mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/st/ResampleTreeInitDialog.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: ResampleTreeInitDialog.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 20:32:37 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.st;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Toolkit;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 25 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 26 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JRadioButton;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.UIManager;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.border.EtchedBorder;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.border.TitledBorder;
2 26 Feb 07 jari 34
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.AlgorithmDialog;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DistanceMetricPanel;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.dialogHelpUtil.HelpWindow;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.util.awt.GBA;
2 26 Feb 07 jari 39
2 26 Feb 07 jari 40 public class ResampleTreeInitDialog extends AlgorithmDialog {
2 26 Feb 07 jari 41     
2 26 Feb 07 jari 42     protected GBA gba;
2 26 Feb 07 jari 43     protected EventListener eventListener;
2 26 Feb 07 jari 44     
2 26 Feb 07 jari 45     protected JPanel geneTreePanel;
2 26 Feb 07 jari 46     public JCheckBox drawGeneTreeCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 47     protected JPanel geneTreeResamplingOptionsPanel;
2 26 Feb 07 jari 48     protected JRadioButton geneBootstrapExpts;
2 26 Feb 07 jari 49     protected JRadioButton geneJackknifeExpts;
2 26 Feb 07 jari 50     protected JRadioButton geneStandard;
2 26 Feb 07 jari 51     protected JPanel geneTreeIterationsPanel;
2 26 Feb 07 jari 52     protected JLabel geneTreeIterationsLabel;
2 26 Feb 07 jari 53     public JTextField geneTreeIterationsTextField;
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     protected JPanel exptTreePanel;
2 26 Feb 07 jari 56     public JCheckBox drawExptTreeCheckBox;
2 26 Feb 07 jari 57     protected JPanel exptTreeResamplingOptionsPanel;
2 26 Feb 07 jari 58     protected JRadioButton exptBootstrapGenes;
2 26 Feb 07 jari 59     protected JRadioButton exptJackknifeGenes;
2 26 Feb 07 jari 60     protected JRadioButton exptStandard;
2 26 Feb 07 jari 61     protected JPanel exptTreeIterationsPanel;
2 26 Feb 07 jari 62     protected JLabel exptTreeIterationsLabel;
2 26 Feb 07 jari 63     public JTextField exptTreeIterationsTextField;
2 26 Feb 07 jari 64     
2 26 Feb 07 jari 65     protected JPanel linkagePanel;
2 26 Feb 07 jari 66     protected JRadioButton averageLinkage;
2 26 Feb 07 jari 67     protected JRadioButton completeLinkage;
2 26 Feb 07 jari 68     protected JRadioButton singleLinkage;
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     protected JPanel topPanel;
2 26 Feb 07 jari 71     protected JPanel bottomPanel;
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     protected ButtonGroup buttonGroup;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     protected int linkageStyle = 0;
2 26 Feb 07 jari 76     protected int geneTreeAnalysisOption = 0;
2 26 Feb 07 jari 77     protected int exptTreeAnalysisOption = 0;
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     protected boolean cancelled = true;
2 26 Feb 07 jari 80     protected Color labelColor;
2 26 Feb 07 jari 81     
2 26 Feb 07 jari 82     public final static int NONE = 0;
2 26 Feb 07 jari 83     public final static int BOOT_EXPTS = 1;
2 26 Feb 07 jari 84     public final static int BOOT_GENES = 2;
2 26 Feb 07 jari 85     public final static int JACK_EXPTS = 3;
2 26 Feb 07 jari 86     public final static int JACK_GENES = 4;
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     private DistanceMetricPanel metricPanel;
2 26 Feb 07 jari 89     private String globalMetricName;
2 26 Feb 07 jari 90     private boolean globalAbsoluteSetting;
2 26 Feb 07 jari 91     
2 26 Feb 07 jari 92     public ResampleTreeInitDialog(JFrame parent, boolean modal, String globalMetricName, boolean globalAbsoluteSetting) {
2 26 Feb 07 jari 93         super(parent, "ST: Support Trees", modal);
2 26 Feb 07 jari 94         
2 26 Feb 07 jari 95         this.globalMetricName = globalMetricName;
2 26 Feb 07 jari 96         this.globalAbsoluteSetting = globalAbsoluteSetting;
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         initialize();
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     protected void initialize() {
2 26 Feb 07 jari 102         gba = new GBA();
2 26 Feb 07 jari 103         labelColor = UIManager.getColor("Label.foreground");
2 26 Feb 07 jari 104         eventListener = new EventListener();
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         drawGeneTreeCheckBox = new JCheckBox("Draw Gene Tree", true);
2 26 Feb 07 jari 107         this.drawGeneTreeCheckBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 108         this.drawGeneTreeCheckBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 109         this.drawGeneTreeCheckBox.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 110         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 111         geneBootstrapExpts = new JRadioButton("Bootstrap Samples", true);
