mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tease/HCLNodeHeightGraph.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2003, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: HCLNodeHeightGraph.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.4 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/04/10 18:41:37 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tease;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.FontMetrics;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Graphics;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.text.DecimalFormat;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 24 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 25
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.graph.GC;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.graph.GraphLine;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.graph.GraphPoint;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.graph.GraphTick;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.graph.GraphViewer;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tease.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 37
2 26 Feb 07 jari 38 public class HCLNodeHeightGraph extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 39     GraphViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 40     HCLTreeData treeData;
2 26 Feb 07 jari 41     float minX;
2 26 Feb 07 jari 42     float maxX;
2 26 Feb 07 jari 43     float minY;
2 26 Feb 07 jari 44     float maxY;
2 26 Feb 07 jari 45     boolean firstView = true;
2 26 Feb 07 jari 46     DecimalFormat format;
2 26 Feb 07 jari 47
2 26 Feb 07 jari 48     /** Creates new HCLAvalancheViewer */
2 26 Feb 07 jari 49     public HCLNodeHeightGraph(HCLTreeData data, boolean gene) {   
2 26 Feb 07 jari 50         treeData = data;
2 26 Feb 07 jari 51         initializeViewer();        
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     public HCLNodeHeightGraph(HCLTreeData data){
2 26 Feb 07 jari 54       this(data, false);
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56     /**
2 26 Feb 07 jari 57      * This constructor is used by XMLEncoder
2 26 Feb 07 jari 58      *
2 26 Feb 07 jari 59      */
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     public HCLNodeHeightGraph() { }
2 26 Feb 07 jari 62
2 26 Feb 07 jari 63     /**
2 26 Feb 07 jari 64      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 65      * @author eleanorahowe
2 26 Feb 07 jari 66      * 
2 26 Feb 07 jari 67      */
2 26 Feb 07 jari 68     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 69       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 70           new Object[]{this.treeData});
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72     
2 26 Feb 07 jari 73     private void initializeViewer(){
2 26 Feb 07 jari 74         minX = findMinDistance();
2 26 Feb 07 jari 75         maxX = findMaxDistance();
2 26 Feb 07 jari 76         minY = 0;
2 26 Feb 07 jari 77         maxY = treeData.node_order.length;
2 26 Feb 07 jari 78         viewer = new GraphViewer(null, (int)minX, (int)maxX, (int)minY, (int)maxY, minX, maxX, minY, maxY,
2 26 Feb 07 jari 79                     50, 50, 50, 50, "Node Heights", "Distance", "Number of Terminal Nodes");
2 26 Feb 07 jari 80         
2 26 Feb 07 jari 81         viewer.setYAxisValue(minX);
2 26 Feb 07 jari 82         viewer.setXAxisValue(minY);
2 26 Feb 07 jari 83         viewer.setShowCoordinates(true);
2 26 Feb 07 jari 84         
2 26 Feb 07 jari 85   /*          public GraphViewer(JFrame frame, int startx, int stopx, int starty, int stopy,
2 26 Feb 07 jari 86     double graphstartx, double graphstopx, double graphstarty, double graphstopy,
2 26 Feb 07 jari 87     int preXSpacing, int postXSpacing, int preYSpacing, int postYSpacing,
2 26 Feb 07 jari 88     String title, String xLabel, String yLabel)
2 26 Feb 07 jari 89     */
2 26 Feb 07 jari 90         enterGraphData();
2 26 Feb 07 jari 91     }
2 26 Feb 07 jari 92
2 26 Feb 07 jari 93         /**
2 26 Feb 07 jari 94      *  finds min dist in tree, initializes zeroThreshold
2 26 Feb 07 jari 95      */
2 26 Feb 07 jari 96     private float findMinDistance(){
2 26 Feb 07 jari 97         float min = Float.POSITIVE_INFINITY;
2 26 Feb 07 jari 98         for(int i = 0; i < treeData.height.length;i++){
2 26 Feb 07 jari 99             min = Math.min(min, treeData.height[i]);
2 26 Feb 07 jari 100         }
2 26 Feb 07 jari 101         return min;
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103     
2 26 Feb 07 jari 104         /**
2 26 Feb 07 jari 105      * Returns min height of the tree nodes.
