mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RNCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RNCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 public class RNCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 31        
2 26 Feb 07 jari 32     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 37     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * Constructs a <code>KMCCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 42      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public RNCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 45         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 46         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 47         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 48         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     public RNCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 53        super(cv);
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 58      */
2 26 Feb 07 jari 59     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 60         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 61         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 62         return popup;
2 26 Feb 07 jari 63     }
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     /**
2 26 Feb 07 jari 66      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 69         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 70         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 71         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 72         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 73         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 74         
2 26 Feb 07 jari 75         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 76         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 77         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 78         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 79         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 82         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 83         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 84         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 85     } 
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 91         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 92         try {
2 26 Feb 07 jari 93             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 94         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 95             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 96             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 97         }
2 26 Feb 07 jari 98     }
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     /**
2 26 Feb 07 jari 101      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 102      */
2 26 Feb 07 jari 103     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 104         
2 26 Feb 07 jari 105         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 106             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 107             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 108                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 109             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 110                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 111                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 112                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 113                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 114             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 115                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 116                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 117                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 118                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 119             }
2 26 Feb 07 jari 120         }
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 123             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 124             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 125                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 126                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 127             }
2 26 Feb 07 jari 128         }
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 131             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 135             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 136         }
2 26 Feb 07 jari 137         
2 26 Feb 07 jari 138         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 139             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 140                 return;
2 26 Feb 07 jari 141             }
2 26 Feb 07 jari 142             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 143         }
2 26 Feb 07 jari 144     }
2 26 Feb 07 jari 145 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)