2 26 Feb 07 jari 112         this.geneBootstrapExpts.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 113         this.geneBootstrapExpts.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 114         this.geneBootstrapExpts.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 115         buttonGroup.add(geneBootstrapExpts);
2 26 Feb 07 jari 116         geneJackknifeExpts = new JRadioButton("Jackknife Samples");
2 26 Feb 07 jari 117         this.geneJackknifeExpts.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 118         this.geneJackknifeExpts.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 119         this.geneJackknifeExpts.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 120         buttonGroup.add(geneJackknifeExpts);
2 26 Feb 07 jari 121         geneStandard = new JRadioButton("No resampling");
2 26 Feb 07 jari 122         this.geneStandard.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 123         this.geneStandard.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 124         this.geneStandard.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 125         buttonGroup.add(geneStandard);
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         geneTreeIterationsLabel = new JLabel("Iterations");
2 26 Feb 07 jari 128         geneTreeIterationsTextField = new JTextField("100");
2 26 Feb 07 jari 129         
2 26 Feb 07 jari 130         geneTreeIterationsPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 131         geneTreeIterationsPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 132         this.geneTreeIterationsPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 133         gba.add(geneTreeIterationsPanel, geneTreeIterationsLabel, 0, 0, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 134         gba.add(geneTreeIterationsPanel, geneTreeIterationsTextField, 1, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 135         
2 26 Feb 07 jari 136         geneTreeResamplingOptionsPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 137         geneTreeResamplingOptionsPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 138         this.geneTreeResamplingOptionsPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 139         geneTreeResamplingOptionsPanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Resampling Options", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 140         gba.add(geneTreeResamplingOptionsPanel, geneBootstrapExpts, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 141         gba.add(geneTreeResamplingOptionsPanel, geneJackknifeExpts, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 142         gba.add(geneTreeResamplingOptionsPanel, geneStandard, 0, 2, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 143         
2 26 Feb 07 jari 144         geneTreePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 145         geneTreePanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 146         this.geneTreePanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 147         geneTreePanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Gene Tree", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 148         
2 26 Feb 07 jari 149         gba.add(geneTreePanel, drawGeneTreeCheckBox, 0, 0, 1, 1, 1, 0, GBA.H, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 150         gba.add(geneTreePanel, geneTreeResamplingOptionsPanel, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 151         gba.add(geneTreePanel, geneTreeIterationsPanel, 0, 2, 1, 1, 1, 0, GBA.H, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 152         
2 26 Feb 07 jari 153         drawExptTreeCheckBox = new JCheckBox("Draw Sample Tree", true);
2 26 Feb 07 jari 154         drawExptTreeCheckBox.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 155         drawExptTreeCheckBox.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 156         drawExptTreeCheckBox.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 157         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 158         exptBootstrapGenes = new JRadioButton("Bootstrap Genes", true);
2 26 Feb 07 jari 159         this.exptBootstrapGenes.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 160         this.exptBootstrapGenes.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 161         this.exptBootstrapGenes.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 162         buttonGroup.add(exptBootstrapGenes);
2 26 Feb 07 jari 163         exptJackknifeGenes = new JRadioButton("Jackknife Genes");
2 26 Feb 07 jari 164         this.exptJackknifeGenes.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 165         this.exptJackknifeGenes.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 166         this.exptJackknifeGenes.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 167         buttonGroup.add(exptJackknifeGenes);
2 26 Feb 07 jari 168         exptStandard = new JRadioButton("No resampling");
2 26 Feb 07 jari 169         this.exptStandard.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 170         this.exptStandard.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 171         this.exptStandard.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 172         buttonGroup.add(exptStandard);
2 26 Feb 07 jari 173         
2 26 Feb 07 jari 174         exptTreeIterationsLabel = new JLabel("Iterations");
2 26 Feb 07 jari 175         exptTreeIterationsTextField = new JTextField("100");
