mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/st/HCLSupportViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLSupportViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.5 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.st;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.lang.reflect.Array;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLCluster;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTree;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeListener;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41 public class HCLSupportViewer extends HCLViewer {
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     protected static final String SET_CLUSTER_CMD = "set-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 44     protected static final String SET_CLUSTER_TEXT_CMD = "set-cluster-text-cmd";
2 26 Feb 07 jari 45     protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 46     protected static final String DELETE_CLUSTER_CMD = "delete-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 47     protected static final String DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD = "delete-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 48     protected static final String GENE_TREE_PROPERTIES_CMD = "gene-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 49     protected static final String SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD = "sample-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 50     protected static final String SUPPORT_LEGEND_CMD = "support-legend-cmd";
2 26 Feb 07 jari 51     protected static final String SUPPORT_VALUES_CMD = "support-value-cmd";
2 26 Feb 07 jari 52    
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     Vector geneTreeSupportVector, exptTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     
2 26 Feb 07 jari 58     public HCLSupportViewer(Experiment Experiment, int[] Features, HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result, Vector geneTreeSupportVector, Vector exptTreeSupportVector, DefaultMutableTreeNode node) {
2 26 Feb 07 jari 59         super(Experiment, Features, genes_result, samples_result, node); 
2 26 Feb 07 jari 60         setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 61         setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 62         
2 26 Feb 07 jari 63         this.geneTreeSupportVector = geneTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 64         this.exptTreeSupportVector = exptTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66         if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1) {
2 26 Feb 07 jari 67             this.genesTree = new HCLSupportTree(genes_result, HCLTree.HORIZONTAL, geneTreeSupportVector, exptTreeSupportVector);
2 26 Feb 07 jari 68             this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 69             this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 70         }
2 26 Feb 07 jari 71         if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1) {
2 26 Feb 07 jari 72             this.sampleTree = new HCLSupportTree(samples_result, HCLTree.VERTICAL, geneTreeSupportVector, exptTreeSupportVector);
2 26 Feb 07 jari 73             if(genes_result == null){
2 26 Feb 07 jari 74                 offset = 10;
2 26 Feb 07 jari 75                 this.sampleTree.setHorizontalOffset(offset);
2 26 Feb 07 jari 76             }
2 26 Feb 07 jari 77             this.sampleTree.setListener(listener);            
2 26 Feb 07 jari 78             this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 79         }
2 26 Feb 07 jari 80         //   super.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 81         super.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 82         super.validate();
2 26 Feb 07 jari 83         addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 84         this.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 85         addSTMenuItems(popup);
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     public HCLSupportViewer(Experiment e, int[] features, HCLTreeData genesResult, HCLTreeData samplesResult, int [][] sampleClusters, boolean isExperimentCluster, HCLTree genesTree, HCLTree sampleTree, Integer offset, ExperimentViewer expViewer, Vector geneTreeSupportVector, Vector exptTreeSupportVector) {
2 26 Feb 07 jari 88       super(e, features, genesResult, samplesResult, sampleClusters, isExperimentCluster, genesTree, sampleTree, offset, expViewer);
2 26 Feb 07 jari 89
2 26 Feb 07 jari 90         this.geneTreeSupportVector = geneTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 91         this.exptTreeSupportVector = exptTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 92         
2 26 Feb 07 jari 93     }
2 26 Feb 07 jari 94
2 26 Feb 07 jari 95     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 96       Expression e = super.getExpression();
2 26 Feb 07 jari 97       int superArgsLength = e.getArguments().length;
2 26 Feb 07 jari 98       Object[] temp = new Object[superArgsLength + 2];
2 26 Feb 07 jari 99       for(int i=0; i<superArgsLength; i++){
2 26 Feb 07 jari 100         temp[i] = e.getArguments()[i];
2 26 Feb 07 jari 101       }
2 26 Feb 07 jari 102       temp[temp.length-2] = geneTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 103       temp[temp.length-1] = exptTreeSupportVector;
2 26 Feb 07 jari 104     return new Expression(this, this.getClass(), "new", temp);
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     }
2 26 Feb 07 jari 107
2 26 Feb 07 jari 108     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 109       super.setExperiment(e);
2 26 Feb 07 jari 110     }
2 26 Feb 07 jari 111     
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113     /**
2 26 Feb 07 jari 114      * Adds menu items to the specified popup menu.
