mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RNElementSeedInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RNElementSeedInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 27
2 26 Feb 07 jari 28 /**
2 26 Feb 07 jari 29  * A viewer for Relevance Networks seed information.  
2 26 Feb 07 jari 30  * 
2 26 Feb 07 jari 31  */
2 26 Feb 07 jari 32 public class RNElementSeedInfoViewer extends ViewerAdapter {
2 26 Feb 07 jari 33     
2 26 Feb 07 jari 34     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 35     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 36     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 37     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 38     private int [] indices;
2 26 Feb 07 jari 39     /**
2 26 Feb 07 jari 40      * Constructs a <code>RNElementSeedInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 41      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 42      */
2 26 Feb 07 jari 43     public RNElementSeedInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 44         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 45         this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 46         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 47         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     public RNElementSeedInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 50       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 51       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 52       setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 53     }
2 26 Feb 07 jari 54     /**
2 26 Feb 07 jari 55      * Constructs a <code>RNElementSeedInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 56      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 57      */
2 26 Feb 07 jari 58     public RNElementSeedInfoViewer(int[][] clusters,  Experiment experiment, int [] indices, int genes, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 59         this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 60         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 61         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 62         this.clusterGenes = clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 63         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 64         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 71         return content;
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     /**
2 26 Feb 07 jari 75      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 76      */
2 26 Feb 07 jari 77     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 78         return header;
2 26 Feb 07 jari 79     }
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     /**
2 26 Feb 07 jari 82      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 83      */
2 26 Feb 07 jari 84     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 85         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 86         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 87         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 88         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 89         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 90         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Element Seed Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 91         return panel;
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93     
2 26 Feb 07 jari 94     /**
2 26 Feb 07 jari 95      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 96      */
2 26 Feb 07 jari 97     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 98         //JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3*10, 20);
2 26 Feb 07 jari 99         JTextArea area = new JTextArea();
2 26 Feb 07 jari 100         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 101         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 102         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*6*25);
2 26 Feb 07 jari 103         String dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 104         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 105         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 106             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 107                 dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 108                 if(clusters[indices[counter]].length > 1){                    
2 26 Feb 07 jari 109                     dummy += ("Seed Gene Index "+(experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[counter][0])+1));
2 26 Feb 07 jari 110                     dummy += ("\t");
2 26 Feb 07 jari 111                     dummy += ("# of Genes in Cluster: "+clusters[indices[counter]].length);
2 26 Feb 07 jari 112                     dummy += ("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 113                     dummy += ("% of Genes in Cluster: "+Math.round((float)clusters[indices[counter]].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 114                     dummy += ("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 115                     sb.append(dummy);
2 26 Feb 07 jari 116                     stringLength += dummy.length();
2 26 Feb 07 jari 117                 }
2 26 Feb 07 jari 118             }
2 26 Feb 07 jari 119         }
2 26 Feb 07 jari 120         else{
2 26 Feb 07 jari 121             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 122                 dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 123                 if(clusters[indices[counter]].length > 1){
2 26 Feb 07 jari 124                     dummy += ("Seed Experiment Index "+(clusters[counter][0]+1));
2 26 Feb 07 jari 125                     dummy += ("\t");
2 26 Feb 07 jari 126                     dummy += ("# of Experiments in Cluster: "+clusters[indices[counter]].length);
2 26 Feb 07 jari 127                     dummy += ("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 128                     dummy += ("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[indices[counter]].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 129                     dummy += ("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 130                     sb.append(dummy);
2 26 Feb 07 jari 131                     stringLength += dummy.length();
2 26 Feb 07 jari 132                 }
2 26 Feb 07 jari 133             }
2 26 Feb 07 jari 134         }    
2 26 Feb 07 jari 135         
2 26 Feb 07 jari 136         String str = sb.substring(0, stringLength);
2 26 Feb 07 jari 137         area.setText(str);
2 26 Feb 07 jari 138         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 139         return area;
2 26 Feb 07 jari 140     }
2 26 Feb 07 jari 141     
2 26 Feb 07 jari 142     /**
2 26 Feb 07 jari 143      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 144      */
2 26 Feb 07 jari 145     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 146         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 147         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 148         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 149             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 150         } else {
2 26 Feb 07 jari 151             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 156      */
2 26 Feb 07 jari 157     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 158         return null;
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160     
2 26 Feb 07 jari 161 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:22 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)