mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/terrain/TerrainViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2004, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: TerrainViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.11 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/05/02 16:57:36 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.terrain;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.BorderLayout;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Component;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.Font;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.GraphicsConfiguration;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Point;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.KeyEvent;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.KeyListener;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 27 import java.awt.event.MouseMotionListener;
2 26 Feb 07 jari 28 import java.awt.image.BufferedImage;
2 26 Feb 07 jari 29 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 30 import java.util.ArrayList;
2 26 Feb 07 jari 31
2 26 Feb 07 jari 32 import javax.media.j3d.AmbientLight;
2 26 Feb 07 jari 33 import javax.media.j3d.Appearance;
2 26 Feb 07 jari 34 import javax.media.j3d.Background;
2 26 Feb 07 jari 35 import javax.media.j3d.Behavior;
2 26 Feb 07 jari 36 import javax.media.j3d.Billboard;
2 26 Feb 07 jari 37 import javax.media.j3d.BoundingLeaf;
2 26 Feb 07 jari 38 import javax.media.j3d.BoundingSphere;
2 26 Feb 07 jari 39 import javax.media.j3d.Bounds;
2 26 Feb 07 jari 40 import javax.media.j3d.BranchGroup;
2 26 Feb 07 jari 41 import javax.media.j3d.Canvas3D;
2 26 Feb 07 jari 42 import javax.media.j3d.ColoringAttributes;
2 26 Feb 07 jari 43 import javax.media.j3d.DirectionalLight;
2 26 Feb 07 jari 44 import javax.media.j3d.Geometry;
2 26 Feb 07 jari 45 import javax.media.j3d.GeometryArray;
2 26 Feb 07 jari 46 import javax.media.j3d.Group;
2 26 Feb 07 jari 47 import javax.media.j3d.ImageComponent;
2 26 Feb 07 jari 48 import javax.media.j3d.ImageComponent2D;
2 26 Feb 07 jari 49 import javax.media.j3d.Light;
2 26 Feb 07 jari 50 import javax.media.j3d.Node;
2 26 Feb 07 jari 51 import javax.media.j3d.PickCone;
2 26 Feb 07 jari 52 import javax.media.j3d.PointLight;
2 26 Feb 07 jari 53 import javax.media.j3d.PolygonAttributes;
2 26 Feb 07 jari 54 import javax.media.j3d.Screen3D;
2 26 Feb 07 jari 55 import javax.media.j3d.Shape3D;
2 26 Feb 07 jari 56 import javax.media.j3d.Transform3D;
2 26 Feb 07 jari 57 import javax.media.j3d.TransformGroup;
2 26 Feb 07 jari 58 import javax.swing.ButtonGroup;
2 26 Feb 07 jari 59 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 60 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 61 import javax.swing.JMenu;
2 26 Feb 07 jari 62 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 63 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 64 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 65 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 66 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 67 import javax.swing.JToolTip;
2 26 Feb 07 jari 68 import javax.swing.JWindow;
2 26 Feb 07 jari 69 import javax.swing.SwingUtilities;
2 26 Feb 07 jari 70 import javax.swing.Timer;
2 26 Feb 07 jari 71 import javax.swing.undo.AbstractUndoableEdit;
2 26 Feb 07 jari 72 import javax.swing.undo.CannotRedoException;
2 26 Feb 07 jari 73 import javax.swing.undo.CannotUndoException;
2 26 Feb 07 jari 74 import javax.swing.undo.UndoManager;
2 26 Feb 07 jari 75 import javax.vecmath.Color3f;
2 26 Feb 07 jari 76 import javax.vecmath.Point2f;
2 26 Feb 07 jari 77 import javax.vecmath.Point3d;
2 26 Feb 07 jari 78 import javax.vecmath.Point3f;
2 26 Feb 07 jari 79 import javax.vecmath.Vector3d;
2 26 Feb 07 jari 80 import javax.vecmath.Vector3f;
2 26 Feb 07 jari 81
