mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/rn/RelevanceNetworkViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: RelevanceNetworkViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.11 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.rn;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.GradientPaint;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.Point;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.Rectangle;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 31 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 32 import java.awt.event.MouseMotionListener;
2 26 Feb 07 jari 33 import java.awt.geom.Rectangle2D;
2 26 Feb 07 jari 34 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 35 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 36 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 37 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 38 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 39 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 40 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 41
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 51 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 52 import javax.swing.JToolTip;
2 26 Feb 07 jari 53 import javax.swing.JViewport;
2 26 Feb 07 jari 54 import javax.swing.JWindow;
2 26 Feb 07 jari 55 import javax.swing.Scrollable;
2 26 Feb 07 jari 56 import javax.swing.SwingConstants;
2 26 Feb 07 jari 57 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 58
2 26 Feb 07 jari 59 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 60 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 61 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 62 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 63 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 64 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 65 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 public class RelevanceNetworkViewer extends JPanel implements IViewer, Scrollable {
2 26 Feb 07 jari 68
2 26 Feb 07 jari 69     private static final String ZOOM_IN_CMD = "zoom-in-cmd";
2 26 Feb 07 jari 70     private static final String ZOOM_OUT_CMD = "zoom-out-cmd";
2 26 Feb 07 jari 71     private static final String SHOW_ALL_CMD = "show-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 72     private static final String SELECT_BY_DEGREE_CMD = "select-by-degree-cmd";
2 26 Feb 07 jari 73     private static final String SELECT_BY_GENE_ID_CMD = "select-by-gene-id-cmd";
2 26 Feb 07 jari 74     private static final String LINKS_COLOR_CMD     = "links-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 75     private static final String LINKS_THRESHOLD_CMD = "links-threshold-cmd";
2 26 Feb 07 jari 76     private static final String DESELECT_CMD = "deselect-cmd";
2 26 Feb 07 jari 77     private static final String SET_PUBLIC_CLUSTER_CMD = "set-public-cluster";
2 26 Feb 07 jari 78     private static final String RANDOM_LAYOUT_CMD = "random-layout-cmd";
2 26 Feb 07 jari 79     private static final String CIRCULAR_LAYOUT_CMD = "circular-layout-cmd";
2 26 Feb 07 jari 80     private static final String DEBUG_LAYOUT_CMD = "debug-layout-cmd";
2 26 Feb 07 jari 81     private static final String SET_LABEL_COLOR_CMD = "set-label-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 82     private static final String SET_SELECTION_COLOR_CMD = "set-selection-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 83     private static final String SET_BACKGROUND_COLOR_CMD = "set-background-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 84     private static final String SHAPE_RECT_CMD = "shape-rect-cmd";
2 26 Feb 07 jari 85     private static final String SHAPE_OVAL_CMD = "shape-oval-cmd";
2 26 Feb 07 jari 86     private static final String FIND_CLUSTER_CMD = "find-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 87
2 26 Feb 07 jari 88     private static final int SHAPE_RECT = 0;
2 26 Feb 07 jari 89     private static final int SHAPE_OVAL = 1;
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91     private static final int MAX_CONTENT_SIZE = Integer.MAX_VALUE-1;
2 26 Feb 07 jari 92     private static final float ZOOM_COEFFICIENT = 2.0f;
2 26 Feb 07 jari 93     private Rectangle prevZoomRect = new Rectangle();
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 96     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 97     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 98     private boolean isGenes;
2 26 Feb 07 jari 99     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 100     private float[][] weights;
2 26 Feb 07 jari 101     private int[] indices;
2 26 Feb 07 jari 102     private float[][] coords; // x, y coordinaties
2 26 Feb 07 jari 103     private boolean[] selected; 
2 26 Feb 07 jari 104     private boolean[] draw; // used to prevent multiple drawing of a same spot
2 26 Feb 07 jari 105     private float links_threshold = 0f;
2 26 Feb 07 jari 106     private boolean isLinksColor = true; // use colors for the links?
2 26 Feb 07 jari 107     private static final int COLORS_DEEP = 100; // number of links palette colors
2 26 Feb 07 jari 108     private Color[] LINKS_PALETTE = createPalette(Color.blue, Color.red, COLORS_DEEP);
2 26 Feb 07 jari 109     private float weight_min = 0f;
2 26 Feb 07 jari 110     private float weight_scale; // scale to select color from the links palette
2 26 Feb 07 jari 111
2 26 Feb 07 jari 112     private Color selectionColor = Color.green;
2 26 Feb 07 jari 113     private Color labelColor = Color.black;
2 26 Feb 07 jari 114     private Insets insets = new Insets(10, 10, 10, 10);
2 26 Feb 07 jari 115     private boolean isDrawBorders;
2 26 Feb 07 jari 116     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 117     private Dimension elementSize = new Dimension(20, 5);
2 26 Feb 07 jari 118     private int labelIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 119     private String status;
2 26 Feb 07 jari 120     private int shape_type = SHAPE_RECT;
2 26 Feb 07 jari 121     private int exptID;
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123     private int subnetIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 126     private JWindow tipWindow;
2 26 Feb 07 jari 127
2 26 Feb 07 jari 128     /**
2 26 Feb 07 jari 129      * Constructs a <code>RelevanceNetworkViewer</code> for specified experiment,
2 26 Feb 07 jari 130      * clusters, weights and sorted indices.
2 26 Feb 07 jari 131      */
2 26 Feb 07 jari 132     public RelevanceNetworkViewer(boolean isGenes, Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 133         setLayout(null);
2 26 Feb 07 jari 134         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 135         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, this.elementSize.height));
2 26 Feb 07 jari 136         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 137         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 138         this.tipWindow = createTipWindow();
2 26 Feb 07 jari 139         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 140         getContentComponent().addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 141
2 26 Feb 07 jari 142         this.isGenes = isGenes;
2 26 Feb 07 jari 143         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 144         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 145         this.weights = weights;
2 26 Feb 07 jari 146         this.weight_min = getWeightsMinValue(weights);
2 26 Feb 07 jari 147         this.weight_scale = COLORS_DEEP/(getWeightsMaxValue(weights)-this.weight_min);
2 26 Feb 07 jari 148         this.indices = indices;
2 26 Feb 07 jari 149         RelevanceNetworkLayout layout = new RelevanceNetworkLayout();
2 26 Feb 07 jari 150         this.coords = layout.doLayout(clusters, weights, RelevanceNetworkLayout.CIRCULAR_LAYOUT);
2 26 Feb 07 jari 151         this.selected = createSelected(clusters);
2 26 Feb 07 jari 152         this.draw = new boolean[clusters.length];
2 26 Feb 07 jari 153         setPreferredSize(new Dimension(300, 300));
2 26 Feb 07 jari 154         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 157       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 158           new Object[]{new Boolean(this.isGenes), this.experiment, this.clusters, this.weights, this.indices});
2 26 Feb 07 jari 159     }
2 26 Feb 07 jari 160     public Color[] createPalette(Color color1, Color color2, int deep) {
2 26 Feb 07 jari 161         //BufferedImage image = new BufferedImage(deep, 1, BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 162         //BufferedImage image = (BufferedImage)this.createImage(deep, 1);
2 26 Feb 07 jari 163         BufferedImage image = (BufferedImage)java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment().getDefaultScreenDevice().getDefaultConfiguration().createCompatibleImage(deep,1);        
2 26 Feb 07 jari 164         
2 26 Feb 07 jari 165         Graphics2D graphics = image.createGraphics();
2 26 Feb 07 jari 166         GradientPaint gp = new GradientPaint(0, 0, color1, deep-1, 0, color2);
2 26 Feb 07 jari 167         graphics.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 168         graphics.drawRect(0, 0, deep-1, 1);
2 26 Feb 07 jari 169         Color[] colors = new Color[deep];
2 26 Feb 07 jari 170         for (int i=0; i<deep; i++)
2 26 Feb 07 jari 171             colors[i] = new Color(image.getRGB(i, 0));
2 26 Feb 07 jari 172         return colors;
2 26 Feb 07 jari 173     }
2 26 Feb 07 jari 174
2 26 Feb 07 jari 175     public static float getWeightsMinValue(float[][] array) {
2 26 Feb 07 jari 176         if (array == null || array.length == 0)
2 26 Feb 07 jari 177             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 178         float min = Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 179         for (int i=0; i<array.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 180             for (int j=1; j<array[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 181                 min = Math.min(min, array[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 182         return min;
2 26 Feb 07 jari 183     }
2 26 Feb 07 jari 184
2 26 Feb 07 jari 185     public static float getWeightsMaxValue(float[][] array) {
2 26 Feb 07 jari 186         if (array == null || array.length == 0)
2 26 Feb 07 jari 187             return Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 188         float max = -Float.MAX_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 189         for (int i=0; i<array.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 190             for (int j=1; j<array[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 191                 max = Math.max(max, array[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 192         return max;
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194
2 26 Feb 07 jari 195
2 26 Feb 07 jari 196     /**
2 26 Feb 07 jari 197      * Prepares an array of false values.
2 26 Feb 07 jari 198      */
2 26 Feb 07 jari 199     private boolean[] createSelected(int[][] cluster) {
2 26 Feb 07 jari 200         boolean[] selected = new boolean[cluster.length];
2 26 Feb 07 jari 201         clearSelected(selected);
2 26 Feb 07 jari 202         return selected;
2 26 Feb 07 jari 203     }
2 26 Feb 07 jari 204
2 26 Feb 07 jari 205     /**
2 26 Feb 07 jari 206      * Fills in an array with false values.
2 26 Feb 07 jari 207      */
2 26 Feb 07 jari 208     private void clearSelected(boolean[] selected) {
2 26 Feb 07 jari 209         Arrays.fill(selected, false);
2 26 Feb 07 jari 210     }
2 26 Feb 07 jari 211
2 26 Feb 07 jari 212     /**
2 26 Feb 07 jari 213      * Overriden to have a focus.  (deprecated as of 1.4, use isFocusable())
2 26 Feb 07 jari 214      */
2 26 Feb 07 jari 215 /*    public boolean isFocusTraversable() {
2 26 Feb 07 jari 216         return true;
2 26 Feb 07 jari 217     }
2 26 Feb 07 jari 218 */
2 26 Feb 07 jari 219      /**
2 26 Feb 07 jari 220      * Overriden to have a focus.  (deprecated as of 1.4, use isFocusable())
2 26 Feb 07 jari 221      */
2 26 Feb 07 jari 222     public boolean isFocusable() {
2 26 Feb 07 jari 223         return true;
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225     
2 26 Feb 07 jari 226     /**
2 26 Feb 07 jari 227      * Paints relevance network into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 228      */
2 26 Feb 07 jari 229     public void paint(Graphics g1D) {
2 26 Feb 07 jari 230         super.paint(g1D);
2 26 Feb 07 jari 231         Graphics2D g = (Graphics2D)g1D;
2 26 Feb 07 jari 232         if (this.isAntiAliasing) {//Anti-aliasing is on
2 26 Feb 07 jari 233             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 234             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 235         }
2 26 Feb 07 jari 236         Rectangle bounds = g.getClipBounds();
2 26 Feb 07 jari 237         float scale = getScale();
2 26 Feb 07 jari 238         drawLines(g, bounds, scale);
2 26 Feb 07 jari 239         drawLabels(g, bounds, scale);
2 26 Feb 07 jari 240         drawShapes(g, bounds, scale);
2 26 Feb 07 jari 241     }
2 26 Feb 07 jari 242
2 26 Feb 07 jari 243     /**
2 26 Feb 07 jari 244      * Calculates the viewer scale.
