mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/svm/SVMExperimentClusterCentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SVMExperimentClusterCentroidViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.6 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.svm;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28
2 26 Feb 07 jari 29 public class SVMExperimentClusterCentroidViewer extends ExperimentClusterCentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 30     
2 26 Feb 07 jari 31     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 32
2 26 Feb 07 jari 33     /**
2 26 Feb 07 jari 34      * Construct a <code>SVMCentroidViewer</code> with specified experiment
2 26 Feb 07 jari 35      * and clusters.
2 26 Feb 07 jari 36      */
2 26 Feb 07 jari 37     public SVMExperimentClusterCentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters) {
2 26 Feb 07 jari 38   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 39   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 40   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 41   getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 42     }
2 26 Feb 07 jari 43     /**
2 26 Feb 07 jari 44      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 45      */
2 26 Feb 07 jari 46     public SVMExperimentClusterCentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, Integer clusterIndex, float[][] means, float[][] variances, float[][] codes){
2 26 Feb 07 jari 47       super(e, clusters, clusterIndex, means, variances, codes);
2 26 Feb 07 jari 48     }    
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50     /**
2 26 Feb 07 jari 51      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 52      */
2 26 Feb 07 jari 53     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 54   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 55   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 56   return popup;
2 26 Feb 07 jari 57     }   
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     /**
2 26 Feb 07 jari 60      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 61      */
2 26 Feb 07 jari 62     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 63   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 64   try {
2 26 Feb 07 jari 65       ExperimentUtil.saveAllExperimentClusters(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 66   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 67       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 68       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 69   }
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     /**
2 26 Feb 07 jari 73      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 76   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 77   try {
2 26 Feb 07 jari 78       ExperimentUtil.saveExperimentCluster(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 79   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 80       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 81       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 82   }
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     /**
2 26 Feb 07 jari 86      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 87      */
2 26 Feb 07 jari 88     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 89   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 90   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 91   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 92       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 93   }
2 26 Feb 07 jari 94     }
2 26 Feb 07 jari 95     
2 26 Feb 07 jari 96     /**
2 26 Feb 07 jari 97      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 98      */
2 26 Feb 07 jari 99     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 100   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 101     }
2 26 Feb 07 jari 102     
2 26 Feb 07 jari 103     /**
2 26 Feb 07 jari 104      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 107   
2 26 Feb 07 jari 108   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 109       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 110       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 111     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 112       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 113     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 114       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 115     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 116       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 117                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 118                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 119                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 120                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 121             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 122                 yRangeOption = ExperimentClusterCentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 123                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 124                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 125                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 126             } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 127     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 128       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 129                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 130             }
2 26 Feb 07 jari 131             
2 26 Feb 07 jari 132   }
2 26 Feb 07 jari 133   
2 26 Feb 07 jari 134   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 135       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 136   }
2 26 Feb 07 jari 137   
2 26 Feb 07 jari 138   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 139       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 140   }
2 26 Feb 07 jari 141   
2 26 Feb 07 jari 142   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 143       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 144     return;
2 26 Feb 07 jari 145       }
2 26 Feb 07 jari 146       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 147   }
2 26 Feb 07 jari 148     }
2 26 Feb 07 jari 149     
2 26 Feb 07 jari 150 }
2 26 Feb 07 jari 151
2 26 Feb 07 jari 152
2 26 Feb 07 jari 153

Generated on Thu Jul 20 09:28:52 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)