.getClusterList(i).size();
2 26 Feb 07 jari 187         } 
2 26 Feb 07 jari 188
2 26 Feb 07 jari 189         expClusterColors = new Color[numClusters];
2 26 Feb 07 jari 190         clusterIndex = 0;        
2 26 Feb 07 jari 191         
2 26 Feb 07 jari 192         for(int i = 0; i < expClusterRepository.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 193             ClusterList list = expClusterRepository.getClusterList(i);
2 26 Feb 07 jari 194             Vector currentCluster;
2 26 Feb 07 jari 195                         
2 26 Feb 07 jari 196             for(int j = 0; j < list.size(); j++) {
2 26 Feb 07 jari 197                 //make a vector     
2 26 Feb 07 jari 198                 currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 199                 
2 26 Feb 07 jari 200                 //get cluster
2 26 Feb 07 jari 201                 org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster mevCluster = list.getClusterAt(j);
2 26 Feb 07 jari 202                 expClusterColors[clusterIndex] = mevCluster.getClusterColor();
2 26 Feb 07 jari 203                 clusterIndex++;
2 26 Feb 07 jari 204                 
2 26 Feb 07 jari 205                 //check genes for membership and add to cluster vector
2 26 Feb 07 jari 206                 for(int m = 0 ; m < number_of_samples; m++) {
2 26 Feb 07 jari 207                     if(mevCluster.isMember(experiment.getSampleIndex(m)))
2 26 Feb 07 jari 208                         currentCluster.add(new Integer(m));
2 26 Feb 07 jari 209                         expAssignedToACluster[m] = true;
2 26 Feb 07 jari 210                 }
2 26 Feb 07 jari 211                 
2 26 Feb 07 jari 212                 expClusterVector.add(currentCluster);                
2 26 Feb 07 jari 213             }  
2 26 Feb 07 jari 214         }
2 26 Feb 07 jari 215       /*  for (int i = 0; i < expClusterColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 216             Vector currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 217             
2 26 Feb 07 jari 218             for (int j = 0; j < number_of_samples; j++) {
2 26 Feb 07 jari 219                 if (!expAssignedToACluster[j]) {
2 26 Feb 07 jari 220                     if (expClusterColors[i].equals(framework.getData().getExperimentColor(experiment.getSampleIndex(j)))) {
2 26 Feb 07 jari 221                         currentCluster.add(new Integer(j));
2 26 Feb 07 jari 222                         expAssignedToACluster[j] = true;
2 26 Feb 07 jari 223                     }
2 26 Feb 07 jari 224                 }
2 26 Feb 07 jari 225             }
2 26 Feb 07 jari 226             expClusterVector.add(currentCluster);
2 26 Feb 07 jari 227         }
2 26 Feb 07 jari 228        */
2 26 Feb 07 jari 229
2 26 Feb 07 jari 230         
2 26 Feb 07 jari 231         PTMInitDialog  ptmInitBox = new PTMInitDialog((JFrame)framework.getFrame(), modality, experiment.getMatrix(), uniqueIDs, sampleNamesVector, clusterVector, expClusterVector, clusterColors, expClusterColors);
2 26 Feb 07 jari 232         
2 26 Feb 07 jari 233         boolean isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 234         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 235         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 236         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 237         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 238         
2 26 Feb 07 jari 239         ptmInitBox.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 240         
2 26 Feb 07 jari 241         
2 26 Feb 07 jari 242         if (! ptmInitBox.isOkPressed()){
2 26 Feb 07 jari 243             return null;
2 26 Feb 07 jari 244         }
2 26 Feb 07 jari 245         clusterGenes = ptmInitBox.isGeneTemplate();
2 26 Feb 07 jari 246         
2 26 Feb 07 jari 247         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 248             templateMatrix = ptmInitBox.convertTemplateVectorToFloatMatrix();
2 26 Feb 07 jari 249             templateVector = ptmInitBox.getTemplate();
2 26 Feb 07 jari 250             useAbsolute = ptmInitBox.isUseAbsolute();
2 26 Feb 07 jari 251             useR = ptmInitBox.isUseR();
2 26 Feb 07 jari 252             threshold = (float) ptmInitBox.getThresholdR();
2 26 Feb 07 jari 253             isHierarchicalTree = ptmInitBox.isDrawTrees();
2 26 Feb 07 jari 254         }
2 26 Feb 07 jari 255         else{
2 26 Feb 07 jari 256             templateMatrix = ptmInitBox.convertTemplateVectorToFloatMatrix();
2 26 Feb 07 jari 257             templateVector = ptmInitBox.getTemplate();
2 26 Feb 07 jari 258             useAbsolute = ptmInitBox.isUseAbsolute();
2 26 Feb 07 jari 259             useR = ptmInitBox.isUseR();
2 26 Feb 07 jari 260             threshold = (float) ptmInitBox.getThresholdR();
2 26 Feb 07 jari 261             isHierarchicalTree = ptmInitBox.isDrawTrees();
2 26 Feb 07 jari 262         }
2 26 Feb 07 jari 263         
2 26 Feb 07 jari 264         drawSigTreesOnly = true;
2 26 Feb 07 jari 265         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 266             drawSigTreesOnly = ptmInitBox.drawSigTreesOnly();
2 26 Feb 07 jari 267         }        
2 26 Feb 07 jari 268
2 26 Feb 07 jari 269         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 270         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 271         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 272             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 273         }
2 26 Feb 07 jari 274         
2 26 Feb 07 jari 275         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 276         boolean hcl_absolute = false;        
2 26 Feb 07 jari 277         
2 26 Feb 07 jari 278         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 279             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(new JFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 280             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 281                 return null;
2 26 Feb 07 jari 282             }