2 26 Feb 07 jari 176         
2 26 Feb 07 jari 177         exptTreeIterationsPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 178         exptTreeIterationsPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 179         this.exptTreeIterationsPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 180         gba.add(exptTreeIterationsPanel, exptTreeIterationsLabel, 0, 0, 1, 1, 0, 0, GBA.NONE, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 181         gba.add(exptTreeIterationsPanel, exptTreeIterationsTextField, 1, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 182         
2 26 Feb 07 jari 183         exptTreeResamplingOptionsPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 184         exptTreeResamplingOptionsPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 185         this.exptTreeResamplingOptionsPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 186         exptTreeResamplingOptionsPanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Resampling Options", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 187         
2 26 Feb 07 jari 188         gba.add(exptTreeResamplingOptionsPanel, exptBootstrapGenes, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 189         gba.add(exptTreeResamplingOptionsPanel, exptJackknifeGenes, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 190         gba.add(exptTreeResamplingOptionsPanel, exptStandard, 0, 2, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 191         
2 26 Feb 07 jari 192         exptTreePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 193         exptTreePanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 194         this.exptTreePanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 195         exptTreePanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Sample Tree", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 196         
2 26 Feb 07 jari 197         gba.add(exptTreePanel, drawExptTreeCheckBox, 0, 0, 1, 1, 1, 0, GBA.H, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 198         gba.add(exptTreePanel, exptTreeResamplingOptionsPanel, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 199         gba.add(exptTreePanel, exptTreeIterationsPanel, 0, 2, 1, 1, 1, 0, GBA.H, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 200         
2 26 Feb 07 jari 201         topPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 202         topPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 203         topPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 204         gba.add(topPanel, geneTreePanel, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 205         gba.add(topPanel, exptTreePanel, 1, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 206         
2 26 Feb 07 jari 207         buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 208         averageLinkage = new JRadioButton("Average Linkage", true);
2 26 Feb 07 jari 209         this.averageLinkage.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 210         this.averageLinkage.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 211         this.averageLinkage.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 212         buttonGroup.add(averageLinkage);
2 26 Feb 07 jari 213         completeLinkage = new JRadioButton("Complete Linkage", false);
2 26 Feb 07 jari 214         this.completeLinkage.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 215         this.completeLinkage.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 216         this.completeLinkage.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 217         buttonGroup.add(completeLinkage);
2 26 Feb 07 jari 218         singleLinkage = new JRadioButton("Single Linkage", false);
2 26 Feb 07 jari 219         this.singleLinkage.setFocusPainted(false);
2 26 Feb 07 jari 220         this.singleLinkage.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 221         this.singleLinkage.setForeground(labelColor);
2 26 Feb 07 jari 222         buttonGroup.add(singleLinkage);
2 26 Feb 07 jari 223         
2 26 Feb 07 jari 224         metricPanel = new DistanceMetricPanel(globalMetricName, globalAbsoluteSetting, "Euclidean Distance", "ST", true, true);        
2 26 Feb 07 jari 225         
2 26 Feb 07 jari 226         linkagePanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 227         linkagePanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 228         linkagePanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 229         linkagePanel.setBorder(new TitledBorder(new EtchedBorder(), "Linkage Method", TitledBorder.DEFAULT_JUSTIFICATION, TitledBorder.DEFAULT_POSITION, new Font("Dialog", Font.BOLD, 12), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 230         
2 26 Feb 07 jari 231         gba.add(linkagePanel, averageLinkage, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 232         gba.add(linkagePanel, completeLinkage, 1, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 233         gba.add(linkagePanel, singleLinkage, 2, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 234         
2 26 Feb 07 jari 235         
2 26 Feb 07 jari 236         bottomPanel = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 237         bottomPanel.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 238         bottomPanel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 239         gba.add(bottomPanel, linkagePanel, 0, 0, 2, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 240         
