mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tease/TEASEViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Aug 23, 2005
2 26 Feb 07 jari 3  *
2 26 Feb 07 jari 4  */
2 26 Feb 07 jari 5 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tease;
2 26 Feb 07 jari 6
2 26 Feb 07 jari 7 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 10 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 11 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 12 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.io.ObjectInputStream;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.io.ObjectOutputStream;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.util.Arrays;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 30 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 31 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.swing.JTextField;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 49 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 50 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 51 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 52 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 53 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLAnnotationBar;
2 26 Feb 07 jari 54 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 55 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 56 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLClusterInfoViewer;
2 26 Feb 07 jari 57 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLColorBar;
2 26 Feb 07 jari 58 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 59 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentCentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 60 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentClusterViewer;
2 26 Feb 07 jari 61 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 62 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 63 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 64
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66
2 26 Feb 07 jari 67 /**
2 26 Feb 07 jari 68  * @author Annie Liu
2 26 Feb 07 jari 69  * @version Aug 23, 2005
2 26 Feb 07 jari 70  *
2 26 Feb 07 jari 71  * TEASEViewer display the result from TEASE analysis on the screen
2 26 Feb 07 jari 72  */
2 26 Feb 07 jari 73 public class TEASEViewer extends JPanel implements IViewer{
2 26 Feb 07 jari 74
2 26 Feb 07 jari 75       protected static final String STORE_CLUSTER_CMD = "store-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 76       protected static final String LAUNCH_NEW_SESSION_CMD = "launch-new-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 77       protected static final String SAVE_CLUSTER_CMD = "save-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 78       protected static final String DELETE_CLUSTER_CMD = "delete-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 79       protected static final String DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD = "delete-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 80       protected static final String GENE_TREE_PROPERTIES_CMD = "gene-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 81       protected static final String SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD = "sample-tree-properties-cmd";
2 26 Feb 07 jari 82       
2 26 Feb 07 jari 83       protected static final String SAVE_GENE_ORDER_CMD = "save-gene-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 84       protected static final String SAVE_EXP_ORDER_CMD = "save-exp-order-cmd";
2 26 Feb 07 jari 85       protected static final String SAVE_GENE_HEIGHT_CMD = "save-gene-height-cmd";
2 26 Feb 07 jari 86       protected static final String SAVE_EXP_HEIGHT_CMD = "save-exp-height-cmd";
2 26 Feb 07 jari 87       
2 26 Feb 07 jari 88       protected static final String SAVE_GENE_NEWICK_CMD = "save-gene-newick-cmd";
2 26 Feb 07 jari 89       protected static final String SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD = "save-sample-newick-cmd";
2 26 Feb 07 jari 90       
2 26 Feb 07 jari 91       protected static final String CHANGE_SCORE_BOUNDARY = "change-score-boundary";
2 26 Feb 07 jari 92       
2 26 Feb 07 jari 93       
2 26 Feb 07 jari 94       // wrapped viewers
2 26 Feb 07 jari 95       protected IViewer expViewer;   //component to draw an experiment data
2 26 Feb 07 jari 96       protected HCLExperimentHeader header;  //component to draw an experiment header
2 26 Feb 07 jari 97       protected HCLTree genesTree;  //component to draw genes tree
2 26 Feb 07 jari 98       protected HCLTree sampleTree;  //component to draw samples tree
2 26 Feb 07 jari 99       protected HCLColorBar colorBar;  //component to draw hcl clusters colors and descriptions
2 26 Feb 07 jari 100       protected HCLAnnotationBar annotationBar;  //component to draw an experiment annotations 
2 26 Feb 07 jari 101       //protected MyGlassPane glassPane;
2 26 Feb 07 jari 102       
2 26 Feb 07 jari 103       protected IData data;
2 26 Feb 07 jari 104       protected Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 105       protected ArrayList clusters = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 106       protected ArrayList experimentClusters = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 107       protected ArrayList dots;
2 26 Feb 07 jari 108       protected int [][] sampleClusters;
2 26 Feb 07 jari 109       public HCLCluster selectedCluster;
2 26 Feb 07 jari 110       protected int[] genesOrder;
2 26 Feb 07 jari 111       protected int[] samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 112       protected boolean isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 113       protected boolean featureListIsEmpty = false;
2 26 Feb 07 jari 114       protected boolean isHCLOnly = false;
2 26 Feb 07 jari 115       protected Dimension elementSize;
2 26 Feb 07 jari 116       protected int numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 117       protected int offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 118       protected int clusterIndex = 0;
2 26 Feb 07 jari 119       protected Listener listener;
2 26 Feb 07 jari 120       protected JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 121       protected JTextField box;
2 26 Feb 07 jari 122       
2 26 Feb 07 jari 123       protected DefaultMutableTreeNode node;
2 26 Feb 07 jari 124       protected IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 125       
2 26 Feb 07 jari 126       //EH added to store items necessary for restoring state
2 26 Feb 07 jari 127       private int[] features;
2 26 Feb 07 jari 128       HCLTreeData genes_result, samples_result;
2 26 Feb 07 jari 129       boolean hclOnly;
2 26 Feb 07 jari 130
2 26 Feb 07 jari 131       
2 26 Feb 07 jari 132
2 26 Feb 07 jari 133       /**
2 26 Feb 07 jari 134        * Constructs a <code>HCLViewer</code> for specified results.
2 26 Feb 07 jari 135        */
2 26 Feb 07 jari 136       public TEASEViewer(JFrame frame, Experiment experiment, int[] features, 
2 26 Feb 07 jari 137           HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result, 
2 26 Feb 07 jari 138           DefaultMutableTreeNode node, boolean hclOnly, AlgorithmData data) {
2 26 Feb 07 jari 139           setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 140           this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 141           
2 26 Feb 07 jari 142           this.genes_result = genes_result;
2 26 Feb 07 jari 143           this.samples_result = samples_result;
2 26 Feb 07 jari 144           this.hclOnly = hclOnly;
2 26 Feb 07 jari 145           this.features = features;
2 26 Feb 07 jari 146           this.dots = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 147           this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 148           this.listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 149           this.addMouseListener(this.listener);
2 26 Feb 07 jari 150           this.node = node;
2 26 Feb 07 jari 151           features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 152           this.expViewer = createExperimentViewer(experiment, features, genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 153           this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 154           this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 155           this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 156           this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 157           this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 158           this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 159           this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 160           this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 161           if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1 && genes_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 162               this.genesTree = new HCLTree(genes_result, HCLTree.HORIZONTAL);
2 26 Feb 07 jari 163               this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 164               this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 165           }
2 26 Feb 07 jari 166
2 26 Feb 07 jari 167           if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1 && samples_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 168               this.sampleTree = new HCLTree(samples_result, HCLTree.VERTICAL);
2 26 Feb 07 jari 169               this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result);
2 26 Feb 07 jari 170           if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 171               this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 172               this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 173               this.sampleTree.setListener(listener);  //added for selection of experiment hcl nodes
2 26 Feb 07 jari 174           }
2 26 Feb 07 jari 175
2 26 Feb 07 jari 176           this.isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 177           this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples(); //know this is correct for gene clustering constructor
2 26 Feb 07 jari 178           addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 179           
2 26 Feb 07 jari 180           this.isHCLOnly = hclOnly;
2 26 Feb 07 jari 181           if (!this.isHCLOnly) {
2 26 Feb 07 jari 182             int[] nodes = data.getIntArray("node-list");
2 26 Feb 07 jari 183             int root;
2 26 Feb 07 jari 184           int maxHeight = genesTree.pHeights[data.getIntArray("node-order").length*2-2];
2 26 Feb 07 jari 185             for (int i = 0 ; i < nodes.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 186               root = nodes[i];
2 26 Feb 07 jari 187               AlgorithmData single = data.getResultAlgorithmData(new Integer(root));
2 26 Feb 07 jari 188               TEASEInfoBox infoBox = new TEASEInfoBox(maxHeight-genesTree.pHeights[root] + 
2 26 Feb 07 jari 189                   HCLTree.xOrigin, genesTree.positions[root], single, root);
2 26 Feb 07 jari 190               genesTree.addInfoBox(infoBox);
2 26 Feb 07 jari 191               this.dots.add(infoBox);
2 26 Feb 07 jari 192             }
2 26 Feb 07 jari 193
2 26 Feb 07 jari 194           //this.glassPane = new MyGlassPane(frame.getContentPane());
2 26 Feb 07 jari 195           //frame.setGlassPane(this.glassPane);
2 26 Feb 07 jari 196             genesTree.addMouseMotionListener(new MotionListener());
2 26 Feb 07 jari 197             addMouseMotionListener(new MotionListener());
2 26 Feb 07 jari 198           }
2 26 Feb 07 jari 199           this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 200       }
2 26 Feb 07 jari 201       /**
2 26 Feb 07 jari 202        * State-saving constructor.  Do not delete or modify.  Create a new constructor
2 26 Feb 07 jari 203        * that calls this one instead.
2 26 Feb 07 jari 204        * @param frame
2 26 Feb 07 jari 205        * @param experiment
2 26 Feb 07 jari 206        * @param features
2 26 Feb 07 jari 207        * @param genes_result
2 26 Feb 07 jari 208        * @param samples_result
2 26 Feb 07 jari 209        * @param node
2 26 Feb 07 jari 210        * @param hclOnly
2 26 Feb 07 jari 211        * @param data
2 26 Feb 07 jari 212        */
2 26 Feb 07 jari 213       public TEASEViewer(JFrame frame, Experiment experiment, int[] features, 
2 26 Feb 07 jari 214           HCLTree genesTree, HCLTree samplesTree, 
2 26 Feb 07 jari 215           DefaultMutableTreeNode node, Boolean hclOnly, ArrayList dots) {
2 26 Feb 07 jari 216           setLayout(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 217           this.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 218           this.genesTree = genesTree;
2 26 Feb 07 jari 219           this.sampleTree = samplesTree;
2 26 Feb 07 jari 220           if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 221             this.genes_result = genesTree.getTreeData();
2 26 Feb 07 jari 222           if(samplesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 223             this.samples_result = samplesTree.getTreeData();
2 26 Feb 07 jari 224           this.hclOnly = hclOnly.booleanValue();
2 26 Feb 07 jari 225           this.features = features;
2 26 Feb 07 jari 226           this.dots = dots;
2 26 Feb 07 jari 227           this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 228           this.listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 229           this.addMouseListener(this.listener);
2 26 Feb 07 jari 230           this.node = node;
2 26 Feb 07 jari 231           features = features == null ? createDefaultFeatures(experiment) : features;
2 26 Feb 07 jari 232           this.expViewer = createExperimentViewer(experiment, features, genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 233           this.expViewer.getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 234           this.header = new HCLExperimentHeader(this.expViewer.getHeaderComponent());
2 26 Feb 07 jari 235           this.header.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 236           this.colorBar = new HCLColorBar(this.clusters, features.length);
2 26 Feb 07 jari 237           this.colorBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 238           this.genesOrder = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 239           this.annotationBar = new HCLAnnotationBar(this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 240           this.annotationBar.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 241           if (genes_result != null && experiment.getNumberOfGenes() > 1 && genes_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 242               this.genesTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 243               this.genesTree.setListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 244           }
2 26 Feb 07 jari 245
2 26 Feb 07 jari 246           if (samples_result != null && experiment.getNumberOfSamples() > 1 && samples_result.node_order.length > 1) {
2 26 Feb 07 jari 247               this.samplesOrder = createSamplesOrder(samples_result);
2 26 Feb 07 jari 248           if(genes_result == null)
2 26 Feb 07 jari 249               this.sampleTree.setHorizontalOffset(10);
2 26 Feb 07 jari 250               this.sampleTree.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 251               this.sampleTree.setListener(listener);  //added for selection of experiment hcl nodes
2 26 Feb 07 jari 252           }
2 26 Feb 07 jari 253
2 26 Feb 07 jari 254           this.isExperimentCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 255           this.numberOfSamples = experiment.getNumberOfSamples(); //know this is correct for gene clustering constructor
2 26 Feb 07 jari 256           addComponents(this.sampleTree, this.genesTree, this.expViewer.getContentComponent(), this.colorBar, this.annotationBar);
2 26 Feb 07 jari 257           
2 26 Feb 07 jari 258           if (!this.isHCLOnly) {  
2 26 Feb 07 jari 259             for(int i=0; i<dots.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 260               genesTree.addInfoBox((TEASEInfoBox)dots.get(i));
2 26 Feb 07 jari 261             }
2 26 Feb 07 jari 262
2 26 Feb 07 jari 263             genesTree.addMouseMotionListener(new MotionListener());
2 26 Feb 07 jari 264             addMouseMotionListener(new MotionListener());
2 26 Feb 07 jari 265           }
2 26 Feb 07 jari 266           this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 267       }
2 26 Feb 07 jari 268       
2 26 Feb 07 jari 269       /**
2 26 Feb 07 jari 270      * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExpression()
2 26 Feb 07 jari 271      */
2 26 Feb 07 jari 272       public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 273         Expression e = new Expression(this, this.getClass(), "new",
2 26 Feb 07 jari 274        new Object[]{null, this.experiment, this.features, 
2 26 Feb 07 jari 275             this.genesTree, this.sampleTree, 
2 26 Feb 07 jari 276             this.node, new Boolean(this.hclOnly), this.dots}); 
2 26 Feb 07 jari 277         return e;
2 26 Feb 07 jari 278       }
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280       /**
2 26 Feb 07 jari 281        * set tooltip text for the gene tree panel, depends on where the cursor is
2 26 Feb 07 jari 282        * @param x cursor x location  
2 26 Feb 07 jari 283        * @param y cursor y location
2 26 Feb 07 jari 284        * @return true only when cursor falls on a dot.
