mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/qtc/QTCExperimentViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: QTCExperimentViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.qtc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 public class QTCExperimentViewer extends ExperimentViewer {
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     /**
2 26 Feb 07 jari 37      * Constructs a <code>QTCExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 38      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 39      */
2 26 Feb 07 jari 40     public QTCExperimentViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 41   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 42   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 43   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 44   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 45   getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 46     }
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * This constructor is used to re-create an ExperimentViewer from information
2 26 Feb 07 jari 49      * stored in a saved analysis file by XMLEncoder.  
2 26 Feb 07 jari 50      * 
2 26 Feb 07 jari 51      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 52      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 53      * @param samplesOrder
2 26 Feb 07 jari 54      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 55      * @param header
2 26 Feb 07 jari 56      * @param insets
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     public QTCExperimentViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] samplesOrder, boolean drawAnnotations, ExperimentHeader header, Insets insets) {
2 26 Feb 07 jari 59       super(e, clusters, samplesOrder, drawAnnotations, header, insets);
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 66   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 67   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 68   return popup;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     /**
2 26 Feb 07 jari 73      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 76   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 77   try {
2 26 Feb 07 jari 78       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 79   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 80       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 81       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 82   }
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 89   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 90   try {
2 26 Feb 07 jari 91       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 92   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 93       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 94       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 95   }
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     /**
2 26 Feb 07 jari 99      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 100      */
2 26 Feb 07 jari 101     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 102   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 103   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 104   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 105       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 106   }
2 26 Feb 07 jari 107     }
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109     /**
2 26 Feb 07 jari 110      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 111      */
2 26 Feb 07 jari 112     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 113   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 114     }
2 26 Feb 07 jari 115     
2 26 Feb 07 jari 116     /**
2 26 Feb 07 jari 117      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 120   
2 26 Feb 07 jari 121   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 122       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 123       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 125       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 126     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 127       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 128     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 129       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 130     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 131       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 132                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 133             }
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   
2 26 Feb 07 jari 136   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 141       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 142   }
2 26 Feb 07 jari 143   
2 26 Feb 07 jari 144   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 145       
2 26 Feb 07 jari 146       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 147     return;
2 26 Feb 07 jari 148       }
2 26 Feb 07 jari 149       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151     }
2 26 Feb 07 jari 152 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)