2 26 Feb 07 jari 283             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 284             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 285             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 286             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 287             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();            
2 26 Feb 07 jari 288         }
2 26 Feb 07 jari 289         
2 26 Feb 07 jari 290         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 291         
2 26 Feb 07 jari 292         try {
2 26 Feb 07 jari 293             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("PTM");
2 26 Feb 07 jari 294             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 295             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 296             int genes;
2 26 Feb 07 jari 297             if(!clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 298                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 299                 genes = matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 300             }
2 26 Feb 07 jari 301             genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 302             
2 26 Feb 07 jari 303             AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 304             
2 26 Feb 07 jari 305             data.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 306             data.addParam("ptm-cluster-genes", String.valueOf(clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 307             data.addMatrix("templateVectorMatrix", templateMatrix);
2 26 Feb 07 jari 308             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 309
2 26 Feb 07 jari 310             data.addParam("use-absolute", String.valueOf(useAbsolute));
2 26 Feb 07 jari 311             data.addParam("useR", String.valueOf(useR));
2 26 Feb 07 jari 312             data.addParam("threshold", String.valueOf(threshold));
2 26 Feb 07 jari 313
2 26 Feb 07 jari 314             //function = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 315             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 316             
2 26 Feb 07 jari 317             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 318             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 319                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 320                 data.addParam("draw-sig-trees-only", String.valueOf(drawSigTreesOnly));                
2 26 Feb 07 jari 321                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 322                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 323                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 324                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 325                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));                
2 26 Feb 07 jari 326             }
2 26 Feb 07 jari 327             
2 26 Feb 07 jari 328             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 329             AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 330             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 331             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 332             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 333             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 334             
2 26 Feb 07 jari 335             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 336             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 337                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 338             }
2 26 Feb 07 jari 339             
2 26 Feb 07 jari 340             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 341             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 342             
2 26 Feb 07 jari 343             FloatMatrix rValuesMatrix = result.getMatrix("rValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 344             FloatMatrix pValuesMatrix = result.getMatrix("pValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 345             
2 26 Feb 07 jari 346             pValues = new float[pValuesMatrix.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 347             rValues = new float[rValuesMatrix.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 348             
2 26 Feb 07 jari 349             for (int i = 0; i < pValues.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 350                 pValues[i] = pValuesMatrix.A[i][0];
2 26 Feb 07 jari 351                 rValues[i] = rValuesMatrix.A[i][0];
2 26 Feb 07 jari 352             }
2 26 Feb 07 jari 353             
2 26 Feb 07 jari 354             auxTitles = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 355             auxTitles[0] = "R values";
2 26 Feb 07 jari 356             auxTitles[1] = "p Values";
2 26 Feb 07 jari 357             
2 26 Feb 07 jari 358             auxData = new Object[pValues.length][2];
2 26 Feb 07 jari 359             
2 26 Feb 07 jari 360             for (int i = 0; i < auxData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 361                 auxData[i][0] = new Float(rValues[i]);
2 26 Feb 07 jari 362                 auxData[i][1] = new Float(pValues[i]);
2 26 Feb 07 jari 363             }
2 26 Feb 07 jari 364             
2 26 Feb 07 jari 365             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 366             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 367             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 368             info.function = menu.getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 369             info.isR = useR;
2 26 Feb 07 jari 370             info.isAbsolute = useAbsolute;
2 26 Feb 07 jari 371             info.threshold = threshold;
2 26 Feb 07 jari 372             info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 373             info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 374             info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 375             info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 376             
2 26 Feb 07 jari 377             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 378             
2 26 Feb 07 jari 379         } finally {
