mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sam/SAMState.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * SAMState.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on February 3, 2003, 10:31 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sam;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 17 /**
2 26 Feb 07 jari 18  *
2 26 Feb 07 jari 19  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 20  * @version 
2 26 Feb 07 jari 21  */
2 26 Feb 07 jari 22 public class SAMState {
2 26 Feb 07 jari 23     
2 26 Feb 07 jari 24     public static boolean firstRun = true, useAllUniquePerms; 
2 26 Feb 07 jari 25     public static int[] groupAssignments, numSigGenesByDelta, sortedDArrayIndices;
2 26 Feb 07 jari 26     public static int studyDesign, numCombs, numNeighbors, numMultiClassGroups, numUniquePerms;
2 26 Feb 07 jari 27     public static boolean useKNearest, /*isHierarchicalTree,*/ calculateQLowestFDR, useTusherEtAlS0;
2 26 Feb 07 jari 28     public static double delta, sNought, pi0Hat, s0Percentile, oneClassMean; 
2 26 Feb 07 jari 29     public static double[] dBarValues, sortedDArray, deltaGrid, medNumFalselyCalledGenesByDelta, dArray, rArray, survivalTimes; 
2 26 Feb 07 jari 30     public static double[] ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta, FDRmedian, FDR90thPercentile, qLowestFDR;
2 26 Feb 07 jari 31     public static boolean[] inSurvivalAnalysis, censored;
2 26 Feb 07 jari 32     public static FloatMatrix imputedMatrix;
2 26 Feb 07 jari 33     public static Vector pairedGroupAExpts, pairedGroupBExpts;
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     /** Creates new SAMState */
2 26 Feb 07 jari 36     public SAMState() {
2 26 Feb 07 jari 37     }
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39   /**
2 26 Feb 07 jari 40    * @return Returns the calculateQLowestFDR.
2 26 Feb 07 jari 41    */
2 26 Feb 07 jari 42   public static boolean isCalculateQLowestFDR() {
2 26 Feb 07 jari 43     return calculateQLowestFDR;
2 26 Feb 07 jari 44   }
2 26 Feb 07 jari 45   /**
2 26 Feb 07 jari 46    * @param calculateQLowestFDR The calculateQLowestFDR to set.
2 26 Feb 07 jari 47    */
2 26 Feb 07 jari 48   public static void setCalculateQLowestFDR(boolean calculateQLowestFDR) {
2 26 Feb 07 jari 49     SAMState.calculateQLowestFDR = calculateQLowestFDR;
2 26 Feb 07 jari 50   }
2 26 Feb 07 jari 51   /**
2 26 Feb 07 jari 52    * @return Returns the censored.
2 26 Feb 07 jari 53    */
2 26 Feb 07 jari 54   public static boolean[] getCensored() {
2 26 Feb 07 jari 55     return censored;
2 26 Feb 07 jari 56   }
2 26 Feb 07 jari 57   /**
2 26 Feb 07 jari 58    * @param censored The censored to set.
2 26 Feb 07 jari 59    */
2 26 Feb 07 jari 60   public static void setCensored(boolean[] censored) {
2 26 Feb 07 jari 61     SAMState.censored = censored;
2 26 Feb 07 jari 62   }
2 26 Feb 07 jari 63   /**
2 26 Feb 07 jari 64    * @return Returns the dArray.
2 26 Feb 07 jari 65    */
2 26 Feb 07 jari 66   public static double[] getDArray() {
2 26 Feb 07 jari 67     return dArray;
2 26 Feb 07 jari 68   }
2 26 Feb 07 jari 69   /**
2 26 Feb 07 jari 70    * @param array The dArray to set.
2 26 Feb 07 jari 71    */
2 26 Feb 07 jari 72   public static void setDArray(double[] array) {
2 26 Feb 07 jari 73     dArray = array;
2 26 Feb 07 jari 74   }
2 26 Feb 07 jari 75   /**
2 26 Feb 07 jari 76    * @return Returns the dBarValues.
