mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/som/UMatrixColorViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: UMatrixColorViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.9 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.som;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GradientPaint;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.RenderingHints;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ComponentAdapter;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.ComponentEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.util.Hexagon;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class UMatrixColorViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 39      
2 26 Feb 07 jari 40     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 41     private FloatMatrix u_matrix;
2 26 Feb 07 jari 42     private int dim_x, dim_y;
2 26 Feb 07 jari 43     private String topology;
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     private boolean isAntiAliasing = true;
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * Constructs a <code>UMatrixColorViewer</code> with specified parameters.
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public UMatrixColorViewer(int[][] clusters, FloatMatrix u_matrix, int dim_x, int dim_y, String topology) {
2 26 Feb 07 jari 51   this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 52   this.u_matrix = u_matrix;
2 26 Feb 07 jari 53   this.dim_x = dim_x;
2 26 Feb 07 jari 54   this.dim_y = dim_y;
2 26 Feb 07 jari 55   this.topology = topology;
2 26 Feb 07 jari 56   
2 26 Feb 07 jari 57   setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 58   setFont(new Font("monospaced", Font.PLAIN, 10));
2 26 Feb 07 jari 59   addComponentListener(new Listener());
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * An adapter constructor that simply calls UMatrixDistanceViewer(int[][] clusters, FloatMatrix u_matrix, int dim_x, int dim_y, String topology)
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     public UMatrixColorViewer(int[][] clusters, FloatMatrix u_matrix, Integer dim_x, Integer dim_y, String topology) {
2 26 Feb 07 jari 65       this(clusters, u_matrix, dim_x.intValue(), dim_y.intValue(), topology);
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 68       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 69         new Object[]{this.clusters, this.u_matrix, new Integer(dim_x), new Integer(dim_y), this.topology});
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     /**
2 26 Feb 07 jari 73      * This method is only implemented to satisfy the IViewer interface - it returns 0 always.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     public int getExperimentID(){return 0;}
2 26 Feb 07 jari 76     /**
2 26 Feb 07 jari 77      * This class is only implemented to satisfy the IViewer interface - does nothing.
2 26 Feb 07 jari 78      */
2 26 Feb 07 jari 79     public void setExperiment(Experiment e) {}
2 26 Feb 07 jari 80     /**
2 26 Feb 07 jari 81      * This class is only implemented to satisfy the IViewer interface - does nothing.
2 26 Feb 07 jari 82      */
2 26 Feb 07 jari 83     public void setExperimentID(int id){}
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Sets the anti aliasing attribute.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     public void setAntialiasing(boolean value) {
2 26 Feb 07 jari 89   this.isAntiAliasing = value;
2 26 Feb 07 jari 90     }
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     /**
2 26 Feb 07 jari 93      * Paints the component into specified graphics.
2 26 Feb 07 jari 94      */
2 26 Feb 07 jari 95     public void paint(Graphics g1) {
2 26 Feb 07 jari 96   super.paint(g1);
2 26 Feb 07 jari 97   Graphics2D g = (Graphics2D)g1;
2 26 Feb 07 jari 98   if (isAntiAliasing) {
2 26 Feb 07 jari 99       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
2 26 Feb 07 jari 100       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_TEXT_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_TEXT_ANTIALIAS_ON);
2 26 Feb 07 jari 101   }
2 26 Feb 07 jari 102   final int width = getWidth();
2 26 Feb 07 jari 103   final int height = getHeight();
2 26 Feb 07 jari 104   GradientPaint gp = new GradientPaint(0, 0, Color.black, width, 0, Color.white);
2 26 Feb 07 jari 105   g.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 106   g.fillRect(0, 0, width, 20);
2 26 Feb 07 jari 107   FontMetrics metrics = g.getFontMetrics();