2 26 Feb 07 jari 380             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 381                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 382             }    
2 26 Feb 07 jari 383         }
2 26 Feb 07 jari 384     }
2 26 Feb 07 jari 385     
2 26 Feb 07 jari 386     
2 26 Feb 07 jari 387     
2 26 Feb 07 jari 388     
2 26 Feb 07 jari 389     
2 26 Feb 07 jari 390     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 391         int k = 2; //number of clusters
2 26 Feb 07 jari 392         boolean modality = true; // HOPE THIS IS OK; DID THIS TO CALL UP THE DIALOG BOX
2 26 Feb 07 jari 393         boolean useAbsolute = false;
2 26 Feb 07 jari 394         boolean useR = false;
2 26 Feb 07 jari 395         FloatMatrix templateMatrix;
2 26 Feb 07 jari 396         float threshold = 0.8f;
2 26 Feb 07 jari 397         
2 26 Feb 07 jari 398         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 399         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 400         Vector sampleNamesVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 401         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 402         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 403         
2 26 Feb 07 jari 404         for (int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 405             sampleNamesVector.add(framework.getData().getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(i)));
2 26 Feb 07 jari 406         }
2 26 Feb 07 jari 407         
2 26 Feb 07 jari 408         Vector uniqueIDs = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 409         int labelIndex = framework.getDisplayMenu().getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 410         for (int i = 0; i < number_of_genes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 411             uniqueIDs.add(framework.getData().getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(i), labelIndex));
2 26 Feb 07 jari 412             //uniqueIDs.add(framework.getData().getUniqueId(experiment.getGeneIndexMappedToData(i)));
2 26 Feb 07 jari 413         }
2 26 Feb 07 jari 414         
2 26 Feb 07 jari 415         Vector clusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 416         
2 26 Feb 07 jari 417         Color clusterColors[] = framework.getData().getColors();
2 26 Feb 07 jari 418         boolean assignedToACluster[] = new boolean[number_of_genes];
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         for (int i = 0; i < number_of_genes; i++) {
2 26 Feb 07 jari 421             assignedToACluster[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 422         }
2 26 Feb 07 jari 423         
2 26 Feb 07 jari 424         for (int i = 0; i < clusterColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 425             Vector currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 426             
2 26 Feb 07 jari 427             for (int j = 0; j < number_of_genes; j++) {
2 26 Feb 07 jari 428                 if (!assignedToACluster[j]) {
2 26 Feb 07 jari 429                     if (clusterColors[i].equals(framework.getData().getProbeColor(experiment.getGeneIndexMappedToData(j)))) {
2 26 Feb 07 jari 430                         currentCluster.add(new Integer(j));
2 26 Feb 07 jari 431                         assignedToACluster[j] = true;
2 26 Feb 07 jari 432                     }
2 26 Feb 07 jari 433                 }
2 26 Feb 07 jari 434             }
2 26 Feb 07 jari 435             
2 26 Feb 07 jari 436             clusterVector.add(currentCluster);
2 26 Feb 07 jari 437         }
2 26 Feb 07 jari 438         
2 26 Feb 07 jari 439         //Experiment clustering
2 26 Feb 07 jari 440         Vector expClusterVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 441         Color expClusterColors[] = framework.getData().getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 442         boolean expAssignedToACluster[] = new boolean[number_of_samples];
2 26 Feb 07 jari 443         
2 26 Feb 07 jari 444         for (int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 445             expAssignedToACluster[i] = false;
2 26 Feb 07 jari 446         }
2 26 Feb 07 jari 447         
2 26 Feb 07 jari 448         for (int i = 0; i < expClusterColors.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 449             Vector currentCluster = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 450             
2 26 Feb 07 jari 451             for (int j = 0; j < number_of_samples; j++) {
2 26 Feb 07 jari 452                 if (!expAssignedToACluster[j]) {
2 26 Feb 07 jari 453                     if (expClusterColors[i].equals(framework.getData().getExperimentColor(experiment.getSampleIndex(j)))) {
2 26 Feb 07 jari 454                         currentCluster.add(new Integer(j));
2 26 Feb 07 jari 455                         expAssignedToACluster[j] = true;
2 26 Feb 07 jari 456                     }
2 26 Feb 07 jari 457                 }
2 26 Feb 07 jari 458             }
2 26 Feb 07 jari 459             expClusterVector.add(currentCluster);
2 26 Feb 07 jari 460         }
2 26 Feb 07 jari 461         
2 26 Feb 07 jari 462         PTMInitDialog  ptmInitBox = new PTMInitDialog((JFrame)framework.getFrame(), modality, experiment.getMatrix(), uniqueIDs, sampleNamesVector, clusterVector, expClusterVector, clusterColors, expClusterColors);
2 26 Feb 07 jari 463         
2 26 Feb 07 jari 464         boolean isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 465         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 466         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 467         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 468         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 469         
2 26 Feb 07 jari 470         ptmInitBox.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 471         
2 26 Feb 07 jari 472         
2 26 Feb 07 jari 473         if (! ptmInitBox.isOkPressed()){
2 26 Feb 07 jari 474             return null;
2 26 Feb 07 jari 475         }
2 26 Feb 07 jari 476         clusterGenes = ptmInitBox.isGeneTemplate();
2 26 Feb 07 jari 477         
2 26 Feb 07 jari 478         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 479             templateMatrix = ptmInitBox.convertTemplateVectorToFloatMatrix();
