mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/svm/SVMResultViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: SVMResultViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.9 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.svm;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.*;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.*;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.*;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.event.MouseInputAdapter;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.*;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 abstract class SVMResultViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 27     
2 26 Feb 07 jari 28     private JPopupMenu MyPopup;
2 26 Feb 07 jari 29     private JMenuItem  menuItem1;
2 26 Feb 07 jari 30     protected int labelIndex;
2 26 Feb 07 jari 31     protected IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 32     protected IData iData;
2 26 Feb 07 jari 33     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 34     protected String [] fieldNames;
2 26 Feb 07 jari 35     protected String annotationLabel = "";
2 26 Feb 07 jari 36     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 37     
2 26 Feb 07 jari 38     JTable resultTable;
2 26 Feb 07 jari 39     JScrollPane jsp;
2 26 Feb 07 jari 40
2 26 Feb 07 jari 41     public SVMResultViewer(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 42         this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 43         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 44         this.setAutoscrolls(true);
2 26 Feb 07 jari 45         this.setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 46         resultTable = new JTable();
2 26 Feb 07 jari 47         resultTable.setPreferredScrollableViewportSize(new Dimension(700,500));
2 26 Feb 07 jari 48         resultTable.setAutoResizeMode(3);
2 26 Feb 07 jari 49         resultTable.setFont(new Font("monospaced", Font.PLAIN, 12));
2 26 Feb 07 jari 50         MyPopup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 51         menuItem1 = new JMenuItem("Save classification...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 52         menuItem1.setActionCommand("save-result-command");
2 26 Feb 07 jari 53         menuItem1.addActionListener( new Listener()  );
2 26 Feb 07 jari 54         MyListener listener = new MyListener();
2 26 Feb 07 jari 55         resultTable.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 56         resultTable.addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 57         MyPopup.add(menuItem1);
2 26 Feb 07 jari 58     }
2 26 Feb 07 jari 59     /**
2 26 Feb 07 jari 60      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 61      * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 62      */
2 26 Feb 07 jari 63     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 64       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 65           new Object[]{this.experiment});
2 26 Feb 07 jari 66     }
2 26 Feb 07 jari 67
2 26 Feb 07 jari 68     /*
2 26 Feb 07 jari 69     private void readObject(java.io.ObjectInputStream ois) throws java.io.IOException, ClassNotFoundException {
2 26 Feb 07 jari 70         this.experiment = (Experiment)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 71         this.Log = (JTextArea)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 72         this.resultPanel = (JPanel)ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 73         this.fieldNames = (String [])ois.readObject();
2 26 Feb 07 jari 74         this.labelIndex = ois.readInt();
2 26 Feb 07 jari 75         
2 26 Feb 07 jari 76         MyListener listener = new MyListener();
2 26 Feb 07 jari 77         MyPopup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 78         menuItem1 = new JMenuItem("Save classification...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 79         menuItem1.setActionCommand("save-result-command");
2 26 Feb 07 jari 80         menuItem1.addActionListener( new Listener()  );
2 26 Feb 07 jari 81         MyPopup.add(menuItem1);
2 26 Feb 07 jari 82         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 83     }
2 26 Feb 07 jari 84     
2 26 Feb 07 jari 85     private void writeObject(java.io.ObjectOutputStream oos) throws java.io.IOException { 
2 26 Feb 07 jari 86         oos.writeObject(this.experiment);
2 26 Feb 07 jari 87         oos.writeObject(this.Log);
2 26 Feb 07 jari 88         oos.writeObject(this.resultPanel);
2 26 Feb 07 jari 89         oos.writeObject(this.fieldNames);
2 26 Feb 07 jari 90         oos.writeInt(this.labelIndex);
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92     */
2 26 Feb 07 jari 93     public void setExperimentID(int i){this.exptID = i;}
2 26 Feb 07 jari 94     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 95       this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 96       this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     public int getExperimentID(){return exptID;}
2 26 Feb 07 jari 99     public void onSelected(IFramework frm){
2 26 Feb 07 jari 100       this.framework = frm;
2 26 Feb 07 jari 101         this.iData = frm.getData();