2 26 Feb 07 jari 108   g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 109   g.drawRect(0, 0, width, 20);
2 26 Feb 07 jari 110   g.drawString("great distance", 5, 35);
2 26 Feb 07 jari 111   g.drawString("small distance", width-metrics.stringWidth("small distance") -5, 35);
2 26 Feb 07 jari 112   g.setColor(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 113   int value;
2 26 Feb 07 jari 114   float stepX;
2 26 Feb 07 jari 115   float stepY;
2 26 Feb 07 jari 116   if (this.topology.equals("hexagonal")) {
2 26 Feb 07 jari 117       stepX = (float)width/((float)dim_x+0.5f);
2 26 Feb 07 jari 118       stepY = (float)height/((float)dim_y+0.5f);
2 26 Feb 07 jari 119       gp = new GradientPaint(0, 0, new Color(0,0,128), (int)Math.round(stepX), 0, new Color(0,128,255));
2 26 Feb 07 jari 120       Hexagon hexagon = new Hexagon((int)Math.round(stepX), 270);
2 26 Feb 07 jari 121       hexagon.translate(0, 40);
2 26 Feb 07 jari 122       for (int y=0; y<dim_y; y++) {
2 26 Feb 07 jari 123     if (y%2 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 124         hexagon.translate(-hexagon.getA(), 0);
2 26 Feb 07 jari 125     } else {
2 26 Feb 07 jari 126         hexagon.translate(0, 0);
2 26 Feb 07 jari 127     }
2 26 Feb 07 jari 128     for (int x=0; x<dim_x; x++) {
2 26 Feb 07 jari 129         hexagon.translate((int)Math.round(stepX), 0);
2 26 Feb 07 jari 130         if (this.clusters[x*dim_y+y].length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 131       gp = new GradientPaint(hexagon.xpoints[5], 0, new Color(0,0,128), hexagon.xpoints[1], 0, new Color(0,128,255));
2 26 Feb 07 jari 132       g.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 133       g.fillPolygon(hexagon);
2 26 Feb 07 jari 134         } else {
2 26 Feb 07 jari 135       value = 255-(int)Math.round(this.u_matrix.get(x, y)*255);
2 26 Feb 07 jari 136       g.setColor(new Color(value, value, value));
2 26 Feb 07 jari 137       g.fillPolygon(hexagon);
2 26 Feb 07 jari 138         }
2 26 Feb 07 jari 139         g.setColor(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 140         g.drawPolygon(hexagon);
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     if (y%2 == 0) {
2 26 Feb 07 jari 143         hexagon.translate(-(int)Math.round(stepX)*dim_x+hexagon.getA(), hexagon.getB()+hexagon.getC());
2 26 Feb 07 jari 144     } else {
2 26 Feb 07 jari 145         hexagon.translate(-(int)Math.round(stepX)*dim_x, hexagon.getB()+hexagon.getC());
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147       }
2 26 Feb 07 jari 148   } else {
2 26 Feb 07 jari 149       stepX = (float)width/(float)dim_x;
2 26 Feb 07 jari 150       stepY = ((float)height-40f)/(float)dim_y;
2 26 Feb 07 jari 151       for (int y=0; y<dim_y; y++) {
2 26 Feb 07 jari 152     for (int x=0; x<dim_x; x++) {
2 26 Feb 07 jari 153         if (this.clusters[x*dim_y+y].length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 154       gp = new GradientPaint((int)Math.round((x+1)*stepX), 0, new Color(0,0,128), (int)Math.round(x*stepX), 0, new Color(0,128,255));
2 26 Feb 07 jari 155       g.setPaint(gp);
2 26 Feb 07 jari 156         } else {
2 26 Feb 07 jari 157       value = 255-(int)Math.round(this.u_matrix.get(x, y)*255);
2 26 Feb 07 jari 158       g.setColor(new Color(value, value, value));
2 26 Feb 07 jari 159         }
2 26 Feb 07 jari 160         g.drawRect((int)Math.round(x*stepX),(int)Math.round(y*stepY)+40, (int)stepX, (int)stepY);
2 26 Feb 07 jari 161         g.fillRect((int)Math.round(x*stepX),(int)Math.round(y*stepY)+40, (int)stepX, (int)stepY);
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163       }
2 26 Feb 07 jari 164       g.setColor(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 165       for (int x=1; x<dim_x; x++) {
2 26 Feb 07 jari 166     g.drawLine((int)Math.round(x*stepX), 40, (int)Math.round(x*stepX), height+40);
2 26 Feb 07 jari 167       }
2 26 Feb 07 jari 168       for (int y=0; y<dim_y; y++) {
2 26 Feb 07 jari 169     g.drawLine(0, (int)Math.round(y*stepY)+40, width, (int)Math.round(y*stepY)+40);
2 26 Feb 07 jari 170       }
2 26 Feb 07 jari 171   }
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     /**
2 26 Feb 07 jari 175      * @return null.
2 26 Feb 07 jari 176      */
2 26 Feb 07 jari 177     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 178   return null;
2 26 Feb 07 jari 179     }
2 26 Feb 07 jari 180     
2 26 Feb 07 jari 181     /**
2 26 Feb 07 jari 182      * Returns this component.