2 26 Feb 07 jari 285        */
2 26 Feb 07 jari 286       private boolean setInfoText(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 287         for (int i = 0; i < this.dots.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 288           TEASEInfoBox dot = (TEASEInfoBox)dots.get(i);
2 26 Feb 07 jari 289           if (y < (dot.y+5) && y > (dot.y-5) &&
2 26 Feb 07 jari 290               x < (dot.x+5) && x > (dot.x-5)) {
2 26 Feb 07 jari 291                 this.genesTree.setToolTipText(dot.getInfoText());
2 26 Feb 07 jari 292                 return true;
2 26 Feb 07 jari 293           }
2 26 Feb 07 jari 294         }
2 26 Feb 07 jari 295         return false;
2 26 Feb 07 jari 296       }
2 26 Feb 07 jari 297       
2 26 Feb 07 jari 298       
2 26 Feb 07 jari 299       
2 26 Feb 07 jari 300       /**
2 26 Feb 07 jari 301        * Adds wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 302        */
2 26 Feb 07 jari 303       protected void addComponents(JComponent sTree, JComponent gTree, JComponent exp, 
2 26 Feb 07 jari 304           JComponent cBar, JComponent aBar) {
2 26 Feb 07 jari 305           final int rows = sTree == null ? 1 : 2;
2 26 Feb 07 jari 306           final int cols = gTree == null ? 3 : 4;
2 26 Feb 07 jari 307           if (sTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 308               add(sTree, new GridBagConstraints(cols-3, rows-2, 1, 1, 0.0, 0.0, 
2 26 Feb 07 jari 309                   GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 310           }
2 26 Feb 07 jari 311           if (gTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 312               add(gTree, new GridBagConstraints(cols-4, rows-1, 1, 1, 0.0, 1.0, 
2 26 Feb 07 jari 313                   GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 314           }
2 26 Feb 07 jari 315           add(exp,  new GridBagConstraints(cols-3, rows-1, 1, 1, 1.0, 1.0, 
2 26 Feb 07 jari 316               GridBagConstraints.CENTER, GridBagConstraints.BOTH, new Insets(0, 0, 0, 0), 0, 0));
2 26 Feb 07 jari 317       }
2 26 Feb 07 jari 318       
2 26 Feb 07 jari 319       
2 26 Feb 07 jari 320       
2 26 Feb 07 jari 321       protected IViewer createExperimentViewer(Experiment experiment, int[] features, 
2 26 Feb 07 jari 322           HCLTreeData genes_result, HCLTreeData samples_result) {
2 26 Feb 07 jari 323         
2 26 Feb 07 jari 324           int[][] clusters = createClusters(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 325           int [] samples = getLeafOrder(samples_result, null);
2 26 Feb 07 jari 326           IViewer viewer;
2 26 Feb 07 jari 327           if(genes_result != null){
2 26 Feb 07 jari 328               offset = 0;
2 26 Feb 07 jari 329               viewer = new ExperimentViewer(experiment, clusters, samples, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 330           } else{
2 26 Feb 07 jari 331               offset = 10;
2 26 Feb 07 jari 332               viewer = new ExperimentViewer(experiment, clusters, samples, true, offset);
2 26 Feb 07 jari 333           }
2 26 Feb 07 jari 334           return viewer;
2 26 Feb 07 jari 335       }
2 26 Feb 07 jari 336       
2 26 Feb 07 jari 337       
2 26 Feb 07 jari 338       protected int[] createDefaultFeatures(Experiment experiment) {
2 26 Feb 07 jari 339           int[] features = new int[experiment.getNumberOfGenes()];
2 26 Feb 07 jari 340           for (int i=0; i<features.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 341               features[i] = i;
2 26 Feb 07 jari 342           }
2 26 Feb 07 jari 343           return features;
2 26 Feb 07 jari 344       }
2 26 Feb 07 jari 345       
2 26 Feb 07 jari 346       /**
2 26 Feb 07 jari 347        * Creates a cluster for wrapped experiment viewer.
2 26 Feb 07 jari 348        */
2 26 Feb 07 jari 349       private int[][] createClusters(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result) {
2 26 Feb 07 jari 350           int [][] clusters = new int[1][features.length];
2 26 Feb 07 jari 351           clusters[0] = createGenesOrder(experiment, features, genes_result);
2 26 Feb 07 jari 352           return clusters;
2 26 Feb 07 jari 353       }
2 26 Feb 07 jari 354       
2 26 Feb 07 jari 355       protected int [] createSamplesOrder(HCLTreeData samples_result){
2 26 Feb 07 jari 356           return createSamplesOrder(samples_result, null);
2 26 Feb 07 jari 357       }
2 26 Feb 07 jari 358       
2 26 Feb 07 jari 359       protected int [] createSamplesOrder(HCLTreeData samples_result, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 360           return getLeafOrder(samples_result, indices);
2 26 Feb 07 jari 361       }
2 26 Feb 07 jari 362       
2 26 Feb 07 jari 363       protected int[] createGenesOrder(Experiment experiment, int[] features, HCLTreeData genes_result) {
2 26 Feb 07 jari 364           int[] order = getLeafOrder(genes_result, features);
2 26 Feb 07 jari 365           if (order == null) {
2 26 Feb 07 jari 366               order = features;
2 26 Feb 07 jari 367           }
2 26 Feb 07 jari 368           return order;
2 26 Feb 07 jari 369       }
2 26 Feb 07 jari 370       
2 26 Feb 07 jari 371       private int[] getLeafOrder(HCLTreeData result, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 372           if (result == null || result.node_order.length < 2) {
2 26 Feb 07 jari 373               return null;
2 26 Feb 07 jari 374           }
2 26 Feb 07 jari 375           return getLeafOrder(result.node_order, result.child_1_array, result.child_2_array, indices);
2 26 Feb 07 jari 376       }
2 26 Feb 07 jari 377       
2 26 Feb 07 jari 378       private int[] getLeafOrder(int[] nodeOrder, int[] child1, int[] child2, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 379           int[] leafOrder = new int[nodeOrder.length];
2 26 Feb 07 jari 380           Arrays.fill(leafOrder, -1);
2 26 Feb 07 jari 381           
2 26 Feb 07 jari 382           fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, 0, child1.length-2, indices);
2 26 Feb 07 jari 383           return leafOrder;
2 26 Feb 07 jari 384       }
2 26 Feb 07 jari 385       
2 26 Feb 07 jari 386       private int fillLeafOrder(int[] leafOrder, int[] child1, int[] child2, int pos, int index, int[] indices) {
2 26 Feb 07 jari 387           if (child1[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 388               pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child1[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 389           }
2 26 Feb 07 jari 390           if (child2[index] != -1) {
2 26 Feb 07 jari 391               pos = fillLeafOrder(leafOrder, child1, child2, pos, child2[index], indices);
2 26 Feb 07 jari 392           } else {
2 26 Feb 07 jari 393               leafOrder[pos] = indices == null ? index : indices[index];
2 26 Feb 07 jari 394               pos++;
2 26 Feb 07 jari 395           }
2 26 Feb 07 jari 396           return pos;
2 26 Feb 07 jari 397       }
2 26 Feb 07 jari 398       
2 26 Feb 07 jari 399       /**
2 26 Feb 07 jari 400        * Returns this viewer to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 401        */
2 26 Feb 07 jari 402       public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 403           return this;
2 26 Feb 07 jari 404       }
2 26 Feb 07 jari 405       
2 26 Feb 07 jari 406       /**
2 26 Feb 07 jari 407        * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 408        */
2 26 Feb 07 jari 409       public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 410           return this.header;
2 26 Feb 07 jari 411       }
2 26 Feb 07 jari 412       
2 26 Feb 07 jari 413       /**
2 26 Feb 07 jari 414        * Updates all wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 415        */
2 26 Feb 07 jari 416       public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 417           this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 418           this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 419           this.expViewer.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 420           
2 26 Feb 07 jari 421           //   onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 422           
2 26 Feb 07 jari 423           Object userObject = framework.getUserObject();
2 26 Feb 07 jari 424           this.clusterIndex = (userObject != null ? ((Integer)userObject).intValue():0);
2 26 Feb 07 jari 425           if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 426               this.genesTree.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 427               for (int i = 0; i < this.dots.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 428                 ((TEASEInfoBox)this.dots.get(i)).updateSize(framework.getDisplayMenu().getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 429           }
2 26 Feb 07 jari 430
2 26 Feb 07 jari 431           this.annotationBar.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 432           this.colorBar.onSelected(framework);
2 26 Feb 07 jari 433           // set expression header position
2 26 Feb 07 jari 434           if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 435             this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 436           }
2 26 Feb 07 jari 437           this.elementSize = framework.getDisplayMenu().getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 438           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 439           
2 26 Feb 07 jari 440           if(this.node == null)
2 26 Feb 07 jari 441               this.node = (DefaultMutableTreeNode)(framework.getCurrentNode().getParent());
2 26 Feb 07 jari 442           
2 26 Feb 07 jari 443           verifyClusterExistence(this.data);
2 26 Feb 07 jari 444           updateTrees();
2 26 Feb 07 jari 445           refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 446       }
2 26 Feb 07 jari 447       
2 26 Feb 07 jari 448       /**
2 26 Feb 07 jari 449        * Calculate the viewer width.
