mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RNGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RNGUI.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:39:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.Progress;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.util.IntSorter;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 public class RNGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 48     private Progress progress;
2 26 Feb 07 jari 49     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 50     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 51     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * Initialize the algorithm's parameters and execute it.
2 26 Feb 07 jari 54      */
2 26 Feb 07 jari 55     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 56         
2 26 Feb 07 jari 57         RelNetInitDialog dlg = new RelNetInitDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 58         if (dlg.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 59             return null;
2 26 Feb 07 jari 60         }
2 26 Feb 07 jari 61         
2 26 Feb 07 jari 62         boolean use_permutation = dlg.usePermutation();
2 26 Feb 07 jari 63         float min_threshold = dlg.getMinThreshold();
2 26 Feb 07 jari 64         float max_threshold = dlg.getMaxThreshold();
2 26 Feb 07 jari 65         boolean use_entropy = dlg.useEntropy();
2 26 Feb 07 jari 66         float entropy = use_entropy ? dlg.getEntropy() : 100f;
2 26 Feb 07 jari 67         boolean clusterGenes = dlg.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 68         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 69         
2 26 Feb 07 jari 70         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 71         try {
2 26 Feb 07 jari 72             this.algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("RN");
2 26 Feb 07 jari 73             this.algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 74             
2 26 Feb 07 jari 75             this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "Calculating Relevance Network", listener);
2 26 Feb 07 jari 76             this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 77             
2 26 Feb 07 jari 78             AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 79             Experiment experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 80             data.addMatrix("experiment", clusterGenes ? experiment.getMatrix() : experiment.getMatrix().transpose());
2 26 Feb 07 jari 81             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 82             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 83             data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(true)); // is always absolute
2 26 Feb 07 jari 84             int function = Algorithm.PEARSON; // is always pearson
2 26 Feb 07 jari 85             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 86             data.addParam("use-permutation", String.valueOf(use_permutation));
2 26 Feb 07 jari 87             data.addParam("min-threshold", String.valueOf(min_threshold));
2 26 Feb 07 jari 88             data.addParam("max-threshold", String.valueOf(max_threshold));
2 26 Feb 07 jari 89             data.addParam("filter-by-entropy", String.valueOf(use_entropy));
2 26 Feb 07 jari 90             data.addParam("top-n-percent", String.valueOf(entropy));
2 26 Feb 07 jari 91             // stub: to test PVM version
2 26 Feb 07 jari 92             data.addParam("threshold", String.valueOf(min_threshold));
2 26 Feb 07 jari 93             
2 26 Feb 07 jari 94             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 95             AlgorithmData result = this.algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 96             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 97             int[][] clusters = convert2int(result.getCluster("cluster"));
2 26 Feb 07 jari 98             float[][] weights = convert2float(result.getCluster("weights"));
2 26 Feb 07 jari 99             this.means = result.getMatrix("means");
2 26 Feb 07 jari 100             this.variances = result.getMatrix("variances");
2 26 Feb 07 jari 101             AlgorithmParameters params = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 102             result = null; //gc
2 26 Feb 07 jari 103             int[] indices = getSortedIndices(clusters);
2 26 Feb 07 jari 104             
2 26 Feb 07 jari 105             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 106             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 107             info.links = params.getInt("links", 0);
2 26 Feb 07 jari 108             info.min_threshold = params.getFloat("min_threshold");
2 26 Feb 07 jari 109             info.max_threshold = max_threshold;
2 26 Feb 07 jari 110             info.entropy = entropy;
2 26 Feb 07 jari 111             info.function = menu.getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 112             info.absolute = true;
2 26 Feb 07 jari 113             return createResultTree(experiment, clusters, weights, indices, info, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 114             
2 26 Feb 07 jari 115         } finally {
