mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RNSubnetInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RNSubnetInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:24 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class RNSubnetInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28     public static final long serialVersionUID = 202014070001L;
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 31     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 32     private boolean clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 33     private int [] orderedIndices;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /**
2 26 Feb 07 jari 36      * Constructs a <code>RNSubnetInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 37      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 38      */
2 26 Feb 07 jari 39     public RNSubnetInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 40         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 41         this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 42         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 43         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 44     }
2 26 Feb 07 jari 45     public RNSubnetInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 46       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 47         this.clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 48       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 49         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     /**
2 26 Feb 07 jari 53      * Constructs a <code>RNSubnetInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 54      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     public RNSubnetInfoViewer(int[][] clusters, int [] orderedIndices, int genes, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 57         this.orderedIndices = orderedIndices;
2 26 Feb 07 jari 58         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 59         this.clusterGenes = clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 60         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 61         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 62     }
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     /**
2 26 Feb 07 jari 65      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 66      */
2 26 Feb 07 jari 67     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 68         return content;
2 26 Feb 07 jari 69     }
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 75         return header;
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     /**
2 26 Feb 07 jari 79      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 82         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 83         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 84         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 85         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 86         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 87         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Subnet Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 88         return panel;
2 26 Feb 07 jari 89     }
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 93      */
2 26 Feb 07 jari 94     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 95         JTextArea area = new JTextArea();
2 26 Feb 07 jari 96         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 97         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 98         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*6*25);
2 26 Feb 07 jari 99         int stringLength = 0;
2 26 Feb 07 jari 100         String dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 101         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 102             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 103                 dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 104                 if(clusters[orderedIndices[counter]].length > 1){
2 26 Feb 07 jari 105                     dummy += ("Subnet "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 106                     dummy += ("\t");
2 26 Feb 07 jari 107                     dummy += ("# of Genes in Subnet: "+clusters[orderedIndices[counter]].length);
2 26 Feb 07 jari 108                     dummy += ("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 109                     dummy += ("% of Genes in Subnet: "+Math.round((float)clusters[orderedIndices[counter]].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 110                     dummy += ("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 111                     sb.append(dummy);
2 26 Feb 07 jari 112                     stringLength += dummy.length();
2 26 Feb 07 jari 113                 }
2 26 Feb 07 jari 114             }
2 26 Feb 07 jari 115         }
2 26 Feb 07 jari 116         else{
2 26 Feb 07 jari 117             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 118                 dummy = "";
2 26 Feb 07 jari 119                 if(clusters[orderedIndices[counter]].length > 1){
2 26 Feb 07 jari 120                     dummy += ("Subnet "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 121                     dummy += ("\t");
2 26 Feb 07 jari 122                     dummy += ("# of Experiments in Subnet: "+clusters[orderedIndices[counter]].length);
2 26 Feb 07 jari 123                     dummy += ("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 124                     dummy += ("% of Experiments in Subnet: "+Math.round((float)clusters[orderedIndices[counter]].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 125                     dummy += ("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 126                                         sb.append(dummy);
2 26 Feb 07 jari 127                     stringLength += dummy.length();
2 26 Feb 07 jari 128                 }
2 26 Feb 07 jari 129             }
2 26 Feb 07 jari 130         }
2 26 Feb 07 jari 131         String str = sb.substring(0, stringLength);
2 26 Feb 07 jari 132         area.setText(str);
2 26 Feb 07 jari 133         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 134         return area;
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     /**
2 26 Feb 07 jari 138      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 139      */
2 26 Feb 07 jari 140     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 141         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 142         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 143         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 144             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 145         } else {
2 26 Feb 07 jari 146             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 147         }
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 151      */
2 26 Feb 07 jari 152     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 153         return null;
2 26 Feb 07 jari 154     }
2 26 Feb 07 jari 155     
2 26 Feb 07 jari 156 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)