mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTAGeneTreeViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTAGeneTreeViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.10 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLCluster;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTree;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 52
2 26 Feb 07 jari 53
2 26 Feb 07 jari 54 public class SOTAGeneTreeViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     protected static String SET_CLUSTER_CMD = "set-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 57     protected static String SET_CLUSTER_TEXT_CMD = "set-cluster-text-cmd";
2 26 Feb 07 jari 58     protected static String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 59     protected static String DELETE_CLUSTER_CMD = "delete-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 60     protected static String DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD = "delete-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 61     protected static String SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD = "gene-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 62     protected static String SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD = "sample-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 63     
2 26 Feb 07 jari 64     private int numberOfCells;
2 26 Feb 07 jari 65     private int numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 66     private Experiment centroidData;
2 26 Feb 07 jari 67     private SOTATree sotaTree;
2 26 Feb 07 jari 68     private FloatMatrix clusterDivFM;
2 26 Feb 07 jari 69     private int [] clusterPop;
2 26 Feb 07 jari 70     private int [][] clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 71     private ArrayList selectedClusterList = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private SOTACentroidExpressionViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 74     private Dimension elementSize;
2 26 Feb 07 jari 75     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 76     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 77     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 78     private HCLExperimentHeader header;
2 26 Feb 07 jari 79     protected HCLTree sampleTree;
2 26 Feb 07 jari 80     private int elementHeight;
2 26 Feb 07 jari 81     private int elementWidth;
2 26 Feb 07 jari 82     private Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 83     private int function;
2 26 Feb 07 jari 84     private int currClusterNum = -1;
2 26 Feb 07 jari 85     private DefaultMutableTreeNode expImageNode;
2 26 Feb 07 jari 86     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 87     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 88     private int[] samplesOrder = null;
2 26 Feb 07 jari 89     private Cluster hclSampleTree;
2 26 Feb 07 jari 90     
2 26 Feb 07 jari 91     /**
2 26 Feb 07 jari 92      * Creates a new instance of SOTAViewer
2 26 Feb 07 jari 93      * @param result result of SOTA clustering
2 26 Feb 07 jari 94      * @param sota SOTA tree data structure
2 26 Feb 07 jari 95      * @param hclSampleTree result from clustering samples by Hierarchical Clustering
2 26 Feb 07 jari 96      * @param clusters Cluster gene indicies
2 26 Feb 07 jari 97      */
2 26 Feb 07 jari 98     public SOTAGeneTreeViewer(Experiment experiment, SOTATreeData sotaTreeData, Cluster hclSampleTree, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 99         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 100         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 101         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 102         
2 26 Feb 07 jari 103         clusterPop = sotaTreeData.clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 104         clusterDivFM = sotaTreeData.clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 105         clusterIndices = clusters;
2 26 Feb 07 jari 106         this.hclSampleTree = hclSampleTree;
2 26 Feb 07 jari 107         function = sotaTreeData.function;
2 26 Feb 07 jari 108         numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 109         numberOfCells = sotaTreeData.clusterPopulation.length;
2 26 Feb 07 jari 110         sotaTree = new SOTATree(sotaTreeData, true);
2 26 Feb 07 jari 111         if(sotaTree != null)
2 26 Feb 07 jari 112             sotaTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 113         sampleTree = null;
2 26 Feb 07 jari 114         if(hclSampleTree != null){
2 26 Feb 07 jari 115             Node sampleTreeNode = hclSampleTree.getNodeList().getNode(0);
2 26 Feb 07 jari 116             sampleTree = new HCLTree(getResult(sampleTreeNode,0), HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 117             samplesOrder = getLeafOrder(getResult(sampleTreeNode,0) , null);
2 26 Feb 07 jari 118             sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 119         }
2 26 Feb 07 jari 120         centroidData = new Experiment(sotaTreeData.centroidMatrix, samplesOrder != null ? samplesOrder : experiment.getColumnIndicesCopy());
2 26 Feb 07 jari 121         numberOfSamples = centroidData.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 122         expViewer = new SOTACentroidExpressionViewer( centroidData, null, samplesOrder, sotaTreeData.clusterPopulation, sotaTreeData.clusterDiversity, selectedClusterList);