2 26 Feb 07 jari 450        */
2 26 Feb 07 jari 451       protected int getCommonWidth() {
2 26 Feb 07 jari 452           int width = 0;
2 26 Feb 07 jari 453           if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 454               width += this.genesTree.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 455           }
2 26 Feb 07 jari 456           if(this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 457               width += ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).getWidth();
2 26 Feb 07 jari 458           else
2 26 Feb 07 jari 459               width += ((ExperimentViewer)this.expViewer).getWidth();
2 26 Feb 07 jari 460           width += this.colorBar.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 461           width += this.annotationBar.getWidth();
2 26 Feb 07 jari 462           return width + offset;
2 26 Feb 07 jari 463       }
2 26 Feb 07 jari 464       
2 26 Feb 07 jari 465       /**
2 26 Feb 07 jari 466        * Delegates this invokation to the wrapped experiment viewer.
2 26 Feb 07 jari 467        */
2 26 Feb 07 jari 468       public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 469           this.expViewer.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 470           this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 471           updateTrees();
2 26 Feb 07 jari 472       }
2 26 Feb 07 jari 473       
2 26 Feb 07 jari 474       
2 26 Feb 07 jari 475       /**
2 26 Feb 07 jari 476        * Delegates this invokation to wrapped viewers.
2 26 Feb 07 jari 477        */
2 26 Feb 07 jari 478       public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 479           this.expViewer.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 480           if (this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 481               this.genesTree.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 482               for (int i = 0; i < this.dots.size(); i++)
2 26 Feb 07 jari 483                 ((TEASEInfoBox)this.dots.get(i)).updateSize(menu.getElementSize());
2 26 Feb 07 jari 484           }
2 26 Feb 07 jari 485           this.annotationBar.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 486           this.colorBar.onMenuChanged(menu);
2 26 Feb 07 jari 487           // expression header can change its size
2 26 Feb 07 jari 488           this.elementSize = menu.getElementSize();
2 26 Feb 07 jari 489           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 490       }
2 26 Feb 07 jari 491       
2 26 Feb 07 jari 492       public void onDeselected() {}
2 26 Feb 07 jari 493       public void onClosed() {}
2 26 Feb 07 jari 494       
2 26 Feb 07 jari 495       public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 496           return null;
2 26 Feb 07 jari 497       }
2 26 Feb 07 jari 498       
2 26 Feb 07 jari 499       /**
2 26 Feb 07 jari 500        * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 501        */
2 26 Feb 07 jari 502       private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 503           JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 504           addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 505           return popup;
2 26 Feb 07 jari 506       }
2 26 Feb 07 jari 507       
2 26 Feb 07 jari 508       /**
2 26 Feb 07 jari 509        * Adds menu items to the specified popup menu.
2 26 Feb 07 jari 510        */
2 26 Feb 07 jari 511       protected void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 512           JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 513           menuItem = new JMenuItem("Store Cluster", GUIFactory.getIcon("new16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 514           menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 515           menuItem.setActionCommand(STORE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 516           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 517           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 518           
2 26 Feb 07 jari 519           menuItem = new JMenuItem("Launch new session", GUIFactory.getIcon("launch_new_mav.gif"));
2 26 Feb 07 jari 520           menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 521           menuItem.setActionCommand(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 522           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 523           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 524           
2 26 Feb 07 jari 525           menuItem = new JMenuItem("Save cluster...", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 526           menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 527           menuItem.setActionCommand(SAVE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 528           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 529           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 530           
2 26 Feb 07 jari 531           menuItem = new JMenuItem("Delete cluster", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 532           menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 533           menuItem.setActionCommand(DELETE_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 534           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 535           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 536           
2 26 Feb 07 jari 537           menuItem = new JMenuItem("Delete all clusters", GUIFactory.getIcon("delete16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 538           menuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 539           menuItem.setActionCommand(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 540           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 541           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 542           
2 26 Feb 07 jari 543           menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 544           
2 26 Feb 07 jari 545           menuItem = new JMenuItem("GeneTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 546           menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 547           menuItem.setActionCommand(GENE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 548           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 549           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 550           
2 26 Feb 07 jari 551           menuItem = new JMenuItem("SampleTree properties...", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 552           menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 553           menuItem.setActionCommand(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD);
2 26 Feb 07 jari 554           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 555           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 556           
2 26 Feb 07 jari 557           menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 558           
2 26 Feb 07 jari 559           menuItem = new JMenuItem("Save Gene Node Heights", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 560           menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 561           menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_HEIGHT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 562           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 563           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 564           
2 26 Feb 07 jari 565           menuItem = new JMenuItem("Save Gene Order", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 566           menuItem.setEnabled(this.genesTree != null);
2 26 Feb 07 jari 567           menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 568           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 569           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 570           
2 26 Feb 07 jari 571           menuItem = new JMenuItem("Save Sample Node Heights", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 572           menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 573           menuItem.setActionCommand(SAVE_EXP_HEIGHT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 574           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 575           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 576           
2 26 Feb 07 jari 577           menuItem = new JMenuItem("Save Sample Order", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 578           menuItem.setEnabled(this.sampleTree != null);
2 26 Feb 07 jari 579           menuItem.setActionCommand(SAVE_EXP_ORDER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 580           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 581           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 582           
2 26 Feb 07 jari 583           menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 584           
2 26 Feb 07 jari 585           menuItem = new JMenuItem("Change Score Boundary", GUIFactory.getIcon("edit16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 586           menuItem.setEnabled(!this.isHCLOnly);
2 26 Feb 07 jari 587           menuItem.setActionCommand(CHANGE_SCORE_BOUNDARY);
2 26 Feb 07 jari 588           menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 589           menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 590           
2 26 Feb 07 jari 591           menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 592           
2 26 Feb 07 jari 593           if(this.genesTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 594               menuItem = new JMenuItem("Save Gene Tree To Newick File", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 595               menuItem.setActionCommand(SAVE_GENE_NEWICK_CMD);
2 26 Feb 07 jari 596               menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 597               menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 598           }
2 26 Feb 07 jari 599           
2 26 Feb 07 jari 600 //          if(this.sampleTree != null) {
2 26 Feb 07 jari 601 //              menuItem = new JMenuItem("Save Sample Tree to Newick File", GUIFactory.getIcon("save_as16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 602 //              menuItem.setActionCommand(SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD);
2 26 Feb 07 jari 603 //              menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 604 //              menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 605 //          }        
2 26 Feb 07 jari 606       }
2 26 Feb 07 jari 607       
2 26 Feb 07 jari 608       /**
2 26 Feb 07 jari 609        * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 610        * @return null, if menu item was not found.
2 26 Feb 07 jari 611        */
2 26 Feb 07 jari 612       protected JMenuItem getJMenuItem(String command) {
2 26 Feb 07 jari 613           Component[] components = popup.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 614           for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 615               if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 616                   if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 617                       return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 618               }
2 26 Feb 07 jari 619           }
2 26 Feb 07 jari 620           return null;
2 26 Feb 07 jari 621       }
2 26 Feb 07 jari 622       
2 26 Feb 07 jari 623       /**
2 26 Feb 07 jari 624        * Sets menu enabled flag.
2 26 Feb 07 jari 625        */
2 26 Feb 07 jari 626       protected void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 627         JMenuItem item = getJMenuItem(command);
2 26 Feb 07 jari 628           if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 629               return;
2 26 Feb 07 jari 630           }
2 26 Feb 07 jari 631           item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 632       }
2 26 Feb 07 jari 633       
2 26 Feb 07 jari 634       /**
2 26 Feb 07 jari 635        * Selects the specified cluster.
2 26 Feb 07 jari 636        */
2 26 Feb 07 jari 637       protected void setSelectedCluster(HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 638           this.selectedCluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 639           if(this.isExperimentCluster){  //viewer type,
2 26 Feb 07 jari 640               if(cluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 641                   ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).selectRows(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 642               else
2 26 Feb 07 jari 643                   ((ExperimentClusterViewer)this.expViewer).selectColumns(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 644           }
2 26 Feb 07 jari 645           else{
2 26 Feb 07 jari 646               if(cluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 647                   ((ExperimentViewer)this.expViewer).selectRows(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 648               else
2 26 Feb 07 jari 649                   ((ExperimentViewer)this.expViewer).selectColumns(cluster.firstElem, cluster.lastElem);
2 26 Feb 07 jari 650           }
2 26 Feb 07 jari 651       }
2 26 Feb 07 jari 652       
2 26 Feb 07 jari 653       /**
2 26 Feb 07 jari 654        * Returns a <code>HCLCluster</code> for specified root node.
2 26 Feb 07 jari 655        */
2 26 Feb 07 jari 656       protected HCLCluster getCluster(HCLCluster selCluster) {
2 26 Feb 07 jari 657           int root = selCluster.root;
2 26 Feb 07 jari 658           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 659           if(selCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 660               for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 661                   cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 662                   if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 663                       return cluster;
2 26 Feb 07 jari 664                   }
2 26 Feb 07 jari 665               }
2 26 Feb 07 jari 666           }
2 26 Feb 07 jari 667           else {
2 26 Feb 07 jari 668               for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 669                   cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 670                   if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 671                       return cluster;
2 26 Feb 07 jari 672                   }
2 26 Feb 07 jari 673               }
2 26 Feb 07 jari 674           }
2 26 Feb 07 jari 675           return null;
2 26 Feb 07 jari 676       }
2 26 Feb 07 jari 677       
2 26 Feb 07 jari 678       public void updateTrees(){
2 26 Feb 07 jari 679           if(this.genesTree != null && this.data.getColors().length == 0){
2 26 Feb 07 jari 680               this.genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 681               this.genesTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 682               this.clusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 683           }
2 26 Feb 07 jari 684           if(this.sampleTree != null && this.data.getExperimentColors().length == 0){
2 26 Feb 07 jari 685               this.sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 686               this.sampleTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 687               this.experimentClusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 688           }
2 26 Feb 07 jari 689       }
2 26 Feb 07 jari 690       
2 26 Feb 07 jari 691       /**
2 26 Feb 07 jari 692        * Returns a <code>HCLCluster</code> for specified root node.
2 26 Feb 07 jari 693        */
2 26 Feb 07 jari 694       protected HCLCluster getExperimentCluster(int root) {
2 26 Feb 07 jari 695           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 696           for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 697               cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 698               if (cluster.root == root) {
2 26 Feb 07 jari 699                   return cluster;
2 26 Feb 07 jari 700               }
2 26 Feb 07 jari 701           }
2 26 Feb 07 jari 702           return null;
2 26 Feb 07 jari 703       }
2 26 Feb 07 jari 704       
2 26 Feb 07 jari 705       
2 26 Feb 07 jari 706       
2 26 Feb 07 jari 707       /**
2 26 Feb 07 jari 708        * Removes cluster for specified root.
2 26 Feb 07 jari 709        */
2 26 Feb 07 jari 710       protected void removeCluster(HCLCluster oldCluster) {
2 26 Feb 07 jari 711           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 712           if(oldCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 713               for (int i=this.clusters.size(); --i>=0;) {
2 26 Feb 07 jari 714                   cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 715                   if (cluster.root == oldCluster.root) {
2 26 Feb 07 jari 716                       this.clusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 717                       return;
2 26 Feb 07 jari 718                   }
2 26 Feb 07 jari 719               }
2 26 Feb 07 jari 720           }
2 26 Feb 07 jari 721           else {
2 26 Feb 07 jari 722               for (int i=this.experimentClusters.size(); --i>=0;) {
2 26 Feb 07 jari 723                   cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 724                   if (cluster.root == oldCluster.root) {
2 26 Feb 07 jari 725                       this.experimentClusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 726                       return;
2 26 Feb 07 jari 727                   }
2 26 Feb 07 jari 728               }
2 26 Feb 07 jari 729           }
2 26 Feb 07 jari 730       }
2 26 Feb 07 jari 731       
2 26 Feb 07 jari 732       /**
2 26 Feb 07 jari 733        * Returns true, if there is cluster for selected node.