2 26 Feb 07 jari 116             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 117                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 118             }
2 26 Feb 07 jari 119             if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 120                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 121             }
2 26 Feb 07 jari 122         }
2 26 Feb 07 jari 123     }
2 26 Feb 07 jari 124     
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     
2 26 Feb 07 jari 127     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129         RelNetInitDialog dlg = new RelNetInitDialog(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 130         if (dlg.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 131             return null;
2 26 Feb 07 jari 132         }
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         boolean use_permutation = dlg.usePermutation();
2 26 Feb 07 jari 135         float min_threshold = dlg.getMinThreshold();
2 26 Feb 07 jari 136         float max_threshold = dlg.getMaxThreshold();
2 26 Feb 07 jari 137         boolean use_entropy = dlg.useEntropy();
2 26 Feb 07 jari 138         float entropy = use_entropy ? dlg.getEntropy() : 100f;
2 26 Feb 07 jari 139         boolean clusterGenes = dlg.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 140         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 141         
2 26 Feb 07 jari 142         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 143         Experiment experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 144         data.addParam("rn-cluster-genes", String.valueOf(clusterGenes));
2 26 Feb 07 jari 145         data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 146         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();
2 26 Feb 07 jari 147         data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(true)); // is always absolute
2 26 Feb 07 jari 148         int function = Algorithm.PEARSON; // is always pearson
2 26 Feb 07 jari 149         data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 150         data.addParam("use-permutation", String.valueOf(use_permutation));
2 26 Feb 07 jari 151         data.addParam("min-threshold", String.valueOf(min_threshold));
2 26 Feb 07 jari 152         data.addParam("max-threshold", String.valueOf(max_threshold));
2 26 Feb 07 jari 153         data.addParam("filter-by-entropy", String.valueOf(use_entropy));
2 26 Feb 07 jari 154         data.addParam("top-n-percent", String.valueOf(entropy));
2 26 Feb 07 jari 155         // stub: to test PVM version
2 26 Feb 07 jari 156         data.addParam("threshold", String.valueOf(min_threshold));
2 26 Feb 07 jari 157         
2 26 Feb 07 jari 158         //script control parameters
2 26 Feb 07 jari 159         
2 26 Feb 07 jari 160         // alg name
2 26 Feb 07 jari 161         data.addParam("name", "RN");
2 26 Feb 07 jari 162
2 26 Feb 07 jari 163         // alg type
2 26 Feb 07 jari 164         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 165             data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 166         else
2 26 Feb 07 jari 167             data.addParam("alg-type", "cluster-experiments");
2 26 Feb 07 jari 168         
2 26 Feb 07 jari 169         // output class
2 26 Feb 07 jari 170         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 171             data.addParam("output-class", "multi-gene-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 172         else
2 26 Feb 07 jari 173             data.addParam("output-class", "multi-experiment-cluster-output");
2 26 Feb 07 jari 174         
2 26 Feb 07 jari 175         //output nodes
2 26 Feb 07 jari 176         String [] outputNodes = new String[1];
2 26 Feb 07 jari 177         outputNodes[0] = "Multi-cluster";
2 26 Feb 07 jari 178         data.addStringArray("output-nodes", outputNodes);
2 26 Feb 07 jari 179         
2 26 Feb 07 jari 180         return data;
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 184                                                              
2 26 Feb 07 jari 185         boolean clusterGenes = algData.getParams().getBoolean("rn-cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 186         System.out.println("cluster genes = "+clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 187         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 188         
2 26 Feb 07 jari 189         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 190  
2 26 Feb 07 jari 191         try {
2 26 Feb 07 jari 192             this.algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("RN");
2 26 Feb 07 jari 193             this.algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 194             
2 26 Feb 07 jari 195             this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "Calculating Relevance Network", listener);
2 26 Feb 07 jari 196             this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 197                         
2 26 Feb 07 jari 198             algData.addMatrix("experiment", clusterGenes ? experiment.getMatrix() : experiment.getMatrix().transpose());            
