mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/qtc/QTCGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: QTCGUI.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:22:06 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.qtc;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLGUI;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50 public class QTCGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 53     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 56     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 57     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 58     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 59     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Default constructor.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     public QTCGUI() {
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Initialize the algorithm's parameters and execute it.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 72         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 73         // the default values
2 26 Feb 07 jari 74         int k; //number of clusters
2 26 Feb 07 jari 75         int minimumClusterSize = 5;
2 26 Feb 07 jari 76         float diameter = 0.2f;
2 26 Feb 07 jari 77         boolean useAbsolute = false;
2 26 Feb 07 jari 78         boolean modal = true; //I SET MODAL TO TRUE TO CALL THE QTC DIALOG BOX, HOPE THIS IS OK
2 26 Feb 07 jari 79         
2 26 Feb 07 jari 80         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 81         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 82         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 83             function = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 84         }
2 26 Feb 07 jari 85         
2 26 Feb 07 jari 86         QTCInitDialog hjc_dialog = new QTCInitDialog((JFrame) framework.getFrame(), modal, menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance());
2 26 Feb 07 jari 87         hjc_dialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 88         
2 26 Feb 07 jari 89         if (! hjc_dialog.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 90         
2 26 Feb 07 jari 91         clusterGenes = hjc_dialog.isClusterGenesSelected();
2 26 Feb 07 jari 92         minimumClusterSize = Integer.parseInt(hjc_dialog.clusterTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 93         diameter = Float.parseFloat(hjc_dialog.diameterTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 94         useAbsolute = hjc_dialog.isAbsoluteDistance();
2 26 Feb 07 jari 95         
2 26 Feb 07 jari 96         
2 26 Feb 07 jari 97         boolean isHierarchicalTree = hjc_dialog.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 98         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 99         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 100         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 101         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 102                             
2 26 Feb 07 jari 103         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 104         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 107                                                                                                                                         
2 26 Feb 07 jari 108             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(hjc_dialog.getDistanceMetric()), hjc_dialog.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 109  
2 26 Feb 07 jari 110             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 111                 return null;
2 26 Feb 07 jari 112             }
2 26 Feb 07 jari 113             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 114             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 115             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 116             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 117             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 118         }
2 26 Feb 07 jari 119         
2 26 Feb 07 jari 120         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 121         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 122         try {
2 26 Feb 07 jari 123             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("QTC");
2 26 Feb 07 jari 124             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 125             
2 26 Feb 07 jari 126             int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 127             
2 26 Feb 07 jari 128             AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 129             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 130             if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 131                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 132             
2 26 Feb 07 jari 133             data.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 134             data.addParam("qtc-cluster-genes", String.valueOf(this.clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 135             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137             function = hjc_dialog.getDistanceMetric();            
2 26 Feb 07 jari 138             data.addParam("use-absolute", String.valueOf(useAbsolute));
2 26 Feb 07 jari 139             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 140             
2 26 Feb 07 jari 141             data.addParam("min-cluster-size", String.valueOf(minimumClusterSize));
2 26 Feb 07 jari 142             data.addParam("diameter", String.valueOf(diameter));
2 26 Feb 07 jari 143             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 144             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 145                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 146                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 147                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 148                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 149                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 150                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 151             }
2 26 Feb 07 jari 152             
2 26 Feb 07 jari 153             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 154             AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 155             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 156             AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 157             
2 26 Feb 07 jari 158             if (resultMap.getBoolean("aborted")) {
2 26 Feb 07 jari 159                 return null;
2 26 Feb 07 jari 160             }
2 26 Feb 07 jari 161             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 162             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 163             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 164             
2 26 Feb 07 jari 165             
2 26 Feb 07 jari 166             k = resultMap.getInt("number-of-clusters"); // NEED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 167             
2 26 Feb 07 jari 168             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 169             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 170                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 171             }
2 26 Feb 07 jari 172             
2 26 Feb 07 jari 173             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 174             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 175             
2 26 Feb 07 jari 176             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 177             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 178             info.minClustSize = minimumClusterSize;
2 26 Feb 07 jari 179             info.diameter = diameter;
2 26 Feb 07 jari 180             info.useAbsolute = useAbsolute;