2 26 Feb 07 jari 77    */
2 26 Feb 07 jari 78   public static double[] getDBarValues() {
2 26 Feb 07 jari 79     return dBarValues;
2 26 Feb 07 jari 80   }
2 26 Feb 07 jari 81   /**
2 26 Feb 07 jari 82    * @param barValues The dBarValues to set.
2 26 Feb 07 jari 83    */
2 26 Feb 07 jari 84   public static void setDBarValues(double[] barValues) {
2 26 Feb 07 jari 85     dBarValues = barValues;
2 26 Feb 07 jari 86   }
2 26 Feb 07 jari 87   /**
2 26 Feb 07 jari 88    * @return Returns the delta.
2 26 Feb 07 jari 89    */
2 26 Feb 07 jari 90   public static double getDelta() {
2 26 Feb 07 jari 91     return delta;
2 26 Feb 07 jari 92   }
2 26 Feb 07 jari 93   /**
2 26 Feb 07 jari 94    * @param delta The delta to set.
2 26 Feb 07 jari 95    */
2 26 Feb 07 jari 96   public static void setDelta(double delta) {
2 26 Feb 07 jari 97     SAMState.delta = delta;
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99   /**
2 26 Feb 07 jari 100    * @return Returns the deltaGrid.
2 26 Feb 07 jari 101    */
2 26 Feb 07 jari 102   public static double[] getDeltaGrid() {
2 26 Feb 07 jari 103     return deltaGrid;
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105   /**
2 26 Feb 07 jari 106    * @param deltaGrid The deltaGrid to set.
2 26 Feb 07 jari 107    */
2 26 Feb 07 jari 108   public static void setDeltaGrid(double[] deltaGrid) {
2 26 Feb 07 jari 109     SAMState.deltaGrid = deltaGrid;
2 26 Feb 07 jari 110   }
2 26 Feb 07 jari 111   /**
2 26 Feb 07 jari 112    * @return Returns the fDR90thPercentile.
2 26 Feb 07 jari 113    */
2 26 Feb 07 jari 114   public static double[] getFDR90thPercentile() {
2 26 Feb 07 jari 115     return FDR90thPercentile;
2 26 Feb 07 jari 116   }
2 26 Feb 07 jari 117   /**
2 26 Feb 07 jari 118    * @param percentile The fDR90thPercentile to set.
2 26 Feb 07 jari 119    */
2 26 Feb 07 jari 120   public static void setFDR90thPercentile(double[] percentile) {
2 26 Feb 07 jari 121     FDR90thPercentile = percentile;
2 26 Feb 07 jari 122   }
2 26 Feb 07 jari 123   /**
2 26 Feb 07 jari 124    * @return Returns the fDRmedian.
2 26 Feb 07 jari 125    */
2 26 Feb 07 jari 126   public static double[] getFDRmedian() {
2 26 Feb 07 jari 127     return FDRmedian;
2 26 Feb 07 jari 128   }
2 26 Feb 07 jari 129   /**
2 26 Feb 07 jari 130    * @param rmedian The fDRmedian to set.
2 26 Feb 07 jari 131    */
2 26 Feb 07 jari 132   public static void setFDRmedian(double[] rmedian) {
2 26 Feb 07 jari 133     FDRmedian = rmedian;
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   /**
2 26 Feb 07 jari 136    * @return Returns the firstRun.
2 26 Feb 07 jari 137    */
2 26 Feb 07 jari 138   public static boolean isFirstRun() {
2 26 Feb 07 jari 139     return firstRun;
2 26 Feb 07 jari 140   }
2 26 Feb 07 jari 141   /**
2 26 Feb 07 jari 142    * @param firstRun The firstRun to set.
2 26 Feb 07 jari 143    */
2 26 Feb 07 jari 144   public static void setFirstRun(boolean firstRun) {
2 26 Feb 07 jari 145     SAMState.firstRun = firstRun;
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147   /**
2 26 Feb 07 jari 148    * @return Returns the groupAssignments.