2 26 Feb 07 jari 199             IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();            
2 26 Feb 07 jari 200             int function = Algorithm.PEARSON; // is always pearson
2 26 Feb 07 jari 201             
2 26 Feb 07 jari 202             
2 26 Feb 07 jari 203             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 204             AlgorithmData result = this.algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 205             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 206             int[][] clusters = convert2int(result.getCluster("cluster"));
2 26 Feb 07 jari 207             float[][] weights = convert2float(result.getCluster("weights"));
2 26 Feb 07 jari 208             this.means = result.getMatrix("means");
2 26 Feb 07 jari 209             this.variances = result.getMatrix("variances");
2 26 Feb 07 jari 210             AlgorithmParameters params = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 211             result = null; //gc
2 26 Feb 07 jari 212             int[] indices = getSortedIndices(clusters);
2 26 Feb 07 jari 213             
2 26 Feb 07 jari 214             System.out.println("cluster length ="+clusters.length);
2 26 Feb 07 jari 215             
2 26 Feb 07 jari 216             AlgorithmParameters algDataParams = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 217             function = algDataParams.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 218             
2 26 Feb 07 jari 219             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 220             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 221             info.links = params.getInt("links", 0);
2 26 Feb 07 jari 222             info.min_threshold = algDataParams.getFloat("min-threshold");
2 26 Feb 07 jari 223             info.max_threshold = algDataParams.getFloat("max-threshold");
2 26 Feb 07 jari 224             info.entropy = algDataParams.getFloat("top-n-percent");
2 26 Feb 07 jari 225             info.function = menu.getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 226             info.absolute = true;
2 26 Feb 07 jari 227             return createResultTree(experiment, clusters, weights, indices, info, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 228             
2 26 Feb 07 jari 229         } finally {
2 26 Feb 07 jari 230             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 231                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 232             }
2 26 Feb 07 jari 233             if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 234                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 235             }
2 26 Feb 07 jari 236         }        
2 26 Feb 07 jari 237     }
2 26 Feb 07 jari 238     
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     
2 26 Feb 07 jari 242     
2 26 Feb 07 jari 243     /**
2 26 Feb 07 jari 244      * Converts a passed cluster into a two dimensional int array.
2 26 Feb 07 jari 245      */
2 26 Feb 07 jari 246     private int[][] convert2int(Cluster cluster) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 247         NodeList nodeList = cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 248         final int nodeListSize = nodeList.getSize();
2 26 Feb 07 jari 249         int[][] result = new int[nodeListSize][];
2 26 Feb 07 jari 250         for (int i=0; i<nodeListSize; i++) {
2 26 Feb 07 jari 251             result[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 252             if (result[i] == null) {
2 26 Feb 07 jari 253                 throw new AlgorithmException("Cluster "+i+" does not contain indices.");
2 26 Feb 07 jari 254             }
2 26 Feb 07 jari 255         }
2 26 Feb 07 jari 256         return result;
2 26 Feb 07 jari 257     }
2 26 Feb 07 jari 258     
2 26 Feb 07 jari 259     private static float[] int2float(int[] ints) {
2 26 Feb 07 jari 260         if (ints == null)
2 26 Feb 07 jari 261             return null;
2 26 Feb 07 jari 262         float[] floats = new float[ints.length];
2 26 Feb 07 jari 263         for (int i=0; i<floats.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 264             floats[i] = Float.intBitsToFloat(ints[i]);
2 26 Feb 07 jari 265         return floats;
2 26 Feb 07 jari 266     }
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     /**
2 26 Feb 07 jari 269      * Converts a passed cluster into a two dimensional float array
2 26 Feb 07 jari 270      */
2 26 Feb 07 jari 271     private float[][] convert2float(Cluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 272         if (cluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 273             return null;
2 26 Feb 07 jari 274         }
2 26 Feb 07 jari 275         NodeList nodeList = cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 276         float[][] result = new float[nodeList.getSize()][];
2 26 Feb 07 jari 277         for (int i=0; i<nodeList.getSize(); i++)
2 26 Feb 07 jari 278             result[i] = int2float(nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes());
2 26 Feb 07 jari 279         return result;
2 26 Feb 07 jari 280     }
2 26 Feb 07 jari 281     
2 26 Feb 07 jari 282     /**
2 26 Feb 07 jari 283      * Sort the order of specified clusters.