2 26 Feb 07 jari 106      */
2 26 Feb 07 jari 107     private float findMaxDistance() {
2 26 Feb 07 jari 108         float max = Float.MIN_VALUE;
2 26 Feb 07 jari 109         for (int i=0; i<treeData.node_order.length-1; i++) {
2 26 Feb 07 jari 110             max = Math.max(max, treeData.height[treeData.node_order[i]]);
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112         return max;
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114     
2 26 Feb 07 jari 115     private void enterGraphData(){
2 26 Feb 07 jari 116         int [] nodeOrder = this.treeData.node_order;
2 26 Feb 07 jari 117         float [] height = this.treeData.height;
2 26 Feb 07 jari 118         double nodeHeight = 0d;
2 26 Feb 07 jari 119         double terminalNodes = nodeOrder.length;
2 26 Feb 07 jari 120         int numberOfNodes = (int)terminalNodes;
2 26 Feb 07 jari 121         
2 26 Feb 07 jari 122         if(nodeOrder.length>1){
2 26 Feb 07 jari 123             viewer.addGraphElement(new GraphLine(minX, terminalNodes, height[nodeOrder[0]], terminalNodes, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 124             viewer.addGraphElement(new GraphLine(height[nodeOrder[0]], terminalNodes, height[nodeOrder[0]], terminalNodes-1, Color.blue));
2 26 Feb 07 jari 125         }
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         for(int i = 0; i < nodeOrder.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 128             if(nodeOrder[i] > -1){
2 26 Feb 07 jari 129             nodeHeight = height[nodeOrder[i]];
2 26 Feb 07 jari 130             //System.out.println("i= "+i+"  ,nodeOrder = "+nodeOrder[i]+"  ,nodeHeight = "+ nodeHeight);//****************************
2 26 Feb 07 jari 131             terminalNodes--;
2 26 Feb 07 jari 132             viewer.addGraphElement(new GraphPoint(nodeHeight, terminalNodes, Color.blue, 2));
2 26 Feb 07 jari 133             if(i+1<nodeOrder.length && nodeOrder[i+1] > -1){
2 26 Feb 07 jari 134                 viewer.addGraphElement(new GraphLine(nodeHeight, terminalNodes, height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes, Color.black));
2 26 Feb 07 jari 135                 viewer.addGraphElement(new GraphLine(height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes, height[nodeOrder[i+1]], terminalNodes-1, Color.blue));
2 26 Feb 07 jari 136
2 26 Feb 07 jari 137             }
2 26 Feb 07 jari 138                 
2 26 Feb 07 jari 139             }
2 26 Feb 07 jari 140         }
2 26 Feb 07 jari 141
2 26 Feb 07 jari 142         format = new java.text.DecimalFormat();
2 26 Feb 07 jari 143         format.setMaximumFractionDigits(2);
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         for(int i = 0; i < 10 ; i++){
2 26 Feb 07 jari 146     
2 26 Feb 07 jari 147            if(minX >= 0)
2 26 Feb 07 jari 148                 viewer.addGraphElement(new GraphTick((maxX-minX)/10 * i, 5, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, String.valueOf(format.format((maxX-minX)/10 * i)), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 149             else
2 26 Feb 07 jari 150                 viewer.addGraphElement(new GraphTick(minX + (maxX-minX)/10 * i, 5, Color.black, GC.HORIZONTAL, GC.C, String.valueOf(format.format(minX + (maxX-minX)/10 * i)), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 151
2 26 Feb 07 jari 152             viewer.addGraphElement(new GraphTick(nodeOrder.length/10 * i, 5, Color.black, GC.VERTICAL, GC.C, String.valueOf(nodeOrder.length/10 * i), Color.black));
2 26 Feb 07 jari 153     
2 26 Feb 07 jari 154         }
2 26 Feb 07 jari 155         
2 26 Feb 07 jari 156         
2 26 Feb 07 jari 157      /*   for(int i = height.length - nodeOrder.length; i < height.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 158             nodeHeight = height[this.treeData.node_order[i]];
2 26 Feb 07 jari 159             terminalNodes -=i;
2 26 Feb 07 jari 160             viewer.addGraphPoint(nodeHeight, terminalNodes); 
2 26 Feb 07 jari 161         }
2 26 Feb 07 jari 162        */
2 26 Feb 07 jari 163         
2 26 Feb 07 jari 164     }
2 26 Feb 07 jari 165     
2 26 Feb 07 jari 166     /**
2 26 Feb 07 jari 167      * Invoked by the framework when this viewer was deselected.
2 26 Feb 07 jari 168      */
2 26 Feb 07 jari 169     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 170     }
2 26 Feb 07 jari 171     
2 26 Feb 07 jari 172     /**
2 26 Feb 07 jari 173      * Invoked by the framework when data is changed,
2 26 Feb 07 jari 174      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 175      * @see IData
2 26 Feb 07 jari 176      */
2 26 Feb 07 jari 177     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 178     }
2 26 Feb 07 jari 179     
2 26 Feb 07 jari 180     /**
2 26 Feb 07 jari 181      * Invoked when the framework is going to be closed.