2 26 Feb 07 jari 241         JPanel contentPane = new JPanel();
2 26 Feb 07 jari 242         contentPane.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 243         contentPane.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 244         
2 26 Feb 07 jari 245         gba.add(contentPane, topPanel, 0, 0, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 246         gba.add(contentPane, metricPanel, 0, 1, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(5, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 247         gba.add(contentPane, bottomPanel, 0, 2, 1, 1, 1, 1, GBA.B, GBA.C, new Insets(0, 5, 5, 5), 0, 0);
2 26 Feb 07 jari 248         
2 26 Feb 07 jari 249         addContent(contentPane);
2 26 Feb 07 jari 250         setActionListeners(eventListener);
2 26 Feb 07 jari 251         
2 26 Feb 07 jari 252         pack();
2 26 Feb 07 jari 253         setResizable(false);
2 26 Feb 07 jari 254     }
2 26 Feb 07 jari 255     
2 26 Feb 07 jari 256     public void setVisible(boolean visible) {
2 26 Feb 07 jari 257         
2 26 Feb 07 jari 258         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
2 26 Feb 07 jari 259         setLocation((screenSize.width - getSize().width)/2, (screenSize.height - getSize().height)/2);
2 26 Feb 07 jari 260         
2 26 Feb 07 jari 261         super.setVisible(visible);
2 26 Feb 07 jari 262         if (visible) {
2 26 Feb 07 jari 263             
2 26 Feb 07 jari 264             
2 26 Feb 07 jari 265         }
2 26 Feb 07 jari 266     }
2 26 Feb 07 jari 267     
2 26 Feb 07 jari 268     public int getMethod(){
2 26 Feb 07 jari 269         return linkageStyle;
2 26 Feb 07 jari 270     }
2 26 Feb 07 jari 271     
2 26 Feb 07 jari 272
2 26 Feb 07 jari 273     /**
2 26 Feb 07 jari 274      * Returns the currently selected metric
2 26 Feb 07 jari 275      */
2 26 Feb 07 jari 276     public int getDistanceMetric() {
2 26 Feb 07 jari 277         return metricPanel.getMetricIndex();
2 26 Feb 07 jari 278     }
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280     
2 26 Feb 07 jari 281     /**
2 26 Feb 07 jari 282      *  Returns true if the absolute checkbox is selected, else false
2 26 Feb 07 jari 283      */
2 26 Feb 07 jari 284     public boolean isAbsoluteDistance() {
2 26 Feb 07 jari 285         return metricPanel.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 286     }
2 26 Feb 07 jari 287     
2 26 Feb 07 jari 288     
2 26 Feb 07 jari 289     public boolean isCancelled() {
2 26 Feb 07 jari 290         return cancelled;
2 26 Feb 07 jari 291     }
2 26 Feb 07 jari 292     
2 26 Feb 07 jari 293     public int getGeneTreeAnalysisOption() {
2 26 Feb 07 jari 294         return geneTreeAnalysisOption;
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296     
2 26 Feb 07 jari 297     public int getExptTreeAnalysisOption() {
2 26 Feb 07 jari 298         return exptTreeAnalysisOption;
2 26 Feb 07 jari 299     }
2 26 Feb 07 jari 300     
2 26 Feb 07 jari 301     protected void fireOkButtonEvent() {
2 26 Feb 07 jari 302         
2 26 Feb 07 jari 303         int geneTreeStyle;
2 26 Feb 07 jari 304         int exptTreeStyle;
2 26 Feb 07 jari 305         
2 26 Feb 07 jari 306         boolean drawGeneTree = drawGeneTreeCheckBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 307         int geneTreeIterations = Integer.parseInt(geneTreeIterationsTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 308         boolean drawExptTree = drawExptTreeCheckBox.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 309         int exptTreeIterations = Integer.parseInt(exptTreeIterationsTextField.getText());
2 26 Feb 07 jari 310         
2 26 Feb 07 jari 311         
2 26 Feb 07 jari 312         if (geneBootstrapExpts.isSelected()) geneTreeAnalysisOption = BOOT_EXPTS;
2 26 Feb 07 jari 313         else if (geneJackknifeExpts.isSelected()) geneTreeAnalysisOption = JACK_EXPTS;
2 26 Feb 07 jari 314         else geneTreeAnalysisOption = NONE;
2 26 Feb 07 jari 315         
2 26 Feb 07 jari 316         if (exptBootstrapGenes.isSelected()) exptTreeAnalysisOption = BOOT_GENES;
2 26 Feb 07 jari 317         else if (exptJackknifeGenes.isSelected()) exptTreeAnalysisOption = JACK_GENES;
2 26 Feb 07 jari 318         else exptTreeAnalysisOption = NONE;
2 26 Feb 07 jari 319                 
2 26 Feb 07 jari 320         if (completeLinkage.isSelected()) linkageStyle = 1;
2 26 Feb 07 jari 321         else if (singleLinkage.isSelected()) linkageStyle = -1;
2 26 Feb 07 jari 322         else linkageStyle = 0;
2 26 Feb 07 jari 323     }
2 26 Feb 07 jari 324     
2 26 Feb 07 jari 325     private void resetControls(){
2 26 Feb 07 jari 326         this.drawGeneTreeCheckBox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 327         this.drawExptTreeCheckBox.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 328         this.geneStandard.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 329         this.exptStandard.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 330         this.averageLinkage.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 331         this.geneTreeIterationsTextField.setText("100");
2 26 Feb 07 jari 332         this.exptTreeIterationsTextField.setText("100");