2 26 Feb 07 jari 245      */
2 26 Feb 07 jari 246     private final float getScale() {
2 26 Feb 07 jari 247         return Math.min(getPreferredSize().width-insets.left-insets.right, getPreferredSize().height-insets.top-insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 248     }
2 26 Feb 07 jari 249
2 26 Feb 07 jari 250     /**
2 26 Feb 07 jari 251      * Checkes if a rectangle intersects with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 252      */
2 26 Feb 07 jari 253     private final boolean isRectIntersects(Rectangle rect, int x1, int y1, int x2, int y2) {
2 26 Feb 07 jari 254         if (x1 < rect.x && x2 < rect.x) {
2 26 Feb 07 jari 255             return false;
2 26 Feb 07 jari 256         }
2 26 Feb 07 jari 257         if (x1 > rect.x+rect.width && x2 > rect.x+rect.width) {
2 26 Feb 07 jari 258             return false;
2 26 Feb 07 jari 259         }
2 26 Feb 07 jari 260         if (y1 < rect.y && y2 < rect.y) {
2 26 Feb 07 jari 261             return false;
2 26 Feb 07 jari 262         }
2 26 Feb 07 jari 263         if (y1 > rect.y+rect.height && y2 > rect.y+rect.height) {
2 26 Feb 07 jari 264             return false;
2 26 Feb 07 jari 265         }
2 26 Feb 07 jari 266         return true;
2 26 Feb 07 jari 267     }
2 26 Feb 07 jari 268
2 26 Feb 07 jari 269     /**
2 26 Feb 07 jari 270      * Checkes if (p1, p2) line intersects with vertical (x, y1, y2) one.
2 26 Feb 07 jari 271      * @return point the intersection coordinate.
2 26 Feb 07 jari 272      */
2 26 Feb 07 jari 273     private final boolean isIntersectVerticalLine(Point p1, Point p2, int x, int y1, int y2, Point point) {
2 26 Feb 07 jari 274         if ((p1.x < x && p2.x < x) || ((p1.x > x && p2.x > x))) {
2 26 Feb 07 jari 275             return false;
2 26 Feb 07 jari 276         }
2 26 Feb 07 jari 277         float tan = (float)(p2.y - p1.y)/(float)(p2.x - p1.x);
2 26 Feb 07 jari 278         float delta = tan*(float)(x - p1.x);
2 26 Feb 07 jari 279         float y = p1.y + delta;
2 26 Feb 07 jari 280         point.y = p1.y + Math.round(delta);
2 26 Feb 07 jari 281         point.x = x;
2 26 Feb 07 jari 282         return y > Math.min(y1, y2) && y < Math.max(y1, y2);
2 26 Feb 07 jari 283     }
2 26 Feb 07 jari 284
2 26 Feb 07 jari 285     /**
2 26 Feb 07 jari 286      * Checkes if (p1, p2) line intersects with horizontal (y, x1, x2) one.
2 26 Feb 07 jari 287      * @return point the intersection coordinate.
2 26 Feb 07 jari 288      */
2 26 Feb 07 jari 289     private final boolean isIntersectHorizontalLine(Point p1, Point p2, int y, int x1, int x2, Point point) {
2 26 Feb 07 jari 290         if ((p1.y < y && p2.y < y) || ((p1.y > y && p2.y > y))) {
2 26 Feb 07 jari 291             return false;
2 26 Feb 07 jari 292         }
2 26 Feb 07 jari 293         float tan = (float)(p2.y - p1.y)/(float)(p2.x - p1.x);
2 26 Feb 07 jari 294         float delta = (float)(y - p1.y)/tan;
2 26 Feb 07 jari 295         float x = p1.x + delta;
2 26 Feb 07 jari 296         point.x = p1.x + Math.round(delta);
2 26 Feb 07 jari 297         point.y = y;
2 26 Feb 07 jari 298         return x > Math.min(x1, x2) && x < Math.max(x1, x2);
2 26 Feb 07 jari 299     }
2 26 Feb 07 jari 300
2 26 Feb 07 jari 301     /**
2 26 Feb 07 jari 302      * Checkes if points p1 or p2 are an internal point of a rect.
2 26 Feb 07 jari 303      * @return n the coordinaties of an internal point.
2 26 Feb 07 jari 304      */
2 26 Feb 07 jari 305     private final boolean isInternalPoint(Rectangle rect, Point p1, Point p2, Point n) {
2 26 Feb 07 jari 306         boolean p1b = rect.contains(p1);
2 26 Feb 07 jari 307         boolean p2b = rect.contains(p2);
2 26 Feb 07 jari 308         if (p1b) {
2 26 Feb 07 jari 309             n.setLocation(p1);
2 26 Feb 07 jari 310             return true;
2 26 Feb 07 jari 311         }
2 26 Feb 07 jari 312         if (p2b) {
2 26 Feb 07 jari 313             n.setLocation(p2);
2 26 Feb 07 jari 314             return true;
2 26 Feb 07 jari 315         }
2 26 Feb 07 jari 316         return false;
2 26 Feb 07 jari 317     }
2 26 Feb 07 jari 318
2 26 Feb 07 jari 319     /**
2 26 Feb 07 jari 320      * Checkes if (p1, p2) line intersects rect.
2 26 Feb 07 jari 321      * @return n1, n2 points which is intersection of the line and the rect.
2 26 Feb 07 jari 322      */
2 26 Feb 07 jari 323     private final boolean isLineIntersects(Rectangle rect, Point p1, Point p2, Point n1, Point n2) {
2 26 Feb 07 jari 324         n1.setLocation(p1);
2 26 Feb 07 jari 325         n2.setLocation(p2);
2 26 Feb 07 jari 326         if (rect.contains(p1) && rect.contains(p2)) {
2 26 Feb 07 jari 327             return true;
2 26 Feb 07 jari 328         }
2 26 Feb 07 jari 329         if (p1.x < rect.x && p2.x < rect.x) {
2 26 Feb 07 jari 330             return false;
2 26 Feb 07 jari 331         }
2 26 Feb 07 jari 332         if (p1.y < rect.y && p2.y < rect.y) {
2 26 Feb 07 jari 333             return false;
2 26 Feb 07 jari 334         }
2 26 Feb 07 jari 335         if (p1.x > rect.x+rect.width && p2.x > rect.x+rect.width) {
2 26 Feb 07 jari 336             return false;
2 26 Feb 07 jari 337         }
2 26 Feb 07 jari 338         if (p1.y > rect.y+rect.height && p2.y > rect.y+rect.height) {
2 26 Feb 07 jari 339             return false;
2 26 Feb 07 jari 340         }
2 26 Feb 07 jari 341         if (p1.x == p2.x) {
2 26 Feb 07 jari 342             // vertical line
2 26 Feb 07 jari 343             if (p1.y < rect.y) {
2 26 Feb 07 jari 344                 n1.y = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 345             } else if (p1.y > rect.y+rect.height) {
2 26 Feb 07 jari 346                 n1.y = rect.y+rect.height;
2 26 Feb 07 jari 347             }
2 26 Feb 07 jari 348             if (p2.y < rect.y) {
2 26 Feb 07 jari 349                 n2.y = rect.y;
2 26 Feb 07 jari 350             } else if (p2.y > rect.y+rect.height) {
2 26 Feb 07 jari 351                 n2.y = rect.y+rect.height;
2 26 Feb 07 jari 352             }
2 26 Feb 07 jari 353             return true;
2 26 Feb 07 jari 354         }
2 26 Feb 07 jari 355         if (p1.y == p2.y) {
2 26 Feb 07 jari 356             // horizontal line
2 26 Feb 07 jari 357             if (p1.x < rect.x) {
2 26 Feb 07 jari 358                 n1.x = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 359             } else if (p1.x > rect.x+rect.width) {
2 26 Feb 07 jari 360                 n1.x = rect.x+rect.width;
2 26 Feb 07 jari 361             }
2 26 Feb 07 jari 362             if (p2.x < rect.x) {
2 26 Feb 07 jari 363                 n2.x = rect.x;
2 26 Feb 07 jari 364             } else if (p2.x > rect.x+rect.width) {
2 26 Feb 07 jari 365                 n2.x = rect.x+rect.width;
2 26 Feb 07 jari 366             }
2 26 Feb 07 jari 367             return true;
2 26 Feb 07 jari 368         }
2 26 Feb 07 jari 369         if (isIntersectVerticalLine(p1, p2, rect.x, rect.y, rect.y+rect.height, n1)) {
2 26 Feb 07 jari 370             if (isIntersectVerticalLine(p1, p2, rect.x+rect.width, rect.y, rect.y+rect.height, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 371             } else if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y, rect.x, rect.x+rect.width, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 372             } else if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y+rect.height, rect.x, rect.x+rect.width, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 373             } else if (isInternalPoint(rect, p1, p2, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 374             } else {
2 26 Feb 07 jari 375                 return false;
2 26 Feb 07 jari 376             }
2 26 Feb 07 jari 377             return true;
2 26 Feb 07 jari 378         } else if (isIntersectVerticalLine(p1, p2, rect.x+rect.width, rect.y, rect.y+rect.height, n1)) {
2 26 Feb 07 jari 379             if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y+rect.height, rect.x, rect.x+rect.width, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 380             } else if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y, rect.x, rect.x+rect.width, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 381             } else if (isInternalPoint(rect, p1, p2, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 382             } else {
2 26 Feb 07 jari 383                 return false;
2 26 Feb 07 jari 384             }
2 26 Feb 07 jari 385             return true;
2 26 Feb 07 jari 386         } else if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y, rect.x, rect.x+rect.width, n1)) {
2 26 Feb 07 jari 387             if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y+rect.height, rect.x, rect.x+rect.width, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 388             } else if (isInternalPoint(rect, p1, p2, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 389             } else {
2 26 Feb 07 jari 390                 return false;
2 26 Feb 07 jari 391             }
2 26 Feb 07 jari 392             return true;
2 26 Feb 07 jari 393         } else if (isIntersectHorizontalLine(p1, p2, rect.y+rect.height, rect.x, rect.x+rect.width, n1)) {
2 26 Feb 07 jari 394             if (isInternalPoint(rect, p1, p2, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 395             } else {
2 26 Feb 07 jari 396                 return false;
2 26 Feb 07 jari 397             }
2 26 Feb 07 jari 398             return true;
2 26 Feb 07 jari 399         }
2 26 Feb 07 jari 400         return false;
2 26 Feb 07 jari 401     }
2 26 Feb 07 jari 402
2 26 Feb 07 jari 403     /**
2 26 Feb 07 jari 404      * Draws a network links with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 405      */
2 26 Feb 07 jari 406     private final void drawLines(Graphics2D g, Rectangle bounds, float scale) {
2 26 Feb 07 jari 407         float x1, y1, x2, y2;
2 26 Feb 07 jari 408         Point p1 = new Point();
2 26 Feb 07 jari 409         Point p2 = new Point();
2 26 Feb 07 jari 410         Point n1 = new Point();
2 26 Feb 07 jari 411         Point n2 = new Point();
2 26 Feb 07 jari 412         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 413         int spot_root, spot_child;
2 26 Feb 07 jari 414         Arrays.fill(this.draw, true);
2 26 Feb 07 jari 415         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 416             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 417                 spot_root = this.clusters[i][0];
2 26 Feb 07 jari 418                 this.draw[spot_root] = false;
2 26 Feb 07 jari 419                 x1 = (this.coords[spot_root][0])*scale+insets.left;
2 26 Feb 07 jari 420                 y1 = (this.coords[spot_root][1])*scale+insets.top;
2 26 Feb 07 jari 421                 for (int j=1; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 422                     if (this.weights != null && this.weights[i][j] < this.links_threshold)
2 26 Feb 07 jari 423                         continue;
2 26 Feb 07 jari 424                     if (this.isLinksColor)
2 26 Feb 07 jari 425                         g.setColor(LINKS_PALETTE[(int)((this.weights[i][j]-this.weight_min)*this.weight_scale-0.001f)]);
2 26 Feb 07 jari 426
2 26 Feb 07 jari 427                     spot_child = this.clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 428                     if (this.draw[spot_child]) {
2 26 Feb 07 jari 429                         x2 = (this.coords[spot_child][0])*scale+insets.left;
2 26 Feb 07 jari 430                         y2 = (this.coords[spot_child][1])*scale+insets.top;
2 26 Feb 07 jari 431                         p1.move((int)x1, (int)y1);
2 26 Feb 07 jari 432                         p2.move((int)x2, (int)y2);
2 26 Feb 07 jari 433                         if (isLineIntersects(bounds, p1, p2, n1, n2)) {
2 26 Feb 07 jari 434                             g.drawLine(n1.x, n1.y, n2.x, n2.y);
2 26 Feb 07 jari 435                         }
2 26 Feb 07 jari 436                     }
2 26 Feb 07 jari 437                 }
2 26 Feb 07 jari 438             }
2 26 Feb 07 jari 439         }
2 26 Feb 07 jari 440     }
2 26 Feb 07 jari 441
2 26 Feb 07 jari 442     /**
2 26 Feb 07 jari 443      * Checkes if an element with x and y coordinaties intersects a rect.