2 26 Feb 07 jari 284      * @return array of sorted indices.
2 26 Feb 07 jari 285      */
2 26 Feb 07 jari 286     private int[] getSortedIndices(int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 287         int[] indices = new int[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 288         for (int i = indices.length; --i >= 0;) {
2 26 Feb 07 jari 289             indices[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 290         }
2 26 Feb 07 jari 291         IntSorter.sort(indices, new RelNetComparator(clusters));
2 26 Feb 07 jari 292         
2 26 Feb 07 jari 293         return indices;
2 26 Feb 07 jari 294     }
2 26 Feb 07 jari 295     
2 26 Feb 07 jari 296     /**
2 26 Feb 07 jari 297      * Creates the relnet analysis result tree.
2 26 Feb 07 jari 298      */
2 26 Feb 07 jari 299     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, int[] indices, GeneralInfo info, boolean clusterGenes) {        
2 26 Feb 07 jari 300         DefaultMutableTreeNode root;
2 26 Feb 07 jari 301         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 302             root = new DefaultMutableTreeNode("RelNet - genes");
2 26 Feb 07 jari 303         else
2 26 Feb 07 jari 304             root = new DefaultMutableTreeNode("RelNet - samples");
2 26 Feb 07 jari 305             
2 26 Feb 07 jari 306         addResultNodes(root, experiment, clusters, weights, indices, info, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 307         return root;
2 26 Feb 07 jari 308     }
2 26 Feb 07 jari 309     
2 26 Feb 07 jari 310     /**
2 26 Feb 07 jari 311      * Adds a result nodes.
2 26 Feb 07 jari 312      */
2 26 Feb 07 jari 313     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, int[] indices, GeneralInfo info, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 314         
2 26 Feb 07 jari 315         DefaultMutableTreeNode elementClusterNode = new DefaultMutableTreeNode("Element Seed Clusters");
2 26 Feb 07 jari 316         addExpressionImages(elementClusterNode, experiment, clusters, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 317         addCentroidViews(elementClusterNode, experiment, clusters, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 318         addTableViews(elementClusterNode, experiment, clusters, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 319         addElementClusterInfo(elementClusterNode, experiment, clusters, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 320         
2 26 Feb 07 jari 321         DefaultMutableTreeNode subnetNode = new DefaultMutableTreeNode("Subnets");
2 26 Feb 07 jari 322         addSubnets(subnetNode, experiment, clusters, clusterGenes);  //adds expression images AND graphs
2 26 Feb 07 jari 323         
2 26 Feb 07 jari 324         addRelevanceNetworkViewer(root, experiment, clusters, weights, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 325         root.add(elementClusterNode);
2 26 Feb 07 jari 326         root.add(subnetNode);
2 26 Feb 07 jari 327         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 328     }
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     private void addElementClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] clusters, int [] orderedIndices, boolean clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 331         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 332         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 333             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Clusters (#,%)", new RNElementSeedInfoViewer(clusters, experiment, orderedIndices, experiment.getNumberOfGenes(), true))));
2 26 Feb 07 jari 334         else
2 26 Feb 07 jari 335             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Samples in Clusters (#,%)", new RNElementSeedInfoViewer(clusters, experiment, orderedIndices, experiment.getNumberOfSamples(), false))));
2 26 Feb 07 jari 336         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     private void addSubnetClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] clusters, int orderedIndices [], boolean clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 340         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 341         if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 342             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Subnets (#,%)", new RNSubnetInfoViewer(clusters, orderedIndices, experiment.getNumberOfGenes(), true))));
2 26 Feb 07 jari 343         else
2 26 Feb 07 jari 344             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Samples in Subnets (#,%)", new RNSubnetInfoViewer(clusters, orderedIndices, experiment.getNumberOfSamples(), false))));
2 26 Feb 07 jari 345         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 346     }
2 26 Feb 07 jari 347     
2 26 Feb 07 jari 348     
2 26 Feb 07 jari 349     private void addTableViews(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int[][] clusters, int[] indices, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 350         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 351         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 352         if (clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 353             viewer = new ClusterTableViewer(experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 354         else
2 26 Feb 07 jari 355             viewer = new ExperimentClusterTableViewer(experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 356         //return; //placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 357         //viewer = new RelNetExperimentClusterViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 358         for (int i=0; i<clusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 359             if (clusters[indices[i]].length > 1)
2 26 Feb 07 jari 360                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[i][0])+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", viewer, new Integer(indices[i]))));
2 26 Feb 07 jari 361         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 362     }
2 26 Feb 07 jari 363     
2 26 Feb 07 jari 364     /**
2 26 Feb 07 jari 365      * Adds nodes to display expression images.
