mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RelNetExperimentViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RelNetExperimentViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 public class RelNetExperimentViewer extends ExperimentViewer {
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_COLOR_CMD = "set-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     private static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 37     private static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 38     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42     /**
2 26 Feb 07 jari 43      * Constructs a <code>RelNetExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 44      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public RelNetExperimentViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 47         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 48         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 49         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 50         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 51         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * This constructor is used to re-create an ExperimentViewer from information
2 26 Feb 07 jari 55      * stored in a saved analysis file by XMLEncoder.  
2 26 Feb 07 jari 56      * 
2 26 Feb 07 jari 57      * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 58      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 59      * @param samplesOrder
2 26 Feb 07 jari 60      * @param drawAnnotations
2 26 Feb 07 jari 61      * @param header
2 26 Feb 07 jari 62      * @param insets
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     public RelNetExperimentViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] samplesOrder, boolean drawAnnotations, ExperimentHeader header, Insets insets) {
2 26 Feb 07 jari 65       super(e, clusters, samplesOrder, drawAnnotations, header, insets);
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     
2 26 Feb 07 jari 68     /**
2 26 Feb 07 jari 69      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 70      */
2 26 Feb 07 jari 71     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 72         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 73         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 74         return popup;
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76
2 26 Feb 07 jari 77     /**
2 26 Feb 07 jari 78      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 79      */
2 26 Feb 07 jari 80     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 81         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 82
2 26 Feb 07 jari 83         menuItem = new JMenuItem("Set public cluster...", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 84         menuItem.setActionCommand(SET_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 85         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 86         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88         menuItem = new JMenuItem("Delete public cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 89         menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 90         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 91         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 94         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 95         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 96         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 97
2 26 Feb 07 jari 98         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 99         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 100         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 101         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103
2 26 Feb 07 jari 104     /**
2 26 Feb 07 jari 105      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 106      */
2 26 Feb 07 jari 107     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 108         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 109         try {
2 26 Feb 07 jari 110             saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 111         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 112             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 113             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 114         }
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117     /**
2 26 Feb 07 jari 118      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 119      */
2 26 Feb 07 jari 120     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 121         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 122         try {
2 26 Feb 07 jari 123             saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 124         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 125             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 126             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 127         }
2 26 Feb 07 jari 128     }
2 26 Feb 07 jari 129
2 26 Feb 07 jari 130     /**
2 26 Feb 07 jari 131      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 132      */
2 26 Feb 07 jari 133     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 134         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 135         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 136         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 137             setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 138         }
2 26 Feb 07 jari 139     }
2 26 Feb 07 jari 140
2 26 Feb 07 jari 141     /**
2 26 Feb 07 jari 142      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 143      */
2 26 Feb 07 jari 144     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 145         setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147
2 26 Feb 07 jari 148     /**
2 26 Feb 07 jari 149      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 150      */
2 26 Feb 07 jari 151     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 154             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 155             if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 156                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 157             } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 158                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 159             } else if (command.equals(SET_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 160                 onSetColor();
2 26 Feb 07 jari 161             } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 162                 onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 163             }
2 26 Feb 07 jari 164         }
2 26 Feb 07 jari 165
2 26 Feb 07 jari 166         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 167           maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 168       }
2 26 Feb 07 jari 169   
2 26 Feb 07 jari 170       public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 171           maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 172       }
2 26 Feb 07 jari 173   
2 26 Feb 07 jari 174       private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 175       
2 26 Feb 07 jari 176           if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 177             return;
2 26 Feb 07 jari 178           }
2 26 Feb 07 jari 179           popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 180       }
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)