2 26 Feb 07 jari 444      */
2 26 Feb 07 jari 445     private final boolean isElementIntersects(Rectangle rect, int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 446         int X1 = x-this.elementSize.width/2;
2 26 Feb 07 jari 447         int Y1 = y-this.elementSize.height/2;
2 26 Feb 07 jari 448         int X2 = x+this.elementSize.width/2;
2 26 Feb 07 jari 449         int Y2 = y+this.elementSize.height/2;
2 26 Feb 07 jari 450         return isRectIntersects(rect, X1, Y1, X2, Y2);
2 26 Feb 07 jari 451     }
2 26 Feb 07 jari 452
2 26 Feb 07 jari 453     /**
2 26 Feb 07 jari 454      * Fills in a shape with specified coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 455      */
2 26 Feb 07 jari 456     private final void fillShape(Graphics g, int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 457         if (this.shape_type == SHAPE_RECT) {
2 26 Feb 07 jari 458             g.fillRect(x, y, this.elementSize.width, this.elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 459         } else {
2 26 Feb 07 jari 460             g.fillOval(x, y, this.elementSize.width, this.elementSize.height);
2 26 Feb 07 jari 461         }
2 26 Feb 07 jari 462     }
2 26 Feb 07 jari 463
2 26 Feb 07 jari 464     /**
2 26 Feb 07 jari 465      * Draws a shape with specified coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 466      */
2 26 Feb 07 jari 467     private final void drawShape(Graphics g, int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 468         drawShape(g, x, y, this.elementSize.width-1, this.elementSize.height-1);
2 26 Feb 07 jari 469     }
2 26 Feb 07 jari 470
2 26 Feb 07 jari 471     /**
2 26 Feb 07 jari 472      * Draws a shape with specified bounds.
2 26 Feb 07 jari 473      */
2 26 Feb 07 jari 474     private final void drawShape(Graphics g, int x, int y, int width, int height) {
2 26 Feb 07 jari 475         if (this.shape_type == SHAPE_RECT) {
2 26 Feb 07 jari 476             g.drawRect(x, y, width, height);
2 26 Feb 07 jari 477         } else {
2 26 Feb 07 jari 478             g.drawOval(x, y, width, height);
2 26 Feb 07 jari 479         }
2 26 Feb 07 jari 480     }
2 26 Feb 07 jari 481
2 26 Feb 07 jari 482     /**
2 26 Feb 07 jari 483      * Draws a node with specified index and coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 484      */
2 26 Feb 07 jari 485     private final void drawNode(Graphics g, int index, int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 486         if (this.selected[index]) {
2 26 Feb 07 jari 487             g.setColor(this.selectionColor);
2 26 Feb 07 jari 488         } else {
2 26 Feb 07 jari 489             g.setColor(getProbeColor(index));
2 26 Feb 07 jari 490         }
2 26 Feb 07 jari 491         fillShape(g, x, y);
2 26 Feb 07 jari 492         if (this.isDrawBorders) {
2 26 Feb 07 jari 493             g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 494             drawShape(g, x, y);
2 26 Feb 07 jari 495         }
2 26 Feb 07 jari 496     }
2 26 Feb 07 jari 497
2 26 Feb 07 jari 498     /**
2 26 Feb 07 jari 499      * Draws a network nodes with specified canvas bounds.
2 26 Feb 07 jari 500      */
2 26 Feb 07 jari 501     private final void drawShapes(Graphics2D g, Rectangle bounds, float scale) {
2 26 Feb 07 jari 502         float x, y;
2 26 Feb 07 jari 503         int spot;
2 26 Feb 07 jari 504         Arrays.fill(this.draw, true);
2 26 Feb 07 jari 505         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 506             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 507                 for (int j=0; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 508                     spot = this.clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 509                     if (this.draw[spot]) {
2 26 Feb 07 jari 510                         this.draw[spot] = false;
2 26 Feb 07 jari 511                         x = this.coords[spot][0]*scale+insets.left;
2 26 Feb 07 jari 512                         y = this.coords[spot][1]*scale+insets.top;
2 26 Feb 07 jari 513                         if (isElementIntersects(bounds, (int)x, (int)y)) {
2 26 Feb 07 jari 514                             drawNode(g, spot, (int)x-this.elementSize.width/2, (int)y-this.elementSize.height/2);
2 26 Feb 07 jari 515                         }
2 26 Feb 07 jari 516                     }
2 26 Feb 07 jari 517                 }
2 26 Feb 07 jari 518
2 26 Feb 07 jari 519             }
2 26 Feb 07 jari 520         }
2 26 Feb 07 jari 521     }
2 26 Feb 07 jari 522
2 26 Feb 07 jari 523     /**
2 26 Feb 07 jari 524      * Draws a node with specified index.
2 26 Feb 07 jari 525      */
2 26 Feb 07 jari 526     private final void drawSpot(Graphics g, int index) {
2 26 Feb 07 jari 527         float scale = getScale();
2 26 Feb 07 jari 528         float x = this.coords[index][0]*scale+insets.left;
2 26 Feb 07 jari 529         float y = this.coords[index][1]*scale+insets.top;
2 26 Feb 07 jari 530         drawNode(g, index, (int)x-this.elementSize.width/2, (int)y-this.elementSize.height/2);
2 26 Feb 07 jari 531     }
2 26 Feb 07 jari 532
2 26 Feb 07 jari 533     /**
2 26 Feb 07 jari 534      * Draws a selected node with specified index.
2 26 Feb 07 jari 535      */
2 26 Feb 07 jari 536     private final void drawSelectedSpot(Graphics g, int index) {
2 26 Feb 07 jari 537         float scale = getScale();
2 26 Feb 07 jari 538         float x = this.coords[index][0]*scale+insets.left;
2 26 Feb 07 jari 539         float y = this.coords[index][1]*scale+insets.top;
2 26 Feb 07 jari 540         drawNode(g, index, (int)x-this.elementSize.width/2, (int)y-this.elementSize.height/2);
2 26 Feb 07 jari 541         g.setColor(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 542         drawShape(g, (int)x-this.elementSize.width/2+1, (int)y-this.elementSize.height/2+1, this.elementSize.width-3, this.elementSize.height-3);
2 26 Feb 07 jari 543     }
2 26 Feb 07 jari 544
2 26 Feb 07 jari 545     // store view port image
2 26 Feb 07 jari 546     private void onStartDrawZoom() {
2 26 Feb 07 jari 547         prevZoomRect.setBounds(0, 0, 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 548     }
2 26 Feb 07 jari 549
2 26 Feb 07 jari 550     /**
2 26 Feb 07 jari 551      * Draws zoom rectangle.
2 26 Feb 07 jari 552      */
2 26 Feb 07 jari 553     private void drawZoomRect(Rectangle rect) {
2 26 Feb 07 jari 554         Graphics2D g = (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 555         g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 556         g.setXORMode(getBackground());
2 26 Feb 07 jari 557         g.drawRect(prevZoomRect.x, prevZoomRect.y, prevZoomRect.width-1, prevZoomRect.height-1);
2 26 Feb 07 jari 558         prevZoomRect.setBounds(rect);
2 26 Feb 07 jari 559         g.drawRect(rect.x, rect.y, rect.width-1, rect.height-1);
2 26 Feb 07 jari 560         g.setPaintMode();
2 26 Feb 07 jari 561         g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 562     }
2 26 Feb 07 jari 563
2 26 Feb 07 jari 564     /**
2 26 Feb 07 jari 565      * Checkes if a string intersects specified rectangle.
2 26 Feb 07 jari 566      */
2 26 Feb 07 jari 567     private final boolean isLabelIntersects(FontMetrics fm, Rectangle rect, String str, int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 568         int width  = fm.stringWidth(str);
2 26 Feb 07 jari 569         int height = fm.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 570         return isRectIntersects(rect, x, y, x+width, y+height);
2 26 Feb 07 jari 571     }
2 26 Feb 07 jari 572
2 26 Feb 07 jari 573     /**
2 26 Feb 07 jari 574      * Calculates max label width.