2 26 Feb 07 jari 366      */
2 26 Feb 07 jari 367     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int[][] clusters, int[] indices, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 368         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 369         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 370         if (clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 371             viewer = new RelNetExperimentViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 372         else
2 26 Feb 07 jari 373             viewer = new RelNetExperimentClusterViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 374         for (int i=0; i<clusters.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 375             if (clusters[indices[i]].length > 1)
2 26 Feb 07 jari 376                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[i][0])+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", viewer, new Integer(indices[i]))));
2 26 Feb 07 jari 377         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 378     }
2 26 Feb 07 jari 379     
2 26 Feb 07 jari 380     /**
2 26 Feb 07 jari 381      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 382      */
2 26 Feb 07 jari 383     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] clusters, int [] indices, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 384         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 385         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 386         
2 26 Feb 07 jari 387         RNCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 388         ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 389         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 390             centroidViewer = new RNCentroidViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 391             centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 392             centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 393             for (int i=0; i< clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 394                 if (clusters[indices[i]].length > 1){
2 26 Feb 07 jari 395                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[i][0])+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", centroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 396                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(experiment.getGeneIndexMappedToData(clusters[i][0])+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", centroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 397                 }
2 26 Feb 07 jari 398             }
2 26 Feb 07 jari 399             
2 26 Feb 07 jari 400             //    RNCentroidsViewer centroidsViewer = new RNCentroidsViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 401             //    centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 402             //    centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 403             
2 26 Feb 07 jari 404             //    centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 405             //    expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 406             
2 26 Feb 07 jari 407         }
2 26 Feb 07 jari 408         else{
2 26 Feb 07 jari 409             expCentroidViewer = new RNExperimentCentroidViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 410             
2 26 Feb 07 jari 411             expCentroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 412             expCentroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 413             for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 414                 if (clusters[indices[i]].length > 1){
2 26 Feb 07 jari 415                     centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(indices[i]+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 416                     expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Element index "+String.valueOf(indices[i]+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")", expCentroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 417                 }
2 26 Feb 07 jari 418             }
2 26 Feb 07 jari 419             
2 26 Feb 07 jari 420             RNExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new RNExperimentCentroidsViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 421             expCentroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 422             expCentroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 423             
2 26 Feb 07 jari 424             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 425             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 426         }
2 26 Feb 07 jari 427         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 428         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 429     }
2 26 Feb 07 jari 430     
2 26 Feb 07 jari 431     /**
2 26 Feb 07 jari 432      * Adds nodes to display relevance subnets.
