mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTAExperimentTreeViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTAExperimentTreeViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.9 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLCluster;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTree;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 51
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53 public class SOTAExperimentTreeViewer extends JPanel implements IViewer{
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     protected static String SET_CLUSTER_CMD = "set-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 56     protected static String SET_CLUSTER_TEXT_CMD = "set-cluster-text-cmd";
2 26 Feb 07 jari 57     protected static String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 58     protected static String DELETE_CLUSTER_CMD = "delete-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 59     protected static String DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD = "delete-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 60     protected static String SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD = "gene-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 61     protected static String SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD = "sample-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     private int numberOfCells;
2 26 Feb 07 jari 65     private int numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 66     private Experiment centroidData;
2 26 Feb 07 jari 67     private SOTATree sotaTree;
2 26 Feb 07 jari 68     private FloatMatrix clusterDivFM;
2 26 Feb 07 jari 69     private int [] clusterPop;
2 26 Feb 07 jari 70     private int [][] clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 71     private ArrayList selectedClusterList = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private SOTAExpCentroidExpressionViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 74     private Dimension elementSize;
2 26 Feb 07 jari 75     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 76     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 77     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 78     private SOTACentroidInfoDialog centroidDialog;
2 26 Feb 07 jari 79     private HCLExperimentHeader header;
2 26 Feb 07 jari 80     protected HCLTree sampleTree;
2 26 Feb 07 jari 81     private int elementHeight;
2 26 Feb 07 jari 82     private int elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 83     private Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 84     private int function;
2 26 Feb 07 jari 85     private int currClusterNum = -1;
2 26 Feb 07 jari 86     private DefaultMutableTreeNode expImageNode;
2 26 Feb 07 jari 87     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 88     //EH
2 26 Feb 07 jari 89     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Creates a new instance of SOTAExperimentTreeViewer
2 26 Feb 07 jari 93      * @param result result of SOTA clustering
2 26 Feb 07 jari 94      * @param sota SOTA tree data structure
2 26 Feb 07 jari 95      * @param hclSampleTree result from clustering samples by Hierarchical Clustering
2 26 Feb 07 jari 96      * @param clusters Cluster gene indicies
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     public SOTAExperimentTreeViewer(Experiment experiment, SOTATreeData sotaTreeData, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 99         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 100         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 101         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 102         clusterPop = sotaTreeData.clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 103         clusterDivFM = sotaTreeData.clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 104         clusterIndices = clusters;
2 26 Feb 07 jari 105         function = sotaTreeData.function;
2 26 Feb 07 jari 106         numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 107         numberOfCells = sotaTreeData.clusterPopulation.length;
2 26 Feb 07 jari 108         sotaTree = new SOTATree(sotaTreeData, false);
2 26 Feb 07 jari 109         if(sotaTree != null)
2 26 Feb 07 jari 110             sotaTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 111         int [] samplesOrder = null;
2 26 Feb 07 jari 112         centroidDialog = null;
2 26 Feb 07 jari 113         centroidData = new Experiment(sotaTreeData.centroidMatrix.transpose(), samplesOrder != null ? samplesOrder : getSamplesOrder(numberOfSamples));
2 26 Feb 07 jari 114         numberOfSamples = centroidData.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 115         expViewer = new SOTAExpCentroidExpressionViewer( centroidData, experiment, null, samplesOrder, sotaTreeData.clusterPopulation, sotaTreeData.clusterDiversity, selectedClusterList);
2 26 Feb 07 jari 116         expViewer.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 117         addComponents(sotaTree, expViewer);
2 26 Feb 07 jari 118         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 119         popup = this.createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 120         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 121         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 122     }
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * Creates a new instance of SOTAExperimentTreeViewer from xml-saved data
2 26 Feb 07 jari 126      * written by XMLEncoder/XMLDecoder and IViewerPersistenceDelegate
2 26 Feb 07 jari 127      * @param result result of SOTA clustering
2 26 Feb 07 jari 128      * @param sota SOTA tree data structure