2 26 Feb 07 jari 123         expViewer.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 124         header = new HCLExperimentHeader(expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 125         header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 126         addComponents(sotaTree, expViewer, sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 127         this.setLocation(0,0);
2 26 Feb 07 jari 128         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 129         popup = this.createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 130         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 131         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 132     }
2 26 Feb 07 jari 133     /**
2 26 Feb 07 jari 134      * XMLEncoder/XMLDecoder constructor
2 26 Feb 07 jari 135      * @param exptID
2 26 Feb 07 jari 136      * @param sotaTreeData
2 26 Feb 07 jari 137      * @param hclSampleTree
2 26 Feb 07 jari 138      * @param clusters
2 26 Feb 07 jari 139      * @deprecated
2 26 Feb 07 jari 140      */
2 26 Feb 07 jari 141     public SOTAGeneTreeViewer(Integer exptID, SOTATreeData sotaTreeData, 
2 26 Feb 07 jari 142         Cluster hclSampleTree, int[][] clusters) { //, SOTACentroidExpressionViewer scev){
2 26 Feb 07 jari 143       setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 144         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 145         listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147         clusterPop = sotaTreeData.clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 148         clusterDivFM = sotaTreeData.clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 149         clusterIndices = clusters;
2 26 Feb 07 jari 150         function = sotaTreeData.function;
2 26 Feb 07 jari 151         //this.expViewer = scev;
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         numberOfCells = sotaTreeData.clusterPopulation.length;
2 26 Feb 07 jari 154         int [] samplesOrder = null;
2 26 Feb 07 jari 155         this.exptID = exptID.intValue();
2 26 Feb 07 jari 156         
2 26 Feb 07 jari 157         this.sotaTree = new SOTATree(sotaTreeData, true);
2 26 Feb 07 jari 158         if(sotaTree != null)
2 26 Feb 07 jari 159             sotaTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 160         //this.sampleTree = sampleTree;
2 26 Feb 07 jari 161         this.sampleTree = null;
2 26 Feb 07 jari 162         if(hclSampleTree != null){
2 26 Feb 07 jari 163             Node sampleTreeNode = hclSampleTree.getNodeList().getNode(0);
2 26 Feb 07 jari 164             sampleTree = new HCLTree(getResult(sampleTreeNode,0), HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 165             samplesOrder = getLeafOrder(getResult(sampleTreeNode,0) , null);
2 26 Feb 07 jari 166             sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 167         }
2 26 Feb 07 jari 168     }
2 26 Feb 07 jari 169     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 170       return new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 171           new Object[]{this.experiment, this.sotaTree.getSotaTreeData(), this.sampleTree, this.getClusters()}); //, eccv.getExpViewer()});
2 26 Feb 07 jari 172     }
2 26 Feb 07 jari 173     
2 26 Feb 07 jari 174     public void setExperiment(Experiment e){
2 26 Feb 07 jari 175         this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 176       this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 177       numberOfSamples = e.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 178         SOTATreeData sotaTreeData = sotaTree.getSotaTreeData();
2 26 Feb 07 jari 179         this.centroidData = new Experiment(sotaTreeData.centroidMatrix, samplesOrder != null ? samplesOrder : experiment.getColumnIndicesCopy());
2 26 Feb 07 jari 180         numberOfSamples = centroidData.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 181         this.expViewer = new SOTACentroidExpressionViewer( centroidData, null, samplesOrder, sotaTreeData.clusterPopulation, sotaTreeData.clusterDiversity, selectedClusterList);
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         expViewer.addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 184         header = new HCLExperimentHeader(expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 185         header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 186         addComponents(sotaTree, expViewer, sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 187         this.setLocation(0,0);
2 26 Feb 07 jari 188         addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 189         popup = this.createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 190     
2 26 Feb 07 jari 191     }
2 26 Feb 07 jari 192     
2 26 Feb 07 jari 193     public int getExperimentID(){return this.exptID;}
2 26 Feb 07 jari 194     public void setExperimentID(int e){this.exptID = e;}
2 26 Feb 07 jari 195     
2 26 Feb 07 jari 196     /**
2 26 Feb 07 jari 197      *  sets a node to reference when jumping to expression images
2 26 Feb 07 jari 198      */
2 26 Feb 07 jari 199     public void associateExpressionImageNode(DefaultMutableTreeNode ExpressionImageNode){
2 26 Feb 07 jari 200         expImageNode = ExpressionImageNode;
2 26 Feb 07 jari 201     }