2 26 Feb 07 jari 149    */
2 26 Feb 07 jari 150   public static int[] getGroupAssignments() {
2 26 Feb 07 jari 151     return groupAssignments;
2 26 Feb 07 jari 152   }
2 26 Feb 07 jari 153   /**
2 26 Feb 07 jari 154    * @param groupAssignments The groupAssignments to set.
2 26 Feb 07 jari 155    */
2 26 Feb 07 jari 156   public static void setGroupAssignments(int[] groupAssignments) {
2 26 Feb 07 jari 157     SAMState.groupAssignments = groupAssignments;
2 26 Feb 07 jari 158   }
2 26 Feb 07 jari 159   /**
2 26 Feb 07 jari 160    * @return Returns the imputedMatrix.
2 26 Feb 07 jari 161    */
2 26 Feb 07 jari 162   public static FloatMatrix getImputedMatrix() {
2 26 Feb 07 jari 163     return imputedMatrix;
2 26 Feb 07 jari 164   }
2 26 Feb 07 jari 165   /**
2 26 Feb 07 jari 166    * @param imputedMatrix The imputedMatrix to set.
2 26 Feb 07 jari 167    */
2 26 Feb 07 jari 168   public static void setImputedMatrix(FloatMatrix imputedMatrix) {
2 26 Feb 07 jari 169     SAMState.imputedMatrix = imputedMatrix;
2 26 Feb 07 jari 170   }
2 26 Feb 07 jari 171   /**
2 26 Feb 07 jari 172    * @return Returns the inSurvivalAnalysis.
2 26 Feb 07 jari 173    */
2 26 Feb 07 jari 174   public static boolean[] getInSurvivalAnalysis() {
2 26 Feb 07 jari 175     return inSurvivalAnalysis;
2 26 Feb 07 jari 176   }
2 26 Feb 07 jari 177   /**
2 26 Feb 07 jari 178    * @param inSurvivalAnalysis The inSurvivalAnalysis to set.
2 26 Feb 07 jari 179    */
2 26 Feb 07 jari 180   public static void setInSurvivalAnalysis(boolean[] inSurvivalAnalysis) {
2 26 Feb 07 jari 181     SAMState.inSurvivalAnalysis = inSurvivalAnalysis;
2 26 Feb 07 jari 182   }
2 26 Feb 07 jari 183   /**
2 26 Feb 07 jari 184    * @return Returns the medNumFalselyCalledGenesByDelta.
2 26 Feb 07 jari 185    */
2 26 Feb 07 jari 186   public static double[] getMedNumFalselyCalledGenesByDelta() {
2 26 Feb 07 jari 187     return medNumFalselyCalledGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 188   }
2 26 Feb 07 jari 189   /**
2 26 Feb 07 jari 190    * @param medNumFalselyCalledGenesByDelta The medNumFalselyCalledGenesByDelta to set.
2 26 Feb 07 jari 191    */
2 26 Feb 07 jari 192   public static void setMedNumFalselyCalledGenesByDelta(
2 26 Feb 07 jari 193       double[] medNumFalselyCalledGenesByDelta) {
2 26 Feb 07 jari 194     SAMState.medNumFalselyCalledGenesByDelta = medNumFalselyCalledGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 195   }
2 26 Feb 07 jari 196   /**
2 26 Feb 07 jari 197    * @return Returns the ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta.
2 26 Feb 07 jari 198    */
2 26 Feb 07 jari 199   public static double[] getNinetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta() {
2 26 Feb 07 jari 200     return ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 201   }
2 26 Feb 07 jari 202   /**
2 26 Feb 07 jari 203    * @param ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta The ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta to set.
2 26 Feb 07 jari 204    */
2 26 Feb 07 jari 205   public static void setNinetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta(
2 26 Feb 07 jari 206       double[] ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta) {
2 26 Feb 07 jari 207     SAMState.ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta = ninetiethPercentileFalselyCalledGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 208   }
2 26 Feb 07 jari 209   /**
2 26 Feb 07 jari 210    * @return Returns the numCombs.