2 26 Feb 07 jari 182      */
2 26 Feb 07 jari 183     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 184     }
2 26 Feb 07 jari 185     
2 26 Feb 07 jari 186     /**
2 26 Feb 07 jari 187      * Returns a component to be inserted into scroll pane view port.
2 26 Feb 07 jari 188      */
2 26 Feb 07 jari 189     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 190         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 191     }
2 26 Feb 07 jari 192     
2 26 Feb 07 jari 193     
2 26 Feb 07 jari 194     /**
2 26 Feb 07 jari 195      * Invoked by the framework to save or to print viewer image.
2 26 Feb 07 jari 196      */
2 26 Feb 07 jari 197     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 198         return null;
2 26 Feb 07 jari 199     }
2 26 Feb 07 jari 200     
2 26 Feb 07 jari 201     /**
2 26 Feb 07 jari 202      * Invoked by the framework when this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 203      */
2 26 Feb 07 jari 204     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 205         if(firstView && this.viewer.isVisible()){
2 26 Feb 07 jari 206            Graphics g = viewer.getGraphics();
2 26 Feb 07 jari 207            FontMetrics metrics = g.getFontMetrics(new Font("SansSerif", Font.BOLD, 10));
2 26 Feb 07 jari 208            int preX = metrics.stringWidth(String.valueOf(format.format(this.maxX)));
2 26 Feb 07 jari 209            int preY = metrics.stringWidth(String.valueOf(format.format(this.maxY)));
2 26 Feb 07 jari 210            metrics = g.getFontMetrics(new Font("SansSerif", Font.BOLD, 12));
2 26 Feb 07 jari 211            preX += metrics.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 212            preY += metrics.getHeight();
2 26 Feb 07 jari 213            this.viewer.setPreXSpacing(preY+10);
2 26 Feb 07 jari 214            this.viewer.setPostYSpacing(preX+20);
2 26 Feb 07 jari 215            firstView = false;
2 26 Feb 07 jari 216         }                            
2 26 Feb 07 jari 217     }
2 26 Feb 07 jari 218     
2 26 Feb 07 jari 219     /**
2 26 Feb 07 jari 220      * Invoked by the framework when display menu is changed,
2 26 Feb 07 jari 221      * if this viewer is selected.
2 26 Feb 07 jari 222      * @see IDisplayMenu
2 26 Feb 07 jari 223      */
2 26 Feb 07 jari 224     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 225     }
2 26 Feb 07 jari 226     
2 26 Feb 07 jari 227     /**
2 26 Feb 07 jari 228      * Returns a component to be inserted into scroll pane header.
2 26 Feb 07 jari 229      */
2 26 Feb 07 jari 230     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 231         return null;
2 26 Feb 07 jari 232     }    
2 26 Feb 07 jari 233     
2 26 Feb 07 jari 234     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 235      */
2 26 Feb 07 jari 236     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 237         return null;
2 26 Feb 07 jari 238     }
2 26 Feb 07 jari 239     
2 26 Feb 07 jari 240     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 241      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 242      */
2 26 Feb 07 jari 243     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 244         return null;
2 26 Feb 07 jari 245     }
2 26 Feb 07 jari 246     
2 26 Feb 07 jari 247     public void setViewer(GraphViewer val){
2 26 Feb 07 jari 248         viewer = val;
2 26 Feb 07 jari 249     }
2 26 Feb 07 jari 250     public GraphViewer getViewer(){
2 26 Feb 07 jari 251         return viewer;
2 26 Feb 07 jari 252     }
2 26 Feb 07 jari 253     
2 26 Feb 07 jari 254     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 255      */
2 26 Feb 07 jari 256     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 257         return null;
2 26 Feb 07 jari 258     }    
2 26 Feb 07 jari 259     
2 26 Feb 07 jari 260     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 261      */
2 26 Feb 07 jari 262     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 263         return null;
2 26 Feb 07 jari 264     }        
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 267  //     this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 268     }
2 26 Feb 07 jari 269     public int getExperimentID() {return 0;}
2 26 Feb 07 jari 270     public void setExperimentID(int id) {}
2 26 Feb 07 jari 271     
2 26 Feb 07 jari 272     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 273      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 274      */
2 26 Feb 07 jari 275     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 276         return -1;
2 26 Feb 07 jari 277     }
2 26 Feb 07 jari 278
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)