2 26 Feb 07 jari 480             templateVector = ptmInitBox.getTemplate();
2 26 Feb 07 jari 481             useAbsolute = ptmInitBox.isUseAbsolute();
2 26 Feb 07 jari 482             useR = ptmInitBox.isUseR();
2 26 Feb 07 jari 483             threshold = (float) ptmInitBox.getThresholdR();
2 26 Feb 07 jari 484             isHierarchicalTree = ptmInitBox.isDrawTrees();
2 26 Feb 07 jari 485         }
2 26 Feb 07 jari 486         else{
2 26 Feb 07 jari 487             templateMatrix = ptmInitBox.convertTemplateVectorToFloatMatrix();
2 26 Feb 07 jari 488             templateVector = ptmInitBox.getTemplate();
2 26 Feb 07 jari 489             useAbsolute = ptmInitBox.isUseAbsolute();
2 26 Feb 07 jari 490             useR = ptmInitBox.isUseR();
2 26 Feb 07 jari 491             threshold = (float) ptmInitBox.getThresholdR();
2 26 Feb 07 jari 492             isHierarchicalTree = ptmInitBox.isDrawTrees();
2 26 Feb 07 jari 493         }
2 26 Feb 07 jari 494         
2 26 Feb 07 jari 495         drawSigTreesOnly = true;
2 26 Feb 07 jari 496         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 497             drawSigTreesOnly = ptmInitBox.drawSigTreesOnly();
2 26 Feb 07 jari 498         }        
2 26 Feb 07 jari 499         
2 26 Feb 07 jari 500         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();        
2 26 Feb 07 jari 501         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 502         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 503             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 504         }
2 26 Feb 07 jari 505         
2 26 Feb 07 jari 506         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 507         boolean hcl_absolute = false;        
2 26 Feb 07 jari 508         
2 26 Feb 07 jari 509         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 510             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(new JFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 511             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 512                 return null;
2 26 Feb 07 jari 513             }
2 26 Feb 07 jari 514             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 515             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 516             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 517             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 518             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();            
2 26 Feb 07 jari 519         }
2 26 Feb 07 jari 520                 
2 26 Feb 07 jari 521         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 522         data.addParam("ptm-cluster-genes", String.valueOf(clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 523         data.addMatrix("templateVectorMatrix", templateMatrix);
2 26 Feb 07 jari 524         data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 525         data.addParam("use-absolute", String.valueOf(useAbsolute));
2 26 Feb 07 jari 526         data.addParam("useR", String.valueOf(useR));
2 26 Feb 07 jari 527         data.addParam("threshold", String.valueOf(threshold));
2 26 Feb 07 jari 528
2 26 Feb 07 jari 529         //function = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 530         data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 531         
2 26 Feb 07 jari 532         // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 533         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 534             data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 535             data.addParam("draw-sig-trees-only", String.valueOf(drawSigTreesOnly));             
2 26 Feb 07 jari 536             data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 537             data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 538             data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 539             data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 540             data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 541         }
2 26 Feb 07 jari 542         
2 26 Feb 07 jari 543         // alg name
2 26 Feb 07 jari 544         data.addParam("name", "PTM");
2 26 Feb 07 jari 545         
2 26 Feb 07 jari 546         // alg type
2 26 Feb 07 jari 547         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 548             data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 549         else
2 26 Feb 07 jari 550             data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 551         
2 26 Feb 07 jari 552         // output class
2 26 Feb 07 jari 553         data.addParam("output-class", "partition-output");
2 26 Feb 07 jari 554         
2 26 Feb 07 jari 555         //output nodes
2 26 Feb 07 jari 556         String [] outputNodes = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 557         outputNodes[0] = "Significant Genes";
2 26 Feb 07 jari 558         outputNodes[1] = "Non-significant Genes";
2 26 Feb 07 jari 559         
2 26 Feb 07 jari 560         data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 561         
2 26 Feb 07 jari 562         return data;
2 26 Feb 07 jari 563     }
2 26 Feb 07 jari 564     
2 26 Feb 07 jari 565     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 566         int k = 2;
2 26 Feb 07 jari 567         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 568         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 569         AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 570         this.drawSigTreesOnly = algData.getParams().getBoolean("draw-sig-trees-only");        
2 26 Feb 07 jari 571         this.clusterGenes = params.getBoolean("ptm-cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 572         FloatMatrix templateMatrix = algData.getMatrix("templateVectorMatrix");
2 26 Feb 07 jari 573         this.templateVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 574         int cols = templateMatrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 575         for(int i = 0; i < cols; i++) {
2 26 Feb 07 jari 576             templateVector.add(new Float(templateMatrix.A[0][i]));
2 26 Feb 07 jari 577         }
2 26 Feb 07 jari 578         