2 26 Feb 07 jari 82 import org.tigr.microarray.mev.cluster.clusterUtil.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 83 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 84 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 85 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDisplayMenu;
2 26 Feb 07 jari 86 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 87 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 88 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.ListDialog;
2 26 Feb 07 jari 89 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.util.IntArray;
2 26 Feb 07 jari 90
2 26 Feb 07 jari 91 import com.sun.j3d.utils.geometry.Sphere;
2 26 Feb 07 jari 92 import com.sun.j3d.utils.geometry.Text2D;
2 26 Feb 07 jari 93 import com.sun.j3d.utils.picking.PickCanvas;
2 26 Feb 07 jari 94 import com.sun.j3d.utils.picking.PickIntersection;
2 26 Feb 07 jari 95 import com.sun.j3d.utils.picking.PickResult;
2 26 Feb 07 jari 96 import com.sun.j3d.utils.universe.PlatformGeometry;
2 26 Feb 07 jari 97 import com.sun.j3d.utils.universe.SimpleUniverse;
2 26 Feb 07 jari 98
2 26 Feb 07 jari 99 public class TerrainViewer extends JPanel implements IViewer {
2 26 Feb 07 jari 100
2 26 Feb 07 jari 101
2 26 Feb 07 jari 102     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 103     private IFramework framework;
2 26 Feb 07 jari 104     private int labelIndex = -1;
2 26 Feb 07 jari 105
2 26 Feb 07 jari 106     private boolean isGenes = true;
2 26 Feb 07 jari 107     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 108     private float[][] weights;
2 26 Feb 07 jari 109     private float[][] locations;
2 26 Feb 07 jari 110     private float sigma;
2 26 Feb 07 jari 111     private int grid_size = 65;
2 26 Feb 07 jari 112     private boolean isBillboard = false;
2 26 Feb 07 jari 113
2 26 Feb 07 jari 114     private final Color3f BLACK_COLOR = new Color3f(0f, 0f, 0f);
2 26 Feb 07 jari 115     private final Color3f WHITE_COLOR = new Color3f(1f, 1f, 1f);
2 26 Feb 07 jari 116     private static final BoundingSphere BILLBOARD_BOUNDS = new BoundingSphere(new Point3d(), 100d);
2 26 Feb 07 jari 117     private static final Point3f BILLBOARD_P3F = new Point3f(-0.008f, 0.0008f, 0);
2 26 Feb 07 jari 118
2 26 Feb 07 jari 119     // menu commands
2 26 Feb 07 jari 120     private static final String FILL_POLYGON_CMD  = "fill-polygone-cmd";
2 26 Feb 07 jari 121     private static final String ZOOM_IN_CMD       = "zoom-in-cmd";
2 26 Feb 07 jari 122     private static final String UNDO_CMD          = "undo-cmd";
2 26 Feb 07 jari 123     private static final String SHOW_ALL_CMD      = "show-all-cmd";
2 26 Feb 07 jari 124     private static final String POINTS_SHAPE_CMD  = "points-shape-cmd";
2 26 Feb 07 jari 125     private static final String CUBES_SHAPE_CMD   = "cubes-shape-cmd";
2 26 Feb 07 jari 126     private static final String SPHERES_SHAPE_CMD = "spheres-shape-cmd";
2 26 Feb 07 jari 127     private static final String GRID_SIZE_CMD     = "grid-size-cmd";
2 26 Feb 07 jari 128     private static final String SHOW_ELEMENTS_CMD = "show-elements-cmd";
2 26 Feb 07 jari 129     private static final String DESELECT_CMD      = "deselect-cmd";
2 26 Feb 07 jari 130     private static final String SHOW_CONTROLS_CMD = "show-controls-cmd";
2 26 Feb 07 jari 131     private static final String DRIFT_DIALOG_CMD  = "drift-dialog-cmd";
2 26 Feb 07 jari 132     private static final String LAUNCH_SESSION_CMD = "launch-session-cmd";
2 26 Feb 07 jari 133     private static final String SET_CLUSTER_CMD   = "set-cluster-cmd";
2 26 Feb 07 jari 134     private static final String SHOW_LINKS_CMD    = "show-links-cmd";
2 26 Feb 07 jari 135     private static final String LINKS_THRESHOLD_CMD  = "links-threshold-cmd";
2 26 Feb 07 jari 136     private static final String LINKS_WIDTH_CMD   = "links-width-cmd";
