mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/qtc/QTCExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: QTCExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.qtc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class QTCExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>QTCExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public QTCExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 40   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 41   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 42   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 43   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 44   getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     //XMLEncoder/Decoder constructor
2 26 Feb 07 jari 47     public QTCExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 48         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 49       super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 54      */
2 26 Feb 07 jari 55     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 56   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 57   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 58   return popup;
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 66   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 67   try {
2 26 Feb 07 jari 68       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 69   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 70       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 71       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 72   }
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 79   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 80   try {
2 26 Feb 07 jari 81       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 82   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 83       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 84       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 85   }
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 92   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 93   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 94   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 95       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 96   }
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 103   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 110   
2 26 Feb 07 jari 111   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 112       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 113       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 114     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 115       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 116     onSaveClusters();     
2 26 Feb 07 jari 117       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 118     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 119       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 120     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 121       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 123             }
2 26 Feb 07 jari 124   }
2 26 Feb 07 jari 125   
2 26 Feb 07 jari 126   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 127       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 128   }
2 26 Feb 07 jari 129   
2 26 Feb 07 jari 130   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 131       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 132   }
2 26 Feb 07 jari 133   
2 26 Feb 07 jari 134   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 135       
2 26 Feb 07 jari 136       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 137     return;
2 26 Feb 07 jari 138       }
2 26 Feb 07 jari 139       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 140   }
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)