2 26 Feb 07 jari 579         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 580         
2 26 Feb 07 jari 581         try {
2 26 Feb 07 jari 582             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("PTM");
2 26 Feb 07 jari 583             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 584             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 585             int genes;
2 26 Feb 07 jari 586             if(!clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 587                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 588                 genes = matrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 589             }
2 26 Feb 07 jari 590             genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 591        
2 26 Feb 07 jari 592             algData.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 593   
2 26 Feb 07 jari 594             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 595             AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 596             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 597             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 598             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 599             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 600             
2 26 Feb 07 jari 601             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 602             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 603                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 604             }
2 26 Feb 07 jari 605             
2 26 Feb 07 jari 606             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 607             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 608             
2 26 Feb 07 jari 609             FloatMatrix rValuesMatrix = result.getMatrix("rValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 610             FloatMatrix pValuesMatrix = result.getMatrix("pValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 611             
2 26 Feb 07 jari 612             pValues = new float[pValuesMatrix.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 613             rValues = new float[rValuesMatrix.getRowDimension()];
2 26 Feb 07 jari 614             
2 26 Feb 07 jari 615             for (int i = 0; i < pValues.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 616                 pValues[i] = pValuesMatrix.A[i][0];
2 26 Feb 07 jari 617                 rValues[i] = rValuesMatrix.A[i][0];
2 26 Feb 07 jari 618             }
2 26 Feb 07 jari 619             
2 26 Feb 07 jari 620             auxTitles = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 621             auxTitles[0] = "R values";
2 26 Feb 07 jari 622             auxTitles[1] = "p Values";
2 26 Feb 07 jari 623             
2 26 Feb 07 jari 624             auxData = new Object[pValues.length][2];
2 26 Feb 07 jari 625             
2 26 Feb 07 jari 626             for (int i = 0; i < auxData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 627                 auxData[i][0] = new Float(rValues[i]);
2 26 Feb 07 jari 628                 auxData[i][1] = new Float(pValues[i]);
2 26 Feb 07 jari 629             }
2 26 Feb 07 jari 630             
2 26 Feb 07 jari 631             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 632             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 633             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 634             int function = params.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 635             info.function = framework.getDistanceMenu().getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 636             info.isR = params.getBoolean("useR");
2 26 Feb 07 jari 637             info.isAbsolute = params.getBoolean("use-absolute");
2 26 Feb 07 jari 638             info.threshold = params.getFloat("threshold");
2 26 Feb 07 jari 639             info.hcl = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 640             info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 641             info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-experiments");
2 26 Feb 07 jari 642             if(info.hcl)
2 26 Feb 07 jari 643                 info.hcl_method = params.getInt("method-linkage") ;
2 26 Feb 07 jari 644             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 645             
2 26 Feb 07 jari 646         } finally {
2 26 Feb 07 jari 647             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 648                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 649             }    
2 26 Feb 07 jari 650         }
2 26 Feb 07 jari 651     }
2 26 Feb 07 jari 652     
2 26 Feb 07 jari 653     /**
2 26 Feb 07 jari 654      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 655      */
2 26 Feb 07 jari 656     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 657         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 658         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 659         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 660         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 661         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 662         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 663         return data;
2 26 Feb 07 jari 664     }
2 26 Feb 07 jari 665     
2 26 Feb 07 jari 666     /**
2 26 Feb 07 jari 667      * Creates a result tree to be inserted into the framework analysis node.
2 26 Feb 07 jari 668      */
2 26 Feb 07 jari 669     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 670         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 671         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 672             root = new DefaultMutableTreeNode("PTM - genes");
2 26 Feb 07 jari 673         else
2 26 Feb 07 jari 674             root = new DefaultMutableTreeNode("PTM - samples");
2 26 Feb 07 jari 675         addResultNodes(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 676         return root;
2 26 Feb 07 jari 677     }
2 26 Feb 07 jari 678     
2 26 Feb 07 jari 679     /**
2 26 Feb 07 jari 680      * Adds result nodes into the tree root.