2 26 Feb 07 jari 137     private static final String HIDE_LABELS_CMD   = "hide-labels-cmd";
2 26 Feb 07 jari 138     private static final String USE_BILLBOARD_CMD = "use-billboard-cmd";
2 26 Feb 07 jari 139     static {
2 26 Feb 07 jari 140         JPopupMenu.setDefaultLightWeightPopupEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 141     }
2 26 Feb 07 jari 142     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 143     private JWindow tipWindow;
2 26 Feb 07 jari 144     private ControlPanel controlPanel;
2 26 Feb 07 jari 145
2 26 Feb 07 jari 146     // 3D scene and its elements
2 26 Feb 07 jari 147     private SimpleUniverse universe;
2 26 Feb 07 jari 148     private Canvas3D onScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 149     private Canvas3D offScreenCanvas;
2 26 Feb 07 jari 150     private TransformGroup view_tg;
2 26 Feb 07 jari 151     private GenesShape genesShape;
2 26 Feb 07 jari 152     private BranchGroup sceneGroup;
2 26 Feb 07 jari 153     private Landscape landscape;
2 26 Feb 07 jari 154     private LinksShape linksShape;
2 26 Feb 07 jari 155     private SelectionShape selectionShape;
2 26 Feb 07 jari 156     private BranchGroup labelsGroup;
2 26 Feb 07 jari 157     private KeyMotionBehavior keyMotionBehavior;
2 26 Feb 07 jari 158     private DriftInterpolator driftInterpolator; 
2 26 Feb 07 jari 159     private PickBehavior pickBehavior;
2 26 Feb 07 jari 160     // zooming variables
2 26 Feb 07 jari 161     private Point2f up_left_point  = new Point2f(0f, 0f);
2 26 Feb 07 jari 162     private Point2f bottom_right_point = new Point2f(1f, 1f);
2 26 Feb 07 jari 163     // undo zoom operation support
2 26 Feb 07 jari 164     private UndoManager undoManager = new UndoManager();
2 26 Feb 07 jari 165     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 166     private int exptID = 0;
2 26 Feb 07 jari 167
2 26 Feb 07 jari 168     public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 169       return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 170           new Object[]{new Boolean(isGenes), this.experiment, this.clusters, this.weights, this.locations, new Float(this.sigma), new Integer(this.labelIndex)});
2 26 Feb 07 jari 171     }
2 26 Feb 07 jari 172     public TerrainViewer(Boolean isGenes, Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, float[][] locations, Float sigma, Integer labelIndex) {
2 26 Feb 07 jari 173       this(isGenes.booleanValue(), experiment, clusters, weights, locations, sigma.floatValue(), labelIndex.intValue());
2 26 Feb 07 jari 174     }
2 26 Feb 07 jari 175     public TerrainViewer(boolean isGenes, Experiment experiment, int[][] clusters, float[][] weights, float[][] locations, float sigma, int labelIndex) {
2 26 Feb 07 jari 176         this.isGenes = isGenes;
2 26 Feb 07 jari 177         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 178         this.exptID = experiment.getId();
2 26 Feb 07 jari 179         this.clusters = clusters;
2 26 Feb 07 jari 180         this.weights = weights;
2 26 Feb 07 jari 181         this.locations = locations;
2 26 Feb 07 jari 182         this.sigma = sigma;
2 26 Feb 07 jari 183         setPreferredSize(new Dimension(10, 10));
2 26 Feb 07 jari 184         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 185         // create the universe 
2 26 Feb 07 jari 186         GraphicsConfiguration config = SimpleUniverse.getPreferredConfiguration();
2 26 Feb 07 jari 187         this.onScreenCanvas = new Canvas3D(config);
2 26 Feb 07 jari 188         this.universe = new SimpleUniverse(this.onScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 189
2 26 Feb 07 jari 190         this.offScreenCanvas = new Canvas3D(config, true);