2 26 Feb 07 jari 202     
2 26 Feb 07 jari 203     /**
2 26 Feb 07 jari 204      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 205      */
2 26 Feb 07 jari 206     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 207         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 208         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 209         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 210         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 211         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 212         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 213         return data;
2 26 Feb 07 jari 214     }
2 26 Feb 07 jari 215     
2 26 Feb 07 jari 216     
2 26 Feb 07 jari 217     int [] getSamplesOrder(int numSamples){
2 26 Feb 07 jari 218         int [] order = new int[numSamples];
2 26 Feb 07 jari 219         
2 26 Feb 07 jari 220         for(int i = 0; i < numSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 221             order[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 222         }
2 26 Feb 07 jari 223         return order;
2 26 Feb 07 jari 224     }
2 26 Feb 07 jari 225     
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     protected void addComponents( JComponent sotaTree, JComponent expViewer, JComponent sTree){// ,JComponent cBar) {
2 26 Feb 07 jari 228         final int rows = sTree == null ? 1 : 2;
2 26 Feb 07 jari 229         final int cols = 2;
2 26 Feb 07 jari 230         
2 26 Feb 07 jari 231         if(sTree != null)
2 26 Feb 07 jari 232             add(sTree, new GridBagConstraints(cols-1, rows-2, 1, 1, 0.0, 0.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 233         
2 26 Feb 07 jari 234         if (sotaTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 235             add(sotaTree, new GridBagConstraints(cols-2, rows-1, 1, 1, 0.0, 1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 236         }
2 26 Feb 07 jari 237         add(expViewer,  new GridBagConstraints(cols-1, rows-1, 1, 1, 1.0, 1.0, GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 238     }
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     /**
2 26 Feb 07 jari 241      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 242      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 243      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 244      */
2 26 Feb 07 jari 245     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 246         this.sotaTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 247         this.expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 248         if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 249             this.sampleTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 250         this.header.setHeaderPosition(this.sotaTree.getTreeHeight()-10); //move by inset of viewer
2 26 Feb 07 jari 251         this.header.updateSize(getCommonWidth(), elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     /**
2 26 Feb 07 jari 255      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 256      */
2 26 Feb 07 jari 257     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 258     }
2 26 Feb 07 jari 259     
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     /**
2 26 Feb 07 jari 262      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 263      */
2 26 Feb 07 jari 264     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 265         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 266         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 267         
2 26 Feb 07 jari 268         IDisplayMenu menu = framework.getDisplayMenu();
2 26 Feb 07 jari 269         elementSize = menu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 270         if(this.expViewer.isVisible())
2 26 Feb 07 jari 271             this.expViewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 272         if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 273             this.sampleTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 274         this.sotaTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 275         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         verifyClusterExistence(data);
2 26 Feb 07 jari 278         verifyClusterMembership(data);
2 26 Feb 07 jari 279         //Only do this if we have a visible viewer
2 26 Feb 07 jari 280         this.header.setHeaderPosition(this.sotaTree.getTreeHeight()-10); //move by inset of viewer
2 26 Feb 07 jari 281
2 26 Feb 07 jari 282         //expImageNode is null after de-serialization and must be reset
2 26 Feb 07 jari 283         if(this.expImageNode == null){
2 26 Feb 07 jari 284             DefaultMutableTreeNode node = framework.getCurrentNode();
2 26 Feb 07 jari 285             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 286                 node = (DefaultMutableTreeNode)node.getParent();
2 26 Feb 07 jari 287             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 288                 node = (DefaultMutableTreeNode)node.getChildAt(1);
2 26 Feb 07 jari 289             if(node != null)
2 26 Feb 07 jari 290                 this.expImageNode = node;            
2 26 Feb 07 jari 291         }
2 26 Feb 07 jari 292     }
2 26 Feb 07 jari 293     
2 26 Feb 07 jari 294     /**
2 26 Feb 07 jari 295      * Calculate the viewer width.