2 26 Feb 07 jari 211    */
2 26 Feb 07 jari 212   public static int getNumCombs() {
2 26 Feb 07 jari 213     return numCombs;
2 26 Feb 07 jari 214   }
2 26 Feb 07 jari 215   /**
2 26 Feb 07 jari 216    * @param numCombs The numCombs to set.
2 26 Feb 07 jari 217    */
2 26 Feb 07 jari 218   public static void setNumCombs(int numCombs) {
2 26 Feb 07 jari 219     SAMState.numCombs = numCombs;
2 26 Feb 07 jari 220   }
2 26 Feb 07 jari 221   /**
2 26 Feb 07 jari 222    * @return Returns the numMultiClassGroups.
2 26 Feb 07 jari 223    */
2 26 Feb 07 jari 224   public static int getNumMultiClassGroups() {
2 26 Feb 07 jari 225     return numMultiClassGroups;
2 26 Feb 07 jari 226   }
2 26 Feb 07 jari 227   /**
2 26 Feb 07 jari 228    * @param numMultiClassGroups The numMultiClassGroups to set.
2 26 Feb 07 jari 229    */
2 26 Feb 07 jari 230   public static void setNumMultiClassGroups(int numMultiClassGroups) {
2 26 Feb 07 jari 231     SAMState.numMultiClassGroups = numMultiClassGroups;
2 26 Feb 07 jari 232   }
2 26 Feb 07 jari 233   /**
2 26 Feb 07 jari 234    * @return Returns the numNeighbors.
2 26 Feb 07 jari 235    */
2 26 Feb 07 jari 236   public static int getNumNeighbors() {
2 26 Feb 07 jari 237     return numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 238   }
2 26 Feb 07 jari 239   /**
2 26 Feb 07 jari 240    * @param numNeighbors The numNeighbors to set.
2 26 Feb 07 jari 241    */
2 26 Feb 07 jari 242   public static void setNumNeighbors(int numNeighbors) {
2 26 Feb 07 jari 243     SAMState.numNeighbors = numNeighbors;
2 26 Feb 07 jari 244   }
2 26 Feb 07 jari 245   /**
2 26 Feb 07 jari 246    * @return Returns the numSigGenesByDelta.
2 26 Feb 07 jari 247    */
2 26 Feb 07 jari 248   public static int[] getNumSigGenesByDelta() {
2 26 Feb 07 jari 249     return numSigGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 250   }
2 26 Feb 07 jari 251   /**
2 26 Feb 07 jari 252    * @param numSigGenesByDelta The numSigGenesByDelta to set.
2 26 Feb 07 jari 253    */
2 26 Feb 07 jari 254   public static void setNumSigGenesByDelta(int[] numSigGenesByDelta) {
2 26 Feb 07 jari 255     SAMState.numSigGenesByDelta = numSigGenesByDelta;
2 26 Feb 07 jari 256   }
2 26 Feb 07 jari 257   /**
2 26 Feb 07 jari 258    * @return Returns the numUniquePerms.
2 26 Feb 07 jari 259    */
2 26 Feb 07 jari 260   public static int getNumUniquePerms() {
2 26 Feb 07 jari 261     return numUniquePerms;
2 26 Feb 07 jari 262   }
2 26 Feb 07 jari 263   /**
2 26 Feb 07 jari 264    * @param numUniquePerms The numUniquePerms to set.
2 26 Feb 07 jari 265    */
2 26 Feb 07 jari 266   public static void setNumUniquePerms(int numUniquePerms) {
2 26 Feb 07 jari 267     SAMState.numUniquePerms = numUniquePerms;
2 26 Feb 07 jari 268   }
2 26 Feb 07 jari 269   /**
2 26 Feb 07 jari 270    * @return Returns the oneClassMean.
2 26 Feb 07 jari 271    */
2 26 Feb 07 jari 272   public static double getOneClassMean() {
2 26 Feb 07 jari 273     return oneClassMean;
2 26 Feb 07 jari 274   }
2 26 Feb 07 jari 275   /**
2 26 Feb 07 jari 276    * @param oneClassMean The oneClassMean to set.
