mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTADiversityViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTADiversityViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.7 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:44 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 /*
2 26 Feb 07 jari 13  *Class provides a graphical representation of the overall tree
2 26 Feb 07 jari 14  *diversity during construction of a sot.
2 26 Feb 07 jari 15  */
2 26 Feb 07 jari 16 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Graphics2D;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 public class SOTADiversityViewer extends GraphViewer implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 38     
2 26 Feb 07 jari 39     private int numPoints;
2 26 Feb 07 jari 40     // private int maxValue;
2 26 Feb 07 jari 41     private float initValue;
2 26 Feb 07 jari 42     private FloatMatrix values;
2 26 Feb 07 jari 43     public SOTADiversityViewer(FloatMatrix values){
2 26 Feb 07 jari 44      /*       public GraphViewer(JFrame frame, int startx, int stopx, int starty, int stopy,
2 26 Feb 07 jari 45            double graphstartx, double graphstopx, double graphstarty, double graphstopy,
2 26 Feb 07 jari 46            int preXSpacing, int postXSpacing, int preYSpacing, int postYSpacing,
2 26 Feb 07 jari 47            String title, String xLabel, String yLabel)
2 26 Feb 07 jari 48       
2 26 Feb 07 jari 49       */
2 26 Feb 07 jari 50   
2 26 Feb 07 jari 51   super(new JFrame(), 0, values.getRowDimension() , 0, (int)(values.get(0,0)), 0, values.getRowDimension(), 0, values.get(0,0),
2 26 Feb 07 jari 52   75, 75, 75, 75, "SOTA Tree Diversity History",
2 26 Feb 07 jari 53   "Cycle Number", "Diversity (% of Initial)");
2 26 Feb 07 jari 54     //Stored only so that this class can be re-created using a PersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 55     //See IViewerPersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 56     this.values = values;
2 26 Feb 07 jari 57   numPoints = values.getRowDimension();
2 26 Feb 07 jari 58   //   maxValue = maxYVal(values,0);
2 26 Feb 07 jari 59   initValue = values.get(0,0);
2 26 Feb 07 jari 60   
2 26 Feb 07 jari 61   this.setBackground(Color.lightGray);
2 26 Feb 07 jari 62   
2 26 Feb 07 jari 63   referenceLinesOn = false;
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65   for(int i = 0; i < numPoints; i++){
2 26 Feb 07 jari 66       
2 26 Feb 07 jari 67       addGraphElement( new GraphPoint(i,(double)values.get(i,0), Color.black, 4));
2 26 Feb 07 jari 68       
2 26 Feb 07 jari 69       //xTicks
2 26 Feb 07 jari 70       if(i%5 == 0){
2 26 Feb 07 jari 71     addGraphElement( new GraphTick((double)i, 10, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.S, String.valueOf(i), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 72       }
2 26 Feb 07 jari 73       else{
2 26 Feb 07 jari 74     addGraphElement( new GraphTick(i, 5, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.S, "", Color.black));
2 26 Feb 07 jari 75       }
2 26 Feb 07 jari 76   }
2 26 Feb 07 jari 77   
2 26 Feb 07 jari 78   
2 26 Feb 07 jari 79   double yTickIncrement = initValue/10.0;
2 26 Feb 07 jari 80   
2 26 Feb 07 jari 81   for(int i = 0; i <= 10; i++){
2 26 Feb 07 jari 82       addGraphElement( new GraphTick(i*yTickIncrement, 10, Color.black, GC.VERTICAL, GC.W, String.valueOf(i*10), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 83   }
2 26 Feb 07 jari 84     }
2 26 Feb 07 jari 85     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 86       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 87           new Object[]{values});
2 26 Feb 07 jari 88     }
2 26 Feb 07 jari 89     
2 26 Feb 07 jari 90     //These methods are only here to satisfy the IViewer interface
2 26 Feb 07 jari 91     public void setExperiment (Experiment e){}
2 26 Feb 07 jari 92     public int getExperimentID(){return 0;}
2 26 Feb 07 jari 93     public void setExperimentID(int i){}
2 26 Feb 07 jari 94     
2 26 Feb 07 jari 95     //Over write super's method to rotatate text
2 26 Feb 07 jari 96     
2 26 Feb 07 jari 97     public void drawVerticalTick(Graphics2D g, double x, int length, int alignment, Color color, String label, Color tickColor) {
2 26 Feb 07 jari 98   drawVerticalTick(g, x, length, alignment, color);
2 26 Feb 07 jari 99   
2 26 Feb 07 jari 100   if (false) { //Rotate labels
2 26 Feb 07 jari 101       // g.rotate(- Math.PI / 2);
2 26 Feb 07 jari 102       //canvas.drawString(g, label, postYSpacing - length - (label.length() * tickFontWidth), convertX(x), labelColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 103       //canvas.drawString(g, label, 750, convertX(x) + canvas.getSize().width, tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 104       canvas.drawString(g, label, - canvas.getSize().height + postYSpacing - (label.length() * tickFontWidth) - length,
2 26 Feb 07 jari 105       convertX(x) + (tickFontHeight / 2), tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 106       //  g.rotate(Math.PI / 2);
2 26 Feb 07 jari 107   } else {
2 26 Feb 07 jari 108       canvas.drawString(g, label, convertX(x) - (label.length() * tickFontWidth / 2),
2 26 Feb 07 jari 109       canvas.getSize().height - postYSpacing + length + 10, tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 110   }
2 26 Feb 07 jari 111     }
2 26 Feb 07 jari 112     
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114 /*