2 26 Feb 07 jari 129      * @param hclSampleTree result from clustering samples by Hierarchical Clustering
2 26 Feb 07 jari 130      * @param clusters Cluster gene indicies
2 26 Feb 07 jari 131      * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 132      */
2 26 Feb 07 jari 133     public SOTAExperimentTreeViewer(Integer exptID, SOTATreeData sotaTreeData, 
2 26 Feb 07 jari 134         int[][] clusterIndices) {
2 26 Feb 07 jari 135         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 136         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 137         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 138         clusterPop = sotaTreeData.clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 139         clusterDivFM = sotaTreeData.clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 140         this.clusterIndices = clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 141         function = sotaTreeData.function;
2 26 Feb 07 jari 142         numberOfCells = sotaTreeData.clusterPopulation.length;
2 26 Feb 07 jari 143         sotaTree = new SOTATree(sotaTreeData, false);
2 26 Feb 07 jari 144         if(sotaTree != null)
2 26 Feb 07 jari 145             sotaTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 146         centroidDialog = null;
2 26 Feb 07 jari 147         this.exptID = exptID.intValue();
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150     public SOTATreeData getSOTATreeData(){return sotaTree.getSotaTreeData();}
2 26 Feb 07 jari 151         
2 26 Feb 07 jari 152     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 153       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 154           new Object[]{this.experiment, this.sotaTree.getSotaTreeData(), this.clusterIndices});
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     public int getExperimentID(){return exptID;}
2 26 Feb 07 jari 157     public void setExperimentID(int e){
2 26 Feb 07 jari 158       exptID = e;
2 26 Feb 07 jari 159       expViewer.setExperimentID(e);
2 26 Feb 07 jari 160     }
2 26 Feb 07 jari 161     public void setExperiment(Experiment e){
2 26 Feb 07 jari 162       experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 163       exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 164         numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 165       centroidData = new Experiment(sotaTree.getSotaTreeData().centroidMatrix.transpose(), getSamplesOrder(numberOfSamples));
2 26 Feb 07 jari 166
2 26 Feb 07 jari 167       numberOfSamples = centroidData.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 168         this.expViewer = new SOTAExpCentroidExpressionViewer(centroidData, experiment, null, getSamplesOrder(numberOfSamples), sotaTree.getSotaTreeData().clusterPopulation, sotaTree.getSotaTreeData().clusterDiversity, selectedClusterList);
2 26 Feb 07 jari 169         this.expViewer.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 170       this.expViewer.setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 171       
2 26 Feb 07 jari 172         addComponents(sotaTree, expViewer);
2 26 Feb 07 jari 173         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 174         popup = this.createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     }
2 26 Feb 07 jari 177     /**
2 26 Feb 07 jari 178      *  sets a node to reference when jumping to expression images
2 26 Feb 07 jari 179      */
2 26 Feb 07 jari 180     public void associateExpressionImageNode(DefaultMutableTreeNode ExpressionImageNode){
2 26 Feb 07 jari 181         expImageNode = ExpressionImageNode;
2 26 Feb 07 jari 182     }
2 26 Feb 07 jari 183     
2 26 Feb 07 jari 184     /**
2 26 Feb 07 jari 185      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 186      */
2 26 Feb 07 jari 187     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 188         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 189         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 190         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 191         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 192         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 193         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 194         return data;
2 26 Feb 07 jari 195     }
2 26 Feb 07 jari 196     
2 26 Feb 07 jari 197     
2 26 Feb 07 jari 198     int [] getSamplesOrder(int numSamples){
2 26 Feb 07 jari 199         int [] order = new int[numSamples];
2 26 Feb 07 jari 200         
2 26 Feb 07 jari 201         for(int i = 0; i < numSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 202             order[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 203         }
2 26 Feb 07 jari 204         return order;
2 26 Feb 07 jari 205     }
2 26 Feb 07 jari 206     
2 26 Feb 07 jari 207     
2 26 Feb 07 jari 208     protected void addComponents( JComponent sotaTree, JComponent expViewer){// ,JComponent cBar) {
2 26 Feb 07 jari 209         
2 26 Feb 07 jari 210         if (sotaTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 211             add(sotaTree, new GridBagConstraints(0, 0, 1, 1, 1.0, 0.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 212         }
2 26 Feb 07 jari 213         add(expViewer,  new GridBagConstraints(0, 1, 1, 1, 1.0, 1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 214     }
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     /**
2 26 Feb 07 jari 217      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 218      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 219      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 220      */