2 26 Feb 07 jari 181             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 182             info.function = menu.getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 183             info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 184             info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 185             info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 186             info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 187             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 188             
2 26 Feb 07 jari 189         } finally {
2 26 Feb 07 jari 190             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 191                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 192             }
2 26 Feb 07 jari 193             
2 26 Feb 07 jari 194         }
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196     
2 26 Feb 07 jari 197     
2 26 Feb 07 jari 198   /*
2 26 Feb 07 jari 199    * Scripting Support
2 26 Feb 07 jari 200    */
2 26 Feb 07 jari 201     
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 204         
2 26 Feb 07 jari 205         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 206         // the default values
2 26 Feb 07 jari 207         int minimumClusterSize = 5;
2 26 Feb 07 jari 208         float diameter = 0.2f;
2 26 Feb 07 jari 209         boolean useAbsolute = false;
2 26 Feb 07 jari 210         boolean modal = true; //I SET MODAL TO TRUE TO CALL THE QTC DIALOG BOX, HOPE THIS IS OK
2 26 Feb 07 jari 211   
2 26 Feb 07 jari 212         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 213         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 214         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 215             function = Algorithm.PEARSON;
2 26 Feb 07 jari 216         }
2 26 Feb 07 jari 217         
2 26 Feb 07 jari 218         QTCInitDialog hjc_dialog = new QTCInitDialog((JFrame) framework.getFrame(), modal, menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance());
2 26 Feb 07 jari 219   
2 26 Feb 07 jari 220         hjc_dialog.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 221         
2 26 Feb 07 jari 222         if (! hjc_dialog.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 223         
2 26 Feb 07 jari 224         clusterGenes = hjc_dialog.isClusterGenesSelected();
2 26 Feb 07 jari 225         minimumClusterSize = Integer.parseInt(hjc_dialog.clusterTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 226         diameter = Float.parseFloat(hjc_dialog.diameterTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 227         useAbsolute = hjc_dialog.isAbsoluteDistance();
2 26 Feb 07 jari 228         
2 26 Feb 07 jari 229         boolean isHierarchicalTree = hjc_dialog.isHCLSelected();
2 26 Feb 07 jari 230         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 231         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 232         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 233         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 234         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 235         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 236
2 26 Feb 07 jari 237         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 238                                                                                                                                         
2 26 Feb 07 jari 239             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(hjc_dialog.getDistanceMetric()), hjc_dialog.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 240  
2 26 Feb 07 jari 241             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 242                 return null;
2 26 Feb 07 jari 243             }
2 26 Feb 07 jari 244             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 245             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 246             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 247             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 248             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 249         }
2 26 Feb 07 jari 250         
2 26 Feb 07 jari 251         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 252         
2 26 Feb 07 jari 253         int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 254         
2 26 Feb 07 jari 255         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         data.addParam("qtc-cluster-genes", String.valueOf(this.clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 258         data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 259
2 26 Feb 07 jari 260         function = hjc_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 261         data.addParam("use-absolute", String.valueOf(useAbsolute));
2 26 Feb 07 jari 262         data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 263
2 26 Feb 07 jari 264         data.addParam("min-cluster-size", String.valueOf(minimumClusterSize));
2 26 Feb 07 jari 265         data.addParam("diameter", String.valueOf(diameter));
2 26 Feb 07 jari 266         // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 267         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 268             data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 269             data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 270             data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 271             data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 272             data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 273             data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 274         }
2 26 Feb 07 jari 275         //script control parameters
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         // alg name
2 26 Feb 07 jari 278         data.addParam("name", "QTC");
2 26 Feb 07 jari 279         
2 26 Feb 07 jari 280         // alg type
2 26 Feb 07 jari 281         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 282             data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 283         else
2 26 Feb 07 jari 284             data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 285         
2 26 Feb 07 jari 286         // output class
2 26 Feb 07 jari 287         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 288             data.addParam("output-class", "multi-gene-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 289         else
2 26 Feb 07 jari 290             data.addParam("output-class", "multi-experiment-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 291         
2 26 Feb 07 jari 292         //output nodes
2 26 Feb 07 jari 293         String [] outputNodes = new String[1];
2 26 Feb 07 jari 294         outputNodes[0] = "Multi-cluster";
2 26 Feb 07 jari 295         data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 296         
2 26 Feb 07 jari 297         return data;
2 26 Feb 07 jari 298     }
2 26 Feb 07 jari 299     
2 26 Feb 07 jari 300     
2 26 Feb 07 jari 301     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 302         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 303         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 304         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 305         this.clusterGenes = algData.getParams().getBoolean("qtc-cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 306         try {
2 26 Feb 07 jari 307             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("QTC");
2 26 Feb 07 jari 308             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 309             
2 26 Feb 07 jari 310             int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 311             
2 26 Feb 07 jari 312             FloatMatrix matrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 313             
2 26 Feb 07 jari 314             if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 315                 matrix = matrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 316             
2 26 Feb 07 jari 317             algData.addMatrix("experiment", matrix);
2 26 Feb 07 jari 318             
