mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/som/SOMExperimentClusterViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOMExperimentClusterViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.8 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/08/22 18:03:06 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.som;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterHeader;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 public class SOMExperimentClusterViewer extends ExperimentClusterViewer {
2 26 Feb 07 jari 33
2 26 Feb 07 jari 34     
2 26 Feb 07 jari 35     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     /**
2 26 Feb 07 jari 38      * Constructs a <code>SOMExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 39      * experiment and clusters.
2 26 Feb 07 jari 40      */
2 26 Feb 07 jari 41     public SOMExperimentClusterViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String centroidName, FloatMatrix codes) {
2 26 Feb 07 jari 42   super(experiment, clusters, centroidName, codes.getArrayCopy());
2 26 Feb 07 jari 43   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 44   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 45   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 46   getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     /**
2 26 Feb 07 jari 49      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public SOMExperimentClusterViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] genesOrder, Boolean drawAnnotations, 
2 26 Feb 07 jari 52         Integer offset){
2 26 Feb 07 jari 53       super(e, clusters, genesOrder, drawAnnotations, offset);
2 26 Feb 07 jari 54       Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 55       this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 56       getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 57       getHeaderComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     /**
2 26 Feb 07 jari 61      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 64   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 65   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 66   return popup;
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     
2 26 Feb 07 jari 71     /**
2 26 Feb 07 jari 72      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 73      */
2 26 Feb 07 jari 74     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 75   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 76   try {
2 26 Feb 07 jari 77       saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 78   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 79       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 80       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 81   }
2 26 Feb 07 jari 82     }
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 86      */
2 26 Feb 07 jari 87     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 88   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 89   try {
2 26 Feb 07 jari 90       saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 91   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 92       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 93       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 94   }
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     /**
2 26 Feb 07 jari 98      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 99      */
2 26 Feb 07 jari 100     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 101   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 102   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 103   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 104       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 105   }
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107     
2 26 Feb 07 jari 108     /**
2 26 Feb 07 jari 109      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 110      */
2 26 Feb 07 jari 111     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 112   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     /**
2 26 Feb 07 jari 116      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 117      */
2 26 Feb 07 jari 118     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 119   
2 26 Feb 07 jari 120   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 121       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 122       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 123     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 124       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 125     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 126       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 127     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 128       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 129     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 130       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 131                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 132             }
2 26 Feb 07 jari 133   }
2 26 Feb 07 jari 134   
2 26 Feb 07 jari 135   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 136       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141   }
2 26 Feb 07 jari 142   
2 26 Feb 07 jari 143   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 144       
2 26 Feb 07 jari 145       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 146     return;
2 26 Feb 07 jari 147       }
2 26 Feb 07 jari 148       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 149   }
2 26 Feb 07 jari 150     }
2 26 Feb 07 jari 151 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)