mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/svm/SVMCentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SVMCentroidsViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:51:53 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.svm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 public class SVMCentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 33     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 34     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 37     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 38     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     /**
2 26 Feb 07 jari 41      * Constructs a <code>SVMCentroidsViewer</code> for specified experiment
2 26 Feb 07 jari 42      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 43      */
2 26 Feb 07 jari 44     public SVMCentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 45         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 46         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 47         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 48         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 49     }
2 26 Feb 07 jari 50   /**
2 26 Feb 07 jari 51    * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 52    */
2 26 Feb 07 jari 53   public SVMCentroidsViewer(CentroidViewer cv) {
2 26 Feb 07 jari 54     super(cv);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57     /**
2 26 Feb 07 jari 58      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 61         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 62         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 63         return popup;
2 26 Feb 07 jari 64     }
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     /**
2 26 Feb 07 jari 67      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 68      */
2 26 Feb 07 jari 69     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 70         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 71         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 72         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 73         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 74         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 75         
2 26 Feb 07 jari 76         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 77         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 78         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 79         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 80         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 81         
2 26 Feb 07 jari 82         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 83         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 84         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 85         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 86     }
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 92         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 93         try {
2 26 Feb 07 jari 94             ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 95         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 96             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 97             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 98         }
2 26 Feb 07 jari 99     }
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 103      */
2 26 Feb 07 jari 104     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 107             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 108             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 109                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 110             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 111                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 112                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 113                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 114                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 115             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 116                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 117                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 118                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 119                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 120             }
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122         
2 26 Feb 07 jari 123         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 124             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 125             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 126                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 127                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 128             }
2 26 Feb 07 jari 129         }
2 26 Feb 07 jari 130         
2 26 Feb 07 jari 131         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 132             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 133         }
2 26 Feb 07 jari 134         
2 26 Feb 07 jari 135         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 136             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 137         }
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 140             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 141                 return;
2 26 Feb 07 jari 142             }
2 26 Feb 07 jari 143             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 144         }
2 26 Feb 07 jari 145     }
2 26 Feb 07 jari 146 }
2 26 Feb 07 jari 147

Generated on Thu Jul 20 09:28:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)