2 26 Feb 07 jari 734        */
2 26 Feb 07 jari 735       protected boolean doesClusterExist() {
2 26 Feb 07 jari 736           if (this.selectedCluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 737               return false;
2 26 Feb 07 jari 738           }
2 26 Feb 07 jari 739           return getCluster(this.selectedCluster) != null;
2 26 Feb 07 jari 740       }
2 26 Feb 07 jari 741       
2 26 Feb 07 jari 742       /**
2 26 Feb 07 jari 743        * Returns count of clusters.
2 26 Feb 07 jari 744        */
2 26 Feb 07 jari 745       protected int getClustersCount() {
2 26 Feb 07 jari 746           return this.clusters.size() + this.experimentClusters.size();
2 26 Feb 07 jari 747       }
2 26 Feb 07 jari 748       
2 26 Feb 07 jari 749       private Frame getFrame() {
2 26 Feb 07 jari 750           return JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 751       }
2 26 Feb 07 jari 752       
2 26 Feb 07 jari 753       /**
2 26 Feb 07 jari 754        * Sets a public color for a selected cluster.
2 26 Feb 07 jari 755        */
2 26 Feb 07 jari 756       public void onSetCluster() {
2 26 Feb 07 jari 757           //Color newColor = JColorChooser.showDialog(getFrame(), "Choose color", new Color(128, 128, 128));
2 26 Feb 07 jari 758           Color newColor = Color.white;
2 26 Feb 07 jari 759           if (newColor == null || this.selectedCluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 760               return;
2 26 Feb 07 jari 761           }
2 26 Feb 07 jari 762           HCLCluster cluster = getCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 763           if (cluster != null) {              //cluster already exists
2 26 Feb 07 jari 764               this.selectedCluster = cluster;
2 26 Feb 07 jari 765           } else {                            //new cluster, add to list
2 26 Feb 07 jari 766               if(selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 767                   this.clusters.add(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 768               else
2 26 Feb 07 jari 769                   this.experimentClusters.add(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 770           }
2 26 Feb 07 jari 771           
2 26 Feb 07 jari 772           this.selectedCluster.color = newColor;
2 26 Feb 07 jari 773           
2 26 Feb 07 jari 774           if(!this.isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 775               if(!this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 776                   this.selectedCluster.color = ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getSubTreeElements(),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 777               else
2 26 Feb 07 jari 778                   this.selectedCluster.color = ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 779           }
2 26 Feb 07 jari 780           else{
2 26 Feb 07 jari 781               if(!this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 782                   this.selectedCluster.color = ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getSubTreeElements(),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 783               else
2 26 Feb 07 jari 784                   this.selectedCluster.color = ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).setHCLClusterColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()),this.selectedCluster.color, this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 785           }
2 26 Feb 07 jari 786           
2 26 Feb 07 jari 787           //    if(!notANewNode)
2 26 Feb 07 jari 788           removeSubTreeClusters(this.selectedCluster); //need to remove clusters from the list if they are sub-trees
2 26 Feb 07 jari 789           
2 26 Feb 07 jari 790           if(selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 791               this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 792           
2 26 Feb 07 jari 793           refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 794           
2 26 Feb 07 jari 795           this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 796           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 797           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 798       }
2 26 Feb 07 jari 799       
2 26 Feb 07 jari 800       /**
2 26 Feb 07 jari 801        *  Removes subtree clusters when an enclosing tree
2 26 Feb 07 jari 802        */
2 26 Feb 07 jari 803       private void removeSubTreeClusters(HCLCluster parent){
2 26 Feb 07 jari 804           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 805           if(parent.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 806               //   for(int i = 0; i < this.clusters.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 807               for(int i = this.clusters.size()-1; i >= 0 ; i--){
2 26 Feb 07 jari 808                   cluster = (HCLCluster)clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 809                   if( !parent.equals(cluster) && isSubTree(parent, cluster) ){
2 26 Feb 07 jari 810                       this.removeCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 811                   }
2 26 Feb 07 jari 812               }
2 26 Feb 07 jari 813           }
2 26 Feb 07 jari 814           else {
2 26 Feb 07 jari 815               for(int i = 0; i < this.experimentClusters.size(); i++){
2 26 Feb 07 jari 816                   cluster = (HCLCluster)experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 817                   if( parent != cluster && isSubTree(parent, cluster) )
2 26 Feb 07 jari 818                       this.removeCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 819               }
2 26 Feb 07 jari 820           }
2 26 Feb 07 jari 821       }
2 26 Feb 07 jari 822       
2 26 Feb 07 jari 823       private boolean isSubTree(HCLCluster parent, HCLCluster child){
2 26 Feb 07 jari 824           if( parent.size < child.size )
2 26 Feb 07 jari 825               return false;
2 26 Feb 07 jari 826           if( child.firstElem >= parent.firstElem &&
2 26 Feb 07 jari 827           child.firstElem < parent.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 828               return true;
2 26 Feb 07 jari 829           else
2 26 Feb 07 jari 830               return false;
2 26 Feb 07 jari 831       }
2 26 Feb 07 jari 832       
2 26 Feb 07 jari 833       
2 26 Feb 07 jari 834       /**
2 26 Feb 07 jari 835        * Sets cluster description.
2 26 Feb 07 jari 836        */
2 26 Feb 07 jari 837       public void onSetClusterText() {
2 26 Feb 07 jari 838           HCLCluster cluster = getCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 839           if (cluster == null) {
2 26 Feb 07 jari 840               JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Not a cluster!", "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 841           } else {
2 26 Feb 07 jari 842               String text = JOptionPane.showInputDialog(getFrame(), "Cluster text");
2 26 Feb 07 jari 843               if (text != null && text.length() > 0) {
2 26 Feb 07 jari 844                   cluster.text = text;
2 26 Feb 07 jari 845                   this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 846                   this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 847                   revalidate();
2 26 Feb 07 jari 848               }
2 26 Feb 07 jari 849           }
2 26 Feb 07 jari 850       }
2 26 Feb 07 jari 851       
2 26 Feb 07 jari 852       public void verifyClusterExistence(IData data){
2 26 Feb 07 jari 853           HCLCluster currCluster;
2 26 Feb 07 jari 854           int geneIndex;
2 26 Feb 07 jari 855           boolean [] clusterGone = new boolean[this.clusters.size()];
2 26 Feb 07 jari 856           boolean [] expClusterGone = new boolean[this.experimentClusters.size()];
2 26 Feb 07 jari 857           
2 26 Feb 07 jari 858           for( int i = 0; i < this.clusters.size() ; i++){
2 26 Feb 07 jari 859               currCluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 860               if(currCluster.firstElem == currCluster.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 861                   continue;
2 26 Feb 07 jari 862               geneIndex = experiment.getGeneIndexMappedToData(this.genesOrder[currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 863               if(data.getProbeColor(geneIndex) != currCluster.color){
2 26 Feb 07 jari 864                   clusterGone[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 865               }
2 26 Feb 07 jari 866           }
2 26 Feb 07 jari 867           for(int i = clusterGone.length-1; i >= 0; i--){
2 26 Feb 07 jari 868               if(clusterGone[i]){
2 26 Feb 07 jari 869                   this.genesTree.setNodeColor(((HCLCluster)this.clusters.get(i)).root, null);
2 26 Feb 07 jari 870                   //   this.clusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 871               }
2 26 Feb 07 jari 872           }
2 26 Feb 07 jari 873           int expIndex;
2 26 Feb 07 jari 874           for( int i = 0; i < this.experimentClusters.size() ; i++){
2 26 Feb 07 jari 875               currCluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 876               if(currCluster.firstElem == currCluster.lastElem)
2 26 Feb 07 jari 877                   continue;
2 26 Feb 07 jari 878               if(this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 879                   expIndex = experiment.getSampleIndex(this.sampleClusters[this.clusterIndex][currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 880               else
2 26 Feb 07 jari 881                   expIndex = experiment.getSampleIndex(this.samplesOrder[currCluster.firstElem]);
2 26 Feb 07 jari 882               if(data.getExperimentColor(expIndex) != currCluster.color){
2 26 Feb 07 jari 883                   expClusterGone[i] = true;
2 26 Feb 07 jari 884               }
2 26 Feb 07 jari 885           }
2 26 Feb 07 jari 886           for(int i = expClusterGone.length-1; i >= 0; i--){
2 26 Feb 07 jari 887               if(expClusterGone[i]){
2 26 Feb 07 jari 888                   this.sampleTree.setNodeColor(((HCLCluster)this.experimentClusters.get(i)).root, null);
2 26 Feb 07 jari 889                   //  this.experimentClusters.remove(i);
2 26 Feb 07 jari 890               }
2 26 Feb 07 jari 891           }
2 26 Feb 07 jari 892       }
2 26 Feb 07 jari 893       
2 26 Feb 07 jari 894       private int[] getSubTreeElements() {
2 26 Feb 07 jari 895           return getSubTreeElements(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 896       }
2 26 Feb 07 jari 897       
2 26 Feb 07 jari 898       private int[] getSubTreeElements(HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 899           int size = cluster.lastElem-cluster.firstElem+1;
2 26 Feb 07 jari 900           int[] elements = new int[size];
2 26 Feb 07 jari 901           
2 26 Feb 07 jari 902           //cluster is a cluster of genes
2 26 Feb 07 jari 903           if(cluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 904               for (int i=0; i<size; i++) {
2 26 Feb 07 jari 905                   elements[i] = this.genesOrder[cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 906               }
2 26 Feb 07 jari 907           }
2 26 Feb 07 jari 908           
2 26 Feb 07 jari 909           //cluster is a cluster of experiments
2 26 Feb 07 jari 910           else {
2 26 Feb 07 jari 911               if(!this.isExperimentCluster){  //created by gene clustering algorithm
2 26 Feb 07 jari 912                   for (int i= 0; i< size ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 913                       elements[i] = this.samplesOrder[cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 914                   }
2 26 Feb 07 jari 915               }
2 26 Feb 07 jari 916               else {  //created by experiment clustering algorthm
2 26 Feb 07 jari 917                   for (int i= 0; i< size ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 918                       elements[i] = this.sampleClusters[this.clusterIndex][cluster.firstElem+i];
2 26 Feb 07 jari 919                   }
2 26 Feb 07 jari 920               }
2 26 Feb 07 jari 921           }
2 26 Feb 07 jari 922           return elements;
2 26 Feb 07 jari 923       }
2 26 Feb 07 jari 924       
2 26 Feb 07 jari 925       public void saveGenesOrder(){
2 26 Feb 07 jari 926           try{
2 26 Feb 07 jari 927               ExperimentUtil.saveExperiment(getFrame(), this.experiment, this.data, this.genesOrder);
2 26 Feb 07 jari 928           }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 929               JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save data!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 930               e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 931           }
2 26 Feb 07 jari 932       }
2 26 Feb 07 jari 933       public void saveExperimentOrder(){
2 26 Feb 07 jari 934           try{
2 26 Feb 07 jari 935               if(!this.isExperimentCluster)
2 26 Feb 07 jari 936                   ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, this.samplesOrder);
2 26 Feb 07 jari 937               else{
2 26 Feb 07 jari 938                   int elements[] = new int[this.sampleClusters[this.clusterIndex].length];
2 26 Feb 07 jari 939                   for (int i= 0; i< this.sampleClusters[this.clusterIndex].length ; i++) {
2 26 Feb 07 jari 940                       elements[i] = this.sampleClusters[this.clusterIndex][i];
2 26 Feb 07 jari 941                   }
2 26 Feb 07 jari 942                   ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, elements);
2 26 Feb 07 jari 943               }
2 26 Feb 07 jari 944           }catch (Exception e){
2 26 Feb 07 jari 945               JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save data!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 946               e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 947           }
2 26 Feb 07 jari 948       }
2 26 Feb 07 jari 949       
2 26 Feb 07 jari 950       /**
2 26 Feb 07 jari 951        * Saves cluster.