2 26 Feb 07 jari 575      */
2 26 Feb 07 jari 576     private int getMaxLabelWidth() {
2 26 Feb 07 jari 577         if (this.isGenes && this.labelIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 578             return 0;
2 26 Feb 07 jari 579         Graphics2D g = (Graphics2D)getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 580         if (this.isAntiAliasing) {//Anti-aliasing is on
2 26 Feb 07 jari 581             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 582             g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING, RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 583         }
2 26 Feb 07 jari 584         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 585         String str;
2 26 Feb 07 jari 586         int max = 0;
2 26 Feb 07 jari 587         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 588             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 589                 for (int j=0; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 590                     str = isGenes ? this.data.getElementAttribute(this.clusters[i][j], this.labelIndex) : this.data.getSampleName(this.clusters[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 591                     if (str != null) {
2 26 Feb 07 jari 592                         max = Math.max(max, fm.stringWidth(str));
2 26 Feb 07 jari 593                     }
2 26 Feb 07 jari 594                 }
2 26 Feb 07 jari 595             }
2 26 Feb 07 jari 596         }
2 26 Feb 07 jari 597         return max;
2 26 Feb 07 jari 598     }
2 26 Feb 07 jari 599
2 26 Feb 07 jari 600     /**
2 26 Feb 07 jari 601      * Draws nodes labels.
2 26 Feb 07 jari 602      */
2 26 Feb 07 jari 603     private final void drawLabels(Graphics2D g, Rectangle bounds, float scale) {
2 26 Feb 07 jari 604         if (this.isGenes && this.labelIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 605             return;
2 26 Feb 07 jari 606         float x, y;
2 26 Feb 07 jari 607         String str;
2 26 Feb 07 jari 608         g.setColor(this.labelColor);
2 26 Feb 07 jari 609         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 610         int spot;
2 26 Feb 07 jari 611         Arrays.fill(this.draw, true);
2 26 Feb 07 jari 612         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 613             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 614                 for (int j=0; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 615                     spot = this.clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 616                     if (this.draw[spot]) {
2 26 Feb 07 jari 617                         this.draw[spot] = false;
2 26 Feb 07 jari 618                         x = (this.coords[spot][0])*scale+this.insets.left+this.elementSize.width/2+10;
2 26 Feb 07 jari 619                         y = (this.coords[spot][1])*scale+this.insets.top+this.elementSize.height/2;
2 26 Feb 07 jari 620                         //EH fix submitted by angier@imima.fr
2 26 Feb 07 jari 621                       //str = isGenes ? this.data.getElementAttribute(spot, this.labelIndex) : this.data.getSampleName(spot);
2 26 Feb 07 jari 622                         str = isGenes ? this.data.getElementAttribute(experiment.getGeneIndexMappedToData(spot), this.labelIndex) : this.data.getSampleName(spot);
2 26 Feb 07 jari 623                         if (isLabelIntersects(fm, bounds, str, (int)x, (int)y))
2 26 Feb 07 jari 624                             g.drawString(str, (int)x, (int)y);
2 26 Feb 07 jari 625                     }
2 26 Feb 07 jari 626                 }
2 26 Feb 07 jari 627
2 26 Feb 07 jari 628             }
2 26 Feb 07 jari 629         }
2 26 Feb 07 jari 630     }
2 26 Feb 07 jari 631
2 26 Feb 07 jari 632     /**
2 26 Feb 07 jari 633      * @return a color for a specified probe.
2 26 Feb 07 jari 634      */
2 26 Feb 07 jari 635     private final Color getProbeColor(int probe) {
2 26 Feb 07 jari 636         Color color = isGenes ? this.data.getProbeColor(probe) : this.data.getExperimentColor(probe);
2 26 Feb 07 jari 637         return color == null ? Color.gray : color;
2 26 Feb 07 jari 638     }
2 26 Feb 07 jari 639
2 26 Feb 07 jari 640     /**
2 26 Feb 07 jari 641      * @return this component.
2 26 Feb 07 jari 642      */
2 26 Feb 07 jari 643     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 644         return this;
2 26 Feb 07 jari 645     }
2 26 Feb 07 jari 646
2 26 Feb 07 jari 647     /**
2 26 Feb 07 jari 648      * @return null.
2 26 Feb 07 jari 649      */
2 26 Feb 07 jari 650     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 651         return null;
2 26 Feb 07 jari 652     }
2 26 Feb 07 jari 653
2 26 Feb 07 jari 654     /**
2 26 Feb 07 jari 655      * Updates some attributies when the viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 656      */
2 26 Feb 07 jari 657     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 658         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 659         this.data = framework.getData(); 
2 26 Feb 07 jari 660         
2 26 Feb 07 jari 661  
2 26 Feb 07 jari 662         /*
2 26 Feb 07 jari 663         //jcb to make it select cluser index
2 26 Feb 07 jari 664        Object userObj = framework.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 665       //  if(userObj != null) {
2 26 Feb 07 jari 666             subnetIndex = 0; //Integer.parseInt(userObj);
2 26 Feb 07 jari 667         
2 26 Feb 07 jari 668             this.indices = clusters[subnetIndex];
2 26 Feb 07 jari 669             int [][] selCluster = new int[1][];
2 26 Feb 07 jari 670             float [][] selWeights = new float[1][];
2 26 Feb 07 jari 671             
2 26 Feb 07 jari 672             selCluster[0] = indices;
2 26 Feb 07 jari 673             selWeights[0] = weights[0];
2 26 Feb 07 jari 674             
2 26 Feb 07 jari 675         RelevanceNetworkLayout layout = new RelevanceNetworkLayout();
2 26 Feb 07 jari 676         this.coords = layout.doLayout(selCluster, selWeights, RelevanceNetworkLayout.CIRCULAR_LAYOUT);
2 26 Feb 07 jari 677         this.selected = createSelected(selCluster);
2 26 Feb 07 jari 678         this.draw = new boolean[selCluster.length];
2 26 Feb 07 jari 679         
2 26 Feb 07 jari 680      //   }
2 26 Feb 07 jari 681         */
2 26 Feb 07 jari 682  
2 26 Feb 07 jari 683         
2 26 Feb 07 jari 684         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 685         this.isDrawBorders = menu.isDrawingBorder();
2 26 Feb 07 jari 686         this.isAntiAliasing = menu.isAntiAliasing();
2 26 Feb 07 jari 687         this.labelIndex = menu.getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 688         setElementSize(menu.getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 689         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 690     }
2 26 Feb 07 jari 691
2 26 Feb 07 jari 692     /**
2 26 Feb 07 jari 693      * Sets the viewer data.
2 26 Feb 07 jari 694      */
2 26 Feb 07 jari 695     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 696         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 697     }
2 26 Feb 07 jari 698
2 26 Feb 07 jari 699     /**
2 26 Feb 07 jari 700      * Updates some attributies when the display menu is changed.
2 26 Feb 07 jari 701      */
2 26 Feb 07 jari 702     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 703         this.isDrawBorders = menu.isDrawingBorder();
2 26 Feb 07 jari 704         this.isAntiAliasing = menu.isAntiAliasing();
2 26 Feb 07 jari 705         this.labelIndex = menu.getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 706         setElementSize(menu.getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 707         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 708     }
2 26 Feb 07 jari 709
2 26 Feb 07 jari 710     /**
2 26 Feb 07 jari 711      * Updates the viewer sizes.
2 26 Feb 07 jari 712      */
2 26 Feb 07 jari 713     private void updateSize() {
2 26 Feb 07 jari 714         int oldWidth  = getPreferredSize().width  - this.insets.right-this.insets.left;
2 26 Feb 07 jari 715         int oldHeight = getPreferredSize().height - this.insets.top-this.insets.bottom;
2 26 Feb 07 jari 716         this.insets.left = this.elementSize.width/2+10;
2 26 Feb 07 jari 717         this.insets.right = getMaxLabelWidth()+this.elementSize.width/2+10;
2 26 Feb 07 jari 718         this.insets.top = this.insets.bottom = this.elementSize.height/2+10;
2 26 Feb 07 jari 719         setSizes(oldWidth+this.insets.left+this.insets.right, oldHeight+this.insets.top+this.insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 720     }
2 26 Feb 07 jari 721
2 26 Feb 07 jari 722     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 723     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 724
2 26 Feb 07 jari 725     /**
2 26 Feb 07 jari 726      * Sets a node size.
2 26 Feb 07 jari 727      */
2 26 Feb 07 jari 728     private void setElementSize(Dimension newSize) {
2 26 Feb 07 jari 729         if (newSize.equals(this.elementSize)) {
2 26 Feb 07 jari 730             return;
2 26 Feb 07 jari 731         }
2 26 Feb 07 jari 732         this.elementSize = new Dimension(newSize);
2 26 Feb 07 jari 733         setFont(new Font("monospaced", Font.BOLD, newSize.height));
2 26 Feb 07 jari 734     }
2 26 Feb 07 jari 735
2 26 Feb 07 jari 736     /**
2 26 Feb 07 jari 737      * @return null.