2 26 Feb 07 jari 433      */
2 26 Feb 07 jari 434     private void addSubnets(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int[][] clusters, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 435         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 436         RelevanceNetworkLayout layout = new RelevanceNetworkLayout();
2 26 Feb 07 jari 437         int[][] subnets = layout.formRelevanceNetworks(clusters);
2 26 Feb 07 jari 438         int[] indices = getSortedIndices(subnets);
2 26 Feb 07 jari 439         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 440         if (clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 441             viewer = new RelNetExperimentViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 442         else
2 26 Feb 07 jari 443             viewer = new RelNetExperimentClusterViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 444         
2 26 Feb 07 jari 445         for (int i=0; i<subnets.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 446             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1)+" ("+subnets[indices[i]].length+")", viewer, new Integer(indices[i]))));
2 26 Feb 07 jari 447         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 448         addSubnetCentroidViews(root, experiment, subnets, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 449         addSubnetTableViews(root, experiment, subnets, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 450         addSubnetClusterInfo(root, experiment, subnets, indices, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 451     }
2 26 Feb 07 jari 452     
2 26 Feb 07 jari 453     private void addSubnetTableViews(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] subnets, int [] indices, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 454         DefaultMutableTreeNode tabNode = new DefaultMutableTreeNode("Table Views");
2 26 Feb 07 jari 455         IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 456         if (clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 457             viewer = new ClusterTableViewer(experiment, subnets, this.data);
2 26 Feb 07 jari 458         else
2 26 Feb 07 jari 459            // viewer = new ExperimentClusterTableViewer(experiment, subnets, this.data);
2 26 Feb 07 jari 460         return; //placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 461         for (int i=0; i<subnets.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 462             tabNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1)+" ("+subnets[indices[i]].length+")", viewer, new Integer(indices[i]))));
2 26 Feb 07 jari 463         root.add(tabNode);
2 26 Feb 07 jari 464     }
2 26 Feb 07 jari 465     
2 26 Feb 07 jari 466     private void addSubnetCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int [][] subnets, int [] indices, boolean clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 467         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 468         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 469         
2 26 Feb 07 jari 470         RNCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 471         ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 472         FloatMatrix subnetMeans = getMeans(subnets, experiment, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 473         FloatMatrix subnetVars = getVariances(subnetMeans, experiment, subnets, clusterGenes);
2 26 Feb 07 jari 474         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 475             centroidViewer = new RNCentroidViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 476             centroidViewer.setMeans(subnetMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 477             centroidViewer.setVariances(subnetVars.A);
2 26 Feb 07 jari 478             for (int i=0; i< subnets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 479                 
2 26 Feb 07 jari 480                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 481                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 482                 
2 26 Feb 07 jari 483             }
2 26 Feb 07 jari 484             
2 26 Feb 07 jari 485             RNCentroidsViewer centroidsViewer = new RNCentroidsViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 486             centroidsViewer.setMeans(subnetMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 487             centroidsViewer.setVariances(subnetVars.A);
2 26 Feb 07 jari 488             
2 26 Feb 07 jari 489             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 490             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 491             
2 26 Feb 07 jari 492         }
2 26 Feb 07 jari 493         else{
2 26 Feb 07 jari 494             expCentroidViewer = new RNExperimentCentroidViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 495             
2 26 Feb 07 jari 496             expCentroidViewer.setMeans(subnetMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 497             expCentroidViewer.setVariances(subnetVars.A);
