mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/som/SOMExperimentCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOMExperimentCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.som;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class SOMExperimentCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {    
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>SOMCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public SOMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43
2 26 Feb 07 jari 44     /**
2 26 Feb 07 jari 45      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 46      */
2 26 Feb 07 jari 47     public SOMExperimentCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 48       super(experiment, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50     
2 26 Feb 07 jari 51     /**
2 26 Feb 07 jari 52      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 53      */
2 26 Feb 07 jari 54     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 55   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 56   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 57   return popup;
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 65   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 66   try {
2 26 Feb 07 jari 67       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 68   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 69       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 70       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 71   }
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     /**
2 26 Feb 07 jari 75      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 76      */
2 26 Feb 07 jari 77     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 78   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 79   try {
2 26 Feb 07 jari 80       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 81   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 82       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 83       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 84   }
2 26 Feb 07 jari 85     }
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 91   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 92   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 93   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 94       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 95   }
2 26 Feb 07 jari 96     }
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98     /**
2 26 Feb 07 jari 99      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 100      */
2 26 Feb 07 jari 101     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 102   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     /**
2 26 Feb 07 jari 106      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 107      */
2 26 Feb 07 jari 108     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 109   
2 26 Feb 07 jari 110   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 111       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 112       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 113     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 114       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 115     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 116       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 117     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 118       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 119                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 120                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 121                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 122                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 123             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 124                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 125                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 126                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 127                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 128             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 129     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 130       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 131                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 132             }
2 26 Feb 07 jari 133             
2 26 Feb 07 jari 134   }
2 26 Feb 07 jari 135   
2 26 Feb 07 jari 136   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138   }
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 141       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 142   }
2 26 Feb 07 jari 143   
2 26 Feb 07 jari 144   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 145       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 146     return;
2 26 Feb 07 jari 147       }
2 26 Feb 07 jari 148       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 149   }
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152 }
2 26 Feb 07 jari 153

Generated on Thu Jul 20 09:28:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)