mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTAExperimentCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTAExperimentCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 public class SOTAExperimentCentroidsViewer extends ExperimentClusterCentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 40     
2 26 Feb 07 jari 41     /**
2 26 Feb 07 jari 42      * Constructs a <code>SOTACentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 43      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public SOTAExperimentCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 46         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 47         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 48         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 49         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51     /**
2 26 Feb 07 jari 52      * Constructs a <code>CentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 53      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 54      */
2 26 Feb 07 jari 55     public SOTAExperimentCentroidsViewer(ExperimentClusterCentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 56       super(cv);
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58     /**
2 26 Feb 07 jari 59      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 60      */
2 26 Feb 07 jari 61     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 62         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 63         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 64         return popup;
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     /**
2 26 Feb 07 jari 68      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 69      */
2 26 Feb 07 jari 70     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 71         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 72         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 73         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 74         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 75         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 76         
2 26 Feb 07 jari 77         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 78         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 79         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 80         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 81         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 82         
2 26 Feb 07 jari 83         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 84         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 85         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 86         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     /**
2 26 Feb 07 jari 90      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 91      */
2 26 Feb 07 jari 92     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 93         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 94         try {
2 26 Feb 07 jari 95             ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 96         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 97             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 98             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 99         }
2 26 Feb 07 jari 100     }
2 26 Feb 07 jari 101     
2 26 Feb 07 jari 102     /**
2 26 Feb 07 jari 103      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 104      */
2 26 Feb 07 jari 105     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 106         
2 26 Feb 07 jari 107         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 108             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 109             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 110                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 111             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 112                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 113                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 114                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 115                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 116             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 117                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 118                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 119                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 120                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 121             }
2 26 Feb 07 jari 122         }
2 26 Feb 07 jari 123         
2 26 Feb 07 jari 124         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 125             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 126             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 127                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 128                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 129             }
2 26 Feb 07 jari 130         }
2 26 Feb 07 jari 131         
2 26 Feb 07 jari 132         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 133             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 134         }
2 26 Feb 07 jari 135         
2 26 Feb 07 jari 136         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 137             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 138         }
2 26 Feb 07 jari 139         
2 26 Feb 07 jari 140         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 141             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 142                 return;
2 26 Feb 07 jari 143             }
2 26 Feb 07 jari 144             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 145         }
2 26 Feb 07 jari 146     }
2 26 Feb 07 jari 147 }
2 26 Feb 07 jari 148

Generated on Thu Jul 20 09:28:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)