2 26 Feb 07 jari 277    */
2 26 Feb 07 jari 278   public static void setOneClassMean(double oneClassMean) {
2 26 Feb 07 jari 279     SAMState.oneClassMean = oneClassMean;
2 26 Feb 07 jari 280   }
2 26 Feb 07 jari 281   /**
2 26 Feb 07 jari 282    * @return Returns the pairedGroupAExpts.
2 26 Feb 07 jari 283    */
2 26 Feb 07 jari 284   public static Vector getPairedGroupAExpts() {
2 26 Feb 07 jari 285     return pairedGroupAExpts;
2 26 Feb 07 jari 286   }
2 26 Feb 07 jari 287   /**
2 26 Feb 07 jari 288    * @param pairedGroupAExpts The pairedGroupAExpts to set.
2 26 Feb 07 jari 289    */
2 26 Feb 07 jari 290   public static void setPairedGroupAExpts(Vector pairedGroupAExpts) {
2 26 Feb 07 jari 291     SAMState.pairedGroupAExpts = pairedGroupAExpts;
2 26 Feb 07 jari 292   }
2 26 Feb 07 jari 293   /**
2 26 Feb 07 jari 294    * @return Returns the pairedGroupBExpts.
2 26 Feb 07 jari 295    */
2 26 Feb 07 jari 296   public static Vector getPairedGroupBExpts() {
2 26 Feb 07 jari 297     return pairedGroupBExpts;
2 26 Feb 07 jari 298   }
2 26 Feb 07 jari 299   /**
2 26 Feb 07 jari 300    * @param pairedGroupBExpts The pairedGroupBExpts to set.
2 26 Feb 07 jari 301    */
2 26 Feb 07 jari 302   public static void setPairedGroupBExpts(Vector pairedGroupBExpts) {
2 26 Feb 07 jari 303     SAMState.pairedGroupBExpts = pairedGroupBExpts;
2 26 Feb 07 jari 304   }
2 26 Feb 07 jari 305   /**
2 26 Feb 07 jari 306    * @return Returns the pi0Hat.
2 26 Feb 07 jari 307    */
2 26 Feb 07 jari 308   public static double getPi0Hat() {
2 26 Feb 07 jari 309     return pi0Hat;
2 26 Feb 07 jari 310   }
2 26 Feb 07 jari 311   /**
2 26 Feb 07 jari 312    * @param pi0Hat The pi0Hat to set.
2 26 Feb 07 jari 313    */
2 26 Feb 07 jari 314   public static void setPi0Hat(double pi0Hat) {
2 26 Feb 07 jari 315     SAMState.pi0Hat = pi0Hat;
2 26 Feb 07 jari 316   }
2 26 Feb 07 jari 317   /**
2 26 Feb 07 jari 318    * @return Returns the qLowestFDR.
2 26 Feb 07 jari 319    */
2 26 Feb 07 jari 320   public static double[] getQLowestFDR() {
2 26 Feb 07 jari 321     return qLowestFDR;
2 26 Feb 07 jari 322   }
2 26 Feb 07 jari 323   /**
2 26 Feb 07 jari 324    * @param lowestFDR The qLowestFDR to set.
2 26 Feb 07 jari 325    */
2 26 Feb 07 jari 326   public static void setQLowestFDR(double[] lowestFDR) {
2 26 Feb 07 jari 327     qLowestFDR = lowestFDR;
2 26 Feb 07 jari 328   }
2 26 Feb 07 jari 329   /**
2 26 Feb 07 jari 330    * @return Returns the rArray.
2 26 Feb 07 jari 331    */
2 26 Feb 07 jari 332   public static double[] getRArray() {
2 26 Feb 07 jari 333     return rArray;
2 26 Feb 07 jari 334   }
2 26 Feb 07 jari 335   /**
2 26 Feb 07 jari 336    * @param array The rArray to set.