2 26 Feb 07 jari 738      */
2 26 Feb 07 jari 739     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 740         return null;
2 26 Feb 07 jari 741     }
2 26 Feb 07 jari 742
2 26 Feb 07 jari 743     /**
2 26 Feb 07 jari 744      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 745      */
2 26 Feb 07 jari 746     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 747         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 748         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 749         return popup;
2 26 Feb 07 jari 750     }
2 26 Feb 07 jari 751
2 26 Feb 07 jari 752     /**
2 26 Feb 07 jari 753      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 754      */
2 26 Feb 07 jari 755     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 756         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 757         menuItem = new JMenuItem("Zoom in", GUIFactory.getIcon("zoom_in.gif"));
2 26 Feb 07 jari 758         menuItem.setActionCommand(ZOOM_IN_CMD);
2 26 Feb 07 jari 759         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 760         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 761
2 26 Feb 07 jari 762         menuItem = new JMenuItem("Zoom out", GUIFactory.getIcon("zoom_out.gif"));
2 26 Feb 07 jari 763         menuItem.setActionCommand(ZOOM_OUT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 764         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 765         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 766
2 26 Feb 07 jari 767         menuItem = new JMenuItem("Show all", GUIFactory.getIcon("show_all.gif"));
2 26 Feb 07 jari 768         menuItem.setActionCommand(SHOW_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 769         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 770         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 771
2 26 Feb 07 jari 772         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 773
2 26 Feb 07 jari 774         JMenu select_menu = new JMenu("Select");
2 26 Feb 07 jari 775
2 26 Feb 07 jari 776         menuItem = new JMenuItem("Feature Degree...");
2 26 Feb 07 jari 777         menuItem.setActionCommand(SELECT_BY_DEGREE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 778         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 779         select_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 780
2 26 Feb 07 jari 781         menuItem = new JMenuItem("Element ID...");
2 26 Feb 07 jari 782         menuItem.setActionCommand(SELECT_BY_GENE_ID_CMD);
2 26 Feb 07 jari 783         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 784         select_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 785
2 26 Feb 07 jari 786         menu.add(select_menu);
2 26 Feb 07 jari 787
2 26 Feb 07 jari 788         JMenu links_menu = new JMenu("Links");
2 26 Feb 07 jari 789
2 26 Feb 07 jari 790         menuItem = new JMenuItem("Threshold...");
2 26 Feb 07 jari 791         menuItem.setActionCommand(LINKS_THRESHOLD_CMD);
2 26 Feb 07 jari 792         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 793         links_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 794
2 26 Feb 07 jari 795         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Color");
2 26 Feb 07 jari 796         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 797         menuItem.setActionCommand(LINKS_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 798         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 799         links_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 800
2 26 Feb 07 jari 801         menu.add(links_menu);
2 26 Feb 07 jari 802
2 26 Feb 07 jari 803         menuItem = new JMenuItem("Deselect");
2 26 Feb 07 jari 804         menuItem.setActionCommand(DESELECT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 805         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 806         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 807
2 26 Feb 07 jari 808         menuItem = new JMenuItem("Set Public Cluster...");
2 26 Feb 07 jari 809         menuItem.setActionCommand(SET_PUBLIC_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 810         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 811         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 812
2 26 Feb 07 jari 813         menuItem = new JMenuItem("Find Clusters");
2 26 Feb 07 jari 814         menuItem.setActionCommand(FIND_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 815         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 816         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 817
2 26 Feb 07 jari 818         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 819
2 26 Feb 07 jari 820         JMenu shape_menu = new JMenu("Shape");
2 26 Feb 07 jari 821         ButtonGroup group = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 822
2 26 Feb 07 jari 823         menuItem = new JRadioButtonMenuItem("Rectangle");
2 26 Feb 07 jari 824         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 825         menuItem.setActionCommand(SHAPE_RECT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 826         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 827         shape_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 828         group.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 829
2 26 Feb 07 jari 830         menuItem = new JRadioButtonMenuItem("Oval");
2 26 Feb 07 jari 831         menuItem.setActionCommand(SHAPE_OVAL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 832         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 833         shape_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 834         group.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 835
2 26 Feb 07 jari 836         menu.add(shape_menu);
2 26 Feb 07 jari 837
2 26 Feb 07 jari 838         /*
2 26 Feb 07 jari 839         menuItem = new JMenuItem("Circular Layout");
2 26 Feb 07 jari 840         menuItem.setActionCommand(CIRCULAR_LAYOUT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 841         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 842         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 843
2 26 Feb 07 jari 844         menuItem = new JMenuItem("Random Layout");
2 26 Feb 07 jari 845         menuItem.setActionCommand(RANDOM_LAYOUT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 846         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 847         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 848
2 26 Feb 07 jari 849         menuItem = new JMenuItem("Debug Layout");
2 26 Feb 07 jari 850         menuItem.setActionCommand(DEBUG_LAYOUT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 851         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 852         menu.add(menuItem);*/
2 26 Feb 07 jari 853
2 26 Feb 07 jari 854         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 855
2 26 Feb 07 jari 856         menuItem = new JMenuItem("Set selection...");
2 26 Feb 07 jari 857         menuItem.setActionCommand(SET_SELECTION_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 858         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 859         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 860
2 26 Feb 07 jari 861         menuItem = new JMenuItem("Set labels...");
2 26 Feb 07 jari 862         menuItem.setActionCommand(SET_LABEL_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 863         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 864         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 865
2 26 Feb 07 jari 866         menuItem = new JMenuItem("Set background...");
2 26 Feb 07 jari 867         menuItem.setActionCommand(SET_BACKGROUND_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 868         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 869         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 870     }
2 26 Feb 07 jari 871
2 26 Feb 07 jari 872     /**
2 26 Feb 07 jari 873      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 874      * @return null if no one item was found.
2 26 Feb 07 jari 875      */
2 26 Feb 07 jari 876     private JMenuItem getJMenuItem(JPopupMenu menu, String command) {
2 26 Feb 07 jari 877         Component[] components = menu.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 878         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 879             if (components[i] instanceof JMenu) {
2 26 Feb 07 jari 880                 JMenuItem item = getJMenuItem(((JMenu)components[i]).getPopupMenu(), command);
2 26 Feb 07 jari 881                 if (item != null)
2 26 Feb 07 jari 882                     return item;
2 26 Feb 07 jari 883             }
2 26 Feb 07 jari 884             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 885                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 886                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 887             }
2 26 Feb 07 jari 888         }
2 26 Feb 07 jari 889         return null;
2 26 Feb 07 jari 890     }
2 26 Feb 07 jari 891
2 26 Feb 07 jari 892     /**
2 26 Feb 07 jari 893      * Sets a menu item state.
2 26 Feb 07 jari 894      */
2 26 Feb 07 jari 895     private void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 896         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, command);
2 26 Feb 07 jari 897         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 898             return;
2 26 Feb 07 jari 899         }
2 26 Feb 07 jari 900         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 901     }
2 26 Feb 07 jari 902
2 26 Feb 07 jari 903     /**
2 26 Feb 07 jari 904      * Shows all network nodes.
2 26 Feb 07 jari 905      */
2 26 Feb 07 jari 906     private void onShowAll() {
2 26 Feb 07 jari 907         setSizes(300+insets.left+insets.right, 300+insets.top+insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 908         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 909     }
2 26 Feb 07 jari 910
2 26 Feb 07 jari 911     /**
2 26 Feb 07 jari 912      * Zoom in a network
2 26 Feb 07 jari 913      */
2 26 Feb 07 jari 914     private void onZoomIn() {
2 26 Feb 07 jari 915         zoom(ZOOM_COEFFICIENT);
2 26 Feb 07 jari 916     }
2 26 Feb 07 jari 917
2 26 Feb 07 jari 918     /**
2 26 Feb 07 jari 919      * Zoom out a network
2 26 Feb 07 jari 920      */
2 26 Feb 07 jari 921     private void onZoomOut() {
2 26 Feb 07 jari 922         zoom(1/ZOOM_COEFFICIENT);
2 26 Feb 07 jari 923         if (getPreferredSize().width < getWidth() || getPreferredSize().height < getHeight()) {
2 26 Feb 07 jari 924             repaint();                                                                           
2 26 Feb 07 jari 925         }
2 26 Feb 07 jari 926     }
2 26 Feb 07 jari 927
2 26 Feb 07 jari 928     /**
2 26 Feb 07 jari 929      * Zoom a network with specified coefficient.
2 26 Feb 07 jari 930      */
2 26 Feb 07 jari 931     private void zoom(float coefficient) {
2 26 Feb 07 jari 932         int newAreaWidth = (int)((getPreferredSize().width-insets.left-insets.right)*coefficient);
2 26 Feb 07 jari 933         int newAreaHeight = (int)((getPreferredSize().height-insets.top-insets.bottom)*coefficient);
2 26 Feb 07 jari 934         int viewWidth  = getParent().getWidth();
2 26 Feb 07 jari 935         int viewHeight = getParent().getHeight();
2 26 Feb 07 jari 936         int x = Math.abs(getX())-insets.left+(int)((float)viewWidth*(coefficient-1)/(coefficient*2f));
2 26 Feb 07 jari 937         int y = Math.abs(getY())-insets.top+(int)((float)viewHeight*(coefficient-1)/(coefficient*2f));
2 26 Feb 07 jari 938         setSizes(newAreaWidth+insets.left+insets.right, newAreaHeight+insets.top+insets.bottom);
2 26 Feb 07 jari 939         framework.setContentLocation((int)((float)x*coefficient+insets.left), (int)((float)y*coefficient+insets.top));
2 26 Feb 07 jari 940     }
2 26 Feb 07 jari 941
2 26 Feb 07 jari 942     /**
2 26 Feb 07 jari 943      * Zoom a network to specified rectangle.
2 26 Feb 07 jari 944      */
2 26 Feb 07 jari 945     private void zoom(Rectangle rect) {
2 26 Feb 07 jari 946         if (rect == null || rect.width < 10 || rect.height < 10) {
2 26 Feb 07 jari 947             drawZoomRect(new Rectangle());
2 26 Feb 07 jari 948             return;
2 26 Feb 07 jari 949         }
2 26 Feb 07 jari 950         int viewWidth  = getParent().getWidth();
2 26 Feb 07 jari 951         int viewHeight = getParent().getHeight();
2 26 Feb 07 jari 952         float coefficient = Math.min((float)viewWidth/(float)rect.width, (float)viewHeight/(float)rect.height);
2 26 Feb 07 jari 953         float width = (getPreferredSize().width-insets.left-insets.right)*coefficient;
2 26 Feb 07 jari 954         float height = (getPreferredSize().height-insets.top-insets.bottom)*coefficient;
2 26 Feb 07 jari 955         if (width > MAX_CONTENT_SIZE || height > MAX_CONTENT_SIZE) {
2 26 Feb 07 jari 956             drawZoomRect(new Rectangle());
2 26 Feb 07 jari 957             return;
2 26 Feb 07 jari 958         }
2 26 Feb 07 jari 959         int newAreaWidth = (int)width;
2 26 Feb 07 jari 960         int newAreaHeight = (int)height;
2 26 Feb 07 jari 961         float x = rect.x-insets.left;
2 26 Feb 07 jari 962         float y = rect.y-insets.top;
2 26 Feb 07 jari 963         setSizes((int)(newAreaWidth+insets.left+insets.right), (int)(newAreaHeight+insets.top+insets.bottom));
2 26 Feb 07 jari 964         framework.setContentLocation((int)(x*coefficient+insets.left), (int)(y*coefficient+insets.top));
2 26 Feb 07 jari 965     }
2 26 Feb 07 jari 966
2 26 Feb 07 jari 967     /**
2 26 Feb 07 jari 968      * Sets the viewer sizes.
2 26 Feb 07 jari 969      */
2 26 Feb 07 jari 970     private void setSizes(int width, int height) {
2 26 Feb 07 jari 971         setSize(width, height);
2 26 Feb 07 jari 972         setPreferredSize(new Dimension(width, height));
2 26 Feb 07 jari 973         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 974     }
2 26 Feb 07 jari 975
2 26 Feb 07 jari 976     /**
2 26 Feb 07 jari 977      * Selects nodes with specified degrees.