2 26 Feb 07 jari 498             for (int i=0; i<subnets.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 499                 
2 26 Feb 07 jari 500                 centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 501                 expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Subnet "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(indices[i], CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 502                 
2 26 Feb 07 jari 503             }
2 26 Feb 07 jari 504             
2 26 Feb 07 jari 505             RNExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new RNExperimentCentroidsViewer(experiment, subnets);
2 26 Feb 07 jari 506             expCentroidsViewer.setMeans(subnetMeans.A);
2 26 Feb 07 jari 507             expCentroidsViewer.setVariances(subnetVars.A);
2 26 Feb 07 jari 508             
2 26 Feb 07 jari 509             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 510             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 511         }
2 26 Feb 07 jari 512         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 513         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 514     }
2 26 Feb 07 jari 515     
2 26 Feb 07 jari 516     
2 26 Feb 07 jari 517     /**
2 26 Feb 07 jari 518      *  Retuns means values for each column within positives and negatives
2 26 Feb 07 jari 519      */
2 26 Feb 07 jari 520     private FloatMatrix getMeans(int [][] subnets, Experiment experiment, boolean classifyGenes){
2 26 Feb 07 jari 521         FloatMatrix expMatrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 522         
2 26 Feb 07 jari 523         if(!classifyGenes)
2 26 Feb 07 jari 524             expMatrix = expMatrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 525         
2 26 Feb 07 jari 526         int numSamples = expMatrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 527         int numGenes = expMatrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 528         
2 26 Feb 07 jari 529         FloatMatrix means = new FloatMatrix(subnets.length, numSamples);
2 26 Feb 07 jari 530         
2 26 Feb 07 jari 531         float value;
2 26 Feb 07 jari 532         float cumVal = 0;
2 26 Feb 07 jari 533         int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 534         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 535         float [] currMeans;
2 26 Feb 07 jari 536         for(int i = 0; i < subnets.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 537             currMeans = new float[numSamples];
2 26 Feb 07 jari 538             for(int j = 0; j < numSamples; j++){
2 26 Feb 07 jari 539                 for(int k = 0; k < subnets[i].length; k++){
2 26 Feb 07 jari 540                     index = subnets[i][k];
2 26 Feb 07 jari 541                     value = expMatrix.get(index, j);
2 26 Feb 07 jari 542                     if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 543                         n++;
2 26 Feb 07 jari 544                         cumVal += value;
2 26 Feb 07 jari 545                     }
2 26 Feb 07 jari 546                 }
2 26 Feb 07 jari 547                 if(n > 0){
2 26 Feb 07 jari 548                     currMeans[j] = cumVal/n;
2 26 Feb 07 jari 549                 } else {
2 26 Feb 07 jari 550                     currMeans[j] = 0;
2 26 Feb 07 jari 551                 }
2 26 Feb 07 jari 552                 n = 0;
2 26 Feb 07 jari 553                 cumVal = 0;
2 26 Feb 07 jari 554             }
2 26 Feb 07 jari 555             means.A[i] = currMeans;
2 26 Feb 07 jari 556         }
2 26 Feb 07 jari 557         return means;
2 26 Feb 07 jari 558     }
2 26 Feb 07 jari 559     
2 26 Feb 07 jari 560     private FloatMatrix getVariances(FloatMatrix means, Experiment experiment, int [][] subnets, boolean clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 561         FloatMatrix expMatrix = experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 562         
2 26 Feb 07 jari 563         if(!clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 564             expMatrix = expMatrix.transpose();
2 26 Feb 07 jari 565         
2 26 Feb 07 jari 566         int numSamples = expMatrix.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 567         int numGenes = expMatrix.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 568         
2 26 Feb 07 jari 569         FloatMatrix vars = new FloatMatrix(subnets.length, numSamples);
2 26 Feb 07 jari 570         
2 26 Feb 07 jari 571         float mean = 0;
2 26 Feb 07 jari 572         float value;
2 26 Feb 07 jari 573         float cumVal = 0;
2 26 Feb 07 jari 574         int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 575         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 576         float [] currVars;
2 26 Feb 07 jari 577         for(int i = 0; i < subnets.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 578             currVars = new float[numSamples];
2 26 Feb 07 jari 579             for(int j = 0; j < numSamples; j++){
2 26 Feb 07 jari 580                 for(int k = 0; k < subnets[i].length; k++){
2 26 Feb 07 jari 581                     index = subnets[i][k];