2 26 Feb 07 jari 337    */
2 26 Feb 07 jari 338   public static void setRArray(double[] array) {
2 26 Feb 07 jari 339     rArray = array;
2 26 Feb 07 jari 340   }
2 26 Feb 07 jari 341   /**
2 26 Feb 07 jari 342    * @return Returns the s0Percentile.
2 26 Feb 07 jari 343    */
2 26 Feb 07 jari 344   public static double getS0Percentile() {
2 26 Feb 07 jari 345     return s0Percentile;
2 26 Feb 07 jari 346   }
2 26 Feb 07 jari 347   /**
2 26 Feb 07 jari 348    * @param percentile The s0Percentile to set.
2 26 Feb 07 jari 349    */
2 26 Feb 07 jari 350   public static void setS0Percentile(double percentile) {
2 26 Feb 07 jari 351     s0Percentile = percentile;
2 26 Feb 07 jari 352   }
2 26 Feb 07 jari 353   /**
2 26 Feb 07 jari 354    * @return Returns the sNought.
2 26 Feb 07 jari 355    */
2 26 Feb 07 jari 356   public static double getSNought() {
2 26 Feb 07 jari 357     return sNought;
2 26 Feb 07 jari 358   }
2 26 Feb 07 jari 359   /**
2 26 Feb 07 jari 360    * @param nought The sNought to set.
2 26 Feb 07 jari 361    */
2 26 Feb 07 jari 362   public static void setSNought(double nought) {
2 26 Feb 07 jari 363     sNought = nought;
2 26 Feb 07 jari 364   }
2 26 Feb 07 jari 365   /**
2 26 Feb 07 jari 366    * @return Returns the sortedDArray.
2 26 Feb 07 jari 367    */
2 26 Feb 07 jari 368   public static double[] getSortedDArray() {
2 26 Feb 07 jari 369     return sortedDArray;
2 26 Feb 07 jari 370   }
2 26 Feb 07 jari 371   /**
2 26 Feb 07 jari 372    * @param sortedDArray The sortedDArray to set.
2 26 Feb 07 jari 373    */
2 26 Feb 07 jari 374   public static void setSortedDArray(double[] sortedDArray) {
2 26 Feb 07 jari 375     SAMState.sortedDArray = sortedDArray;
2 26 Feb 07 jari 376   }
2 26 Feb 07 jari 377   /**
2 26 Feb 07 jari 378    * @return Returns the sortedDArrayIndices.
2 26 Feb 07 jari 379    */
2 26 Feb 07 jari 380   public static int[] getSortedDArrayIndices() {
2 26 Feb 07 jari 381     return sortedDArrayIndices;
2 26 Feb 07 jari 382   }
2 26 Feb 07 jari 383   /**
2 26 Feb 07 jari 384    * @param sortedDArrayIndices The sortedDArrayIndices to set.
2 26 Feb 07 jari 385    */
2 26 Feb 07 jari 386   public static void setSortedDArrayIndices(int[] sortedDArrayIndices) {
2 26 Feb 07 jari 387     SAMState.sortedDArrayIndices = sortedDArrayIndices;
2 26 Feb 07 jari 388   }
2 26 Feb 07 jari 389   /**
2 26 Feb 07 jari 390    * @return Returns the studyDesign.
2 26 Feb 07 jari 391    */
2 26 Feb 07 jari 392   public static int getStudyDesign() {
2 26 Feb 07 jari 393     return studyDesign;
2 26 Feb 07 jari 394   }
2 26 Feb 07 jari 395   /**
2 26 Feb 07 jari 396    * @param studyDesign The studyDesign to set.
2 26 Feb 07 jari 397    */
2 26 Feb 07 jari 398   public static void setStudyDesign(int studyDesign) {
2 26 Feb 07 jari 399     SAMState.studyDesign = studyDesign;
2 26 Feb 07 jari 400   }
2 26 Feb 07 jari 401   /**
2 26 Feb 07 jari 402    * @return Returns the survivalTimes.