2 26 Feb 07 jari 681      */
2 26 Feb 07 jari 682     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 683         addExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 684         addHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 685         addCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 686         addStatsTables(root);
2 26 Feb 07 jari 687         addClusterInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 688         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 689     }
2 26 Feb 07 jari 690     
2 26 Feb 07 jari 691     /**
2 26 Feb 07 jari 692      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 693      */
2 26 Feb 07 jari 694     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 695         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 696         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 697         
2 26 Feb 07 jari 698         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 699             expViewer = new PTMExperimentViewer(this.experiment, this.clusters, this.templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 700             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 701                 if (i < this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 702                     node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes ", expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 703                 } else if (i == this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 704                     node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes ", expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 705                 }
2 26 Feb 07 jari 706             }
2 26 Feb 07 jari 707         }
2 26 Feb 07 jari 708         else {
2 26 Feb 07 jari 709             
2 26 Feb 07 jari 710             expViewer = new PTMExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters, "Template", this.templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 711             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 712                 if (i < this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 713                     node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments ", expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 714                 } else if (i == this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 715                     node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Experiments ", expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 716                 }
2 26 Feb 07 jari 717             }
2 26 Feb 07 jari 718         }
2 26 Feb 07 jari 719         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 720     }
2 26 Feb 07 jari 721     
2 26 Feb 07 jari 722     
2 26 Feb 07 jari 723     /**
2 26 Feb 07 jari 724      * Adds nodes to display hierarchical trees.
2 26 Feb 07 jari 725      */
2 26 Feb 07 jari 726     private void addHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 727         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 728             return;
2 26 Feb 07 jari 729         }
2 26 Feb 07 jari 730         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 731         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 732         int n = nodeList.getSize();
2 26 Feb 07 jari 733         int [][] clusters = null;
2 26 Feb 07 jari 734         
2 26 Feb 07 jari 735         if (!drawSigTreesOnly) {
2 26 Feb 07 jari 736             if(!this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 737                 clusters = new int[n][];
2 26 Feb 07 jari 738                 for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 739                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 740                 }
2 26 Feb 07 jari 741                 if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 742                     clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 743             }
2 26 Feb 07 jari 744             for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 745                 if(this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 746                     if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 747                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 748                     else
2 26 Feb 07 jari 749                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 750                 }
2 26 Feb 07 jari 751                 else{
2 26 Feb 07 jari 752                     if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 753                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 754                     else
2 26 Feb 07 jari 755                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("UnMatched Experiments", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 756                 }
2 26 Feb 07 jari 757             }
2 26 Feb 07 jari 758         
2 26 Feb 07 jari 759         } else { // if (drawSigTreesOnly)
2 26 Feb 07 jari 760             if(!this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 761                 //clusters = new int[n][];
2 26 Feb 07 jari 762                 clusters = new int[1][];
2 26 Feb 07 jari 763                 for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 764                     clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 765                 }
2 26 Feb 07 jari 766                 if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 767                     clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 768             }
2 26 Feb 07 jari 769             for (int i=0; i<n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 770                 if(this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 771                     if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 772                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));                    
2 26 Feb 07 jari 773                 }
2 26 Feb 07 jari 774                 else{
2 26 Feb 07 jari 775                     if(i == 0)
2 26 Feb 07 jari 776                         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments", createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));                    
2 26 Feb 07 jari 777                 }
2 26 Feb 07 jari 778             }            
2 26 Feb 07 jari 779             
2 26 Feb 07 jari 780         }
2 26 Feb 07 jari 781         
2 26 Feb 07 jari 782         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 783     }
2 26 Feb 07 jari 784     
2 26 Feb 07 jari 785     /**
2 26 Feb 07 jari 786      * Creates an <code>HCLViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 787      */
2 26 Feb 07 jari 788     private IViewer createHCLViewer(Node clusterNode, GeneralInfo info, int [][] sampleClusters) {
2 26 Feb 07 jari 789         HCLTreeData genes_result = info.hcl_genes ? getResult(clusterNode, 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 790         HCLTreeData samples_result = info.hcl_samples ? getResult(clusterNode, info.hcl_genes ? 4 : 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 791         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 792             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 793         else
2 26 Feb 07 jari 794             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result, sampleClusters, true);
2 26 Feb 07 jari 795     }
2 26 Feb 07 jari 796     
2 26 Feb 07 jari 797     
2 26 Feb 07 jari 798     /**
2 26 Feb 07 jari 799      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 800      */
2 26 Feb 07 jari 801     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 802         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 803         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 804             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matching Results (#,%)", new PTMInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfGenes()))));
2 26 Feb 07 jari 805         else
2 26 Feb 07 jari 806             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matching Results (#,%)", new PTMInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), this.clusterGenes))));
