mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/svm/SVMCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SVMCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.svm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class SVMCentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32  
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>SVNCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public SVMCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public SVMCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes) {
2 26 Feb 07 jari 47       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     public int[][] getClusters(){
2 26 Feb 07 jari 50       return super.getClusters();
2 26 Feb 07 jari 51     }
2 26 Feb 07 jari 52     
2 26 Feb 07 jari 53     /**
2 26 Feb 07 jari 54      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 55      */
2 26 Feb 07 jari 56     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 57   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 58   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 59   return popup;
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61         
2 26 Feb 07 jari 62     /**
2 26 Feb 07 jari 63      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 64      */
2 26 Feb 07 jari 65     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 66   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 67   try {
2 26 Feb 07 jari 68       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 69   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 70       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 71       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 72   }
2 26 Feb 07 jari 73     }
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     /**
2 26 Feb 07 jari 76      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 77      */
2 26 Feb 07 jari 78     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 79   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 80   try {
2 26 Feb 07 jari 81       ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 82   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 83       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 84       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 85   }
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 92   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 93   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 94   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 95       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 96   }
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     /**
2 26 Feb 07 jari 100      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 103   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105     
2 26 Feb 07 jari 106     /**
2 26 Feb 07 jari 107      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 108      */
2 26 Feb 07 jari 109     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 110   
2 26 Feb 07 jari 111   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 112       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 113       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 114     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 115       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 116     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 117       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 118     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 119       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 120                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 121                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 122                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 123                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 124             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 125                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 126                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 127                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 128                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 129             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 130     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 131       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 132                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 133             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 135                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 136             }            
2 26 Feb 07 jari 137   }
2 26 Feb 07 jari 138   
2 26 Feb 07 jari 139   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 140       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 141   }
2 26 Feb 07 jari 142   
2 26 Feb 07 jari 143   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 144       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 145   }
2 26 Feb 07 jari 146   
2 26 Feb 07 jari 147   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 148       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 149     return;
2 26 Feb 07 jari 150       }
2 26 Feb 07 jari 151       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 152   }
2 26 Feb 07 jari 153     }
2 26 Feb 07 jari 154     
2 26 Feb 07 jari 155 }
2 26 Feb 07 jari 156

Generated on Thu Jul 20 09:28:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)