mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTACentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTACentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class SOTACentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 30         
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>SOTACentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public SOTACentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * This constructor is used by XMLEncoder/Decoder to store and retreive a 
2 26 Feb 07 jari 45      * CentroidViewer object to/from and xml file.  This constructor must 
2 26 Feb 07 jari 46      * always exist, with its current method signature, for purposes of 
2 26 Feb 07 jari 47      * backwards-compatability in loading old save-files from MeV versions 
2 26 Feb 07 jari 48      * of v3.2 and later.  
2 26 Feb 07 jari 49      * 
2 26 Feb 07 jari 50      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 51      * @param variances
2 26 Feb 07 jari 52      * @param means
2 26 Feb 07 jari 53      * @param codes
2 26 Feb 07 jari 54      * @param id
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     public SOTACentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 57       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     /**
2 26 Feb 07 jari 61      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 64   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 65   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 66   return popup;
2 26 Feb 07 jari 67     }
2 26 Feb 07 jari 68     
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     /**
2 26 Feb 07 jari 71      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 72      */
2 26 Feb 07 jari 73     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 74   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 75   try {
2 26 Feb 07 jari 76       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 77   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 78       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 79       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 80   }
2 26 Feb 07 jari 81     }
2 26 Feb 07 jari 82     
2 26 Feb 07 jari 83     /**
2 26 Feb 07 jari 84      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 85      */
2 26 Feb 07 jari 86     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 87   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 88   try {
2 26 Feb 07 jari 89       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 90   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 91       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 92       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 93   }
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 100   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 101   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 102   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 103       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 104   }
2 26 Feb 07 jari 105     }
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     /**
2 26 Feb 07 jari 108      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 109      */
2 26 Feb 07 jari 110     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 111   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     /**
2 26 Feb 07 jari 115      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 116      */
2 26 Feb 07 jari 117     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 118   
2 26 Feb 07 jari 119   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 120       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 121       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 122     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 123       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 124     onSaveClusters();      
2 26 Feb 07 jari 125       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 126     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 127       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 128                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 129                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 130                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 131                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 132             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 133                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 134                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 135                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 136                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 137             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 138     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 139       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 140                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 141             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 142                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 143                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 144             }
2 26 Feb 07 jari 145             
2 26 Feb 07 jari 146   }
2 26 Feb 07 jari 147   
2 26 Feb 07 jari 148   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 149       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 150   }
2 26 Feb 07 jari 151   
2 26 Feb 07 jari 152   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 153       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 154   }
2 26 Feb 07 jari 155   
2 26 Feb 07 jari 156   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 157       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 158     return;
2 26 Feb 07 jari 159       }
2 26 Feb 07 jari 160       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 161   }
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163     
2 26 Feb 07 jari 164 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)