2 26 Feb 07 jari 952        */
2 26 Feb 07 jari 953       public void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 954           if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 955               return;
2 26 Feb 07 jari 956           try {
2 26 Feb 07 jari 957               if(this.selectedCluster.isGeneCluster)
2 26 Feb 07 jari 958                   ExperimentUtil.saveExperiment(getFrame(), this.experiment, this.data, getSubTreeElements());
2 26 Feb 07 jari 959               else
2 26 Feb 07 jari 960                   ExperimentUtil.saveExperimentCluster(getFrame(), this.experiment, this.data, getSubTreeElements());
2 26 Feb 07 jari 961               
2 26 Feb 07 jari 962           } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 963               JOptionPane.showMessageDialog(getFrame(), "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 964               e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 965           }
2 26 Feb 07 jari 966       }
2 26 Feb 07 jari 967       
2 26 Feb 07 jari 968       /**
2 26 Feb 07 jari 969        * Deletes the selected cluster.
2 26 Feb 07 jari 970        */
2 26 Feb 07 jari 971       public void onDeleteCluster() {
2 26 Feb 07 jari 972           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 973           removeCluster(this.selectedCluster);
2 26 Feb 07 jari 974           
2 26 Feb 07 jari 975           this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 976           if(this.selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 977               this.genesTree.setNodeColor(this.selectedCluster.root, null);
2 26 Feb 07 jari 978               this.data.setProbesColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), null);
2 26 Feb 07 jari 979               this.framework.removeSubCluster(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), this.experiment, Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 980               // restore sub tree colors
2 26 Feb 07 jari 981               for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 982                   cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 983                   this.data.setProbesColor(getArrayMappedToData(getSubTreeElements(cluster)), cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 984                   this.genesTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 985               }
2 26 Feb 07 jari 986           }
2 26 Feb 07 jari 987           else{  //working on sample tree
2 26 Feb 07 jari 988               this.sampleTree.setNodeColor(this.selectedCluster.root, null);
2 26 Feb 07 jari 989               this.data.setExperimentColor(getSubTreeElements(), null);
2 26 Feb 07 jari 990               this.framework.removeSubCluster(getSubTreeElements(), this.experiment, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 991               
2 26 Feb 07 jari 992               // restore sub tree colors
2 26 Feb 07 jari 993               for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 994                   cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 995                   this.data.setExperimentColor(getSubTreeElements(cluster), cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 996                   this.sampleTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 997               }
2 26 Feb 07 jari 998           }
2 26 Feb 07 jari 999           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1000           this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 1001           refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 1002           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1003       }
2 26 Feb 07 jari 1004       
2 26 Feb 07 jari 1005       private void refreshViewer(){
2 26 Feb 07 jari 1006           HCLCluster cluster;
2 26 Feb 07 jari 1007           if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 1008               return;
2 26 Feb 07 jari 1009           
2 26 Feb 07 jari 1010           if(selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 1011               for (int i=0; i<this.clusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1012                   cluster = (HCLCluster)this.clusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1013                   this.genesTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1014                   this.genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1015               }
2 26 Feb 07 jari 1016           }
2 26 Feb 07 jari 1017           else {
2 26 Feb 07 jari 1018               for (int i=0; i<this.experimentClusters.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1019                   cluster = (HCLCluster)this.experimentClusters.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1020                   this.sampleTree.setNodeColor(cluster.root, cluster.color);
2 26 Feb 07 jari 1021                   this.sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1022               }
2 26 Feb 07 jari 1023           }
2 26 Feb 07 jari 1024           
2 26 Feb 07 jari 1025           if(this.isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1026               ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).selectRows(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1027               ((ExperimentClusterViewer)(this.expViewer)).selectColumns(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1028           } else {
2 26 Feb 07 jari 1029               ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).selectRows(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1030               ((ExperimentViewer)(this.expViewer)).selectColumns(-1,-1);
2 26 Feb 07 jari 1031           }
2 26 Feb 07 jari 1032       }
2 26 Feb 07 jari 1033       
2 26 Feb 07 jari 1034       private int [] getArrayMappedToData(int [] clusterIndices){
2 26 Feb 07 jari 1035           if( clusterIndices == null || clusterIndices.length < 1)
2 26 Feb 07 jari 1036               return clusterIndices;
2 26 Feb 07 jari 1037           
2 26 Feb 07 jari 1038           int [] dataIndices = new int [clusterIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 1039           for(int i = 0; i < clusterIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1040               dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(clusterIndices[i]);
2 26 Feb 07 jari 1041           }
2 26 Feb 07 jari 1042           return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 1043       }
2 26 Feb 07 jari 1044       
2 26 Feb 07 jari 1045       
2 26 Feb 07 jari 1046       /**
2 26 Feb 07 jari 1047        *  Created viewers for clusters and places them on the analysis tree
2 26 Feb 07 jari 1048        */
2 26 Feb 07 jari 1049       private void createAndAddClusterViews(HCLTree tree){
2 26 Feb 07 jari 1050           int k = tree.getNumberOfTerminalNodes();
2 26 Feb 07 jari 1051           
2 26 Feb 07 jari 1052           DefaultMutableTreeNode newNode;
2 26 Feb 07 jari 1053           if(tree == this.genesTree)
2 26 Feb 07 jari 1054               newNode = new DefaultMutableTreeNode("Gene Tree Cut: "+String.valueOf(k)+" Clusters");
2 26 Feb 07 jari 1055           else
2 26 Feb 07 jari 1056               newNode = new DefaultMutableTreeNode("Sample Tree Cut: "+String.valueOf(k)+" Clusters");
2 26 Feb 07 jari 1057           
2 26 Feb 07 jari 1058           int [][] clusters = tree.getClusterRowIndices();
2 26 Feb 07 jari 1059           
2 26 Feb 07 jari 1060           if(tree == genesTree){
2 26 Feb 07 jari 1061               for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1062                   for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 1063                       clusters[i][j] = this.genesOrder[clusters[i][j]];
2 26 Feb 07 jari 1064               }
2 26 Feb 07 jari 1065           } else {
2 26 Feb 07 jari 1066               for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1067                   for(int j = 0; j < clusters[i].length; j++)
2 26 Feb 07 jari 1068                       clusters[i][j] = this.samplesOrder[clusters[i][j]];
2 26 Feb 07 jari 1069               }
2 26 Feb 07 jari 1070           }
2 26 Feb 07 jari 1071           
2 26 Feb 07 jari 1072           addExpressionImages(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1073           addCentroidViews(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1074           addClusterTableViews(newNode, clusters, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1075           addClusterInfo(newNode, clusters, tree == this.genesTree, tree.getZeroThreshold());
2 26 Feb 07 jari 1076           addGeneralInfo(newNode, tree.getZeroThreshold(), k, tree == this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1077           this.framework.addNode(this.node, newNode);
2 26 Feb 07 jari 1078       }
2 26 Feb 07 jari 1079       
2 26 Feb 07 jari 1080       private void addClusterTableViews(DefaultMutableTreeNode node, int [][] clusters, boolean geneClusters) {
2 26 Feb 07 jari 1081           DefaultMutableTreeNode tabNode = new DefaultMutableTreeNode("Table Views");   
2 26 Feb 07 jari 1082           IViewer tabViewer;
2 26 Feb 07 jari 1083           if (geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 1084               tabViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1085           else
2 26 Feb 07 jari 1086               tabViewer = new ExperimentClusterTableViewer(this.experiment, clusters, this.data);
2 26 Feb 07 jari 1087               //return; // placeholder for ExptClusterTableViewer
2 26 Feb 07 jari 1088           
2 26 Feb 07 jari 1089           for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1090               tabNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), tabViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1091           }
2 26 Feb 07 jari 1092           node.add(tabNode);        
2 26 Feb 07 jari 1093       }
2 26 Feb 07 jari 1094       
2 26 Feb 07 jari 1095       /**
2 26 Feb 07 jari 1096        *  Adds cluster expression images
2 26 Feb 07 jari 1097        */
2 26 Feb 07 jari 1098       private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode node, int [][] clusters, boolean geneClusters){
2 26 Feb 07 jari 1099           DefaultMutableTreeNode expNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 1100           
2 26 Feb 07 jari 1101           IViewer expViewer;
2 26 Feb 07 jari 1102           if(geneClusters)
2 26 Feb 07 jari 1103               expViewer = new HCLExperimentViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1104           else
2 26 Feb 07 jari 1105               expViewer = new HCLExperimentClusterViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1106           
2 26 Feb 07 jari 1107           for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1108               expNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 1109           }
2 26 Feb 07 jari 1110           node.add(expNode);
2 26 Feb 07 jari 1111       }
2 26 Feb 07 jari 1112       
2 26 Feb 07 jari 1113       
2 26 Feb 07 jari 1114       
2 26 Feb 07 jari 1115       /**
2 26 Feb 07 jari 1116        * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 1117        */
2 26 Feb 07 jari 1118       private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root, int [][] clusters, boolean clusterGenes) {
2 26 Feb 07 jari 1119           DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1120           DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 1121           FloatMatrix data = this.experiment.getMatrix();
2 26 Feb 07 jari 1122           
2 26 Feb 07 jari 1123           if(!clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 1124               data = data.transpose();
2 26 Feb 07 jari 1125           }
2 26 Feb 07 jari 1126           
2 26 Feb 07 jari 1127           FloatMatrix means = getMeans(data, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1128           FloatMatrix variances = getVariances(data, means, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1129           
2 26 Feb 07 jari 1130           HCLCentroidViewer centroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1131           ExperimentClusterCentroidViewer expCentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 1132           if(clusterGenes){
2 26 Feb 07 jari 1133               centroidViewer = new HCLCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1134               centroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1135               centroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1136               for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1137                   centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1138                   expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1139               }