2 26 Feb 07 jari 296      */
2 26 Feb 07 jari 297     public int getCommonWidth() {
2 26 Feb 07 jari 298         int width = 0;
2 26 Feb 07 jari 299         if (this.sotaTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 300             width += this.sotaTree.getTreeHeight();
2 26 Feb 07 jari 301         }
2 26 Feb 07 jari 302         
2 26 Feb 07 jari 303         width += this.expViewer.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 304         
2 26 Feb 07 jari 305         return width;
2 26 Feb 07 jari 306     }
2 26 Feb 07 jari 307     
2 26 Feb 07 jari 308     public int getCommonHeight(){
2 26 Feb 07 jari 309         int height = 0;
2 26 Feb 07 jari 310         if(this.sotaTree != null){
2 26 Feb 07 jari 311             height += this.sotaTree.getTreeWidth();
2 26 Feb 07 jari 312         }
2 26 Feb 07 jari 313         height += this.header.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 314         return height;
2 26 Feb 07 jari 315     }
2 26 Feb 07 jari 316     
2 26 Feb 07 jari 317     /**
2 26 Feb 07 jari 318      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 319      */
2 26 Feb 07 jari 320     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 321     }
2 26 Feb 07 jari 322     
2 26 Feb 07 jari 323     /**
2 26 Feb 07 jari 324      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 325      */
2 26 Feb 07 jari 326     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 327         return this;
2 26 Feb 07 jari 328     }
2 26 Feb 07 jari 329     
2 26 Feb 07 jari 330     /**
2 26 Feb 07 jari 331      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 332      */
2 26 Feb 07 jari 333     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 334         return null;
2 26 Feb 07 jari 335     }
2 26 Feb 07 jari 336     
2 26 Feb 07 jari 337     /**
2 26 Feb 07 jari 338      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 339      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 340      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 341      */
2 26 Feb 07 jari 342     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 343         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 344         verifyClusterExistence(data);
2 26 Feb 07 jari 345     }
2 26 Feb 07 jari 346     
2 26 Feb 07 jari 347     private void verifyClusterExistence(IData data){
2 26 Feb 07 jari 348         Color [] colors = data.getColors();
2 26 Feb 07 jari 349         if(colors.length == 0){
2 26 Feb 07 jari 350             this.selectedClusterList.clear();
2 26 Feb 07 jari 351             this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 352         }
2 26 Feb 07 jari 353     }
2 26 Feb 07 jari 354     
2 26 Feb 07 jari 355     
2 26 Feb 07 jari 356     private void verifyClusterMembership(IData data){
2 26 Feb 07 jari 357         Color [] colors = data.getColors();
2 26 Feb 07 jari 358         Color currColor = null;
2 26 Feb 07 jari 359         HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 360         boolean aMemberChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 361         boolean membershipChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 362         boolean [] alteredMembership = new boolean[selectedClusterList.size()];
2 26 Feb 07 jari 363         
2 26 Feb 07 jari 364         int index;
2 26 Feb 07 jari 365         for(int c = 0; c < this.selectedClusterList.size(); c++){
2 26 Feb 07 jari 366             cluster = (HCLCluster)this.selectedClusterList.get(c);
2 26 Feb 07 jari 367             currColor = cluster.color;
2 26 Feb 07 jari 368             index = cluster.root;
2 26 Feb 07 jari 369             membershipChanged = false;
2 26 Feb 07 jari 370             for(int exp = 0; exp < this.clusterIndices[index].length ; exp++){
2 26 Feb 07 jari 371                 if(!(currColor.equals(data.getProbeColor(this.clusterIndices[index][exp])))){
2 26 Feb 07 jari 372                     aMemberChanged = true;
2 26 Feb 07 jari 373                     membershipChanged = true;
2 26 Feb 07 jari 374                     break;
2 26 Feb 07 jari 375                 }
2 26 Feb 07 jari 376             }
2 26 Feb 07 jari 377             if(membershipChanged)
2 26 Feb 07 jari 378                 alteredMembership[c] = true;
2 26 Feb 07 jari 379         }
2 26 Feb 07 jari 380         
2 26 Feb 07 jari 381         for(int i = selectedClusterList.size()-1; i >=0 ;i--){
2 26 Feb 07 jari 382             if(alteredMembership[i])
2 26 Feb 07 jari 383                 selectedClusterList.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 384         }
2 26 Feb 07 jari 385         if(aMemberChanged)
2 26 Feb 07 jari 386             this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 387     }
2 26 Feb 07 jari 388     
2 26 Feb 07 jari 389     /**