2 26 Feb 07 jari 102         annotationLabel = framework.getData().getFieldNames()[framework.getDisplayMenu().getLabelIndex()];
2 26 Feb 07 jari 103     }
2 26 Feb 07 jari 104     
2 26 Feb 07 jari 105     protected abstract void displayData();
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     protected abstract void onSaveResult();
2 26 Feb 07 jari 108     
2 26 Feb 07 jari 109     // IViewer interface
2 26 Feb 07 jari 110     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 111         return this;
2 26 Feb 07 jari 112     }
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 115         return null;
2 26 Feb 07 jari 116     }
2 26 Feb 07 jari 117     
2 26 Feb 07 jari 118     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 119         return null;
2 26 Feb 07 jari 120     }
2 26 Feb 07 jari 121     
2 26 Feb 07 jari 122
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     public void onDataChanged(IData data) {}
2 26 Feb 07 jari 125     
2 26 Feb 07 jari 126     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 127         try {
2 26 Feb 07 jari 128             annotationLabel = framework.getData().getFieldNames()[framework.getDisplayMenu().getLabelIndex()];
2 26 Feb 07 jari 129         labelIndex = framework.getDisplayMenu().getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 130         } catch (NullPointerException npe){
2 26 Feb 07 jari 131           labelIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 132           annotationLabel = "";
2 26 Feb 07 jari 133         }
2 26 Feb 07 jari 134         displayData();
2 26 Feb 07 jari 135         updateSize();
2 26 Feb 07 jari 136     }
2 26 Feb 07 jari 137     
2 26 Feb 07 jari 138     public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 139     public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 140     protected abstract Dimension updateSize();
2 26 Feb 07 jari 141     
2 26 Feb 07 jari 142     
2 26 Feb 07 jari 143     /**
2 26 Feb 07 jari 144      *  Returns the row (index) within the main iData which corresponds to
2 26 Feb 07 jari 145      *  the passed index
2 26 Feb 07 jari 146      */
2 26 Feb 07 jari 147     protected int getMultipleArrayDataRow(int row) {
2 26 Feb 07 jari 148         return experiment.getGeneIndexMappedToData(row);
2 26 Feb 07 jari 149     }
2 26 Feb 07 jari 150     
2 26 Feb 07 jari 151     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 152      */
2 26 Feb 07 jari 153     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 154         return null;
2 26 Feb 07 jari 155     }
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 158      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 159      */
2 26 Feb 07 jari 160     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 161         return null;
2 26 Feb 07 jari 162     }
2 26 Feb 07 jari 163
2 26 Feb 07 jari 164     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 165      */
2 26 Feb 07 jari 166     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 167         return null;
2 26 Feb 07 jari 168     }    
2 26 Feb 07 jari 169     
2 26 Feb 07 jari 170     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 171      */
2 26 Feb 07 jari 172     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 173         return this.experiment;
2 26 Feb 07 jari 174     }    
2 26 Feb 07 jari 175     
2 26 Feb 07 jari 176     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 177      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 178      */
2 26 Feb 07 jari 179     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 180         return -1;
2 26 Feb 07 jari 181     }
2 26 Feb 07 jari 182     // GUI Listener class helpers
2 26 Feb 07 jari 183     class MyListener extends MouseInputAdapter {
2 26 Feb 07 jari 184         public void mousePressed(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 185             maybeShowPopup(e);
2 26 Feb 07 jari 186         }
2 26 Feb 07 jari 187         
2 26 Feb 07 jari 188         public void mouseReleased(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 189             maybeShowPopup(e);
2 26 Feb 07 jari 190         }
2 26 Feb 07 jari 191         
2 26 Feb 07 jari 192         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 193             if (e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 194                 MyPopup.show(e.getComponent(),e.getX(),e.getY());
2 26 Feb 07 jari 195             }
2 26 Feb 07 jari 196         }
2 26 Feb 07 jari 197     }
2 26 Feb 07 jari 198     
2 26 Feb 07 jari 199     class Listener implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 200         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 201             AbstractButton source = (AbstractButton)e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 202             if (source.getActionCommand().equals("save-result-command")) {
2 26 Feb 07 jari 203                 onSaveResult();
2 26 Feb 07 jari 204             }
2 26 Feb 07 jari 205         }
2 26 Feb 07 jari 206     }
2 26 Feb 07 jari 207 }
2 26 Feb 07 jari 208

Generated on Thu Jul 20 09:28:57 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)