mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/som/SOMExperimentViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3  All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOMExperimentViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:04 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.som;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 44
2 26 Feb 07 jari 45 public class SOMExperimentViewer implements IViewer {    
2 26 Feb 07 jari 46   
2 26 Feb 07 jari 47   private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 48   private ExperimentViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 49   private CentroidExperimentHeader header;
2 26 Feb 07 jari 50   
2 26 Feb 07 jari 51   protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 52   protected static final String SET_DEF_COLOR_CMD = "set-def-color-cmd";
2 26 Feb 07 jari 53   protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 54   protected static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 55   protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 56   
2 26 Feb 07 jari 57   //EH stored for state-saving
2 26 Feb 07 jari 58   private FloatMatrix codes;
2 26 Feb 07 jari 59   private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 60   
2 26 Feb 07 jari 61   /**
2 26 Feb 07 jari 62    * Constructs a <code>SOMExperimentViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 63    * experiment, clusters and codes.
2 26 Feb 07 jari 64    */
2 26 Feb 07 jari 65   public SOMExperimentViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, FloatMatrix codes) {
2 26 Feb 07 jari 66     Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 67     this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     this.expViewer = new ExperimentViewer(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 70     this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     this.header = new CentroidExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent(), codes, clusters, "SOM Vector");
2 26 Feb 07 jari 73     this.codes = codes;
2 26 Feb 07 jari 74     this.experiment = experiment; 
2 26 Feb 07 jari 75     
2 26 Feb 07 jari 76     //this.header = new SOMExperimentHeader(expViewer.getHeaderComponent(), codes, clusters);
2 26 Feb 07 jari 77     //this.header.setColorImages(expViewer.getPosColorImage(), expViewer.getNegColorImage());
2 26 Feb 07 jari 78     this.header.setNegAndPosColorImages(expViewer.getPosColorImage(), expViewer.getNegColorImage());
2 26 Feb 07 jari 79     this.header.setMissingColor(expViewer.getMissingColor());
2 26 Feb 07 jari 80     this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 81     this.header.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83   }
2 26 Feb 07 jari 84
2 26 Feb 07 jari 85   public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 86     return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 87         new Object[]{this.experiment, this.getClusters(), this.codes});
2 26 Feb 07 jari 88   }   
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     public void setExperiment(Experiment e){
2 26 Feb 07 jari 91       expViewer.setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 92     }
2 26 Feb 07 jari 93     public void setExperimentID(int id){
2 26 Feb 07 jari 94       expViewer.setExperimentID(id);
2 26 Feb 07 jari 95     }
2 26 Feb 07 jari 96     public int getExperimentID(){return expViewer.getExperimentID();}
2 26 Feb 07 jari 97     
2 26 Feb 07 jari 98   
2 26 Feb 07 jari 99   /**
2 26 Feb 07 jari 100    * Returns the header component.
2 26 Feb 07 jari 101    */
2 26 Feb 07 jari 102   public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 103     return header;
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105   
2 26 Feb 07 jari 106   /**
2 26 Feb 07 jari 107    * Returns the wrapped experiment viewer.
2 26 Feb 07 jari 108    */
2 26 Feb 07 jari 109   public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 110     return expViewer.getContentComponent();
2 26 Feb 07 jari 111   }
2 26 Feb 07 jari 112   
2 26 Feb 07 jari 113   public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 114     return expViewer.getImage();
2 26 Feb 07 jari 115   }
2 26 Feb 07 jari 116   
2 26 Feb 07 jari 117   /**
2 26 Feb 07 jari 118    * Updates header and contents attributes when the viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 119    */
2 26 Feb 07 jari 120   public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 121     expViewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 122     header.setCurrentCluster(((Integer)framework.getUserObject()).intValue());
2 26 Feb 07 jari 123     IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 124     header.setUseDoubleGradient(menu.getUseDoubleGradient());    
2 26 Feb 07 jari 125     header.setNegAndPosColorImages(menu.getNegativeGradientImage(), menu.getPositiveGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 126     header.setValues(menu.getMinRatioScale(), menu.getMidRatioValue(), menu.getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 127     header.setAntiAliasing(menu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 128     header.setDrawBorders(menu.isDrawingBorder());
2 26 Feb 07 jari 129     header.updateSize(menu.getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 130   }
2 26 Feb 07 jari 131   
2 26 Feb 07 jari 132   /**
2 26 Feb 07 jari 133    * Updates experiment data.
2 26 Feb 07 jari 134    */
2 26 Feb 07 jari 135   public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 136     expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   /**
2 26 Feb 07 jari 140    * Updates header and contents attributes when the display menu is changed.