2 26 Feb 07 jari 319             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 320             AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 321             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 322             AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 323             
2 26 Feb 07 jari 324             if (resultMap.getBoolean("aborted")) {
2 26 Feb 07 jari 325                 return null;
2 26 Feb 07 jari 326             }
2 26 Feb 07 jari 327             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 328             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 329             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 330             
2 26 Feb 07 jari 331             int k = resultMap.getInt("number-of-clusters"); // NEED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 332             
2 26 Feb 07 jari 333             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 334             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 335                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 336             }
2 26 Feb 07 jari 337             
2 26 Feb 07 jari 338             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 339             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 340             
2 26 Feb 07 jari 341             AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 342             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 343             info.clusters = k;
2 26 Feb 07 jari 344             
2 26 Feb 07 jari 345             info.minClustSize = params.getInt("min-cluster-size");
2 26 Feb 07 jari 346             info.diameter = params.getFloat("diameter");
2 26 Feb 07 jari 347             info.useAbsolute = params.getBoolean("use-absolute");
2 26 Feb 07 jari 348             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 349             int function = params.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 350             info.function = framework.getDistanceMenu().getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 351             boolean hclTrees = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 352             info.hcl = hclTrees;
2 26 Feb 07 jari 353             if(info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 354                 info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 355                 info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-experiments");
2 26 Feb 07 jari 356                 info.hcl_method = params.getInt("method-linkage");
2 26 Feb 07 jari 357             }
2 26 Feb 07 jari 358             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 359             
2 26 Feb 07 jari 360         } finally {
2 26 Feb 07 jari 361             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 362                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 363             }
2 26 Feb 07 jari 364             
2 26 Feb 07 jari 365         }
2 26 Feb 07 jari 366         
2 26 Feb 07 jari 367     }
2 26 Feb 07 jari 368     
2 26 Feb 07 jari 369     
2 26 Feb 07 jari 370     
2 26 Feb 07 jari 371     /**
2 26 Feb 07 jari 372      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 373      */
2 26 Feb 07 jari 374     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 375         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 376         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 377         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 378         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 379         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 380         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 381         return data;
2 26 Feb 07 jari 382     }
2 26 Feb 07 jari 383     /**
2 26 Feb 07 jari 384      * Creates a result tree to be inserted into the framework analysis node.
2 26 Feb 07 jari 385      */
2 26 Feb 07 jari 386     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 387         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 388         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 389             root = new DefaultMutableTreeNode("QTC - genes");
2 26 Feb 07 jari 390         else
2 26 Feb 07 jari 391             root = new DefaultMutableTreeNode("QTC - samples");
2 26 Feb 07 jari 392         addResultNodes(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 393         return root;
2 26 Feb 07 jari 394     }
2 26 Feb 07 jari 395     
2 26 Feb 07 jari 396     /**
2 26 Feb 07 jari 397      * Adds result nodes into the tree root.
2 26 Feb 07 jari 398      */
2 26 Feb 07 jari 399     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 400         addExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 401         addHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 402         addCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 403         addTableViews(root);
2 26 Feb 07 jari 404         addClusterInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 405         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 406     }
2 26 Feb 07 jari 407     
2 26 Feb 07 jari 408     private void addTableViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 409         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 410         IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 411         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 412             tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 413         else
2 26 Feb 07 jari 414             tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 415         //return; //placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 416         //expViewer = new QTCExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 417         
2 26 Feb 07 jari 418         for (int i=0; i<this.clusters.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 419             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 420         }
2 26 Feb 07 jari 421         //if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 422         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned ", tabViewer, new Integer(this.clusters.length-1))));
2 26 Feb 07 jari 423         //else
2 26 Feb 07 jari 424         //node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Experiments", expViewer, new Integer(this.clusters.length-1))));
2 26 Feb 07 jari 425         
2 26 Feb 07 jari 426         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 427     }
2 26 Feb 07 jari 428     
2 26 Feb 07 jari 429     
2 26 Feb 07 jari 430     /**
2 26 Feb 07 jari 431      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 432      */
2 26 Feb 07 jari 433     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 434         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 435         IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 436         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 437             expViewer = new QTCExperimentViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 438         else
2 26 Feb 07 jari 439             expViewer = new QTCExperimentClusterViewer(this.experiment, this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 440         
2 26 Feb 07 jari 441         for (int i=0; i<this.clusters.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 442             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 443         }
2 26 Feb 07 jari 444         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 445             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Genes", expViewer, new Integer(this.clusters.length-1))));
2 26 Feb 07 jari 446         else
2 26 Feb 07 jari 447             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Experiments", expViewer, new Integer(this.clusters.length-1))));
2 26 Feb 07 jari 448         
2 26 Feb 07 jari 449         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451     
2 26 Feb 07 jari 452     /**
2 26 Feb 07 jari 453      * Adds nodes to display hierarchical trees.