2 26 Feb 07 jari 582                     value = expMatrix.get(index, j);
2 26 Feb 07 jari 583                     if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 584                         n++;
2 26 Feb 07 jari 585                         cumVal += Math.pow((value-means.get(i,j)), 2.0);
2 26 Feb 07 jari 586                     }
2 26 Feb 07 jari 587                 }
2 26 Feb 07 jari 588                 if(n > 1)
2 26 Feb 07 jari 589                     currVars[j] = (float) Math.sqrt(cumVal/(n-1));
2 26 Feb 07 jari 590                 else
2 26 Feb 07 jari 591                     currVars[j] = 0;
2 26 Feb 07 jari 592                 n = 0;
2 26 Feb 07 jari 593                 cumVal = 0;
2 26 Feb 07 jari 594             }
2 26 Feb 07 jari 595             vars.A[i] = currVars;
2 26 Feb 07 jari 596         }
2 26 Feb 07 jari 597         return vars;
2 26 Feb 07 jari 598     }
2 26 Feb 07 jari 599     
2 26 Feb 07 jari 600     
2 26 Feb 07 jari 601     /**
2 26 Feb 07 jari 602      * Adds the node with a <code>RelevanceNetworkViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 603      */
2 26 Feb 07 jari 604     private void addRelevanceNetworkViewer(DefaultMutableTreeNode root, Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, int[] indices, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 605         root.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Network", new RelevanceNetworkViewer(clusterGenes, experiment, clusters, weights, indices))));
2 26 Feb 07 jari 606     }
2 26 Feb 07 jari 607     
2 26 Feb 07 jari 608     /**
2 26 Feb 07 jari 609      * Adds the node with a general info.
2 26 Feb 07 jari 610      */
2 26 Feb 07 jari 611     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 612         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 613         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Links: "+String.valueOf(info.links)));
2 26 Feb 07 jari 614         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 615         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Min Threshold: "+String.valueOf(info.min_threshold)));
2 26 Feb 07 jari 616         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Max Threshold: "+String.valueOf(info.max_threshold)));
2 26 Feb 07 jari 617         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Highest Entropy Filter: "+String.valueOf(info.entropy)+" %"));
2 26 Feb 07 jari 618         node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 619         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Absolute: "+String.valueOf(info.absolute)));
2 26 Feb 07 jari 620         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 621     }
2 26 Feb 07 jari 622     
2 26 Feb 07 jari 623     
2 26 Feb 07 jari 624     /**
2 26 Feb 07 jari 625      * The class to listen to progress and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 626      */
2 26 Feb 07 jari 627     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 628         
2 26 Feb 07 jari 629         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 630             switch (event.getId()) {
2 26 Feb 07 jari 631                 case AlgorithmEvent.SET_UNITS:
2 26 Feb 07 jari 632                     progress.setUnits(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 633                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 634                     break;
2 26 Feb 07 jari 635                 case AlgorithmEvent.PROGRESS_VALUE:
2 26 Feb 07 jari 636                     progress.setValue(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 637                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 638                     break;
2 26 Feb 07 jari 639             }
2 26 Feb 07 jari 640         }
2 26 Feb 07 jari 641         
2 26 Feb 07 jari 642         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 643             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 644             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 645                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 646                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 647             }
2 26 Feb 07 jari 648         }
2 26 Feb 07 jari 649         
2 26 Feb 07 jari 650         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 651             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 652             progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 653         }
2 26 Feb 07 jari 654     }
2 26 Feb 07 jari 655     
2 26 Feb 07 jari 656     /**
2 26 Feb 07 jari 657      * The general info structure.
2 26 Feb 07 jari 658      */
2 26 Feb 07 jari 659     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 660         private long time;
2 26 Feb 07 jari 661         private int links;
2 26 Feb 07 jari 662         private float min_threshold;
2 26 Feb 07 jari 663         private float max_threshold;
2 26 Feb 07 jari 664         private float entropy;
2 26 Feb 07 jari 665         private String function;
2 26 Feb 07 jari 666         private boolean absolute;
2 26 Feb 07 jari 667     }
2 26 Feb 07 jari 668 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)