mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/qtc/QTCCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 *//*
2 26 Feb 07 jari 5 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 6 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 7 *//*
2 26 Feb 07 jari 8 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 9 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 10 */
2 26 Feb 07 jari 11 /*
2 26 Feb 07 jari 12  * $RCSfile: QTCCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 13  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 14  * $Date: 2006/03/24 15:51:22 $
2 26 Feb 07 jari 15  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 16  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 17  */
2 26 Feb 07 jari 18 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.qtc;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 35
2 26 Feb 07 jari 36 public class QTCCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 39     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 40     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";        
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 43     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 44     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     /**
2 26 Feb 07 jari 47      * Constructs a <code>QTCCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 48      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public QTCCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 51   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 52   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 53   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 54   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Constructs a <code>CentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 58      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 59      */    
2 26 Feb 07 jari 60   public QTCCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 61     super (cv);
2 26 Feb 07 jari 62     }    
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 68   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 69   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 70   return popup;
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     /**
2 26 Feb 07 jari 74      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 75      */
2 26 Feb 07 jari 76     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 77         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 78         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 79         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 80         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 81         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 82         
2 26 Feb 07 jari 83         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 84         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 85         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 86         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 87         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 90         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 91         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 92         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 93     }    
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 100   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 101   try {
2 26 Feb 07 jari 102       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 103   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 104       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 105       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 106   }
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109     /**
2 26 Feb 07 jari 110      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 111      */
2 26 Feb 07 jari 112     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 115             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 116             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 117                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 118             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 119                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 120                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 121                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 122                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 124                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 125                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 126                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 127                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 128             }
2 26 Feb 07 jari 129         }
2 26 Feb 07 jari 130         
2 26 Feb 07 jari 131         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 132             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 133             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 134                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 135                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 136             }
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141         }
2 26 Feb 07 jari 142         
2 26 Feb 07 jari 143         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 144             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146         
2 26 Feb 07 jari 147         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 148             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 149                 return;
2 26 Feb 07 jari 150             }
2 26 Feb 07 jari 151             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)