mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/sota/SOTATreeData.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SOTATreeData.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.2 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:44 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.sota;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16 public class SOTATreeData {
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18     public float[] nodeHeights;    
2 26 Feb 07 jari 19     public int[] leftChild;    
2 26 Feb 07 jari 20     public int[] rightChild;    
2 26 Feb 07 jari 21     public int[] nodePopulation;
2 26 Feb 07 jari 22     
2 26 Feb 07 jari 23     public boolean absolute;
2 26 Feb 07 jari 24     public int function;
2 26 Feb 07 jari 25     public float factor;
2 26 Feb 07 jari 26     
2 26 Feb 07 jari 27     public int [] clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 28     public FloatMatrix clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 29     public int [] cluster;
2 26 Feb 07 jari 30     public FloatMatrix centroidMatrix;
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     /** Creates new SOTATreeData */
2 26 Feb 07 jari 33     public SOTATreeData() {
2 26 Feb 07 jari 34     }
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     /**
2 26 Feb 07 jari 37      * XMLEncoder/Decoder constructor
2 26 Feb 07 jari 38      *
2 26 Feb 07 jari 39      */
2 26 Feb 07 jari 40     public SOTATreeData(float[] nodeHeights, int[]leftChild, int[] rightChild, 
2 26 Feb 07 jari 41         int[] nodePopulation, Boolean absolute, Integer function, Float factor, 
2 26 Feb 07 jari 42       int[] clusterPopulation, FloatMatrix clusterDiversity, int[] cluster, FloatMatrix centroidMatrix){
2 26 Feb 07 jari 43       this.nodeHeights = nodeHeights;
2 26 Feb 07 jari 44       this.leftChild = leftChild;
2 26 Feb 07 jari 45       this.rightChild = rightChild;
2 26 Feb 07 jari 46       this.nodePopulation = nodePopulation;
2 26 Feb 07 jari 47       this.absolute = absolute.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 48       this.function = function.intValue();
2 26 Feb 07 jari 49       this.factor = factor.floatValue();
2 26 Feb 07 jari 50       this.clusterPopulation = clusterPopulation;
2 26 Feb 07 jari 51       this.clusterDiversity = clusterDiversity;
2 26 Feb 07 jari 52       this.cluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 53       this.centroidMatrix = centroidMatrix;
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     public void setCentroidMatrix(FloatMatrix centroidMatrix){
2 26 Feb 07 jari 56       this.centroidMatrix = centroidMatrix;
2 26 Feb 07 jari 57     }
2 26 Feb 07 jari 58 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)