2 26 Feb 07 jari 183      */
2 26 Feb 07 jari 184     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 185   return this;
2 26 Feb 07 jari 186     }
2 26 Feb 07 jari 187     
2 26 Feb 07 jari 188     /**
2 26 Feb 07 jari 189      * @return null.
2 26 Feb 07 jari 190      */
2 26 Feb 07 jari 191     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 192   return null;
2 26 Feb 07 jari 193     }
2 26 Feb 07 jari 194     
2 26 Feb 07 jari 195     /**
2 26 Feb 07 jari 196      * Updates anti aliasing attributes when the viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 197      */
2 26 Feb 07 jari 198     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 199   setAntialiasing(framework.getDisplayMenu().isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 200     }
2 26 Feb 07 jari 201     
2 26 Feb 07 jari 202     public void onDataChanged(IData data) {}
2 26 Feb 07 jari 203     
2 26 Feb 07 jari 204     /**
2 26 Feb 07 jari 205      * Updates anti aliasing attributes when the display menu is changed.
2 26 Feb 07 jari 206      */
2 26 Feb 07 jari 207     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 208   setAntialiasing(menu.isAntiAliasing());
2 26 Feb 07 jari 209     }
2 26 Feb 07 jari 210     
2 26 Feb 07 jari 211     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 212     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 213     
2 26 Feb 07 jari 214     /**
2 26 Feb 07 jari 215      * Updates the viewer sizes.
2 26 Feb 07 jari 216      */
2 26 Feb 07 jari 217     private void updateSize() {
2 26 Feb 07 jari 218   if (this.topology.equals("hexagonal")) {
2 26 Feb 07 jari 219       float stepX = (float)getWidth()/((float)dim_x+0.5f);
2 26 Feb 07 jari 220       Hexagon hexagon = new Hexagon((int)Math.round(stepX), 270);
2 26 Feb 07 jari 221       int height = dim_y*(hexagon.getB()+hexagon.getC())+hexagon.getB()+40;
2 26 Feb 07 jari 222       setPreferredSize(new Dimension(100, height));
2 26 Feb 07 jari 223   } else {
2 26 Feb 07 jari 224       setPreferredSize(new Dimension(100, 100));
2 26 Feb 07 jari 225   }
2 26 Feb 07 jari 226     }
2 26 Feb 07 jari 227     
2 26 Feb 07 jari 228     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 231         return null;
2 26 Feb 07 jari 232     }
2 26 Feb 07 jari 233     
2 26 Feb 07 jari 234     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 235      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 236      */
2 26 Feb 07 jari 237     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 238         return null;
2 26 Feb 07 jari 239     }
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 242      */
2 26 Feb 07 jari 243     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 244         return null;
2 26 Feb 07 jari 245     }    
2 26 Feb 07 jari 246     
2 26 Feb 07 jari 247     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 248      */
2 26 Feb 07 jari 249     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 250         return null;
2 26 Feb 07 jari 251     }
2 26 Feb 07 jari 252     
2 26 Feb 07 jari 253     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 254      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 255      */
2 26 Feb 07 jari 256     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 257         return -1;
2 26 Feb 07 jari 258     }
2 26 Feb 07 jari 259     
2 26 Feb 07 jari 260     /**
2 26 Feb 07 jari 261      * The class to listen to the component events.
2 26 Feb 07 jari 262      */
2 26 Feb 07 jari 263     private class Listener extends ComponentAdapter {
2 26 Feb 07 jari 264   
2 26 Feb 07 jari 265   private boolean isRevalidate = true;
2 26 Feb 07 jari 266   
2 26 Feb 07 jari 267   public void componentResized(ComponentEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 268       if (!this.isRevalidate) {
2 26 Feb 07 jari 269     this.isRevalidate = true;
2 26 Feb 07 jari 270     return;
2 26 Feb 07 jari 271       }
2 26 Feb 07 jari 272       // reset flag to ignore the next event
2 26 Feb 07 jari 273       this.isRevalidate = false;
2 26 Feb 07 jari 274       updateSize();
2 26 Feb 07 jari 275       revalidate();
2 26 Feb 07 jari 276   }
2 26 Feb 07 jari 277     }
2 26 Feb 07 jari 278 }
2 26 Feb 07 jari 279

Generated on Thu Jul 20 09:28:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)