2 26 Feb 07 jari 1140               
2 26 Feb 07 jari 1141               HCLCentroidsViewer centroidsViewer = new HCLCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1142               centroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1143               centroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1144               
2 26 Feb 07 jari 1145               centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1146               expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1147               
2 26 Feb 07 jari 1148           }
2 26 Feb 07 jari 1149           else{
2 26 Feb 07 jari 1150               expCentroidViewer = new HCLExperimentCentroidViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1151               
2 26 Feb 07 jari 1152               expCentroidViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1153               expCentroidViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1154               for (int i=0; i<clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1155                   centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1156                   expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Cluster "+String.valueOf(i+1), expCentroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1157               }
2 26 Feb 07 jari 1158               HCLExperimentCentroidsViewer expCentroidsViewer = new HCLExperimentCentroidsViewer(this.experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 1159               expCentroidsViewer.setMeans(means.A);
2 26 Feb 07 jari 1160               expCentroidsViewer.setVariances(variances.A);
2 26 Feb 07 jari 1161               
2 26 Feb 07 jari 1162               centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1163               expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Clusters", expCentroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 1164           }
2 26 Feb 07 jari 1165           root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 1166           root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 1167       }
2 26 Feb 07 jari 1168       
2 26 Feb 07 jari 1169       /**
2 26 Feb 07 jari 1170        *  Calculates means for the clusters
2 26 Feb 07 jari 1171        */
2 26 Feb 07 jari 1172       private FloatMatrix getMeans(FloatMatrix data, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 1173           FloatMatrix means = new FloatMatrix(clusters.length, data.getColumnDimension());
2 26 Feb 07 jari 1174           for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1175               means.A[i] = getMeans(data, clusters[i]);
2 26 Feb 07 jari 1176           }
2 26 Feb 07 jari 1177           return means;
2 26 Feb 07 jari 1178       }
2 26 Feb 07 jari 1179       
2 26 Feb 07 jari 1180       
2 26 Feb 07 jari 1181       /**
2 26 Feb 07 jari 1182        *  Returns a set of means for an element
2 26 Feb 07 jari 1183        */
2 26 Feb 07 jari 1184       private float [] getMeans(FloatMatrix data, int [] indices){
2 26 Feb 07 jari 1185           int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1186           float [] means = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 1187           float sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1188           float n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1189           float value;
2 26 Feb 07 jari 1190           for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 1191               n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1192               sum = 0;
2 26 Feb 07 jari 1193               for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1194                   value = data.get(indices[j],i);
2 26 Feb 07 jari 1195                   if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 1196                       sum += value;
2 26 Feb 07 jari 1197                       n++;
2 26 Feb 07 jari 1198                   }
2 26 Feb 07 jari 1199               }
2 26 Feb 07 jari 1200               if(n > 0)
2 26 Feb 07 jari 1201                   means[i] = sum/n;
2 26 Feb 07 jari 1202               else
2 26 Feb 07 jari 1203                   means[i] = Float.NaN;
2 26 Feb 07 jari 1204           }
2 26 Feb 07 jari 1205           return means;
2 26 Feb 07 jari 1206       }
2 26 Feb 07 jari 1207       
2 26 Feb 07 jari 1208       /**
2 26 Feb 07 jari 1209        * Returns a matrix of standard deviations grouped by cluster and element
2 26 Feb 07 jari 1210        */
2 26 Feb 07 jari 1211       private FloatMatrix getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [][] clusters){
2 26 Feb 07 jari 1212           int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1213           FloatMatrix variances = new FloatMatrix(clusters.length, nSamples);
2 26 Feb 07 jari 1214           for(int i = 0; i < clusters.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 1215               variances.A[i] = getVariances(data, means, clusters[i], i);
2 26 Feb 07 jari 1216           }
2 26 Feb 07 jari 1217           return variances;
2 26 Feb 07 jari 1218       }
2 26 Feb 07 jari 1219       
2 26 Feb 07 jari 1220       private float [] getVariances(FloatMatrix data, FloatMatrix means, int [] indices, int clusterIndex){
2 26 Feb 07 jari 1221           int nSamples = data.getColumnDimension();
2 26 Feb 07 jari 1222           float [] variances = new float[nSamples];
2 26 Feb 07 jari 1223           float sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 1224           float mean;
2 26 Feb 07 jari 1225           float value;
2 26 Feb 07 jari 1226           int n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1227           for(int i = 0; i < nSamples; i++){
2 26 Feb 07 jari 1228               mean = means.get(clusterIndex, i);
2 26 Feb 07 jari 1229               n = 0;
2 26 Feb 07 jari 1230               sse = 0;
2 26 Feb 07 jari 1231               for(int j = 0; j < indices.length; j++){
2 26 Feb 07 jari 1232                   value = data.get(indices[j], i);
2 26 Feb 07 jari 1233                   if(!Float.isNaN(value)){
2 26 Feb 07 jari 1234                       sse += (float)Math.pow((value - mean),2);
2 26 Feb 07 jari 1235                       n++;
2 26 Feb 07 jari 1236                   }
2 26 Feb 07 jari 1237               }
2 26 Feb 07 jari 1238               if(n > 1)
2 26 Feb 07 jari 1239                   variances[i] = (float)Math.sqrt(sse/(n-1));
2 26 Feb 07 jari 1240               else
2 26 Feb 07 jari 1241                   variances[i] = 0.0f;
2 26 Feb 07 jari 1242           }
2 26 Feb 07 jari 1243           return variances;
2 26 Feb 07 jari 1244       }
2 26 Feb 07 jari 1245       
2 26 Feb 07 jari 1246       /**
2 26 Feb 07 jari 1247        * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 1248        */
2 26 Feb 07 jari 1249       private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root, int [][] clusters, boolean clusterGenes, float zThr) {
2 26 Feb 07 jari 1250           DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 1251           if(clusterGenes)
2 26 Feb 07 jari 1252               node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Genes in Clusters (#,%)", new HCLClusterInfoViewer(clusters, this.experiment.getNumberOfGenes(), zThr))));
2 26 Feb 07 jari 1253           else
2 26 Feb 07 jari 1254               node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Sammples in Clusters (#,%)", new HCLClusterInfoViewer(clusters, this.experiment.getNumberOfSamples(), false, zThr))));
2 26 Feb 07 jari 1255           root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1256       }
2 26 Feb 07 jari 1257       
2 26 Feb 07 jari 1258       /**
2 26 Feb 07 jari 1259        *  Adds node with tree cut parameters
2 26 Feb 07 jari 1260        */
2 26 Feb 07 jari 1261       private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, float zThr, int k,boolean isGeneTree){
2 26 Feb 07 jari 1262           DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Info");
2 26 Feb 07 jari 1263           node.add(new DefaultMutableTreeNode("Cluster Type: "+(isGeneTree ? "Gene Clusters" : "Sample Clusters")));
2 26 Feb 07 jari 1264           node.add(new DefaultMutableTreeNode("Distance Threshold: "+ String.valueOf(zThr)));
2 26 Feb 07 jari 1265           node.add(new DefaultMutableTreeNode("Number of Clusters: "+String.valueOf(k)));
2 26 Feb 07 jari 1266           root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 1267       }
2 26 Feb 07 jari 1268    
2 26 Feb 07 jari 1269       /**
2 26 Feb 07 jari 1270        * Removes all clusters.
2 26 Feb 07 jari 1271        */
2 26 Feb 07 jari 1272       public void onDeleteAllClusters() {
2 26 Feb 07 jari 1273           refreshViewer();
2 26 Feb 07 jari 1274           this.clusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 1275           this.experimentClusters.clear();
2 26 Feb 07 jari 1276           this.colorBar.onClustersChanged(this.clusters);
2 26 Feb 07 jari 1277           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1278           if(this.genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1279               this.genesTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 1280           if(this.sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1281               this.sampleTree.resetNodeColors();
2 26 Feb 07 jari 1282           this.data.deleteColors();
2 26 Feb 07 jari 1283           this.data.deleteExperimentColors();
2 26 Feb 07 jari 1284           this.onDataChanged(data);
2 26 Feb 07 jari 1285           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1286           repaint();
2 26 Feb 07 jari 1287       }
2 26 Feb 07 jari 1288       
2 26 Feb 07 jari 1289       /**
2 26 Feb 07 jari 1290        * Sets genes tree properties.
2 26 Feb 07 jari 1291        */
2 26 Feb 07 jari 1292       public void onGeneTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 1293           setTreeProperties(this.genesTree);
2 26 Feb 07 jari 1294           this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1295           this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 1296           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1297       }
2 26 Feb 07 jari 1298       
2 26 Feb 07 jari 1299       /**
2 26 Feb 07 jari 1300        * Sets samples tree properties.
2 26 Feb 07 jari 1301        */
2 26 Feb 07 jari 1302       public void onSampleTreeProperties() {
2 26 Feb 07 jari 1303           setTreeProperties(this.sampleTree);
2 26 Feb 07 jari 1304           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1305       }
2 26 Feb 07 jari 1306       
2 26 Feb 07 jari 1307       private void setTreeProperties(HCLTree tree) {
2 26 Feb 07 jari 1308           Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 1309           TEASEConfigDialog dialog = new TEASEConfigDialog(frame, this, tree.getZeroThreshold(), 
2 26 Feb 07 jari 1310               tree.getMinDistance(), tree.getMaxDistance(), tree.getMinNodeDistance(), tree.getMaxNodeDistance());
2 26 Feb 07 jari 1311           dialog.setTree(tree);
2 26 Feb 07 jari 1312           if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1313               tree.setProperties(dialog.getZeroThreshold(), dialog.getMinDistance(), dialog.getMaxDistance());
2 26 Feb 07 jari 1314               if(dialog.isCreateClusterViews())
2 26 Feb 07 jari 1315                   createAndAddClusterViews(tree);
2 26 Feb 07 jari 1316           }
2 26 Feb 07 jari 1317       }
2 26 Feb 07 jari 1318       
2 26 Feb 07 jari 1319       private void getAndSetScoreBoundary() {
2 26 Feb 07 jari 1320         TEASEInfoBox dot = (TEASEInfoBox)this.dots.get(0);
2 26 Feb 07 jari 1321         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(this);
2 26 Feb 07 jari 1322         ScoreBoundaryDialog dialog  = new ScoreBoundaryDialog(frame, dot.getUpperBound(), dot.getLowerBound());
2 26 Feb 07 jari 1323         
2 26 Feb 07 jari 1324         if (dialog.showModal() == JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 1325           for (int i = 0; i < this.dots.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1326             TEASEInfoBox box = (TEASEInfoBox)this.dots.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1327             box.setColorBoundary(Double.valueOf(dialog.getUpperBound()).doubleValue(), Double.valueOf(dialog.getLowerBound()).doubleValue());
2 26 Feb 07 jari 1328           }  
2 26 Feb 07 jari 1329           repaint();
2 26 Feb 07 jari 1330         }
2 26 Feb 07 jari 1331       }
2 26 Feb 07 jari 1332       /**
2 26 Feb 07 jari 1333        * Sets the specified cluster as selected.