2 26 Feb 07 jari 807         
2 26 Feb 07 jari 808         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 809     }
2 26 Feb 07 jari 810     
2 26 Feb 07 jari 811     
2 26 Feb 07 jari 812     /**
2 26 Feb 07 jari 813      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 814      */
2 26 Feb 07 jari 815     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 816         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 817         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 818         
2 26 Feb 07 jari 819         PTMCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 820         PTMExperimentCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 821         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 822             centroidViewer = new PTMCentroidViewer(this.experiment, clusters, templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 823             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 824             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 825             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 826                 if(i == 0){
2 26 Feb 07 jari 827                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 828                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 829                 }
2 26 Feb 07 jari 830                 else{
2 26 Feb 07 jari 831                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 832                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 833                     
2 26 Feb 07 jari 834                 }
2 26 Feb 07 jari 835             }
2 26 Feb 07 jari 836             
2 26 Feb 07 jari 837             PTMCentroidsViewer centroidsViewer = new PTMCentroidsViewer(this.experiment, clusters, templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 838             centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 839             centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 840             
2 26 Feb 07 jari 841             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 842             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 843         }
2 26 Feb 07 jari 844         else{
2 26 Feb 07 jari 845             expCentroidViewer = new PTMExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters, templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 846             float [][] codes = getCodes(this.templateVector);
2 26 Feb 07 jari 847             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 848             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 849             // expCentroidViewer.setCodes(codes);
2 26 Feb 07 jari 850             //  expCentroidViewer.setDrawCodes(true);
2 26 Feb 07 jari 851             
2 26 Feb 07 jari 852             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 853                 if(i == 0){
2 26 Feb 07 jari 854                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 855                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 856                 }
2 26 Feb 07 jari 857                 else {
2 26 Feb 07 jari 858                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Experiments ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 859                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Experiments ", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 860                 }
2 26 Feb 07 jari 861             }
2 26 Feb 07 jari 862             PTMExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new PTMExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters, templateVector, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 863             expCentroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 864             expCentroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 865             // expCentroidsViewer.setCodes(codes);
2 26 Feb 07 jari 866             // expCentroidsViewer.setDrawCodes(true);
2 26 Feb 07 jari 867             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 868             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 869         }
2 26 Feb 07 jari 870         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 871         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 872     }
2 26 Feb 07 jari 873     
2 26 Feb 07 jari 874     private void addStatsTables(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 875         DefaultMutableTreeNode tablesNode = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 876         if (clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 877             IViewer tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData);
2 26 Feb 07 jari 878             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 879                 if (i < this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 880                     tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes ", tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 881                 } else if (i == this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 882                     tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes ", tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 883                 }
2 26 Feb 07 jari 884             }
2 26 Feb 07 jari 885             //IViewer nonSigTableViewer = new PTMGeneStatsTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData, false);
2 26 Feb 07 jari 886             //tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Genes", sigTableViewer)));
2 26 Feb 07 jari 887             //tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Genes", nonSigTableViewer)));
2 26 Feb 07 jari 888         } else {
2 26 Feb 07 jari 889             IViewer tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData);
2 26 Feb 07 jari 890             for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 891                 if (i < this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 892                     tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched Experiments ", tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 893                 } else if (i == this.clusters.length - 1) {
2 26 Feb 07 jari 894                     tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched Experiments ", tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 895                 }
2 26 Feb 07 jari 896             }
2 26 Feb 07 jari 897         }
2 26 Feb 07 jari 898         /*else {
2 26 Feb 07 jari 899             IViewer sigTableViewer = new PTMExpStatsTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData, true);
2 26 Feb 07 jari 900             IViewer nonSigTableViewer = new PTMExpStatsTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data, this.auxTitles, this.auxData, false);
2 26 Feb 07 jari 901             tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Matched experiments", sigTableViewer)));
2 26 Feb 07 jari 902             tablesNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unmatched experiments", nonSigTableViewer)));
2 26 Feb 07 jari 903         }
2 26 Feb 07 jari 904          */
2 26 Feb 07 jari 905         
2 26 Feb 07 jari 906         root.add(tablesNode);
2 26 Feb 07 jari 907     }
2 26 Feb 07 jari 908     
2 26 Feb 07 jari 909     /**
2 26 Feb 07 jari 910      * Gets template in form for viewer codes
2 26 Feb 07 jari 911      */
2 26 Feb 07 jari 912     public float[][] getCodes(Vector template){
2 26 Feb 07 jari 913         int length = template.size();
2 26 Feb 07 jari 914         float [][] codes = new float[2][length];
2 26 Feb 07 jari 915         for(int i = 0; i < codes.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 916             for(int j = 0; j < codes[i].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 917                 codes[i][j] = ((Float)(template.elementAt(i))).intValue();
2 26 Feb 07 jari 918             }
2 26 Feb 07 jari 919         }
2 26 Feb 07 jari 920         return codes;
2 26 Feb 07 jari 921     }
2 26 Feb 07 jari 922     
2 26 Feb 07 jari 923     /**
2 26 Feb 07 jari 924      * Adds node with general iformation.