2 26 Feb 07 jari 978      */
2 26 Feb 07 jari 979     private void selectByDegree(String condition, int min_degree, int max_degree) {
2 26 Feb 07 jari 980         clearSelected(this.selected);
2 26 Feb 07 jari 981         int cond = 0;
2 26 Feb 07 jari 982         if (condition.equals(RelNetSelectionDlg.CONDITION_EQUAL_TO)) {
2 26 Feb 07 jari 983             cond = 1;
2 26 Feb 07 jari 984         } else if (condition.equals(RelNetSelectionDlg.CONDITION_LESS_THAN)) {
2 26 Feb 07 jari 985             cond = 2;
2 26 Feb 07 jari 986         } else if (condition.equals(RelNetSelectionDlg.CONDITION_BETWEEN)) {
2 26 Feb 07 jari 987             cond = 3;
2 26 Feb 07 jari 988         }
2 26 Feb 07 jari 989         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 990             switch (cond) {
2 26 Feb 07 jari 991             case 0:
2 26 Feb 07 jari 992                 if (this.clusters[i].length-1 > max_degree) {
2 26 Feb 07 jari 993                     this.selected[this.clusters[i][0]] = true;
2 26 Feb 07 jari 994                 }
2 26 Feb 07 jari 995                 break;
2 26 Feb 07 jari 996             case 1:
2 26 Feb 07 jari 997                 if (this.clusters[i].length-1 == max_degree) {
2 26 Feb 07 jari 998                     this.selected[this.clusters[i][0]] = true;
2 26 Feb 07 jari 999                 }
2 26 Feb 07 jari 1000                 break;
2 26 Feb 07 jari 1001             case 2:
2 26 Feb 07 jari 1002                 if (this.clusters[i].length-1 < min_degree) {
2 26 Feb 07 jari 1003                     this.selected[this.clusters[i][0]] = true;
2 26 Feb 07 jari 1004                 }
2 26 Feb 07 jari 1005                 break;
2 26 Feb 07 jari 1006             case 3:
2 26 Feb 07 jari 1007                 int value = this.clusters[i].length-1;
2 26 Feb 07 jari 1008                 if (value < max_degree && value > min_degree) {
2 26 Feb 07 jari 1009                     this.selected[this.clusters[i][0]] = true;
2 26 Feb 07 jari 1010                 }
2 26 Feb 07 jari 1011                 break;
2 26 Feb 07 jari 1012             }
2 26 Feb 07 jari 1013         }
2 26 Feb 07 jari 1014         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1015     }
2 26 Feb 07 jari 1016
2 26 Feb 07 jari 1017     /**
2 26 Feb 07 jari 1018      * Selects nodes with specified gene id.
2 26 Feb 07 jari 1019      */
2 26 Feb 07 jari 1020     private void selectByGeneID(String condition, String ID) {
2 26 Feb 07 jari 1021         clearSelected(this.selected);
2 26 Feb 07 jari 1022         boolean like = condition.equals(RelNetSelectionDlg.CONDITION_LIKE);
2 26 Feb 07 jari 1023         String str;
2 26 Feb 07 jari 1024         boolean value;
2 26 Feb 07 jari 1025         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1026             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 1027                 for (int j=0; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1028                     str = isGenes ? this.data.getUniqueId(this.clusters[i][j]) : this.data.getSampleName(this.clusters[i][j]);
2 26 Feb 07 jari 1029                     if (str != null) {
2 26 Feb 07 jari 1030                         if (like) {
2 26 Feb 07 jari 1031                             value = str.indexOf(ID) != -1;
2 26 Feb 07 jari 1032                         } else {
2 26 Feb 07 jari 1033                             value = str.equals(ID);
2 26 Feb 07 jari 1034                         }
2 26 Feb 07 jari 1035                         this.selected[this.clusters[i][j]] = value;
2 26 Feb 07 jari 1036                     }
2 26 Feb 07 jari 1037                 }
2 26 Feb 07 jari 1038             }
2 26 Feb 07 jari 1039         }
2 26 Feb 07 jari 1040         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1041     }
2 26 Feb 07 jari 1042
2 26 Feb 07 jari 1043     /*private void onCircularLayout() {
2 26 Feb 07 jari 1044         this.coords = RelevanceNetworkLayout.doLayout(clusters, null, RelevanceNetworkLayout.CIRCULAR_LAYOUT);
2 26 Feb 07 jari 1045         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1046     }
2 26 Feb 07 jari 1047
2 26 Feb 07 jari 1048     private void onRandomLayout() {
2 26 Feb 07 jari 1049         this.coords = RelevanceNetworkLayout.doLayout(clusters, null, RelevanceNetworkLayout.RANDOM_LAYOUT);
2 26 Feb 07 jari 1050         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1051     }
2 26 Feb 07 jari 1052
2 26 Feb 07 jari 1053     private void onDebugLayout() {
2 26 Feb 07 jari 1054         this.coords = RelevanceNetworkLayout.doLayout(clusters, null, RelevanceNetworkLayout.DEBUG_LAYOUT);
2 26 Feb 07 jari 1055         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1056     }*/
2 26 Feb 07 jari 1057
2 26 Feb 07 jari 1058     /**
2 26 Feb 07 jari 1059      * Sets a background color.
2 26 Feb 07 jari 1060      */
2 26 Feb 07 jari 1061     private void onSetBackgroundColor() {
2 26 Feb 07 jari 1062         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1063         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", getBackground());
2 26 Feb 07 jari 1064         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 1065             setBackground(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1066         }
2 26 Feb 07 jari 1067     }
2 26 Feb 07 jari 1068
2 26 Feb 07 jari 1069     /**
2 26 Feb 07 jari 1070      * Sets a selection color.
2 26 Feb 07 jari 1071      */
2 26 Feb 07 jari 1072     private void setSelectionColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 1073         this.selectionColor = color;
2 26 Feb 07 jari 1074         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1075     }
2 26 Feb 07 jari 1076
2 26 Feb 07 jari 1077     /**
2 26 Feb 07 jari 1078      * Sets labels color.
2 26 Feb 07 jari 1079      */
2 26 Feb 07 jari 1080     private void setLabelColor(Color color) {
2 26 Feb 07 jari 1081         this.labelColor = color;
2 26 Feb 07 jari 1082         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1083     }
2 26 Feb 07 jari 1084
2 26 Feb 07 jari 1085     /**
2 26 Feb 07 jari 1086      * Sets a selection color.
2 26 Feb 07 jari 1087      */
2 26 Feb 07 jari 1088     private void onSetSelectionColor() {
2 26 Feb 07 jari 1089         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1090         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose selection color", getBackground());
2 26 Feb 07 jari 1091         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 1092             setSelectionColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1093         }
2 26 Feb 07 jari 1094     }
2 26 Feb 07 jari 1095
2 26 Feb 07 jari 1096     /**
2 26 Feb 07 jari 1097      * Sets labels color.
2 26 Feb 07 jari 1098      */
2 26 Feb 07 jari 1099     private void onSetLabelColor() {
2 26 Feb 07 jari 1100         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1101         Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose label color", getBackground());
2 26 Feb 07 jari 1102         if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 1103             setLabelColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 1104         }
2 26 Feb 07 jari 1105     }
2 26 Feb 07 jari 1106
2 26 Feb 07 jari 1107     /**
2 26 Feb 07 jari 1108      * Selects nodes with the user defined degrees.
2 26 Feb 07 jari 1109      */
2 26 Feb 07 jari 1110     private void onDegreeSelection() {
2 26 Feb 07 jari 1111         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1112         RelNetSelectionDlg dialog = new RelNetSelectionDlg(frame, RelNetSelectionDlg.DEGREE_TYPE);
2 26 Feb 07 jari 1113         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1114             selectByDegree(dialog.getCondition(), dialog.getMinDegree(), dialog.getMaxDegree());
2 26 Feb 07 jari 1115         }
2 26 Feb 07 jari 1116     }
2 26 Feb 07 jari 1117
2 26 Feb 07 jari 1118     /**
2 26 Feb 07 jari 1119      * Selects nodes with the user defined gene id.
2 26 Feb 07 jari 1120      */
2 26 Feb 07 jari 1121     private void onGeneIDSelection() {
2 26 Feb 07 jari 1122         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1123         RelNetSelectionDlg dialog = new RelNetSelectionDlg(frame, RelNetSelectionDlg.GENEID_TYPE);
2 26 Feb 07 jari 1124         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1125             selectByGeneID(dialog.getCondition(), dialog.getGeneID());
2 26 Feb 07 jari 1126         }
2 26 Feb 07 jari 1127     }
2 26 Feb 07 jari 1128
2 26 Feb 07 jari 1129     /**
2 26 Feb 07 jari 1130      * Shows links with the user specified threshold.
2 26 Feb 07 jari 1131      */
2 26 Feb 07 jari 1132     private void onLinksThreshold() {
2 26 Feb 07 jari 1133         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1134         String value = (String)JOptionPane.showInputDialog(frame, "Enter in links threshold (from 0 to 1).", "Input", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, null, null, String.valueOf(this.links_threshold));
2 26 Feb 07 jari 1135         if (value == null || value.equals(""))
2 26 Feb 07 jari 1136             return;
2 26 Feb 07 jari 1137         try {
2 26 Feb 07 jari 1138             float threshold = Float.parseFloat(value);
2 26 Feb 07 jari 1139             if (threshold < 0 || threshold > 1)
2 26 Feb 07 jari 1140                 throw new NumberFormatException("value must be between 0 and 1.");
2 26 Feb 07 jari 1141             this.links_threshold = threshold;
2 26 Feb 07 jari 1142             repaint();
2 26 Feb 07 jari 1143         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 1144             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Illegal number: "+e.getMessage(), "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 1145         }
2 26 Feb 07 jari 1146     }
2 26 Feb 07 jari 1147
2 26 Feb 07 jari 1148     private void onLinksColor() {
2 26 Feb 07 jari 1149         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, LINKS_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 1150         this.isLinksColor = item.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 1151         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1152     }
2 26 Feb 07 jari 1153
2 26 Feb 07 jari 1154     /**
2 26 Feb 07 jari 1155      * Deselects all nodes.
2 26 Feb 07 jari 1156      */
2 26 Feb 07 jari 1157     private void onDeselect() {
2 26 Feb 07 jari 1158         clearSelected(this.selected);
2 26 Feb 07 jari 1159         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1160     }
2 26 Feb 07 jari 1161
2 26 Feb 07 jari 1162     // Scrollable interface implementation.
2 26 Feb 07 jari 1163
2 26 Feb 07 jari 1164     public Dimension getPreferredScrollableViewportSize() {
2 26 Feb 07 jari 1165         return getPreferredSize();
2 26 Feb 07 jari 1166     }
2 26 Feb 07 jari 1167
2 26 Feb 07 jari 1168     public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect, int orientation, int direction) {
2 26 Feb 07 jari 1169         if (orientation == SwingConstants.VERTICAL) {
2 26 Feb 07 jari 1170             return this.elementSize.height;
2 26 Feb 07 jari 1171         } else {
2 26 Feb 07 jari 1172             return this.elementSize.width;
2 26 Feb 07 jari 1173         }
2 26 Feb 07 jari 1174     }
2 26 Feb 07 jari 1175
2 26 Feb 07 jari 1176     public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect, int orientation, int direction) {
2 26 Feb 07 jari 1177         if (orientation == SwingConstants.VERTICAL) {
2 26 Feb 07 jari 1178             return visibleRect.height;
2 26 Feb 07 jari 1179         } else {
2 26 Feb 07 jari 1180             return visibleRect.width;
2 26 Feb 07 jari 1181         }
2 26 Feb 07 jari 1182     }
2 26 Feb 07 jari 1183
2 26 Feb 07 jari 1184     public boolean getScrollableTracksViewportWidth() {
2 26 Feb 07 jari 1185         if (getParent() instanceof JViewport) {
2 26 Feb 07 jari 1186             return(((JViewport)getParent()).getWidth() > getPreferredSize().width);
2 26 Feb 07 jari 1187         }
2 26 Feb 07 jari 1188         return false;
2 26 Feb 07 jari 1189     }
2 26 Feb 07 jari 1190
2 26 Feb 07 jari 1191     public boolean getScrollableTracksViewportHeight() {
2 26 Feb 07 jari 1192         if (getParent() instanceof JViewport) {
2 26 Feb 07 jari 1193             return(((JViewport)getParent()).getHeight() > getPreferredSize().height);
2 26 Feb 07 jari 1194         }
2 26 Feb 07 jari 1195         return false;
2 26 Feb 07 jari 1196     }
2 26 Feb 07 jari 1197
2 26 Feb 07 jari 1198     /**
2 26 Feb 07 jari 1199      * Searches a node index by specified coordinaties.