2 26 Feb 07 jari 1334        */
2 26 Feb 07 jari 1335       public void valueChanged(HCLTree source, HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 1336           setSelectedCluster(cluster);
2 26 Feb 07 jari 1337       }
2 26 Feb 07 jari 1338       
2 26 Feb 07 jari 1339       /**
2 26 Feb 07 jari 1340        * Revalidates viewer components
2 26 Feb 07 jari 1341        */
2 26 Feb 07 jari 1342       public void revalidateViewer(){
2 26 Feb 07 jari 1343           if(this.genesTree != null){
2 26 Feb 07 jari 1344               this.header.updateSize(getCommonWidth(), this.elementSize.width);
2 26 Feb 07 jari 1345               this.header.setHeaderPosition(this.genesTree.getWidth());
2 26 Feb 07 jari 1346           }
2 26 Feb 07 jari 1347           revalidate();
2 26 Feb 07 jari 1348       }
2 26 Feb 07 jari 1349       
2 26 Feb 07 jari 1350       /**
2 26 Feb 07 jari 1351        * Launches a new <code>MultipleExperimentViewer</code> containing the current cluster
2 26 Feb 07 jari 1352        */
2 26 Feb 07 jari 1353       public void launchNewSession(){
2 26 Feb 07 jari 1354           if(this.selectedCluster == null)
2 26 Feb 07 jari 1355               return;
2 26 Feb 07 jari 1356           if(this.selectedCluster.isGeneCluster){
2 26 Feb 07 jari 1357               framework.launchNewMAV(getArrayMappedToData(getSubTreeElements()), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1358           } else {
2 26 Feb 07 jari 1359               framework.launchNewMAV(getSubTreeElements(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 1360           }
2 26 Feb 07 jari 1361       }
2 26 Feb 07 jari 1362       
2 26 Feb 07 jari 1363       /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 1364        */
2 26 Feb 07 jari 1365       public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 1366           return null;
2 26 Feb 07 jari 1367       }
2 26 Feb 07 jari 1368       
2 26 Feb 07 jari 1369       /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 1370        * posibly null
2 26 Feb 07 jari 1371        */
2 26 Feb 07 jari 1372       public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1373           return null;
2 26 Feb 07 jari 1374       }
2 26 Feb 07 jari 1375       
2 26 Feb 07 jari 1376       public int[][] getClusters() {       
2 26 Feb 07 jari 1377           int [][] leafClusters = new int[2][];
2 26 Feb 07 jari 1378           if(this.genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1379               leafClusters[0] = this.genesOrder;
2 26 Feb 07 jari 1380           else
2 26 Feb 07 jari 1381               leafClusters[0] = null;
2 26 Feb 07 jari 1382           if(this.sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1383               leafClusters[1] = this.samplesOrder;
2 26 Feb 07 jari 1384           else
2 26 Feb 07 jari 1385               leafClusters[1] = null;
2 26 Feb 07 jari 1386               return leafClusters;
2 26 Feb 07 jari 1387       }    
2 26 Feb 07 jari 1388       
2 26 Feb 07 jari 1389       public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1390           return this.experiment;
2 26 Feb 07 jari 1391       }
2 26 Feb 07 jari 1392       
2 26 Feb 07 jari 1393       /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1394        * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1395        */
2 26 Feb 07 jari 1396       public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1397           return -1;
2 26 Feb 07 jari 1398       }
2 26 Feb 07 jari 1399       
2 26 Feb 07 jari 1400     /**  Prototyping code for saving state as XML
2 26 Feb 07 jari 1401      *
2 26 Feb 07 jari 1402       public void writeXML(XMLEncoder enc) {
2 26 Feb 07 jari 1403           enc.setPersistenceDelegate(HCLViewer.class,
2 26 Feb 07 jari 1404           new DefaultPersistenceDelegate( new String[]{
2 26 Feb 07 jari 1405               "experiment", "features", "genes_result", "samples_result", "node"}));
2 26 Feb 07 jari 1406               
2 26 Feb 07 jari 1407               enc.writeObject( new HCLViewer(experiment, features, genes_result, samples_result, node) );
2 26 Feb 07 jari 1408               
2 26 Feb 07 jari 1409       }
2 26 Feb 07 jari 1410      */
2 26 Feb 07 jari 1411       
2 26 Feb 07 jari 1412       //*************************************inner class**********************************//
2 26 Feb 07 jari 1413       
2 26 Feb 07 jari 1414       /**
2 26 Feb 07 jari 1415        * The class to listen to mouse, action and hcl tree events.
2 26 Feb 07 jari 1416        */
2 26 Feb 07 jari 1417       private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, HCLTreeListener, java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 1418           
2 26 Feb 07 jari 1419           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1420               String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1421               if(command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1422                   onSetCluster();
2 26 Feb 07 jari 1423               } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1424                   launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 1425               } if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1426                   onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 1427               } else if (command.equals(DELETE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1428                   onDeleteCluster();
2 26 Feb 07 jari 1429               } else if (command.equals(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1430                   onDeleteAllClusters();
2 26 Feb 07 jari 1431               } else if (command.equals(GENE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1432                   onGeneTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 1433               } else if (command.equals(CHANGE_SCORE_BOUNDARY)) {
2 26 Feb 07 jari 1434                 getAndSetScoreBoundary();
2 26 Feb 07 jari 1435               } else if (command.equals(SAMPLE_TREE_PROPERTIES_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1436                   onSampleTreeProperties();
2 26 Feb 07 jari 1437                 } else if (command.equals(SAVE_GENE_ORDER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1438                   saveGenesOrder();
2 26 Feb 07 jari 1439               } else if (command.equals(SAVE_GENE_HEIGHT_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1440                   genesTree.saveGeneNodeHeights();
2 26 Feb 07 jari 1441               } else if (command.equals(SAVE_EXP_ORDER_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1442                   saveExperimentOrder();
2 26 Feb 07 jari 1443               } else if (command.equals(SAVE_EXP_HEIGHT_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 1444                   sampleTree.saveExperimentNodeHeights();
2 26 Feb 07 jari 1445               } else if (command.equals(SAVE_GENE_NEWICK_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1446                   genesTree.saveAsNewickFile();
2 26 Feb 07 jari 1447               } 
2 26 Feb 07 jari 1448 //                else if (command.equals(SAVE_SAMPLE_NEWICK_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1449 //                  sampleTree.saveAsNewickFile();                
2 26 Feb 07 jari 1450 //              }
2 26 Feb 07 jari 1451           }
2 26 Feb 07 jari 1452           
2 26 Feb 07 jari 1453           public void valueChanged(HCLTree source, HCLCluster cluster) {
2 26 Feb 07 jari 1454               if(source == sampleTree)
2 26 Feb 07 jari 1455                   cluster.isGeneCluster = false;
2 26 Feb 07 jari 1456               TEASEViewer.this.valueChanged(source, cluster);
2 26 Feb 07 jari 1457           }
2 26 Feb 07 jari 1458           
2 26 Feb 07 jari 1459           public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1460               maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 1461 //              if (!isHCLOnly) {
2 26 Feb 07 jari 1462 //                maybeDisplay(event);
2 26 Feb 07 jari 1463 //              }
2 26 Feb 07 jari 1464           }
2 26 Feb 07 jari 1465           
2 26 Feb 07 jari 1466           public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1467               maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 1468               if (SwingUtilities.isRightMouseButton(event)) {
2 26 Feb 07 jari 1469                   return;
2 26 Feb 07 jari 1470               }
2 26 Feb 07 jari 1471               deselect(event);
2 26 Feb 07 jari 1472           }
2 26 Feb 07 jari 1473           
2 26 Feb 07 jari 1474           private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1475               if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1476                   return;
2 26 Feb 07 jari 1477               }
2 26 Feb 07 jari 1478               int node = TEASEViewer.this.selectedCluster == null ? -1 : TEASEViewer.this.selectedCluster.root;
2 26 Feb 07 jari 1479               setEnableMenuItem(STORE_CLUSTER_CMD, node >= 0);
2 26 Feb 07 jari 1480               setEnableMenuItem(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD, node >= 0);
2 26 Feb 07 jari 1481               //    setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_TEXT_CMD, doesClusterExist() && node != -1 && HCLViewer.this.selectedCluster.isGeneCluster);
2 26 Feb 07 jari 1482               setEnableMenuItem(DELETE_CLUSTER_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 1483               setEnableMenuItem(DELETE_ALL_CLUSTERS_CMD, doesClusterExist());
2 26 Feb 07 jari 1484               setEnableMenuItem(SAVE_CLUSTER_CMD, TEASEViewer.this.selectedCluster != null && 
2 26 Feb 07 jari 1485                   TEASEViewer.this.selectedCluster.root != -1);
2 26 Feb 07 jari 1486               
2 26 Feb 07 jari 1487               popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1488           }
2 26 Feb 07 jari 1489           
2 26 Feb 07 jari 1490 //          public void maybeDisplay(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1491 //            glassPane.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 1492 //            int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 1493 //            int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 1494 //          //System.out.println("mouse released, x = " + x + " y = "+y);
2 26 Feb 07 jari 1495 //            for (int i = 0; i < dots.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 1496 //            TEASEInfoBox dot = (TEASEInfoBox)dots.get(i);
2 26 Feb 07 jari 1497 //            if (y < (dot.y+10) && y > (dot.y-10) &&
2 26 Feb 07 jari 1498 //                x < (dot.x+10) && x > (dot.x-10)) {
2 26 Feb 07 jari 1499 //              //System.out.println("supposed to prnit something now");
2 26 Feb 07 jari 1500 //              glassPane.setDotInDisplay(dot);    //set the dot info to display in the glasspane
2 26 Feb 07 jari 1501 //              glassPane.setDisplayText(dot.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 1502 //              glassPane.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1503 //            }
2 26 Feb 07 jari 1504 //            }
2 26 Feb 07 jari 1505 //          }
2 26 Feb 07 jari 1506           
2 26 Feb 07 jari 1507           
2 26 Feb 07 jari 1508           
2 26 Feb 07 jari 1509           private void deselect(MouseEvent e){
2 26 Feb 07 jari 1510               Object source = e.getSource();
2 26 Feb 07 jari 1511               
2 26 Feb 07 jari 1512               if(source instanceof HCLTree){  //in a tree don't deselect
2 26 Feb 07 jari 1513                   if(source == genesTree) { //if colloring rows (genes)
2 26 Feb 07 jari 1514                       
2 26 Feb 07 jari 1515                       if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1516                           ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1517                       }
2 26 Feb 07 jari 1518                       else{
2 26 Feb 07 jari 1519                           ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1520                       }
2 26 Feb 07 jari 1521                       if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1522                           sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1523                   }
2 26 Feb 07 jari 1524                   else{  // coloring columns (experiment)
2 26 Feb 07 jari 1525                       
2 26 Feb 07 jari 1526                       if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1527                           ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1528                       }
2 26 Feb 07 jari 1529                       else{
2 26 Feb 07 jari 1530                           ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1531                       }
2 26 Feb 07 jari 1532                       if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1533                           genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1534                   }
2 26 Feb 07 jari 1535                   repaint();
2 26 Feb 07 jari 1536                   return;
2 26 Feb 07 jari 1537               }
2 26 Feb 07 jari 1538               
2 26 Feb 07 jari 1539               int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 1540               int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 1541               
2 26 Feb 07 jari 1542               //now know we are not on a tree
2 26 Feb 07 jari 1543               if(!(source instanceof TEASEViewer) && (source != expViewer)){
2 26 Feb 07 jari 1544                   deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1545                   repaint();
2 26 Feb 07 jari 1546               }
2 26 Feb 07 jari 1547               //know we are in the HCLViewer but not in the tree areas but above matrix
2 26 Feb 07 jari 1548               else if(source instanceof TEASEViewer && sampleTree != null && y < sampleTree.getHeight()){
2 26 Feb 07 jari 1549                   deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1550                   repaint();
2 26 Feb 07 jari 1551               }
2 26 Feb 07 jari 1552               else if(source == expViewer){
2 26 Feb 07 jari 1553                   int numSamples = numberOfSamples;
2 26 Feb 07 jari 1554                   if(source instanceof ExperimentClusterViewer)
2 26 Feb 07 jari 1555                       numSamples = ((ExperimentClusterViewer)expViewer).getCurrentNumberOfExperiments();
2 26 Feb 07 jari 1556                   if(x > elementSize.width * numSamples + offset || x < offset){
2 26 Feb 07 jari 1557                       deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1558                       repaint();
2 26 Feb 07 jari 1559                   }
2 26 Feb 07 jari 1560               }
2 26 Feb 07 jari 1561               else if(((source == expViewer) || (source instanceof ExperimentClusterViewer)) && x < offset){
2 26 Feb 07 jari 1562                   deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1563                   repaint();
2 26 Feb 07 jari 1564               }
2 26 Feb 07 jari 1565           }
2 26 Feb 07 jari 1566           
2 26 Feb 07 jari 1567           
2 26 Feb 07 jari 1568           private void deselectAllNodes(){
2 26 Feb 07 jari 1569               if(genesTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1570                   genesTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1571               if(sampleTree != null)
2 26 Feb 07 jari 1572                   sampleTree.deselectAllNodes();
2 26 Feb 07 jari 1573               if(isExperimentCluster){
2 26 Feb 07 jari 1574                   ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1575                   ((ExperimentClusterViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1576               }
2 26 Feb 07 jari 1577               else{
2 26 Feb 07 jari 1578                   ((ExperimentViewer)expViewer).selectRows(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1579                   ((ExperimentViewer)expViewer).selectColumns(-1, -1);
2 26 Feb 07 jari 1580               }
2 26 Feb 07 jari 1581           }
2 26 Feb 07 jari 1582           
2 26 Feb 07 jari 1583       }
2 26 Feb 07 jari 1584       
2 26 Feb 07 jari 1585       
2 26 Feb 07 jari 1586       private class MotionListener extends MouseMotionAdapter{
2 26 Feb 07 jari 1587         public void mouseMoved(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1588           int x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 1589           int y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 1590
2 26 Feb 07 jari 1591           if (!setInfoText(x,y))
2 26 Feb 07 jari 1592             genesTree.setToolTipText(null);
2 26 Feb 07 jari 1593 //          if (glassPane.dot != null) {
2 26 Feb 07 jari 1594 //            //give it some cushion
2 26 Feb 07 jari 1595 //            if (y > (glassPane.dot.y+5) || y < (glassPane.dot.y-5) ||
2 26 Feb 07 jari 1596 //                x > (glassPane.dot.x+5) || x < (glassPane.dot.x-5))
2 26 Feb 07 jari 1597 //              glassPane.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 1598 //          }
2 26 Feb 07 jari 1599         }
2 26 Feb 07 jari 1600       }
2 26 Feb 07 jari 1601
2 26 Feb 07 jari 1602
2 26 Feb 07 jari 1603     /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1604      * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 1605      */
2 26 Feb 07 jari 1606     public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1607       return 0;//this.exptID;
2 26 Feb 07 jari 1608     }
2 26 Feb 07 jari 1609
2 26 Feb 07 jari 1610     /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1611      * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1612      */
2 26 Feb 07 jari 1613     public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1614       //this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 1615       
2 26 Feb 07 jari 1616     }
2 26 Feb 07 jari 1617
2 26 Feb 07 jari 1618       
2 26 Feb 07 jari 1619     /**
2 26 Feb 07 jari 1620      * 
2 26 Feb 07 jari 1621      */
2 26 Feb 07 jari 1622       public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 1623         this.experiment = e;
2 26 Feb 07 jari 1624         //this.exptID = e.getId();
2 26 Feb 07 jari 1625         
2 26 Feb 07 jari 1626       }
2 26 Feb 07 jari 1627
2 26 Feb 07 jari 1628
2 26 Feb 07 jari 1629       
2 26 Feb 07 jari 1630 //      /**
2 26 Feb 07 jari 1631 //       * We have to provide our own glass pane so that it can paint.