2 26 Feb 07 jari 191         Screen3D sOn = onScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 192         Screen3D sOff = offScreenCanvas.getScreen3D();
2 26 Feb 07 jari 193         sOff.setSize(sOn.getSize());
2 26 Feb 07 jari 194         sOff.setPhysicalScreenWidth(sOn.getPhysicalScreenWidth());
2 26 Feb 07 jari 195         sOff.setPhysicalScreenHeight(sOn.getPhysicalScreenHeight());
2 26 Feb 07 jari 196         // attach the offscreen canvas to the view
2 26 Feb 07 jari 197         this.universe.getViewer().getView().addCanvas3D(this.offScreenCanvas);
2 26 Feb 07 jari 198         // set its bounds
2 26 Feb 07 jari 199         BoundingLeaf boundingLeaf = new BoundingLeaf(new BoundingSphere(new Point3d(), 100d));
2 26 Feb 07 jari 200         boundingLeaf.setCapability(BoundingLeaf.ALLOW_REGION_READ);
2 26 Feb 07 jari 201         PlatformGeometry platformGeometry = new PlatformGeometry();
2 26 Feb 07 jari 202         platformGeometry.addChild(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 203         platformGeometry.compile();
2 26 Feb 07 jari 204         this.universe.getViewingPlatform().setPlatformGeometry(platformGeometry);
2 26 Feb 07 jari 205         // set distances
2 26 Feb 07 jari 206         this.universe.getViewer().getView().setFrontClipDistance(0.001);
2 26 Feb 07 jari 207         this.universe.getViewer().getView().setBackClipDistance(0.5);
2 26 Feb 07 jari 208         // basis point
2 26 Feb 07 jari 209         Point3d basis = new Point3d(0.5, 0, 0.5);
2 26 Feb 07 jari 210         this.view_tg = universe.getViewingPlatform().getViewPlatformTransform();
2 26 Feb 07 jari 211         // set initilal view point
2 26 Feb 07 jari 212         setInitialViewPoint(view_tg, basis);
2 26 Feb 07 jari 213         // drifting
2 26 Feb 07 jari 214         this.driftInterpolator = new DriftInterpolator(this.view_tg, boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 215         // create heights
2 26 Feb 07 jari 216         float[][] heights = DomainUtil.getHeights(this.locations, this.grid_size, this.sigma);
2 26 Feb 07 jari 217         // selection shape
2 26 Feb 07 jari 218         this.selectionShape = new SelectionShape();
2 26 Feb 07 jari 219         // the landscape
2 26 Feb 07 jari 220         this.landscape = new Landscape(heights);
2 26 Feb 07 jari 221         this.landscape.setPoligonMode(PolygonAttributes.POLYGON_FILL);
2 26 Feb 07 jari 222         TransformGroup landTransform = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 223         landTransform.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 224         landTransform.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 225         landTransform.addChild(this.landscape);
2 26 Feb 07 jari 226         // links shape
2 26 Feb 07 jari 227         this.linksShape = new LinksShape(clusters, weights, locations);
2 26 Feb 07 jari 228         // keyboard support
2 26 Feb 07 jari 229         this.keyMotionBehavior = createKeyMotionBehavior(this.view_tg, basis, boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 230         // control panel
2 26 Feb 07 jari 231         this.controlPanel = new ControlPanel(landTransform, this.keyMotionBehavior, boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 232         //this.controlPanel.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 233         Behavior sliderBehavior = this.controlPanel.getSliderBehavior();
2 26 Feb 07 jari 234         // add gene shapes
2 26 Feb 07 jari 235         this.genesShape = new GenesShape(GenesShape.POINTS, this.locations, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 236         this.genesShape.setBounds(boundingLeaf.getRegion());
2 26 Feb 07 jari 237         // add labels
2 26 Feb 07 jari 238         this.labelIndex = labelIndex;
2 26 Feb 07 jari 239         // create scene