2 26 Feb 07 jari 390      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 391      */
2 26 Feb 07 jari 392     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 393       return this.header;
2 26 Feb 07 jari 394     }
2 26 Feb 07 jari 395     
2 26 Feb 07 jari 396     
2 26 Feb 07 jari 397     private int[] getLeafOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 398         if (result == null || result.node_order.length < 2) {
2 26 Feb 07 jari 399             return null;
2 26 Feb 07 jari 400         }
2 26 Feb 07 jari 401         return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 402     }
2 26 Feb 07 jari 403     
2 26 Feb 07 jari 404     private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 405         int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 406         Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 407         
2 26 Feb 07 jari 408         fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 409         return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 410     }
2 26 Feb 07 jari 411     
2 26 Feb 07 jari 412     private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 413         if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 414             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 415         }
2 26 Feb 07 jari 416         if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 417             pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 418         } else {
2 26 Feb 07 jari 419             leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 420             pos++;
2 26 Feb 07 jari 421         }
2 26 Feb 07 jari 422         return pos;
2 26 Feb 07 jari 423     }
2 26 Feb 07 jari 424     
2 26 Feb 07 jari 425     private Frame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 426         return JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 427     }
2 26 Feb 07 jari 428     
2 26 Feb 07 jari 429     private void setSOTATreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 430         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 431         SOTAConfigDialog dialog = new SOTAConfigDialog(frame, 0, sotaTree.getMinDistance(), sotaTree.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 432         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 433             sotaTree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 434         }
2 26 Feb 07 jari 435         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 436         this.header.setHeaderPosition(this.sotaTree.getTreeHeight()-10);
2 26 Feb 07 jari 437         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 438     }
2 26 Feb 07 jari 439     
2 26 Feb 07 jari 440  /*   public void onSampleTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 441         setTreeProperties(this.sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 442         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 443     }
2 26 Feb 07 jari 444   */
2 26 Feb 07 jari 445  /*   private void setTreeProperties(HCLTree tree) {
2 26 Feb 07 jari 446         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 447         HCLConfigDialog dialog = new HCLConfigDialog(frame, tree.getZeroThreshold(), tree.getMinDistance(), tree.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 448         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 449             tree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 450         }
2 26 Feb 07 jari 451     }
2 26 Feb 07 jari 452   */
2 26 Feb 07 jari 453     
2 26 Feb 07 jari 454     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 455         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 456         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 457         return popup;
2 26 Feb 07 jari 458     }
2 26 Feb 07 jari 459     
2 26 Feb 07 jari 460     private void showClusterInfo(int clusterNumber){
2 26 Feb 07 jari 461         float neighborDist;
2 26 Feb 07 jari 462         int neighbor = getClosestCentroid(clusterNumber);
2 26 Feb 07 jari 463         
2 26 Feb 07 jari 464         if(neighbor == clusterNumber) return;
2 26 Feb 07 jari 465         
2 26 Feb 07 jari 466         neighborDist = org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.impl.ExperimentUtil.geneDistance(centroidData.getMatrix(),
2 26 Feb 07 jari 467         null, clusterNumber, neighbor, function, (float)1.0, false);
2 26 Feb 07 jari 468         
2 26 Feb 07 jari 469         //Code to put selected viewer into scroll pane
2 26 Feb 07 jari 470         DefaultMutableTreeNode node = (DefaultMutableTreeNode)(expImageNode.getChildAt(clusterNumber));
2 26 Feb 07 jari 471         
2 26 Feb 07 jari 472         if(this.framework != null)
2 26 Feb 07 jari 473             framework.setTreeNode(node);
2 26 Feb 07 jari 474     }
2 26 Feb 07 jari 475     
2 26 Feb 07 jari 476     