2 26 Feb 07 jari 221     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 222         this.sotaTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 223         this.expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 224         if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 225             this.sampleTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 226         verifyClusterExistence(data);
2 26 Feb 07 jari 227         
2 26 Feb 07 jari 228         //this.header.setHeaderPosition(this.sotaTree.getTreeHeight()-10); //move by inset of viewer
2 26 Feb 07 jari 229         //this.header.updateSize(getCommonWidth());
2 26 Feb 07 jari 230     }
2 26 Feb 07 jari 231     
2 26 Feb 07 jari 232     /**
2 26 Feb 07 jari 233      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 234      */
2 26 Feb 07 jari 235     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 236     }
2 26 Feb 07 jari 237     
2 26 Feb 07 jari 238     
2 26 Feb 07 jari 239     /**
2 26 Feb 07 jari 240      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 241      */
2 26 Feb 07 jari 242     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 243         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 244         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 245         
2 26 Feb 07 jari 246         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 247         elementSize = menu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 248         if(this.expViewer.isVisible())
2 26 Feb 07 jari 249             this.expViewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 250         if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 251             this.sampleTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 252         this.sotaTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 253         verifyClusterExistence(data);
2 26 Feb 07 jari 254         verifyClusterMembership(data);
2 26 Feb 07 jari 255         
2 26 Feb 07 jari 256         //expImageNode is null after de-serialization and must be reset
2 26 Feb 07 jari 257         if(this.expImageNode == null){
2 26 Feb 07 jari 258             DefaultMutableTreeNode node = framework.getCurrentNode();
2 26 Feb 07 jari 259             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 260                 node = (DefaultMutableTreeNode)node.getParent();
2 26 Feb 07 jari 261             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 262                 node = (DefaultMutableTreeNode)node.getChildAt(1);
2 26 Feb 07 jari 263             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 264                 this.expImageNode = node;            
2 26 Feb 07 jari 265         }
2 26 Feb 07 jari 266     }
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     /**
2 26 Feb 07 jari 269      * Calculate the viewer width.
2 26 Feb 07 jari 270      */
2 26 Feb 07 jari 271     public int getCommonWidth() {
2 26 Feb 07 jari 272         int width = 0;
2 26 Feb 07 jari 273         if (this.sotaTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 274             width += this.sotaTree.getTreeHeight();
2 26 Feb 07 jari 275         }
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         width += this.expViewer.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 278         
2 26 Feb 07 jari 279         return width;
2 26 Feb 07 jari 280     }
2 26 Feb 07 jari 281     
2 26 Feb 07 jari 282     public int getCommonHeight(){
2 26 Feb 07 jari 283         int height = 0;
2 26 Feb 07 jari 284         if(this.sotaTree != null){
2 26 Feb 07 jari 285             height += this.sotaTree.getTreeWidth();
2 26 Feb 07 jari 286         }
2 26 Feb 07 jari 287         height += this.header.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 288         return height;
2 26 Feb 07 jari 289     }
2 26 Feb 07 jari 290     
2 26 Feb 07 jari 291     /**
2 26 Feb 07 jari 292      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 293      */
2 26 Feb 07 jari 294     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296     
2 26 Feb 07 jari 297     /**
2 26 Feb 07 jari 298      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 299      */
2 26 Feb 07 jari 300     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 301         return this;
2 26 Feb 07 jari 302     }
2 26 Feb 07 jari 303     
2 26 Feb 07 jari 304     /**
2 26 Feb 07 jari 305      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 306      */
2 26 Feb 07 jari 307     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 308         return null;
2 26 Feb 07 jari 309     }
2 26 Feb 07 jari 310     
2 26 Feb 07 jari 311     /**
2 26 Feb 07 jari 312      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 313      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 314      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 315      */
2 26 Feb 07 jari 316     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 317         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 318         verifyClusterExistence(data);
2 26 Feb 07 jari 319     }
2 26 Feb 07 jari 320     
2 26 Feb 07 jari 321     
2 26 Feb 07 jari 322     private void verifyClusterExistence(IData data){
2 26 Feb 07 jari 323         Color [] colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 324         if(colors.length == 0){
2 26 Feb 07 jari 325             this.selectedClusterList.clear();
2 26 Feb 07 jari 326             this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 327         }
2 26 Feb 07 jari 328     }
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     private void verifyClusterMembership(IData data){
2 26 Feb 07 jari 331         Color [] colors = data.getExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 332         Color currColor = null;