2 26 Feb 07 jari 1632 //       */
2 26 Feb 07 jari 1633 //      public class MyGlassPane extends JComponent {
2 26 Feb 07 jari 1634 //          Point point;
2 26 Feb 07 jari 1635 //          TEASEInfoBox dot;
2 26 Feb 07 jari 1636 //          String[][] matrix;
2 26 Feb 07 jari 1637 //
2 26 Feb 07 jari 1638 //          protected void paintComponent(Graphics g) {
2 26 Feb 07 jari 1639 //              if (point != null) {
2 26 Feb 07 jari 1640 //                g.setColor(new Color(240, 240, 160));
2 26 Feb 07 jari 1641 //                g.fill3DRect(point.x+10, point.y+10, 600, 90, true);
2 26 Feb 07 jari 1642 //                  g.setColor(Color.black);
2 26 Feb 07 jari 1643 //                  g.drawRect(point.x+10, point.y+10, 600, 90);
2 26 Feb 07 jari 1644 //                  
2 26 Feb 07 jari 1645 //              for (int i = 0; i < TEASEInfoBox.displayLimit; i++) {
2 26 Feb 07 jari 1646 //                String text = "";
2 26 Feb 07 jari 1647 //                for (int j = 1; j < 4; j++) {
2 26 Feb 07 jari 1648 //                  text += matrix[i][j] + "   ";
2 26 Feb 07 jari 1649 //                }
2 26 Feb 07 jari 1650 //                //text += matrix[i][matrix[i].length-1];
2 26 Feb 07 jari 1651 //                g.drawString(text, point.x+15, point.y+30+i*15);
2 26 Feb 07 jari 1652 //                if (matrix[i].length == 9)
2 26 Feb 07 jari 1653 //                  g.drawString(matrix[i][matrix[i].length-1], point.x+545, point.y+30+i*15);
2 26 Feb 07 jari 1654 //                else 
2 26 Feb 07 jari 1655 //                  g.drawString(matrix[i][4] + "   "+ matrix[i][5], point.x+545, point.y+30+i*15);
2 26 Feb 07 jari 1656 //              }
2 26 Feb 07 jari 1657 //              }
2 26 Feb 07 jari 1658 //          }
2 26 Feb 07 jari 1659 //          
2 26 Feb 07 jari 1660 //          public void setDisplayText(String[][] matrix) {
2 26 Feb 07 jari 1661 //            this.matrix = matrix;
2 26 Feb 07 jari 1662 //          }
2 26 Feb 07 jari 1663 //
2 26 Feb 07 jari 1664 //          public void setPoint(Point p) {
2 26 Feb 07 jari 1665 //              this.point = p;
2 26 Feb 07 jari 1666 //          }
2 26 Feb 07 jari 1667 //          
2 26 Feb 07 jari 1668 //          public void setDotInDisplay(TEASEInfoBox dot) {
2 26 Feb 07 jari 1669 //            this.dot = dot;
2 26 Feb 07 jari 1670 //          }
2 26 Feb 07 jari 1671 //
2 26 Feb 07 jari 1672 //          public MyGlassPane(Container contentPane) {
2 26 Feb 07 jari 1673 //              CBListener listener = new CBListener(this, contentPane);
2 26 Feb 07 jari 1674 //              addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1675 //              addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 1676 //          }
2 26 Feb 07 jari 1677 //      }
2 26 Feb 07 jari 1678 //
2 26 Feb 07 jari 1679 //      /**
2 26 Feb 07 jari 1680 //       * Listen for all events 
2 26 Feb 07 jari 1681 //       */
2 26 Feb 07 jari 1682 //      class CBListener extends MouseInputAdapter {
2 26 Feb 07 jari 1683 //          java.awt.Toolkit toolkit;
2 26 Feb 07 jari 1684 //          MyGlassPane glassPane;
2 26 Feb 07 jari 1685 //          Container contentPane;
2 26 Feb 07 jari 1686 //
2 26 Feb 07 jari 1687 //          public CBListener(MyGlassPane glassPane, Container contentPane) {
2 26 Feb 07 jari 1688 //            this.glassPane = glassPane;
2 26 Feb 07 jari 1689 //            this.contentPane = contentPane;
2 26 Feb 07 jari 1690 //              toolkit = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit();
2 26 Feb 07 jari 1691 //          }
2 26 Feb 07 jari 1692 //
2 26 Feb 07 jari 1693 //          public void mouseMoved(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1694 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1695 //          }
2 26 Feb 07 jari 1696 //
2 26 Feb 07 jari 1697 //          public void mouseDragged(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1698 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1699 //          }
2 26 Feb 07 jari 1700 //
2 26 Feb 07 jari 1701 //          public void mouseClicked(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1702 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1703 //          }
2 26 Feb 07 jari 1704 //
2 26 Feb 07 jari 1705 //          public void mouseEntered(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1706 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1707 //          }
2 26 Feb 07 jari 1708 //
2 26 Feb 07 jari 1709 //          public void mouseExited(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1710 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1711 //          }
2 26 Feb 07 jari 1712 //
2 26 Feb 07 jari 1713 //          public void mousePressed(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1714 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1715 //          }
2 26 Feb 07 jari 1716 //
2 26 Feb 07 jari 1717 //          public void mouseReleased(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1718 //              redispatchMouseEvent(e, true);
2 26 Feb 07 jari 1719 //          }
2 26 Feb 07 jari 1720 //
2 26 Feb 07 jari 1721 //          //A more finished version of this method would
2 26 Feb 07 jari 1722 //          //handle mouse-dragged events specially.
2 26 Feb 07 jari 1723 //          private void redispatchMouseEvent(MouseEvent e,
2 26 Feb 07 jari 1724 //                                            boolean repaint) {
2 26 Feb 07 jari 1725 //              Point glassPanePoint = e.getPoint();
2 26 Feb 07 jari 1726 //              Container container = contentPane;
2 26 Feb 07 jari 1727 //              Point containerPoint = SwingUtilities.convertPoint(
2 26 Feb 07 jari 1728 //                                              glassPane,
2 26 Feb 07 jari 1729 //                                              glassPanePoint,
2 26 Feb 07 jari 1730 //                        contentPane);
2 26 Feb 07 jari 1731 //
2 26 Feb 07 jari 1732 //                  //The mouse event is probably over the content pane.
2 26 Feb 07 jari 1733 //                  //Find out exactly which component it's over.  
2 26 Feb 07 jari 1734 //                  Component component = 
2 26 Feb 07 jari 1735 //                      SwingUtilities.getDeepestComponentAt(
2 26 Feb 07 jari 1736 //                                              container,
2 26 Feb 07 jari 1737 //                                              containerPoint.x,
2 26 Feb 07 jari 1738 //                                              containerPoint.y);
2 26 Feb 07 jari 1739 //                                  
2 26 Feb 07 jari 1740 //                  if (component != null) {
2 26 Feb 07 jari 1741 //                      //Forward events over the check box.
2 26 Feb 07 jari 1742 //                      Point componentPoint = SwingUtilities.convertPoint(
2 26 Feb 07 jari 1743 //                                                  glassPane,
2 26 Feb 07 jari 1744 //                                                  glassPanePoint,
2 26 Feb 07 jari 1745 //                                                  component);
2 26 Feb 07 jari 1746 //                      component.dispatchEvent(new MouseEvent(component,
2 26 Feb 07 jari 1747 //                                                           e.getID(),
2 26 Feb 07 jari 1748 //                                                           e.getWhen(),
2 26 Feb 07 jari 1749 //                                                           e.getModifiers(),
2 26 Feb 07 jari 1750 //                                                           componentPoint.x,
2 26 Feb 07 jari 1751 //                                                           componentPoint.y,
2 26 Feb 07 jari 1752 //                                                           e.getClickCount(),
2 26 Feb 07 jari 1753 //                                                           e.isPopupTrigger()));
2 26 Feb 07 jari 1754 //                  }
2 26 Feb 07 jari 1755 //              
2 26 Feb 07 jari 1756 //              //Update the glass pane if requested.
2 26 Feb 07 jari 1757 //              if (repaint) {
2 26 Feb 07 jari 1758 //                  glassPane.setPoint(glassPanePoint);
2 26 Feb 07 jari 1759 //                  //System.out.println("repaint glass pane");
2 26 Feb 07 jari 1760 //                  glassPane.repaint();
2 26 Feb 07 jari 1761 //              }
2 26 Feb 07 jari 1762 //          }
2 26 Feb 07 jari 1763 //      }
2 26 Feb 07 jari 1764
2 26 Feb 07 jari 1765 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:04 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)