2 26 Feb 07 jari 477     
2 26 Feb 07 jari 478     private int getClosestCentroid(int centroidNum){
2 26 Feb 07 jari 479         float minDist = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 480         float currDist;
2 26 Feb 07 jari 481         int closestCentroid = centroidNum;
2 26 Feb 07 jari 482         for(int i = 0; i < this.numberOfCells ;i++){
2 26 Feb 07 jari 483             currDist = org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.impl.ExperimentUtil.geneDistance(centroidData.getMatrix(),
2 26 Feb 07 jari 484             null, centroidNum, i, function, (float)1.0 , false);
2 26 Feb 07 jari 485             
2 26 Feb 07 jari 486             if(currDist < minDist && i != centroidNum){
2 26 Feb 07 jari 487                 minDist = currDist;
2 26 Feb 07 jari 488                 closestCentroid = i;
2 26 Feb 07 jari 489             }
2 26 Feb 07 jari 490         }
2 26 Feb 07 jari 491         return closestCentroid;
2 26 Feb 07 jari 492     }
2 26 Feb 07 jari 493     
2 26 Feb 07 jari 494     
2 26 Feb 07 jari 495     private void onSaveCluster(int cNum){
2 26 Feb 07 jari 496         try {
2 26 Feb 07 jari 497             org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil.saveExperiment(getFrame(), this.experiment, this.data, clusterIndices[cNum]);
2 26 Feb 07 jari 498         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 499             JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 500             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 501         }
2 26 Feb 07 jari 502     }
2 26 Feb 07 jari 503     
2 26 Feb 07 jari 504     /**
2 26 Feb 07 jari 505      * Sets cluster color
2 26 Feb 07 jari 506      */
2 26 Feb 07 jari 507     private void onSetCluster(int currCluster){
2 26 Feb 07 jari 508         
2 26 Feb 07 jari 509         Color newColor = JColorChooser.showDialog(getFrame(), "Choose color", new Color(128, 128, 128));
2 26 Feb 07 jari 510         if (newColor == null || currCluster == -1) {
2 26 Feb 07 jari 511             return;
2 26 Feb 07 jari 512         }
2 26 Feb 07 jari 513         
2 26 Feb 07 jari 514         HCLCluster cluster = new HCLCluster(currCluster, currCluster-1, currCluster+1);
2 26 Feb 07 jari 515         selectedClusterList.add(cluster);
2 26 Feb 07 jari 516         cluster.color = newColor;
2 26 Feb 07 jari 517         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 518         revalidate();
2 26 Feb 07 jari 519         this.data.setProbesColor( getIDataRowIndices(clusterIndices[currCluster]), newColor);
2 26 Feb 07 jari 520         repaint();
2 26 Feb 07 jari 521     }
2 26 Feb 07 jari 522     
2 26 Feb 07 jari 523     /**
2 26 Feb 07 jari 524      * Converts cluster indicies from the experiment to IData rows which could be different
2 26 Feb 07 jari 525      */
2 26 Feb 07 jari 526     private int [] getIDataRowIndices(int [] expIndices){
2 26 Feb 07 jari 527         int [] dataIndices = new int[expIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 528         for(int i = 0; i < expIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 529             dataIndices[i] = experiment.getGeneIndexMappedToData(expIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 530         }
2 26 Feb 07 jari 531         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 532     }
2 26 Feb 07 jari 533     
2 26 Feb 07 jari 534     /**
2 26 Feb 07 jari 535      * Deletes indicated cluster
2 26 Feb 07 jari 536      */
2 26 Feb 07 jari 537     private void onDeleteCluster(int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 538         HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 539         
2 26 Feb 07 jari 540         for(int i = 0; i < selectedClusterList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 541             currCluster = (HCLCluster)selectedClusterList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 542             if(currCluster.root == clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 543                 this.data.setProbesColor( clusterIndices[clusterIndex], null);
2 26 Feb 07 jari 544                 selectedClusterList.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 545             }
2 26 Feb 07 jari 546         }
2 26 Feb 07 jari 547         repaint();
2 26 Feb 07 jari 548     }
2 26 Feb 07 jari 549     
2 26 Feb 07 jari 550     /**
2 26 Feb 07 jari 551      *  Clears cluster colors
2 26 Feb 07 jari 552      */
2 26 Feb 07 jari 553     private void onDeleteAllClusters(){
2 26 Feb 07 jari 554         selectedClusterList.clear();
2 26 Feb 07 jari 555         this.data.deleteColors();
2 26 Feb 07 jari 556         repaint();
2 26 Feb 07 jari 557     }
2 26 Feb 07 jari 558     
2 26 Feb 07 jari 559     
2 26 Feb 07 jari 560     /**
2 26 Feb 07 jari 561      * Adds menu items to the specified popup menu.
