mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/qtc/QTCCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: QTCCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.qtc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 public class QTCCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     /**
2 26 Feb 07 jari 35      * Construct a <code>QTCCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 36      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 37      */
2 26 Feb 07 jari 38     public QTCCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 39   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 40   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 41   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 42   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 43     }
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * This constructor is used by XMLEncoder/Decoder to store and retreive a 
2 26 Feb 07 jari 46      * CentroidViewer object to/from and xml file.  This constructor must 
2 26 Feb 07 jari 47      * always exist, with its current method signature, for purposes of 
2 26 Feb 07 jari 48      * backwards-compatability in loading old save-files from MeV versions 
2 26 Feb 07 jari 49      * of v3.2 and later.  
2 26 Feb 07 jari 50      * 
2 26 Feb 07 jari 51      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 52      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 53      * @param means
2 26 Feb 07 jari 54      * @param codes
2 26 Feb 07 jari 55      * @param id
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public QTCCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 58       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 65   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 66   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 67   return popup;
2 26 Feb 07 jari 68     }
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 75   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 76   try {
2 26 Feb 07 jari 77       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 78   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 79       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 80       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 81   }
2 26 Feb 07 jari 82     }
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 86      */
2 26 Feb 07 jari 87     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 88   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 89   try {
2 26 Feb 07 jari 90       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 91   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 92       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 93       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 94   }
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 101   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 102   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 103   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 104       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 105   }
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 112   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     /**
2 26 Feb 07 jari 116      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 117      */
2 26 Feb 07 jari 118     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 119   
2 26 Feb 07 jari 120   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 121       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 122       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 123     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 124       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 125     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 126       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 127     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 128       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 129                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 130                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 131                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 132                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 133             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 135                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 136                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 137                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 138             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 139     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 140       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 141                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 142             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 143                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 144                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 145             }
2 26 Feb 07 jari 146             
2 26 Feb 07 jari 147   }
2 26 Feb 07 jari 148   
2 26 Feb 07 jari 149   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 150       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 151   }
2 26 Feb 07 jari 152   
2 26 Feb 07 jari 153   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 154       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 155   }
2 26 Feb 07 jari 156   
2 26 Feb 07 jari 157   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 158       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 159     return;
2 26 Feb 07 jari 160       }
2 26 Feb 07 jari 161       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 162   }
2 26 Feb 07 jari 163     }
2 26 Feb 07 jari 164     
2 26 Feb 07 jari 165 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)