2 26 Feb 07 jari 1200      * @return -1 if no one node was found.
2 26 Feb 07 jari 1201      */
2 26 Feb 07 jari 1202     private int findSpot(float X, float Y, Rectangle2D.Float rect) {
2 26 Feb 07 jari 1203         float scale  = getScale();
2 26 Feb 07 jari 1204         // element rect
2 26 Feb 07 jari 1205         float rectWidth = (float)elementSize.getWidth()/scale;
2 26 Feb 07 jari 1206         float rectHeight = (float)elementSize.getHeight()/scale;
2 26 Feb 07 jari 1207         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1208             if (this.clusters[i].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 1209                 for (int j=0; j<this.clusters[i].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1210                     rect.setRect(coords[this.clusters[i][j]][0]-rectWidth/2f, coords[this.clusters[i][j]][1]-rectHeight/2f, rectWidth, rectHeight);
2 26 Feb 07 jari 1211                     if (rect.contains(X, Y)) {
2 26 Feb 07 jari 1212                         return this.clusters[i][j];
2 26 Feb 07 jari 1213                     }
2 26 Feb 07 jari 1214                 }
2 26 Feb 07 jari 1215             }
2 26 Feb 07 jari 1216         }
2 26 Feb 07 jari 1217         return -1;
2 26 Feb 07 jari 1218     }
2 26 Feb 07 jari 1219
2 26 Feb 07 jari 1220     /**
2 26 Feb 07 jari 1221      * Deselects a specified node.
2 26 Feb 07 jari 1222      */
2 26 Feb 07 jari 1223     private void unselectSpot(int spotIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1224         // restore status text
2 26 Feb 07 jari 1225         this.framework.setStatusText(this.status);
2 26 Feb 07 jari 1226         Graphics g = getContentComponent().getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1227         drawSpot(g, spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1228         g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1229         hideTipWindow();
2 26 Feb 07 jari 1230     }
2 26 Feb 07 jari 1231
2 26 Feb 07 jari 1232     /**
2 26 Feb 07 jari 1233      * Selects a specified node.
2 26 Feb 07 jari 1234      */
2 26 Feb 07 jari 1235     private void selectSpot(int spotIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1236         this.status = framework.getStatusText(); // remember original status
2 26 Feb 07 jari 1237         if (this.isGenes)
2 26 Feb 07 jari 1238             this.framework.setStatusText("Gene Id: "+data.getUniqueId(spotIndex)+" Gene Name: "+data.getGeneName(spotIndex));
2 26 Feb 07 jari 1239         else
2 26 Feb 07 jari 1240             this.framework.setStatusText("Sample: "+data.getSampleName(spotIndex));
2 26 Feb 07 jari 1241         Graphics g = getContentComponent().getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 1242         drawSelectedSpot(g, spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1243         g.dispose();
2 26 Feb 07 jari 1244         showTipWindow(spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1245     }
2 26 Feb 07 jari 1246
2 26 Feb 07 jari 1247     private void showTipWindow(int spot) {
2 26 Feb 07 jari 1248         if (this.isGenes && this.labelIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 1249             return;
2 26 Feb 07 jari 1250         Component content = getContentComponent();
2 26 Feb 07 jari 1251         String text = this.isGenes ? this.data.getElementAttribute(spot, this.labelIndex) : data.getSampleName(spot);
2 26 Feb 07 jari 1252
2 26 Feb 07 jari 1253         JToolTip tooltip = new JToolTip();
2 26 Feb 07 jari 1254         tooltip.setTipText(text);
2 26 Feb 07 jari 1255         Dimension size = tooltip.getPreferredSize();
2 26 Feb 07 jari 1256
2 26 Feb 07 jari 1257         float scale = getScale();
2 26 Feb 07 jari 1258         float x = (this.coords[spot][0])*scale+this.insets.left+this.elementSize.width/2+10;
2 26 Feb 07 jari 1259         float y = (this.coords[spot][1])*scale+this.insets.top+(float)(this.elementSize.height-size.getHeight())/2;
2 26 Feb 07 jari 1260         
2 26 Feb 07 jari 1261         Point screenLocation = content.getLocationOnScreen();
2 26 Feb 07 jari 1262
2 26 Feb 07 jari 1263         this.tipWindow.getContentPane().add(tooltip, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 1264         this.tipWindow.setLocation((int)(screenLocation.x+x), (int)(screenLocation.y+y));
2 26 Feb 07 jari 1265         this.tipWindow.pack();
2 26 Feb 07 jari 1266         this.tipWindow.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1267     }
2 26 Feb 07 jari 1268
2 26 Feb 07 jari 1269     private void hideTipWindow() {
2 26 Feb 07 jari 1270         this.tipWindow.getContentPane().removeAll();
2 26 Feb 07 jari 1271         this.tipWindow.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 1272     }
2 26 Feb 07 jari 1273
2 26 Feb 07 jari 1274     private JWindow createTipWindow() {
2 26 Feb 07 jari 1275         return new JWindow(JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent()) );
2 26 Feb 07 jari 1276     }
2 26 Feb 07 jari 1277
2 26 Feb 07 jari 1278     /**
2 26 Feb 07 jari 1279      * Sets rectangle shape type.
2 26 Feb 07 jari 1280      */
2 26 Feb 07 jari 1281     private void onShapeRect() {
2 26 Feb 07 jari 1282         setShapeType(SHAPE_RECT);
2 26 Feb 07 jari 1283     }
2 26 Feb 07 jari 1284
2 26 Feb 07 jari 1285     /**
2 26 Feb 07 jari 1286      * Sets oval shape type.
2 26 Feb 07 jari 1287      */
2 26 Feb 07 jari 1288     private void onShapeOval() {
2 26 Feb 07 jari 1289         setShapeType(SHAPE_OVAL);
2 26 Feb 07 jari 1290     }
2 26 Feb 07 jari 1291
2 26 Feb 07 jari 1292     /**
2 26 Feb 07 jari 1293      * Sets specified shape type.
2 26 Feb 07 jari 1294      */
2 26 Feb 07 jari 1295     private void setShapeType(int type) {
2 26 Feb 07 jari 1296         this.shape_type = type;
2 26 Feb 07 jari 1297         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1298     }
2 26 Feb 07 jari 1299
2 26 Feb 07 jari 1300     /**
2 26 Feb 07 jari 1301      * @return true, if there is a selected node.
2 26 Feb 07 jari 1302      */
2 26 Feb 07 jari 1303     private boolean hasSelected() {
2 26 Feb 07 jari 1304         for (int i=0; i<this.selected.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1305             if (this.selected[i]) {
2 26 Feb 07 jari 1306                 return true;
2 26 Feb 07 jari 1307             }
2 26 Feb 07 jari 1308         }
2 26 Feb 07 jari 1309         return false;
2 26 Feb 07 jari 1310     }
2 26 Feb 07 jari 1311
2 26 Feb 07 jari 1312     /**
2 26 Feb 07 jari 1313      * Sets the user defined public color for selected nodes.
2 26 Feb 07 jari 1314      */
2 26 Feb 07 jari 1315     private void onSetPublicCluster() {
2 26 Feb 07 jari 1316         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1317         Color color = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", Color.green);
2 26 Feb 07 jari 1318         if (color == null) {
2 26 Feb 07 jari 1319             return;
2 26 Feb 07 jari 1320         }
2 26 Feb 07 jari 1321         int count = 0;
2 26 Feb 07 jari 1322         for (int i=0; i<this.selected.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1323             if (this.selected[i]) {
2 26 Feb 07 jari 1324                 count++;
2 26 Feb 07 jari 1325             }
2 26 Feb 07 jari 1326         }
2 26 Feb 07 jari 1327         if (count == 0) {
2 26 Feb 07 jari 1328             return;
2 26 Feb 07 jari 1329         }
2 26 Feb 07 jari 1330         int[] probes = new int[count];
2 26 Feb 07 jari 1331         int pos = 0;
2 26 Feb 07 jari 1332         for (int i=0; i<this.selected.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1333             if (this.selected[i]) {
2 26 Feb 07 jari 1334                 probes[pos] = i;
2 26 Feb 07 jari 1335                 pos++;
2 26 Feb 07 jari 1336             }
2 26 Feb 07 jari 1337         }
2 26 Feb 07 jari 1338         if (this.isGenes)
2 26 Feb 07 jari 1339             this.data.setProbesColor(probes, color);
2 26 Feb 07 jari 1340         else
2 26 Feb 07 jari 1341             this.data.setExperimentColor(probes, color);
2 26 Feb 07 jari 1342
2 26 Feb 07 jari 1343         clearSelected(this.selected);
2 26 Feb 07 jari 1344         repaint();
2 26 Feb 07 jari 1345     }
2 26 Feb 07 jari 1346
2 26 Feb 07 jari 1347     /**
2 26 Feb 07 jari 1348      * Shows list of clusters for specified node.