2 26 Feb 07 jari 115      */
2 26 Feb 07 jari 116     private void addSTMenuItems(JPopupMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 117         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119         boolean haveResamplingData = true;
2 26 Feb 07 jari 120         if((this.geneTreeSupportVector == null || this.geneTreeSupportVector.isEmpty()) 
2 26 Feb 07 jari 121             && (this.exptTreeSupportVector == null || this.exptTreeSupportVector.isEmpty()))
2 26 Feb 07 jari 122             haveResamplingData = false;
2 26 Feb 07 jari 123             
2 26 Feb 07 jari 124         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 125        
2 26 Feb 07 jari 126         menuItem = new JMenuItem("Support tree legend...");
2 26 Feb 07 jari 127         menuItem.setActionCommand(SUPPORT_LEGEND_CMD);
2 26 Feb 07 jari 128         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         if(!haveResamplingData)
2 26 Feb 07 jari 131             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 132
2 26 Feb 07 jari 133         Component [] comps = menu.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 134         
2 26 Feb 07 jari 135         menu.removeAll();
2 26 Feb 07 jari 136         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 137         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 138
2 26 Feb 07 jari 139         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Show values...", false);
2 26 Feb 07 jari 140         menuItem.setActionCommand(SUPPORT_VALUES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 141         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 142
2 26 Feb 07 jari 143         if(!haveResamplingData)
2 26 Feb 07 jari 144             menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 145
2 26 Feb 07 jari 146         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 147         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         for(int i = 0; i < comps.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 150             menu.add(comps[i]);
2 26 Feb 07 jari 151         }        
2 26 Feb 07 jari 152     }
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154     protected void showPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 155         int node = HCLSupportViewer.this.selectedCluster == null ? -1 : HCLSupportViewer.this.selectedCluster.root;
2 26 Feb 07 jari 156         setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_CMD, node >= 0);
2 26 Feb 07 jari 157         setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_TEXT_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 158         setEnableMenuItem(DELETE_CLUSTER_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 159         setEnableMenuItem(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 160         setEnableMenuItem(SAVE_CLUSTER_CMD, HCLSupportViewer.this.selectedCluster != null && HCLSupportViewer.this.selectedCluster.root != -1);
2 26 Feb 07 jari 161         popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163     
2 26 Feb 07 jari 164     /**
2 26 Feb 07 jari 165      * Shows the legend for HCLSupportTree coloring
2 26 Feb 07 jari 166      * This method will no longer be supported when the legend
2 26 Feb 07 jari 167      * is displayed as part of the HCLSupportTree image
2 26 Feb 07 jari 168      */
2 26 Feb 07 jari 169     private void onShowSupportTreeLegend() {
2 26 Feb 07 jari 170         javax.swing.JDialog legendFrame = new javax.swing.JDialog(this.framework.getFrame(), "Support Tree Legend");
2 26 Feb 07 jari 171         JPanel legendPanel = HCLSupportTree.getColorLegendPanel();
2 26 Feb 07 jari 172         legendFrame.getContentPane().add(legendPanel);
2 26 Feb 07 jari 173         legendFrame.setSize(200, 300);
2 26 Feb 07 jari 174         legendFrame.setLocation(300, 100);
2 26 Feb 07 jari 175         legendFrame.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 176     }    
2 26 Feb 07 jari 177     
2 26 Feb 07 jari 178     private void onShowSupportValues(boolean showValues) {
2 26 Feb 07 jari 179         if(this.genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 180             ((HCLSupportTree)this.genesTree).toggleShowSupportValues(showValues);
2 26 Feb 07 jari 181         if(this.sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 182             ((HCLSupportTree)this.sampleTree).toggleShowSupportValues(showValues);        
2 26 Feb 07 jari 183         this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);       
2 26 Feb 07 jari 184         onSelected(framework);        
2 26 Feb 07 jari 185     }
2 26 Feb 07 jari 186     
2 26 Feb 07 jari 187     /**
2 26 Feb 07 jari 188      * Delegates this invokation to wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 189      */
2 26 Feb 07 jari 190     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 191         super.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 192        // this.expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 193         if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 194             ((HCLSupportTree)genesTree).adjustPixelHeightsForValueDisplay();
2 26 Feb 07 jari 195             this.genesTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 196         }
2 26 Feb 07 jari 197         if (this.sampleTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 198             ((HCLSupportTree)sampleTree).adjustPixelHeightsForValueDisplay();
2 26 Feb 07 jari 199             this.sampleTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 200         }                
2 26 Feb 07 jari 201         onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 202     }
2 26 Feb 07 jari 203   
2 26 Feb 07 jari 204   /**
2 26 Feb 07 jari 205      * The class to listen to mouse, action and hcl tree events.