2 26 Feb 07 jari 403    */
2 26 Feb 07 jari 404   public static double[] getSurvivalTimes() {
2 26 Feb 07 jari 405     return survivalTimes;
2 26 Feb 07 jari 406   }
2 26 Feb 07 jari 407   /**
2 26 Feb 07 jari 408    * @param survivalTimes The survivalTimes to set.
2 26 Feb 07 jari 409    */
2 26 Feb 07 jari 410   public static void setSurvivalTimes(double[] survivalTimes) {
2 26 Feb 07 jari 411     SAMState.survivalTimes = survivalTimes;
2 26 Feb 07 jari 412   }
2 26 Feb 07 jari 413   /**
2 26 Feb 07 jari 414    * @return Returns the useAllUniquePerms.
2 26 Feb 07 jari 415    */
2 26 Feb 07 jari 416   public static boolean isUseAllUniquePerms() {
2 26 Feb 07 jari 417     return useAllUniquePerms;
2 26 Feb 07 jari 418   }
2 26 Feb 07 jari 419   /**
2 26 Feb 07 jari 420    * @param useAllUniquePerms The useAllUniquePerms to set.
2 26 Feb 07 jari 421    */
2 26 Feb 07 jari 422   public static void setUseAllUniquePerms(boolean useAllUniquePerms) {
2 26 Feb 07 jari 423     SAMState.useAllUniquePerms = useAllUniquePerms;
2 26 Feb 07 jari 424   }
2 26 Feb 07 jari 425   /**
2 26 Feb 07 jari 426    * @return Returns the useKNearest.
2 26 Feb 07 jari 427    */
2 26 Feb 07 jari 428   public static boolean isUseKNearest() {
2 26 Feb 07 jari 429     return useKNearest;
2 26 Feb 07 jari 430   }
2 26 Feb 07 jari 431   /**
2 26 Feb 07 jari 432    * @param useKNearest The useKNearest to set.
2 26 Feb 07 jari 433    */
2 26 Feb 07 jari 434   public static void setUseKNearest(boolean useKNearest) {
2 26 Feb 07 jari 435     SAMState.useKNearest = useKNearest;
2 26 Feb 07 jari 436   }
2 26 Feb 07 jari 437   /**
2 26 Feb 07 jari 438    * @return Returns the useTusherEtAlS0.
2 26 Feb 07 jari 439    */
2 26 Feb 07 jari 440   public static boolean isUseTusherEtAlS0() {
2 26 Feb 07 jari 441     return useTusherEtAlS0;
2 26 Feb 07 jari 442   }
2 26 Feb 07 jari 443   /**
2 26 Feb 07 jari 444    * @param useTusherEtAlS0 The useTusherEtAlS0 to set.
2 26 Feb 07 jari 445    */
2 26 Feb 07 jari 446   public static void setUseTusherEtAlS0(boolean useTusherEtAlS0) {
2 26 Feb 07 jari 447     SAMState.useTusherEtAlS0 = useTusherEtAlS0;
2 26 Feb 07 jari 448     }
2 26 Feb 07 jari 449 }
2 26 Feb 07 jari 450
2 26 Feb 07 jari 451
2 26 Feb 07 jari 452
2 26 Feb 07 jari 453
2 26 Feb 07 jari 454
2 26 Feb 07 jari 455
2 26 Feb 07 jari 456
2 26 Feb 07 jari 457
2 26 Feb 07 jari 458
2 26 Feb 07 jari 459
2 26 Feb 07 jari 460
2 26 Feb 07 jari 461
2 26 Feb 07 jari 462
2 26 Feb 07 jari 463
2 26 Feb 07 jari 464
2 26 Feb 07 jari 465
2 26 Feb 07 jari 466
2 26 Feb 07 jari 467
2 26 Feb 07 jari 468
2 26 Feb 07 jari 469
2 26 Feb 07 jari 470
2 26 Feb 07 jari 471
2 26 Feb 07 jari 472
2 26 Feb 07 jari 473

Generated on Thu Jul 20 09:28:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)