2 26 Feb 07 jari 333         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 334         boolean aMemberChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 335         boolean membershipChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 336         boolean [] alteredMembership = new boolean[selectedClusterList.size()];
2 26 Feb 07 jari 337         
2 26 Feb 07 jari 338         int index;
2 26 Feb 07 jari 339         for(int c = 0; c < this.selectedClusterList.size(); c++){
2 26 Feb 07 jari 340             cluster = (HCLCluster)this.selectedClusterList.get(c);
2 26 Feb 07 jari 341             currColor = cluster.color;
2 26 Feb 07 jari 342             index = cluster.root;
2 26 Feb 07 jari 343             membershipChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 344             for(int exp = 0; exp < this.clusterIndices[index].length ; exp++){
2 26 Feb 07 jari 345                 if(!(currColor.equals(data.getExperimentColor(this.clusterIndices[index][exp])))){
2 26 Feb 07 jari 346                     aMemberChanged = true;
2 26 Feb 07 jari 347                     membershipChanged = true;
2 26 Feb 07 jari 348                     break;
2 26 Feb 07 jari 349                 }
2 26 Feb 07 jari 350             }
2 26 Feb 07 jari 351             if(membershipChanged)
2 26 Feb 07 jari 352                 alteredMembership[c] = true;
2 26 Feb 07 jari 353         }
2 26 Feb 07 jari 354         
2 26 Feb 07 jari 355         for(int i = selectedClusterList.size()-1; i >=0 ;i--){
2 26 Feb 07 jari 356             if(alteredMembership[i])
2 26 Feb 07 jari 357                 selectedClusterList.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 358         }
2 26 Feb 07 jari 359         if(aMemberChanged)
2 26 Feb 07 jari 360             this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 361     }
2 26 Feb 07 jari 362     
2 26 Feb 07 jari 363     
2 26 Feb 07 jari 364     /**
2 26 Feb 07 jari 365      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 366      */
2 26 Feb 07 jari 367     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 368         return this.expViewer.getHeaderComponent();
2 26 Feb 07 jari 369     }
2 26 Feb 07 jari 370     
2 26 Feb 07 jari 371     
2 26 Feb 07 jari 372     private int[] getLeafOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 373         if (result == null || result.node_order.length < 2) {
2 26 Feb 07 jari 374             return null;
2 26 Feb 07 jari 375         }
2 26 Feb 07 jari 376         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 377     }
2 26 Feb 07 jari 378     
2 26 Feb 07 jari 379     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 380         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 381         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 382         
2 26 Feb 07 jari 383         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 384         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 385     }
2 26 Feb 07 jari 386     
2 26 Feb 07 jari 387     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 388         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 389             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 390         }
2 26 Feb 07 jari 391         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 392             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 393         } else {
2 26 Feb 07 jari 394             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 395             pos++;
2 26 Feb 07 jari 396         }
2 26 Feb 07 jari 397         return pos;
2 26 Feb 07 jari 398     }
2 26 Feb 07 jari 399     
2 26 Feb 07 jari 400     private Frame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 401         return JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 402     }
2 26 Feb 07 jari 403     
2 26 Feb 07 jari 404     private void setSOTATreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 405         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 406         SOTAConfigDialog dialog = new SOTAConfigDialog(frame, 0, sotaTree.getMinDistance(), sotaTree.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 407         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 408             sotaTree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 409         }
2 26 Feb 07 jari 410         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 411     }
2 26 Feb 07 jari 412     
2 26 Feb 07 jari 413     public void onSampleTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 414         setTreeProperties(this.sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 415         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 416     }
2 26 Feb 07 jari 417     
2 26 Feb 07 jari 418     private void setTreeProperties(HCLTree tree) {
2 26 Feb 07 jari 419         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 420         SOTAConfigDialog dialog = new SOTAConfigDialog(frame, tree.getZeroThreshold(), tree.getMinDistance(), tree.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 421         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 422             tree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 423         }
2 26 Feb 07 jari 424     }
2 26 Feb 07 jari 425     
2 26 Feb 07 jari 426     
2 26 Feb 07 jari 427     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 428         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 429         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 430         return popup;
2 26 Feb 07 jari 431     }
2 26 Feb 07 jari 432     
2 26 Feb 07 jari 433     private void showClusterInfo(int clusterNumber){
2 26 Feb 07 jari 434         float neighborDist;
2 26 Feb 07 jari 435         int neighbor = getClosestCentroid(clusterNumber);
2 26 Feb 07 jari 436         
2 26 Feb 07 jari 437         if(neighbor == clusterNumber) return;
2 26 Feb 07 jari 438         