2 26 Feb 07 jari 141    */
2 26 Feb 07 jari 142   public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 143     expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 144     header.setUseDoubleGradient(menu.getUseDoubleGradient());    
2 26 Feb 07 jari 145     header.setNegAndPosColorImages(menu.getNegativeGradientImage(), menu.getPositiveGradientImage());
2 26 Feb 07 jari 146     header.setValues(menu.getMinRatioScale(), menu.getMidRatioValue() ,menu.getMaxRatioScale());
2 26 Feb 07 jari 147     header.setAntiAliasing(menu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 148     header.setDrawBorders(menu.isDrawingBorder());
2 26 Feb 07 jari 149     header.updateSize(menu.getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151   
2 26 Feb 07 jari 152   public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 153   public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 154   
2 26 Feb 07 jari 155   /**
2 26 Feb 07 jari 156    * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 157    */
2 26 Feb 07 jari 158   private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 159     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 160     addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 161     return popup;
2 26 Feb 07 jari 162   }
2 26 Feb 07 jari 163   
2 26 Feb 07 jari 164   /**
2 26 Feb 07 jari 165    * Adds viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 166    */
2 26 Feb 07 jari 167   protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, ActionListener listener) {
2 26 Feb 07 jari 168     JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 169     menuItem = new JMenuItem("Store cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 170     menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 171     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 172     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("analysis16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 177     menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 178     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 179     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 180     
2 26 Feb 07 jari 181     menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 182     
2 26 Feb 07 jari 183     menuItem = new JMenuItem("Delete public cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 184     menuItem.setActionCommand(SET_DEF_COLOR_CMD);
2 26 Feb 07 jari 185     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 186     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 189     
2 26 Feb 07 jari 190     menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 191     menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 192     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 193     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195     menuItem = new JMenuItem("Save all clusters...", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 196     menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 197     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 198     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 199   }
2 26 Feb 07 jari 200   
2 26 Feb 07 jari 201   /**
2 26 Feb 07 jari 202    * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 203    */
2 26 Feb 07 jari 204   private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 205     Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 206     try {
2 26 Feb 07 jari 207       expViewer.saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 208     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 209       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 210       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 211     }
2 26 Feb 07 jari 212   }
2 26 Feb 07 jari 213   
2 26 Feb 07 jari 214   /**
2 26 Feb 07 jari 215    * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 216    */
2 26 Feb 07 jari 217   private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 218     Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 219     try {
2 26 Feb 07 jari 220       expViewer.saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 221     } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 222       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 223       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225   }
2 26 Feb 07 jari 226   
2 26 Feb 07 jari 227   /**
2 26 Feb 07 jari 228    * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 229    */
2 26 Feb 07 jari 230   private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 231     Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 232     Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 233     if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 234       expViewer.setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 235     }
2 26 Feb 07 jari 236   }
2 26 Feb 07 jari 237   
2 26 Feb 07 jari 238   /**
2 26 Feb 07 jari 239    * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 240    */
2 26 Feb 07 jari 241   private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 242     expViewer.setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 243   }
2 26 Feb 07 jari 244   
2 26 Feb 07 jari 245   /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 246    */
2 26 Feb 07 jari 247   public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 248     return null;
2 26 Feb 07 jari 249   }
2 26 Feb 07 jari 250   
2 26 Feb 07 jari 251   /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 252    * posibly null
2 26 Feb 07 jari 253    */
2 26 Feb 07 jari 254   public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 255     return null;
2 26 Feb 07 jari 256   }
2 26 Feb 07 jari 257   
2 26 Feb 07 jari 258   /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 259    */
2 26 Feb 07 jari 260   public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 261     return expViewer.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 262   }    
2 26 Feb 07 jari 263   
2 26 Feb 07 jari 264   /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 265    */
2 26 Feb 07 jari 266   public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 267     return expViewer.getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 268   }    
2 26 Feb 07 jari 269   
2 26 Feb 07 jari 270   /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 271    * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 272    */
2 26 Feb 07 jari 273   public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 274     return expViewer.getViewerType();        
2 26 Feb 07 jari 275   }    
2 26 Feb 07 jari 276   
2 26 Feb 07 jari 277   
2 26 Feb 07 jari 278   /**
2 26 Feb 07 jari 279    * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 280    */
2 26 Feb 07 jari 281   private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 282     
2 26 Feb 07 jari 283     public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 284       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 285       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 286         onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 287       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 288         onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 289       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 290         onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 291       }  else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 292         expViewer.storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 293       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 294         expViewer.launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 295       }
2 26 Feb 07 jari 296     }
2 26 Feb 07 jari 297     
2 26 Feb 07 jari 298     public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 299       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 300     }
2 26 Feb 07 jari 301     
2 26 Feb 07 jari 302     public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 303       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 304     }
2 26 Feb 07 jari 305     
2 26 Feb 07 jari 306     private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 307       
2 26 Feb 07 jari 308       if (!e.isPopupTrigger() || expViewer.getCluster() == null || expViewer.getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 309         return;
2 26 Feb 07 jari 310       }
2 26 Feb 07 jari 311       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 312     }
2 26 Feb 07 jari 313   }
2 26 Feb 07 jari 314 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:35 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)