2 26 Feb 07 jari 240         Node[] nodes = new Node[] {this.selectionShape, landTransform, sliderBehavior, this.keyMotionBehavior, this.driftInterpolator, this.genesShape, this.linksShape};
2 26 Feb 07 jari 241         this.sceneGroup = createSceneGraph(nodes, boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 242
2 26 Feb 07 jari 243         this.pickBehavior = new PickBehavior(this.sceneGroup, this.onScreenCanvas, boundingLeaf.getRegion());
2 26 Feb 07 jari 244         this.pickBehavior.setPickListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 245         this.sceneGroup.addChild(this.pickBehavior);
2 26 Feb 07 jari 246
2 26 Feb 07 jari 247         this.sceneGroup.compile();
2 26 Feb 07 jari 248         // add the canvas to this panel
2 26 Feb 07 jari 249         setLayout(new BorderLayout());
2 26 Feb 07 jari 250         add(this.onScreenCanvas, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 251         // control panel
2 26 Feb 07 jari 252         add(this.controlPanel, BorderLayout.SOUTH);
2 26 Feb 07 jari 253
2 26 Feb 07 jari 254         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 255         this.onScreenCanvas.addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 256         this.onScreenCanvas.addMouseMotionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 257         this.onScreenCanvas.addKeyListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 258     }
2 26 Feb 07 jari 259
2 26 Feb 07 jari 260
2 26 Feb 07 jari 261   /**
2 26 Feb 07 jari 262    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperiment(org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment)
2 26 Feb 07 jari 263    */
2 26 Feb 07 jari 264   public void setExperiment(Experiment e) {
2 26 Feb 07 jari 265     this.experiment = e;   
2 26 Feb 07 jari 266     }
2 26 Feb 07 jari 267
2 26 Feb 07 jari 268     // IViewer implementation
2 26 Feb 07 jari 269     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 270         return this;
2 26 Feb 07 jari 271     }
2 26 Feb 07 jari 272
2 26 Feb 07 jari 273     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 274         return null;
2 26 Feb 07 jari 275     }
2 26 Feb 07 jari 276
2 26 Feb 07 jari 277     public void onSelected(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 278         this.framework = framework;
2 26 Feb 07 jari 279         if(this.tipWindow == null)
2 26 Feb 07 jari 280             this.tipWindow = new JWindow(framework.getFrame());
2 26 Feb 07 jari 281
2 26 Feb 07 jari 282         this.universe.addBranchGraph(this.sceneGroup);
2 26 Feb 07 jari 283         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 284         onDataChanged(this.data);
2 26 Feb 07 jari 285         onMenuChanged(framework.getDisplayMenu());
2 26 Feb 07 jari 286     }
2 26 Feb 07 jari 287
2 26 Feb 07 jari 288     public void onDataChanged(IData data) {
2 26 Feb 07 jari 289         this.data = data;
2 26 Feb 07 jari 290         if (isGenes)
2 26 Feb 07 jari 291             this.genesShape.updateColors(this.data.getColorIndices(), this.data.getColors());
2 26 Feb 07 jari 292         else
2 26 Feb 07 jari 293             this.genesShape.updateColors(this.data.getExperimentColorIndices(), this.data.getExperimentColors());
2 26 Feb 07 jari 294
2 26 Feb 07 jari 295     }
2 26 Feb 07 jari 296
2 26 Feb 07 jari 297     public void onMenuChanged(IDisplayMenu menu) {
2 26 Feb 07 jari 298         if (this.labelIndex == menu.getLabelIndex())
2 26 Feb 07 jari 299             return;
2 26 Feb 07 jari 300         this.labelIndex = menu.getLabelIndex();
2 26 Feb 07 jari 301         updateLabelsGroup();
2 26 Feb 07 jari 302     }
2 26 Feb 07 jari 303
2 26 Feb 07 jari 304     public void onDeselected() {
2 26 Feb 07 jari 305         this.sceneGroup.detach();
2 26 Feb 07 jari 306     }
2 26 Feb 07 jari 307
2 26 Feb 07 jari 308     public void onClosed() {