2 26 Feb 07 jari 439         neighborDist = org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.impl.ExperimentUtil.geneDistance(centroidData.getMatrix(),
2 26 Feb 07 jari 440         null, clusterNumber, neighbor, function, (float)1.0, false);
2 26 Feb 07 jari 441         
2 26 Feb 07 jari 442         //Code to put selected viewer into scroll pane
2 26 Feb 07 jari 443         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)(expImageNode.getChildAt(clusterNumber));
2 26 Feb 07 jari 444         
2 26 Feb 07 jari 445         if(this.framework != null)
2 26 Feb 07 jari 446             framework.setTreeNode(node);
2 26 Feb 07 jari 447     }
2 26 Feb 07 jari 448     
2 26 Feb 07 jari 449     
2 26 Feb 07 jari 450     
2 26 Feb 07 jari 451     private int getClosestCentroid(int centroidNum){
2 26 Feb 07 jari 452         float minDist = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 453         float currDist;
2 26 Feb 07 jari 454         int closestCentroid = centroidNum;
2 26 Feb 07 jari 455         for(int i = 0; i < this.numberOfCells ;i++){
2 26 Feb 07 jari 456             currDist = org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.impl.ExperimentUtil.geneDistance(centroidData.getMatrix(),
2 26 Feb 07 jari 457             null, centroidNum, i, function, (float)1.0 , false);
2 26 Feb 07 jari 458             
2 26 Feb 07 jari 459             if(currDist < minDist && i != centroidNum){
2 26 Feb 07 jari 460                 minDist = currDist;
2 26 Feb 07 jari 461                 closestCentroid = i;
2 26 Feb 07 jari 462             }
2 26 Feb 07 jari 463         }
2 26 Feb 07 jari 464         return closestCentroid;
2 26 Feb 07 jari 465     }
2 26 Feb 07 jari 466     
2 26 Feb 07 jari 467     
2 26 Feb 07 jari 468     private void onSaveCluster(int cNum){
2 26 Feb 07 jari 469         try {
2 26 Feb 07 jari 470             org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, clusterIndices[cNum]);
2 26 Feb 07 jari 471         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 472             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 473             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 474         }
2 26 Feb 07 jari 475     }
2 26 Feb 07 jari 476     
2 26 Feb 07 jari 477     /**
2 26 Feb 07 jari 478      * Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 479      */
2 26 Feb 07 jari 480     private void onSetCluster(int currCluster){
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482         Color newColor = JColorChooser.showDialog(getFrame(), "Choose color", new Color(128, 128, 128));
2 26 Feb 07 jari 483         if (newColor == null || currCluster == -1) {
2 26 Feb 07 jari 484             return;
2 26 Feb 07 jari 485         }
2 26 Feb 07 jari 486         HCLCluster cluster = new HCLCluster(currCluster, currCluster-1, currCluster+1);
2 26 Feb 07 jari 487         selectedClusterList.add(cluster);
2 26 Feb 07 jari 488         cluster.color = newColor;
2 26 Feb 07 jari 489         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 490         // this.expViewer.setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 491         this.data.setExperimentColor( getIDataRowIndices(clusterIndices[currCluster]), newColor);
2 26 Feb 07 jari 492         this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 493         repaint();
2 26 Feb 07 jari 494     }
2 26 Feb 07 jari 495     
2 26 Feb 07 jari 496     /**
2 26 Feb 07 jari 497      * Converts cluster indicies from the experiment to IData rows which could be different
2 26 Feb 07 jari 498      */
2 26 Feb 07 jari 499     private int [] getIDataRowIndices(int [] expIndices){
2 26 Feb 07 jari 500         int [] dataIndices = new int[expIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 501         for(int i = 0; i < expIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 502             dataIndices[i] = experiment.getGeneIndexMappedToData(expIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 503         }
2 26 Feb 07 jari 504         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 505     }
2 26 Feb 07 jari 506     
2 26 Feb 07 jari 507     /**
2 26 Feb 07 jari 508      * Deletes indicated cluster
2 26 Feb 07 jari 509      */
2 26 Feb 07 jari 510     private void onDeleteCluster(int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 511         HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 512         
2 26 Feb 07 jari 513         for(int i = 0; i < selectedClusterList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 514             currCluster = (HCLCluster)selectedClusterList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 515             if(currCluster.root == clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 516                 this.data.setExperimentColor( clusterIndices[clusterIndex], null);
2 26 Feb 07 jari 517                 selectedClusterList.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 518             }
2 26 Feb 07 jari 519         }
2 26 Feb 07 jari 520         this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 521         repaint();
2 26 Feb 07 jari 522     }
2 26 Feb 07 jari 523     
2 26 Feb 07 jari 524     /**
2 26 Feb 07 jari 525      *  Clears cluster colors
2 26 Feb 07 jari 526      */
2 26 Feb 07 jari 527     private void onDeleteAllClusters(){
2 26 Feb 07 jari 528         selectedClusterList.clear();
2 26 Feb 07 jari 529         this.data.deleteExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 530         this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 531         repaint();
2 26 Feb 07 jari 532     }
2 26 Feb 07 jari 533     
2 26 Feb 07 jari 534     
2 26 Feb 07 jari 535     /**
2 26 Feb 07 jari 536      * Adds menu items to the specified popup menu.