2 26 Feb 07 jari 925      */
2 26 Feb 07 jari 926     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 927         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 928         // node.add(new DefaultMutableTreeNode("Clusters: "+String.valueOf(info.clusters)));
2 26 Feb 07 jari 929         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Absolute: "+String.valueOf(info.isAbsolute)));
2 26 Feb 07 jari 930         if (info.isR) {
2 26 Feb 07 jari 931             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Threshold Pearson R: "+String.valueOf(info.threshold)));
2 26 Feb 07 jari 932         } else {
2 26 Feb 07 jari 933             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Threshold prob. of R: "+String.valueOf(info.threshold)));
2 26 Feb 07 jari 934             
2 26 Feb 07 jari 935         }
2 26 Feb 07 jari 936         // node.add(new DefaultMutableTreeNode("Converged: "+String.valueOf(info.converged)));
2 26 Feb 07 jari 937         // node.add(new DefaultMutableTreeNode("Iterations: "+String.valueOf(info.iterations)));
2 26 Feb 07 jari 938         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 939         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 940         node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 941         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 942     }
2 26 Feb 07 jari 943     
2 26 Feb 07 jari 944     
2 26 Feb 07 jari 945     /***************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 946      * Code to order sample clustering results based on HCL runs.  sampleClusters contain an array
2 26 Feb 07 jari 947      * of sample indices for each experiment cluster.  Note that these indicies are ordered in
2 26 Feb 07 jari 948      * an order which matches HCL input matrix sample order so that HCL results (node-order) can
2 26 Feb 07 jari 949      * be used to order leaf indices to match HCL samples results
2 26 Feb 07 jari 950      */
2 26 Feb 07 jari 951     private int [][] getOrderedIndices(NodeList nodeList, int [][] sampleClusters, boolean calcGeneHCL){
2 26 Feb 07 jari 952         HCLTreeData result;
2 26 Feb 07 jari 953         for(int i = 0; i < sampleClusters.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 954             if(sampleClusters[i].length > 0){
2 26 Feb 07 jari 955                 result = getResult(nodeList.getNode(i), calcGeneHCL ? 4 : 0);  //get sample Result
2 26 Feb 07 jari 956                 sampleClusters[i] = getSampleOrder(result, sampleClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 957             }
2 26 Feb 07 jari 958         }
2 26 Feb 07 jari 959         return sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 960     }
2 26 Feb 07 jari 961     
2 26 Feb 07 jari 962     private int[] getSampleOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 963         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 964     }
2 26 Feb 07 jari 965     
2 26 Feb 07 jari 966     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 967         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 968         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 969         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 970         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 971     }
2 26 Feb 07 jari 972     
2 26 Feb 07 jari 973     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 974         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 975             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 976         }
2 26 Feb 07 jari 977         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 978             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 979         } else {
2 26 Feb 07 jari 980             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 981             pos++;
2 26 Feb 07 jari 982         }
2 26 Feb 07 jari 983         return pos;
2 26 Feb 07 jari 984     }
2 26 Feb 07 jari 985     
2 26 Feb 07 jari 986     
2 26 Feb 07 jari 987     
2 26 Feb 07 jari 988     /****************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 989      * End of Sample Cluster index ordering code
2 26 Feb 07 jari 990      */
2 26 Feb 07 jari 991     
2 26 Feb 07 jari 992     /**
2 26 Feb 07 jari 993      * The class to listen to progress, monitor and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 994      */
2 26 Feb 07 jari 995     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 996         
2 26 Feb 07 jari 997         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 998             
2 26 Feb 07 jari 999         }
2 26 Feb 07 jari 1000         
2 26 Feb 07 jari 1001         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1002             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1003             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 1004                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 1005                 cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 1006             }
2 26 Feb 07 jari 1007         }
2 26 Feb 07 jari 1008         
2 26 Feb 07 jari 1009         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1010             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 1011             cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 1012         }
2 26 Feb 07 jari 1013         
2 26 Feb 07 jari 1014         public void cleanUp() {
2 26 Feb 07 jari 1015             
2 26 Feb 07 jari 1016         }
2 26 Feb 07 jari 1017     }
2 26 Feb 07 jari 1018     
2 26 Feb 07 jari 1019     // the general info structure
2 26 Feb 07 jari 1020     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 1021         public int clusters;
2 26 Feb 07 jari 1022         public long time;
2 26 Feb 07 jari 1023         public String function;
2 26 Feb 07 jari 1024         public boolean isAbsolute;
2 26 Feb 07 jari 1025         public boolean isR;
2 26 Feb 07 jari 1026         public float threshold;
2 26 Feb 07 jari 1027         
2 26 Feb 07 jari 1028         private boolean hcl;
2 26 Feb 07 jari 1029         private int hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 1030         private boolean hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 1031         private boolean hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 1032         
2 26 Feb 07 jari 1033         public String getMethodName() {
2 26 Feb 07 jari 1034             return hcl ? HCLGUI.GeneralInfo.getMethodName(hcl_method) : "no linkage";
2 26 Feb 07 jari 1035         }
2 26 Feb 07 jari 1036         
2 26 Feb 07 jari 1037     }
2 26 Feb 07 jari 1038     
2 26 Feb 07 jari 1039 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)