2 26 Feb 07 jari 115     public void drawVerticalTick(Graphics2D g, double x, int length, int alignment, Color color, String label, Color tickColor)
2 26 Feb 07 jari 116     {
2 26 Feb 07 jari 117   drawVerticalTick(g, x, length, alignment, color);
2 26 Feb 07 jari 118  
2 26 Feb 07 jari 119   if (true) { //Rotate labels
2 26 Feb 07 jari 120       g.rotate(- Math.PI / 2);
2 26 Feb 07 jari 121       //canvas.drawString(g, label, postYSpacing - length - (label.length() * tickFontWidth), convertX(x), labelColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 122       //canvas.drawString(g, label, 750, convertX(x) + canvas.getSize().width, tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 123       canvas.drawString(g, label, - canvas.getSize().height + postYSpacing - (label.length() * tickFontWidth) - length,
2 26 Feb 07 jari 124             convertX(x) + (tickFontHeight / 2), tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 125       g.rotate(Math.PI / 2);
2 26 Feb 07 jari 126   } else {
2 26 Feb 07 jari 127       canvas.drawString(g, label, convertX(x) - (label.length() * tickFontWidth / 2),
2 26 Feb 07 jari 128             canvas.getSize().height - postYSpacing + length + 10, tickColor, tickFont);
2 26 Feb 07 jari 129   }
2 26 Feb 07 jari 130     }
2 26 Feb 07 jari 131  */
2 26 Feb 07 jari 132     
2 26 Feb 07 jari 133     
2 26 Feb 07 jari 134     
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     
2 26 Feb 07 jari 137     float maxYVal(FloatMatrix data, int col){
2 26 Feb 07 jari 138   float max = Float.NEGATIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 139   
2 26 Feb 07 jari 140   for(int i = 0; i < numPoints; i++){
2 26 Feb 07 jari 141       if(data.get(i,col) > max)
2 26 Feb 07 jari 142     max = data.get(i,col);
2 26 Feb 07 jari 143   }
2 26 Feb 07 jari 144   
2 26 Feb 07 jari 145   return max;
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147     
2 26 Feb 07 jari 148     /**
2 26 Feb 07 jari 149      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 150      */
2 26 Feb 07 jari 151     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154     /**
2 26 Feb 07 jari 155      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 156      */
2 26 Feb 07 jari 157     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 158     }
2 26 Feb 07 jari 159     
2 26 Feb 07 jari 160     /**
2 26 Feb 07 jari 161      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 162      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 163      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 164      */
2 26 Feb 07 jari 165     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 166     }
2 26 Feb 07 jari 167     
2 26 Feb 07 jari 168     /**
2 26 Feb 07 jari 169      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 170      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 171      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 172      */
2 26 Feb 07 jari 173     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     /**
2 26 Feb 07 jari 177      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 180     }
2 26 Feb 07 jari 181     
2 26 Feb 07 jari 182     /**
2 26 Feb 07 jari 183      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 184      */
2 26 Feb 07 jari 185     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 186   return this;
2 26 Feb 07 jari 187     }
2 26 Feb 07 jari 188     
2 26 Feb 07 jari 189     /**
2 26 Feb 07 jari 190      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 191      */
2 26 Feb 07 jari 192     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 193   return null;
2 26 Feb 07 jari 194     }
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196     /**
2 26 Feb 07 jari 197      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 198      */
2 26 Feb 07 jari 199     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 200   return null;
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 204      */
2 26 Feb 07 jari 205     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 206         return null;
2 26 Feb 07 jari 207     }
2 26 Feb 07 jari 208     
2 26 Feb 07 jari 209     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 210      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 211      */
2 26 Feb 07 jari 212     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 213         return null;
2 26 Feb 07 jari 214     }
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 217      */
2 26 Feb 07 jari 218     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 219         return null;
2 26 Feb 07 jari 220     }    
2 26 Feb 07 jari 221     
2 26 Feb 07 jari 222     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 223      */
2 26 Feb 07 jari 224     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 225         return null;
2 26 Feb 07 jari 226     }
2 26 Feb 07 jari 227     
2 26 Feb 07 jari 228     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 229      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 230      */
2 26 Feb 07 jari 231     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 232         return -1;
2 26 Feb 07 jari 233     }
2 26 Feb 07 jari 234     
2 26 Feb 07 jari 235 }
2 26 Feb 07 jari 236
2 26 Feb 07 jari 237
2 26 Feb 07 jari 238
2 26 Feb 07 jari 239

Generated on Thu Jul 20 09:28:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)