2 26 Feb 07 jari 537      */
2 26 Feb 07 jari 538     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 539         
2 26 Feb 07 jari 540         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 541         
2 26 Feb 07 jari 542         //  menuItem = new JMenuItem("Set cluster...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 543         //   menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 544         //   menuItem.setActionCommand(SET_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 545         //   menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 546         //   menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 547         
2 26 Feb 07 jari 548         //   menuItem = new JMenuItem("Set cluster text...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 549         //    menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 550         //    menuItem.setActionCommand(SET_CLUSTER_TEXT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 551         //    menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 552         //     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 553         
2 26 Feb 07 jari 554         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 555         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 556         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 557         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 558         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 559         
2 26 Feb 07 jari 560         //    menuItem = new JMenuItem("Delete cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 561         //     menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 562         //     menuItem.setActionCommand(DELETE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 563         //     menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 564         //     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 565         
2 26 Feb 07 jari 566         //     menuItem = new JMenuItem("Delete all clusters", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 567         //     menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 568         //     menuItem.setActionCommand(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 569         //    menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 570         //     menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 571         
2 26 Feb 07 jari 572         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 573         
2 26 Feb 07 jari 574         menuItem = new JMenuItem("SOTATree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 575         menuItem.setEnabled(this.sotaTree != null);
2 26 Feb 07 jari 576         menuItem.setActionCommand(SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 577         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 578         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 579         
2 26 Feb 07 jari 580         menuItem = new JMenuItem("SampleTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 581         menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 582         menuItem.setActionCommand(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 583         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 584         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 585     }
2 26 Feb 07 jari 586     
2 26 Feb 07 jari 587     
2 26 Feb 07 jari 588     /**
2 26 Feb 07 jari 589      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 590      * @return null, if menu item was not found.
2 26 Feb 07 jari 591      */
2 26 Feb 07 jari 592     protected JMenuItem getJMenuItem(String command) {
2 26 Feb 07 jari 593         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 594         Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 595         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 596             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 597                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 598                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 599             }
2 26 Feb 07 jari 600         }
2 26 Feb 07 jari 601         return null;
2 26 Feb 07 jari 602     }
2 26 Feb 07 jari 603     
2 26 Feb 07 jari 604     /**
2 26 Feb 07 jari 605      * Sets menu enabled flag.
