mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RelNetExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RelNetExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:02:32 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 public class RelNetExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_COLOR_CMD = "set-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     private static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 37     private static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 38     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     /**
2 26 Feb 07 jari 43      * Constructs a <code>RelNetExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 44      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public RelNetExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 47         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 48         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 49         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 50         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 51         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * State-saving constructor
2 26 Feb 07 jari 55      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 56      * @param genesOrder
2 26 Feb 07 jari 57      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 58      * @param offset
2 26 Feb 07 jari 59      * @param header
2 26 Feb 07 jari 60      * @param hasCentroid
2 26 Feb 07 jari 61      * @param centroids
2 26 Feb 07 jari 62      * @param elementSize
2 26 Feb 07 jari 63      * @param labelIndex
2 26 Feb 07 jari 64      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 65      */
2 26 Feb 07 jari 66     public RelNetExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 67         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 68       super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 69         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 70         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 71         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 72         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 79         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 80         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 81         return popup;
2 26 Feb 07 jari 82     }
2 26 Feb 07 jari 83
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 86      */
2 26 Feb 07 jari 87     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 88         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90         menuItem = new JMenuItem("Set public cluster...", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 91         menuItem.setActionCommand(SET_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 92         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 93         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95         menuItem = new JMenuItem("Delete public cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 96         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 97         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 98         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 99
2 26 Feb 07 jari 100         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 101         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 102         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 103         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 104
2 26 Feb 07 jari 105         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 106         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 107         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 108         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 109     }
2 26 Feb 07 jari 110
2 26 Feb 07 jari 111     /**
2 26 Feb 07 jari 112      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 113      */
2 26 Feb 07 jari 114     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 115         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 116         try {
2 26 Feb 07 jari 117             saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 118         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 119             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 120             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 128         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 129         try {
2 26 Feb 07 jari 130             saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 131         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 132             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 133             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 134         }
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137     /**
2 26 Feb 07 jari 138      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 139      */
2 26 Feb 07 jari 140     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 141         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 142         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 143         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 144             setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147
2 26 Feb 07 jari 148     /**
2 26 Feb 07 jari 149      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 150      */
2 26 Feb 07 jari 151     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 152         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154
2 26 Feb 07 jari 155     /**
2 26 Feb 07 jari 156      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 157      */
2 26 Feb 07 jari 158     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 159
2 26 Feb 07 jari 160         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 161             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 162             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 163                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 164             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 165                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 166             } else if (command.equals(SET_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 167                 onSetColor();
2 26 Feb 07 jari 168             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 169                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 170             }
2 26 Feb 07 jari 171         }
2 26 Feb 07 jari 172
2 26 Feb 07 jari 173         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 174             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 175         }
2 26 Feb 07 jari 176
2 26 Feb 07 jari 177         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 178             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 179         }
2 26 Feb 07 jari 180
2 26 Feb 07 jari 181         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 182
2 26 Feb 07 jari 183             if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 184                 return;
2 26 Feb 07 jari 185             }
2 26 Feb 07 jari 186             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 187         }
2 26 Feb 07 jari 188     }
2 26 Feb 07 jari 189 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)