2 26 Feb 07 jari 1349      */
2 26 Feb 07 jari 1350     private void onFindCluster(int index) {
2 26 Feb 07 jari 1351         ArrayList info = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 1352         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1353             if (this.clusters[indices[i]].length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 1354                 for (int j=0; j<this.clusters[indices[i]].length; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1355                     if (index == this.clusters[indices[i]][j]) {
2 26 Feb 07 jari 1356                         info.add(new String("Cluster "+String.valueOf(indices[i]+1)+" ("+clusters[indices[i]].length+")"));
2 26 Feb 07 jari 1357                         continue;
2 26 Feb 07 jari 1358                     }
2 26 Feb 07 jari 1359                 }
2 26 Feb 07 jari 1360             }
2 26 Feb 07 jari 1361         }
2 26 Feb 07 jari 1362         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 1363         String nodeName = this.isGenes ? (this.data.getUniqueId(index)+ " ("+this.data.getGeneName(index)+")") : this.data.getSampleName(index);
2 26 Feb 07 jari 1364         String title = "Clusters for node: "+nodeName;
2 26 Feb 07 jari 1365         RelNetClusterList list = new RelNetClusterList(frame, title, info.toArray(new String[info.size()]));
2 26 Feb 07 jari 1366         list.showModal();
2 26 Feb 07 jari 1367     }
2 26 Feb 07 jari 1368
2 26 Feb 07 jari 1369     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 1370      */
2 26 Feb 07 jari 1371     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 1372         return null;
2 26 Feb 07 jari 1373     }
2 26 Feb 07 jari 1374     
2 26 Feb 07 jari 1375     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 1376      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 1377      */
2 26 Feb 07 jari 1378     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1379         return null;
2 26 Feb 07 jari 1380     }
2 26 Feb 07 jari 1381     
2 26 Feb 07 jari 1382     
2 26 Feb 07 jari 1383     public void setExperiment(Experiment e){
2 26 Feb 07 jari 1384       this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 1385       this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 1386     }
2 26 Feb 07 jari 1387     
2 26 Feb 07 jari 1388     //EH begin added methods for state-saving
2 26 Feb 07 jari 1389     public int getExperimentID(){
2 26 Feb 07 jari 1390       return exptID;
2 26 Feb 07 jari 1391     }
2 26 Feb 07 jari 1392     public void setExperimentID(int i){
2 26 Feb 07 jari 1393       this.exptID = i;
2 26 Feb 07 jari 1394     }
2 26 Feb 07 jari 1395     //EH end added methods for state-saving
2 26 Feb 07 jari 1396
2 26 Feb 07 jari 1397    public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 1398     //     return null;
2 26 Feb 07 jari 1399       return clusters;
2 26 Feb 07 jari 1400     }
2 26 Feb 07 jari 1401     
2 26 Feb 07 jari 1402     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1403    //EH      return null;
2 26 Feb 07 jari 1404        return experiment;
2 26 Feb 07 jari 1405     }
2 26 Feb 07 jari 1406     
2 26 Feb 07 jari 1407     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1408      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1409      */
2 26 Feb 07 jari 1410     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1411         if(this.isGenes)
2 26 Feb 07 jari 1412             return Cluster.GENE_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 1413         return Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER;
2 26 Feb 07 jari 1414     }
2 26 Feb 07 jari 1415     
2 26 Feb 07 jari 1416     /**
2 26 Feb 07 jari 1417      * The class to listen to mouse and menu actions events.
2 26 Feb 07 jari 1418      */
2 26 Feb 07 jari 1419     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, MouseMotionListener {
2 26 Feb 07 jari 1420
2 26 Feb 07 jari 1421         private boolean isSpotSelected = false;
2 26 Feb 07 jari 1422         private int spotIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 1423         private Rectangle2D.Float spotRect = new Rectangle2D.Float();
2 26 Feb 07 jari 1424
2 26 Feb 07 jari 1425         private boolean isZoomStarted = false;
2 26 Feb 07 jari 1426         private Rectangle zoomRect = new Rectangle();
2 26 Feb 07 jari 1427         private Point zoomPoint = new Point(); // starting point to draw zoom rect
2 26 Feb 07 jari 1428
2 26 Feb 07 jari 1429         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1430             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1431             if (command.equals(SET_BACKGROUND_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1432                 onSetBackgroundColor();
2 26 Feb 07 jari 1433             } else if (command.equals(SET_SELECTION_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1434                 onSetSelectionColor();
2 26 Feb 07 jari 1435             } else if (command.equals(SET_LABEL_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1436                 onSetLabelColor();
2 26 Feb 07 jari 1437             } else if (command.equals(ZOOM_IN_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1438                 onZoomIn();
2 26 Feb 07 jari 1439             } else if (command.equals(ZOOM_OUT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1440                 onZoomOut();
2 26 Feb 07 jari 1441             } else if (command.equals(SHOW_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1442                 onShowAll();
2 26 Feb 07 jari 1443             } else if (command.equals(CIRCULAR_LAYOUT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1444                 //onCircularLayout();
2 26 Feb 07 jari 1445             } else if (command.equals(RANDOM_LAYOUT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1446                 //onRandomLayout();
2 26 Feb 07 jari 1447             } else if (command.equals(DEBUG_LAYOUT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1448                 //onDebugLayout();
2 26 Feb 07 jari 1449             } else if (command.equals(SELECT_BY_DEGREE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1450                 onDegreeSelection();
2 26 Feb 07 jari 1451             } else if (command.equals(SELECT_BY_GENE_ID_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1452                 onGeneIDSelection();
2 26 Feb 07 jari 1453             } else if (command.equals(LINKS_THRESHOLD_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1454                 onLinksThreshold();
2 26 Feb 07 jari 1455             } else if (command.equals(LINKS_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1456                 onLinksColor();
2 26 Feb 07 jari 1457             } else if (command.equals(DESELECT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1458                 onDeselect();
2 26 Feb 07 jari 1459             } else if (command.equals(SHAPE_OVAL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1460                 onShapeOval();
2 26 Feb 07 jari 1461             } else if (command.equals(SHAPE_RECT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1462                 onShapeRect();
2 26 Feb 07 jari 1463             } else if (command.equals(SET_PUBLIC_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1464                 onSetPublicCluster();
2 26 Feb 07 jari 1465             } else if (command.equals(FIND_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1466                 onFindCluster(spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1467             }
2 26 Feb 07 jari 1468         }
2 26 Feb 07 jari 1469
2 26 Feb 07 jari 1470         public void mouseDragged(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1471             if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e)) {
2 26 Feb 07 jari 1472                 return;
2 26 Feb 07 jari 1473             }
2 26 Feb 07 jari 1474             if (isZoomStarted) {
2 26 Feb 07 jari 1475                 processDrawZoom(e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1476             } else {
2 26 Feb 07 jari 1477                 startDrawZoom(e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1478             }
2 26 Feb 07 jari 1479         }
2 26 Feb 07 jari 1480
2 26 Feb 07 jari 1481         private void startDrawZoom(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 1482             isZoomStarted = true;
2 26 Feb 07 jari 1483             zoomPoint.setLocation(x, y);
2 26 Feb 07 jari 1484             onStartDrawZoom();
2 26 Feb 07 jari 1485         }
2 26 Feb 07 jari 1486
2 26 Feb 07 jari 1487         private void processDrawZoom(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 1488             int X = x;
2 26 Feb 07 jari 1489             if (x > zoomPoint.x) {
2 26 Feb 07 jari 1490                 X = zoomPoint.x;
2 26 Feb 07 jari 1491             }
2 26 Feb 07 jari 1492             int Y = y;
2 26 Feb 07 jari 1493             if (y > zoomPoint.y) {
2 26 Feb 07 jari 1494                 Y = zoomPoint.y;
2 26 Feb 07 jari 1495             }
2 26 Feb 07 jari 1496             zoomRect.setBounds(X, Y, Math.abs(x-zoomPoint.x), Math.abs(y-zoomPoint.y));
2 26 Feb 07 jari 1497             drawZoomRect(zoomRect);
2 26 Feb 07 jari 1498         }
2 26 Feb 07 jari 1499
2 26 Feb 07 jari 1500         private void stopDrawZoom() {
2 26 Feb 07 jari 1501             isZoomStarted = false;
2 26 Feb 07 jari 1502             zoom(zoomRect);
2 26 Feb 07 jari 1503         }
2 26 Feb 07 jari 1504
2 26 Feb 07 jari 1505         public void mouseMoved(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1506             if (popup.isVisible()) {
2 26 Feb 07 jari 1507                 return;
2 26 Feb 07 jari 1508             }
2 26 Feb 07 jari 1509             float scale  = getScale();
2 26 Feb 07 jari 1510             float X = (float)(e.getX()-insets.left)/scale;
2 26 Feb 07 jari 1511             float Y = (float)(e.getY()-insets.top)/scale;
2 26 Feb 07 jari 1512             if (isSpotSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1513                 if (spotRect.contains(X, Y)) {
2 26 Feb 07 jari 1514                     return;
2 26 Feb 07 jari 1515                 } else {
2 26 Feb 07 jari 1516                     isSpotSelected = false;
2 26 Feb 07 jari 1517                     unselectSpot(spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1518                     spotIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 1519                 }
2 26 Feb 07 jari 1520             }
2 26 Feb 07 jari 1521             if ((spotIndex = findSpot(X, Y, spotRect)) != -1) {
2 26 Feb 07 jari 1522                 selectSpot(spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1523                 isSpotSelected = true;
2 26 Feb 07 jari 1524             }
2 26 Feb 07 jari 1525         }
2 26 Feb 07 jari 1526
2 26 Feb 07 jari 1527         public void mouseClicked(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1528             if (SwingUtilities.isRightMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 1529                 return;
2 26 Feb 07 jari 1530             }
2 26 Feb 07 jari 1531             if (event.isShiftDown()) {
2 26 Feb 07 jari 1532                 // zooming process
2 26 Feb 07 jari 1533             } else {
2 26 Feb 07 jari 1534                 // clickable spot feature
2 26 Feb 07 jari 1535                 if (isSpotSelected) {
2 26 Feb 07 jari 1536                     if (RelevanceNetworkViewer.this.isGenes)
2 26 Feb 07 jari 1537                         framework.displaySlideElementInfo(0, spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1538                     else 
2 26 Feb 07 jari 1539                         framework.displaySingleArrayViewer(spotIndex);
2 26 Feb 07 jari 1540                 }
2 26 Feb 07 jari 1541             }
2 26 Feb 07 jari 1542         }
2 26 Feb 07 jari 1543
2 26 Feb 07 jari 1544         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1545             if (SwingUtilities.isRightMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 1546                 maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 1547             } else {
2 26 Feb 07 jari 1548                 if (isZoomStarted) {
2 26 Feb 07 jari 1549                     stopDrawZoom();
2 26 Feb 07 jari 1550                 }
2 26 Feb 07 jari 1551             }
2 26 Feb 07 jari 1552         }
2 26 Feb 07 jari 1553
2 26 Feb 07 jari 1554         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1555             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1556                 return;
2 26 Feb 07 jari 1557             }
2 26 Feb 07 jari 1558             setEnableMenuItem(ZOOM_OUT_CMD, getPreferredSize().width-insets.left-insets.right >= 300 || getPreferredSize().height-insets.top-insets.bottom >= 300);
2 26 Feb 07 jari 1559             setEnableMenuItem(ZOOM_IN_CMD, Math.max(getWidth()+insets.left+insets.right, getHeight()+insets.top+insets.bottom) < MAX_CONTENT_SIZE/ZOOM_COEFFICIENT-1);
2 26 Feb 07 jari 1560             setEnableMenuItem(SET_PUBLIC_CLUSTER_CMD, hasSelected());
2 26 Feb 07 jari 1561             setEnableMenuItem(FIND_CLUSTER_CMD, isSpotSelected);
2 26 Feb 07 jari 1562             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1563         }
2 26 Feb 07 jari 1564     }
2 26 Feb 07 jari 1565 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)