2 26 Feb 07 jari 606      */
2 26 Feb 07 jari 607     protected void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 608         JMenuItem item = getJMenuItem(command);
2 26 Feb 07 jari 609         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 610             return;
2 26 Feb 07 jari 611         }
2 26 Feb 07 jari 612         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 613     }
2 26 Feb 07 jari 614     
2 26 Feb 07 jari 615     private boolean isClusterSet(int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 616         HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 617         
2 26 Feb 07 jari 618         for(int i = 0; i < selectedClusterList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 619             currCluster = (HCLCluster)selectedClusterList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 620             if(currCluster.root == clusterIndex)
2 26 Feb 07 jari 621                 return true;
2 26 Feb 07 jari 622         }
2 26 Feb 07 jari 623         return false;
2 26 Feb 07 jari 624     }
2 26 Feb 07 jari 625     
2 26 Feb 07 jari 626     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 627      */
2 26 Feb 07 jari 628     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 629         return null;
2 26 Feb 07 jari 630     }
2 26 Feb 07 jari 631     
2 26 Feb 07 jari 632     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 633      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 634      */
2 26 Feb 07 jari 635     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 636         return null;
2 26 Feb 07 jari 637     }
2 26 Feb 07 jari 638     
2 26 Feb 07 jari 639     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 640      */
2 26 Feb 07 jari 641     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 642         return null;
2 26 Feb 07 jari 643     }    
2 26 Feb 07 jari 644     
2 26 Feb 07 jari 645     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 646      */
2 26 Feb 07 jari 647     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 648         return null;
2 26 Feb 07 jari 649     }
2 26 Feb 07 jari 650     
2 26 Feb 07 jari 651     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 652      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 653      */
2 26 Feb 07 jari 654     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 655         return -1;
2 26 Feb 07 jari 656     }    
2 26 Feb 07 jari 657     
2 26 Feb 07 jari 658     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener{
2 26 Feb 07 jari 659         
2 26 Feb 07 jari 660         public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 661             String actionCmd = actionEvent.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 662             if(actionCmd.equals(SOTAExperimentTreeViewer.SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 663                 setSOTATreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 664             }
2 26 Feb 07 jari 665 /*
2 26 Feb 07 jari 666             else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 667                 onSampleTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 668             }
2 26 Feb 07 jari 669  */
2 26 Feb 07 jari 670             else if(actionCmd.equals(SOTAExperimentTreeViewer.SET_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 671                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 672                     onSetCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 673             }
2 26 Feb 07 jari 674             else if(actionCmd.equals(SOTAExperimentTreeViewer.SAVE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 675                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 676                     onSaveCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 677             }
2 26 Feb 07 jari 678             else if(actionCmd.equals(SOTAExperimentTreeViewer.DELETE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 679                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 680                     onDeleteCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 681             }
2 26 Feb 07 jari 682             
2 26 Feb 07 jari 683             else if(actionCmd.equals(SOTAExperimentTreeViewer.DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 684                 onDeleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 685             }
2 26 Feb 07 jari 686         }
2 26 Feb 07 jari 687         
2 26 Feb 07 jari 688         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 689             
2 26 Feb 07 jari 690             if(!maybeShowPopup(event) && SwingUtilities.isLeftMouseButton(event)){
2 26 Feb 07 jari 691                 currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 692                 
2 26 Feb 07 jari 693                 if(currClusterNum != -1){
2 26 Feb 07 jari 694                     showClusterInfo(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 695                 }
2 26 Feb 07 jari 696             }
2 26 Feb 07 jari 697         }
2 26 Feb 07 jari 698         
2 26 Feb 07 jari 699         
2 26 Feb 07 jari 700         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 701             
2 26 Feb 07 jari 702             if(!maybeShowPopup(event) && SwingUtilities.isLeftMouseButton(event)){
2 26 Feb 07 jari 703                 currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 704                 
2 26 Feb 07 jari 705                 if(currClusterNum != -1){
2 26 Feb 07 jari 706                     showClusterInfo(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 707                 }
2 26 Feb 07 jari 708             }
2 26 Feb 07 jari 709         }
2 26 Feb 07 jari 710         
2 26 Feb 07 jari 711         
2 26 Feb 07 jari 712         
2 26 Feb 07 jari 713         private boolean maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 714             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 715                 return false;
2 26 Feb 07 jari 716             }
2 26 Feb 07 jari 717             currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 718             setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1);
2 26 Feb 07 jari 719             setEnableMenuItem(DELETE_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1 && isClusterSet(currClusterNum));
2 26 Feb 07 jari 720             setEnableMenuItem(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD, !selectedClusterList.isEmpty());
2 26 Feb 07 jari 721             setEnableMenuItem(SAVE_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1);
2 26 Feb 07 jari 722             
2 26 Feb 07 jari 723             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 724             return true;
2 26 Feb 07 jari 725         }
2 26 Feb 07 jari 726     }
2 26 Feb 07 jari 727     
2 26 Feb 07 jari 728     
2 26 Feb 07 jari 729     
2 26 Feb 07 jari 730 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:42 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)