mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/som/SOMInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOMInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.som;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class SOMInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28      
2 26 Feb 07 jari 29     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 30     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 31     private boolean clusterGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 32     /**
2 26 Feb 07 jari 33      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 34      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public SOMInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 37         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 38         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 39         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     public SOMInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 42       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 43       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 44         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * Constructs a <code>KMCInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 49      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 50      */
2 26 Feb 07 jari 51     public SOMInfoViewer(int[][] clusters, int genes, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 52         this.clusterGenes = clusterGenes;
2 26 Feb 07 jari 53         header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 54         content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 55         setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 56     }
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     /**
2 26 Feb 07 jari 59      * Returns the component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 60      */
2 26 Feb 07 jari 61     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 62         return content;
2 26 Feb 07 jari 63     }
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     /**
2 26 Feb 07 jari 66      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 69         return header;
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     /**
2 26 Feb 07 jari 73      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 76         JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 77         panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 78         GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 79         gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 80         gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 81         panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 82         return panel;
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 89         JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 90         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 91         area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 92         StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 93         if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 94             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 95                 sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 96                 sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 97                 sb.append("# of Genes in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 98                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 99                 sb.append("% of Genes in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 100                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 101             }
2 26 Feb 07 jari 102         }
2 26 Feb 07 jari 103         else{
2 26 Feb 07 jari 104             for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 105                 sb.append("Cluster "+(counter+1));
2 26 Feb 07 jari 106                 sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 107                 sb.append("# of Experiments in Cluster: "+clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 108                 sb.append("\n\t");
2 26 Feb 07 jari 109                 sb.append("% of Experiments in Cluster: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 110                 sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 111             }
2 26 Feb 07 jari 112         }
2 26 Feb 07 jari 113         area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 114         area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 115         return area;
2 26 Feb 07 jari 116     }
2 26 Feb 07 jari 117     
2 26 Feb 07 jari 118     /**
2 26 Feb 07 jari 119      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 120      */
2 26 Feb 07 jari 121     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 122         int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 123         int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 124         if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 125             header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 126         } else {
2 26 Feb 07 jari 127             content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 128         }
2 26 Feb 07 jari 129     }
2 26 Feb 07 jari 130     
2 26 Feb 07 jari 131     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 132      */
2 26 Feb 07 jari 133     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 134         return null;
2 26 Feb 07 jari 135     }
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)