2 26 Feb 07 jari 333         metricPanel.reset();
2 26 Feb 07 jari 334     }
2 26 Feb 07 jari 335     
2 26 Feb 07 jari 336     public static void main(String [] args){
2 26 Feb 07 jari 337         ResampleTreeInitDialog dialog = new ResampleTreeInitDialog(new JFrame(), true, "Euclidean Distance", false);
2 26 Feb 07 jari 338         dialog.show();
2 26 Feb 07 jari 339         System.exit(0);
2 26 Feb 07 jari 340     }
2 26 Feb 07 jari 341     
2 26 Feb 07 jari 342     protected class EventListener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 343         
2 26 Feb 07 jari 344         public void actionPerformed(ActionEvent e){
2 26 Feb 07 jari 345             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 346             
2 26 Feb 07 jari 347             int exptIter, geneIter;
2 26 Feb 07 jari 348             if (command.equals("ok-command")) {
2 26 Feb 07 jari 349                 if(ResampleTreeInitDialog.this.drawExptTreeCheckBox.isSelected()){
2 26 Feb 07 jari 350                     try{
2 26 Feb 07 jari 351                         exptIter = Integer.parseInt(exptTreeIterationsTextField.getText());                        
2 26 Feb 07 jari 352                         if(exptIter < 1){
2 26 Feb 07 jari 353                             exptTreeIterationsTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 354                             exptTreeIterationsTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 355                             JOptionPane.showMessageDialog(ResampleTreeInitDialog.this, "Number of iterations must be > 0", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 356                             return;
2 26 Feb 07 jari 357                         }                                                
2 26 Feb 07 jari 358                     } catch (NumberFormatException e1) {
2 26 Feb 07 jari 359                         exptTreeIterationsTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 360                         exptTreeIterationsTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 361                         JOptionPane.showMessageDialog(ResampleTreeInitDialog.this, "Entry format error.", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 362                         return;
2 26 Feb 07 jari 363                     }
2 26 Feb 07 jari 364                 }
2 26 Feb 07 jari 365                 if(ResampleTreeInitDialog.this.drawGeneTreeCheckBox.isSelected()){
2 26 Feb 07 jari 366                     try{
2 26 Feb 07 jari 367                         geneIter = Integer.parseInt(geneTreeIterationsTextField.getText());                        
2 26 Feb 07 jari 368                         if(geneIter < 1){
2 26 Feb 07 jari 369                             geneTreeIterationsTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 370                             geneTreeIterationsTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 371                             JOptionPane.showMessageDialog(ResampleTreeInitDialog.this, "Number of iterations must be > 0", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 372                             return;
2 26 Feb 07 jari 373                         }
2 26 Feb 07 jari 374                     } catch (NumberFormatException e1) {
2 26 Feb 07 jari 375                         geneTreeIterationsTextField.requestFocus();
2 26 Feb 07 jari 376                         geneTreeIterationsTextField.selectAll();
2 26 Feb 07 jari 377                         JOptionPane.showMessageDialog(ResampleTreeInitDialog.this, "Entry format error.", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 378                         return;
2 26 Feb 07 jari 379                     }                    
2 26 Feb 07 jari 380                 }
2 26 Feb 07 jari 381                 fireOkButtonEvent();
2 26 Feb 07 jari 382                 cancelled = false;
2 26 Feb 07 jari 383             } else if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 384                 cancelled = true;
2 26 Feb 07 jari 385             }else if (command.equals("reset-command")){
2 26 Feb 07 jari 386                 resetControls();
2 26 Feb 07 jari 387                 cancelled = false;
2 26 Feb 07 jari 388                 return;
2 26 Feb 07 jari 389             }
2 26 Feb 07 jari 390             else if (command.equals("info-command")){
2 26 Feb 07 jari 391                 HelpWindow hw = new HelpWindow(ResampleTreeInitDialog.this, "ST Initialization Dialog");
2 26 Feb 07 jari 392                 cancelled = false;
2 26 Feb 07 jari 393                 if(hw.getWindowContent()){
2 26 Feb 07 jari 394                     hw.setSize(450,650);
2 26 Feb 07 jari 395                     hw.setLocation();
2 26 Feb 07 jari 396                     hw.show();
2 26 Feb 07 jari 397                     return;
2 26 Feb 07 jari 398                 }
2 26 Feb 07 jari 399                 else {
2 26 Feb 07 jari 400                     hw.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 401                     hw.dispose();
2 26 Feb 07 jari 402                     return;
2 26 Feb 07 jari 403                 }
2 26 Feb 07 jari 404             }
2 26 Feb 07 jari 405             dispose();
2 26 Feb 07 jari 406         }
2 26 Feb 07 jari 407         
2 26 Feb 07 jari 408     }
2 26 Feb 07 jari 409 }

Generated on Thu Jul 20 09:28:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)