2 26 Feb 07 jari 206      */
2 26 Feb 07 jari 207     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, HCLTreeListener {
2 26 Feb 07 jari 208         
2 26 Feb 07 jari 209         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 210             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 211             if (command.equals(SET_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 212                 onSetCluster();
2 26 Feb 07 jari 213             } else if (command.equals(SET_CLUSTER_TEXT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 214                 onSetClusterText();
2 26 Feb 07 jari 215             } else if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 216                 onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 217             } else if (command.equals(DELETE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 218                 onDeleteCluster();
2 26 Feb 07 jari 219             } else if (command.equals(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 220                 onDeleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 221             } else if (command.equals(GENE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 222                 onGeneTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 223             } else if (command.equals(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 224                 onSampleTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 225             } else if (command.equals(SUPPORT_LEGEND_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 226                 onShowSupportTreeLegend();
2 26 Feb 07 jari 227             } else if (command.equals(SUPPORT_VALUES_CMD)) {                
2 26 Feb 07 jari 228                 onShowSupportValues(((JCheckBoxMenuItem)e.getSource()).isSelected());
2 26 Feb 07 jari 229             }
2 26 Feb 07 jari 230         }
2 26 Feb 07 jari 231         
2 26 Feb 07 jari 232         public void valueChanged(HCLTree source, HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 233             HCLSupportViewer.this.valueChanged(source, cluster);
2 26 Feb 07 jari 234         }
2 26 Feb 07 jari 235         
2 26 Feb 07 jari 236         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 237             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 238         }
2 26 Feb 07 jari 239         
2 26 Feb 07 jari 240         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 241             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 242             if (SwingUtilities.isRightMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 243                 return;
2 26 Feb 07 jari 244             }
2 26 Feb 07 jari 245             deselect(event);
2 26 Feb 07 jari 246         }
2 26 Feb 07 jari 247         
2 26 Feb 07 jari 248         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 249             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 250                 return;
2 26 Feb 07 jari 251             }
2 26 Feb 07 jari 252             
2 26 Feb 07 jari 253             showPopup(e);
2 26 Feb 07 jari 254         }
2 26 Feb 07 jari 255
2 26 Feb 07 jari 256         
2 26 Feb 07 jari 257         private void deselect(MouseEvent e){
2 26 Feb 07 jari 258             Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 259             
2 26 Feb 07 jari 260             if(source instanceof HCLTree){  //in a tree don't deselect
2 26 Feb 07 jari 261                 if(source == genesTree) { //if colloring rows (genes)
2 26 Feb 07 jari 262                     
2 26 Feb 07 jari 263                     
2 26 Feb 07 jari 264                     ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 265                     
2 26 Feb 07 jari 266                     if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 267                         sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 268
2 26 Feb 07 jari 269                     ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 270                     
2 26 Feb 07 jari 271                     if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 272                         genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 273                     
2 26 Feb 07 jari 274                     repaint();
2 26 Feb 07 jari 275                     return;
2 26 Feb 07 jari 276                 }
2 26 Feb 07 jari 277                 
2 26 Feb 07 jari 278                 int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 279                 int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 280                 
2 26 Feb 07 jari 281                 //now know we are not on a tree
2 26 Feb 07 jari 282                 if(!(source instanceof HCLViewer) && (source != expViewer)){
2 26 Feb 07 jari 283                     deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 284                     repaint();
2 26 Feb 07 jari 285                 }
2 26 Feb 07 jari 286                 //know we are in the HCLViewer but not in the tree areas but above matrix
2 26 Feb 07 jari 287                 else if(source instanceof HCLViewer && sampleTree != null && y < sampleTree.getHeight()){
2 26 Feb 07 jari 288                     deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 289                     repaint();
2 26 Feb 07 jari 290                 }
2 26 Feb 07 jari 291                 else if(source == expViewer){
2 26 Feb 07 jari 292                     int numSamples = numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 293                     if(x > elementSize.width * numSamples + offset || x < offset){
2 26 Feb 07 jari 294                         deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 295                         repaint();
2 26 Feb 07 jari 296                     }
2 26 Feb 07 jari 297                 }
2 26 Feb 07 jari 298                 else if((source == expViewer) && x < offset){
2 26 Feb 07 jari 299                     deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 300                     repaint();
2 26 Feb 07 jari 301                 }
2 26 Feb 07 jari 302             }
2 26 Feb 07 jari 303             
2 26 Feb 07 jari 304         }
2 26 Feb 07 jari 305         private void deselectAllNodes(){
2 26 Feb 07 jari 306             if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 307                 genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 308             if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 309                 sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 310             
2 26 Feb 07 jari 311             
2 26 Feb 07 jari 312             ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 313             ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 314             
2 26 Feb 07 jari 315         }
2 26 Feb 07 jari 316     }
2 26 Feb 07 jari 317     
2 26 Feb 07 jari 318 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)