2 26 Feb 07 jari 562      */
2 26 Feb 07 jari 563     protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 564         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 565         /*
2 26 Feb 07 jari 566         menuItem = new JMenuItem("Set cluster...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 567         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 568         menuItem.setActionCommand(SET_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 569         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 570         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 571          */
2 26 Feb 07 jari 572        /*
2 26 Feb 07 jari 573         menuItem = new JMenuItem("Set cluster text...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 574         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 575         menuItem.setActionCommand(SET_CLUSTER_TEXT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 576         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 577         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 578         */
2 26 Feb 07 jari 579         menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 580         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 581         menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 582         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 583         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 584       /*
2 26 Feb 07 jari 585         menuItem = new JMenuItem("Delete cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 586         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 587         menuItem.setActionCommand(DELETE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 588         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 589         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 590        
2 26 Feb 07 jari 591         menuItem = new JMenuItem("Delete all clusters", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 592         menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 593         menuItem.setActionCommand(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 594         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 595         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 596        */
2 26 Feb 07 jari 597         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 598         
2 26 Feb 07 jari 599         menuItem = new JMenuItem("SOTATree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 600         menuItem.setEnabled(this.sotaTree != null);
2 26 Feb 07 jari 601         menuItem.setActionCommand(SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 602         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 603         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 604         
2 26 Feb 07 jari 605         //   menuItem = new JMenuItem("SampleTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 606         //   menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 607         //   menuItem.setActionCommand(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 608         //  menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 609         //   menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 610     }
2 26 Feb 07 jari 611     
2 26 Feb 07 jari 612     
2 26 Feb 07 jari 613     /**
2 26 Feb 07 jari 614      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 615      * @return null, if menu item was not found.
2 26 Feb 07 jari 616      */
2 26 Feb 07 jari 617     protected JMenuItem getJMenuItem(String command) {
2 26 Feb 07 jari 618         JMenuItem item;
2 26 Feb 07 jari 619         Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 620         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 621             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 622                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 623                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 624             }
2 26 Feb 07 jari 625         }
2 26 Feb 07 jari 626         return null;
2 26 Feb 07 jari 627     }
2 26 Feb 07 jari 628     
2 26 Feb 07 jari 629     /**
2 26 Feb 07 jari 630      * Sets menu enabled flag.