2 26 Feb 07 jari 454      */
2 26 Feb 07 jari 455     private void addHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 456         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 457             return;
2 26 Feb 07 jari 458         }
2 26 Feb 07 jari 459         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 460         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 461         int [][] clusters = null;
2 26 Feb 07 jari 462         int k = this.clusters.length;
2 26 Feb 07 jari 463         
2 26 Feb 07 jari 464         if(!this.clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 465             clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 466             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 467                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 468             }
2 26 Feb 07 jari 469             if(info.hcl_samples)
2 26 Feb 07 jari 470                 clusters = getOrderedIndices(nodeList, clusters, info.hcl_genes);
2 26 Feb 07 jari 471         }
2 26 Feb 07 jari 472         for (int i=0; i<nodeList.getSize()-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 473             if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 474                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 475             else
2 26 Feb 07 jari 476                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info, clusters), new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 477         }
2 26 Feb 07 jari 478         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 479             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Genes", createHCLViewer(nodeList.getNode(nodeList.getSize()-1), info, null))));
2 26 Feb 07 jari 480         else
2 26 Feb 07 jari 481             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Experiments", createHCLViewer(nodeList.getNode(nodeList.getSize()-1), info, clusters), new Integer(nodeList.getSize()-1))));
2 26 Feb 07 jari 482         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 483     }
2 26 Feb 07 jari 484     
2 26 Feb 07 jari 485     /**
2 26 Feb 07 jari 486      * Creates an <code>HCLViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 487      */
2 26 Feb 07 jari 488     private IViewer createHCLViewer(Node clusterNode, GeneralInfo info, int [][] sampleClusters) {
2 26 Feb 07 jari 489         HCLTreeData genes_result = info.hcl_genes ? getResult(clusterNode, 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 490         HCLTreeData samples_result = info.hcl_samples ? getResult(clusterNode, info.hcl_genes ? 4 : 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 491         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 492             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 493         else
2 26 Feb 07 jari 494             return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result, sampleClusters, true);
2 26 Feb 07 jari 495     }
2 26 Feb 07 jari 496     
2 26 Feb 07 jari 497     /**
2 26 Feb 07 jari 498      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 499      */
2 26 Feb 07 jari 500     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 501         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 502         if(this.clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 503             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Clusters (#,%)", new QTCInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfGenes()))));
2 26 Feb 07 jari 504         else
2 26 Feb 07 jari 505             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Samples in Clusters (#,%)", new QTCInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), false))));
2 26 Feb 07 jari 506         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 507     }
2 26 Feb 07 jari 508     
2 26 Feb 07 jari 509     /**
2 26 Feb 07 jari 510      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 511      */
2 26 Feb 07 jari 512     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 513         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 514         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 515         
2 26 Feb 07 jari 516         QTCCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 517         QTCExperimentCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 518         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 519             centroidViewer = new QTCCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 520             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 521             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 522             for (int i=0; i<(this.clusters.length - 1); i++) {
2 26 Feb 07 jari 523                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 524                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 525             }
2 26 Feb 07 jari 526             
2 26 Feb 07 jari 527             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject((this.clusters.length - 1), CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 528             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Genes ", centroidViewer, new CentroidUserObject((this.clusters.length - 1), CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 529             
2 26 Feb 07 jari 530             QTCCentroidsViewer centroidsViewer = new QTCCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 531             centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 532             centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 533             
2 26 Feb 07 jari 534             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 535             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 536             
2 26 Feb 07 jari 537         }
2 26 Feb 07 jari 538         else{
2 26 Feb 07 jari 539             expCentroidViewer = new QTCExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 540             
2 26 Feb 07 jari 541             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 542             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 543             for (int i=0; i<this.clusters.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 544                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 545                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 546             }
2 26 Feb 07 jari 547             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Experiments", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(this.clusters.length-1, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 548             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Unassigned Experiments", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(this.clusters.length-1, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 549             
2 26 Feb 07 jari 550             QTCExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new QTCExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 551             expCentroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 552             expCentroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 553             
2 26 Feb 07 jari 554             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 555             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 556         }
2 26 Feb 07 jari 557         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 558         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 559     }
2 26 Feb 07 jari 560     
2 26 Feb 07 jari 561     /**
2 26 Feb 07 jari 562      * Adds node with general iformation.
2 26 Feb 07 jari 563      */
2 26 Feb 07 jari 564     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 565         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 566         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Clusters: "+String.valueOf(info.clusters - 1)));
2 26 Feb 07 jari 567         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Diameter: " + String.valueOf(info.diameter)));
2 26 Feb 07 jari 568         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Minimum cluster size: " + String.valueOf(info.minClustSize)));
2 26 Feb 07 jari 569         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Absolute distance: " + String.valueOf(info.useAbsolute)));
2 26 Feb 07 jari 570         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 571         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 572         node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 573         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 574     }
2 26 Feb 07 jari 575     
2 26 Feb 07 jari 576     /***************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 577      * Code to order sample clustering results based on HCL runs.  sampleClusters contain an array
2 26 Feb 07 jari 578      * of sample indices for each experiment cluster.  Note that these indicies are ordered in
2 26 Feb 07 jari 579      * an order which matches HCL input matrix sample order so that HCL results (node-order) can
2 26 Feb 07 jari 580      * be used to order leaf indices to match HCL samples results
2 26 Feb 07 jari 581      */
2 26 Feb 07 jari 582     private int [][] getOrderedIndices(NodeList nodeList, int [][] sampleClusters, boolean calcGeneHCL){
2 26 Feb 07 jari 583         HCLTreeData result;
2 26 Feb 07 jari 584         for(int i = 0; i < sampleClusters.length ; i++){
2 26 Feb 07 jari 585             if(sampleClusters[i].length > 0){
2 26 Feb 07 jari 586                 result = getResult(nodeList.getNode(i), calcGeneHCL ? 4 : 0);  //get sample Result
2 26 Feb 07 jari 587                 sampleClusters[i] = getSampleOrder(result, sampleClusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 588             }
2 26 Feb 07 jari 589         }
2 26 Feb 07 jari 590         return sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 591     }
2 26 Feb 07 jari 592     
2 26 Feb 07 jari 593     private int[] getSampleOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 594         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 595     }
2 26 Feb 07 jari 596     
2 26 Feb 07 jari 597     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 598         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 599         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 600         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 601         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 602     }
2 26 Feb 07 jari 603     
2 26 Feb 07 jari 604     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 605         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 606             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 607         }
2 26 Feb 07 jari 608         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 609             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 610         } else {
2 26 Feb 07 jari 611             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 612             pos++;
2 26 Feb 07 jari 613         }
2 26 Feb 07 jari 614         return pos;
2 26 Feb 07 jari 615     }
2 26 Feb 07 jari 616     
2 26 Feb 07 jari 617     
2 26 Feb 07 jari 618     /****************************************************************************************
2 26 Feb 07 jari 619      * End of Sample Cluster index ordering code
2 26 Feb 07 jari 620      */
2 26 Feb 07 jari 621     
2 26 Feb 07 jari 622     /**
2 26 Feb 07 jari 623      * The class to listen to progress, monitor and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 624      */
2 26 Feb 07 jari 625     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 626         
2 26 Feb 07 jari 627         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 628             
2 26 Feb 07 jari 629         }
2 26 Feb 07 jari 630         
2 26 Feb 07 jari 631         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 632             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 633             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 634                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 635                 cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 636             }
2 26 Feb 07 jari 637         }
2 26 Feb 07 jari 638         
2 26 Feb 07 jari 639         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 640             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 641             cleanUp();
2 26 Feb 07 jari 642         }
2 26 Feb 07 jari 643         
2 26 Feb 07 jari 644         public void cleanUp() {
2 26 Feb 07 jari 645         }
2 26 Feb 07 jari 646     }
2 26 Feb 07 jari 647     
2 26 Feb 07 jari 648     // the general info structure
2 26 Feb 07 jari 649     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 650         public int clusters;
2 26 Feb 07 jari 651         public long time;
2 26 Feb 07 jari 652         public String function;
2 26 Feb 07 jari 653         
2 26 Feb 07 jari 654         public int minClustSize;
2 26 Feb 07 jari 655         public float diameter;
2 26 Feb 07 jari 656         public boolean useAbsolute;
2 26 Feb 07 jari 657         
2 26 Feb 07 jari 658         private boolean hcl;
2 26 Feb 07 jari 659         private int hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 660         private boolean hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 661         private boolean hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 662         
2 26 Feb 07 jari 663         public String getMethodName() {
2 26 Feb 07 jari 664             return hcl ? HCLGUI.GeneralInfo.getMethodName(hcl_method) : "no linkage";
2 26 Feb 07 jari 665         }
2 26 Feb 07 jari 666         
2 26 Feb 07 jari 667     }
2 26 Feb 07 jari 668 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:19 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)