2 26 Feb 07 jari 631      */
2 26 Feb 07 jari 632     protected void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 633         JMenuItem item = getJMenuItem(command);
2 26 Feb 07 jari 634         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 635             return;
2 26 Feb 07 jari 636         }
2 26 Feb 07 jari 637         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 638     }
2 26 Feb 07 jari 639     
2 26 Feb 07 jari 640     private boolean isClusterSet(int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 641         HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 642         
2 26 Feb 07 jari 643         for(int i = 0; i < selectedClusterList.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 644             currCluster = (HCLCluster)selectedClusterList.get(i);
2 26 Feb 07 jari 645             if(currCluster.root == clusterIndex)
2 26 Feb 07 jari 646                 return true;
2 26 Feb 07 jari 647         }
2 26 Feb 07 jari 648         return false;
2 26 Feb 07 jari 649     }
2 26 Feb 07 jari 650     
2 26 Feb 07 jari 651     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 652      */
2 26 Feb 07 jari 653     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 654         return null;
2 26 Feb 07 jari 655     }
2 26 Feb 07 jari 656     
2 26 Feb 07 jari 657     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 658      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 659      */
2 26 Feb 07 jari 660     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 661         return null;
2 26 Feb 07 jari 662     }
2 26 Feb 07 jari 663     
2 26 Feb 07 jari 664     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 665         return null;
2 26 Feb 07 jari 666     }
2 26 Feb 07 jari 667     
2 26 Feb 07 jari 668     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 669         return null;
2 26 Feb 07 jari 670     }    
2 26 Feb 07 jari 671     
2 26 Feb 07 jari 672     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 673      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 674      */
2 26 Feb 07 jari 675     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 676         return -1;
2 26 Feb 07 jari 677     }
2 26 Feb 07 jari 678     
2 26 Feb 07 jari 679     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener{
2 26 Feb 07 jari 680         
2 26 Feb 07 jari 681         public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent actionEvent) {
2 26 Feb 07 jari 682             String actionCmd = actionEvent.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 683             if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.SOTA_TREE_PROPERTIES_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 684                 setSOTATreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 685                 
2 26 Feb 07 jari 686             }
2 26 Feb 07 jari 687             //   else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 688             //      onSampleTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 689             //   }
2 26 Feb 07 jari 690             else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.SET_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 691                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 692                     onSetCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 693             }
2 26 Feb 07 jari 694             else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.SAVE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 695                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 696                     onSaveCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 697             }
2 26 Feb 07 jari 698             else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.DELETE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 699                 if(currClusterNum != -1)
2 26 Feb 07 jari 700                     onDeleteCluster(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 701             }
2 26 Feb 07 jari 702             else if(actionCmd.equals(SOTAGeneTreeViewer.DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 703                 onDeleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 704             }
2 26 Feb 07 jari 705         }
2 26 Feb 07 jari 706         
2 26 Feb 07 jari 707         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 708             
2 26 Feb 07 jari 709             if(!maybeShowPopup(event) && SwingUtilities.isLeftMouseButton(event)){
2 26 Feb 07 jari 710                 currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 711                 
2 26 Feb 07 jari 712                 if(currClusterNum != -1){
2 26 Feb 07 jari 713                     showClusterInfo(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 714                 }
2 26 Feb 07 jari 715             }
2 26 Feb 07 jari 716         }
2 26 Feb 07 jari 717         
2 26 Feb 07 jari 718         
2 26 Feb 07 jari 719         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 720             
2 26 Feb 07 jari 721             if(!maybeShowPopup(event) && SwingUtilities.isLeftMouseButton(event)){
2 26 Feb 07 jari 722                 currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 723                 
2 26 Feb 07 jari 724                 if(currClusterNum != -1){
2 26 Feb 07 jari 725                     showClusterInfo(currClusterNum);
2 26 Feb 07 jari 726                 }
2 26 Feb 07 jari 727             }
2 26 Feb 07 jari 728         }
2 26 Feb 07 jari 729         
2 26 Feb 07 jari 730         
2 26 Feb 07 jari 731         
2 26 Feb 07 jari 732         private boolean maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 733             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 734                 return false;
2 26 Feb 07 jari 735             }
2 26 Feb 07 jari 736             currClusterNum = expViewer.getCurrentCentroidNumber();
2 26 Feb 07 jari 737             setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1);
2 26 Feb 07 jari 738             setEnableMenuItem(DELETE_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1 && isClusterSet(currClusterNum));
2 26 Feb 07 jari 739             setEnableMenuItem(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD, !selectedClusterList.isEmpty());
2 26 Feb 07 jari 740             setEnableMenuItem(SAVE_CLUSTER_CMD, currClusterNum != -1);
2 26 Feb 07 jari 741             
2 26 Feb 07 jari 742             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 743             return true;
2 26 Feb 07 jari 744         }
2 26 Feb 07 jari 745     }
2 26 Feb 07 jari 746     
2 26 Feb 07 jari 747 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)