2 26 Feb 07 jari 309     }
2 26 Feb 07 jari 310
2 26 Feb 07 jari 311     public BufferedImage getImage() {
2 26 Feb 07 jari 312         ImageComponent2D buffer = new ImageComponent2D(ImageComponent.FORMAT_RGB, new BufferedImage(onScreenCanvas.getWidth(), onScreenCanvas.getHeight(), BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR));
2 26 Feb 07 jari 313         offScreenCanvas.setOffScreenLocation(onScreenCanvas.getLocationOnScreen());
2 26 Feb 07 jari 314         offScreenCanvas.setOffScreenBuffer(buffer);
2 26 Feb 07 jari 315         offScreenCanvas.renderOffScreenBuffer();
2 26 Feb 07 jari 316         offScreenCanvas.waitForOffScreenRendering();
2 26 Feb 07 jari 317         BufferedImage offImage = offScreenCanvas.getOffScreenBuffer().getImage();
2 26 Feb 07 jari 318         BufferedImage image = new BufferedImage(offImage.getWidth(), offImage.getHeight(), BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);
2 26 Feb 07 jari 319         image.setData(offImage.getData());
2 26 Feb 07 jari 320         return image;
2 26 Feb 07 jari 321     }
2 26 Feb 07 jari 322     // end IViewer implementation
2 26 Feb 07 jari 323
2 26 Feb 07 jari 324     private void setInitialViewPoint(TransformGroup tg, Point3d basis) {
2 26 Feb 07 jari 325         Transform3D t3d = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 326         t3d.lookAt(new Point3d(1.42, 1.0, 1.42), basis, new Vector3d(0, 1, 0));
2 26 Feb 07 jari 327         t3d.invert();
2 26 Feb 07 jari 328         tg.setTransform(t3d);
2 26 Feb 07 jari 329     }
2 26 Feb 07 jari 330
2 26 Feb 07 jari 331     private BranchGroup createSceneGraph(Node[] nodes, BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 332         BranchGroup objRoot = new BranchGroup();
2 26 Feb 07 jari 333         objRoot.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 334         objRoot.setCapability(Group.ALLOW_CHILDREN_EXTEND);
2 26 Feb 07 jari 335         objRoot.setCapability(Group.ALLOW_CHILDREN_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 336
2 26 Feb 07 jari 337         Background bg = new Background(BLACK_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 338         bg.setApplicationBoundingLeaf(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 339
2 26 Feb 07 jari 340         objRoot.addChild(bg);
2 26 Feb 07 jari 341         objRoot.addChild(createAmbientLight(boundingLeaf));
2 26 Feb 07 jari 342         objRoot.addChild(createPointLight(new Point3f(1.5f, 0.5f, 0.5f), boundingLeaf));
2 26 Feb 07 jari 343         objRoot.addChild(createPointLight(new Point3f(0.5f, 0.5f, 1.5f), boundingLeaf));
2 26 Feb 07 jari 344
2 26 Feb 07 jari 345         for (int i=0; i<nodes.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 346             objRoot.addChild(nodes[i]);
2 26 Feb 07 jari 347
2 26 Feb 07 jari 348         return objRoot;
2 26 Feb 07 jari 349     }
2 26 Feb 07 jari 350
2 26 Feb 07 jari 351     private TransformGroup createLight(Bounds bounds, Vector3d vector) {
2 26 Feb 07 jari 352         Transform3D t = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 353         t.set(vector);
2 26 Feb 07 jari 354         TransformGroup lightGroup = new TransformGroup(t);
2 26 Feb 07 jari 355         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 356         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_READ);
2 26 Feb 07 jari 357         lightGroup.setCapability(TransformGroup.ENABLE_PICK_REPORTING);
2 26 Feb 07 jari 358
2 26 Feb 07 jari 359         ColoringAttributes attr = new ColoringAttributes();
2 26 Feb 07 jari 360         Color3f color = new Color3f(1f, 1f, 1f);
2 26 Feb 07 jari 361         attr.setColor(color);
2 26 Feb 07 jari 362         Appearance appearance = new Appearance();
2 26 Feb 07 jari 363         appearance.setColoringAttributes(attr);
2 26 Feb 07 jari 364         lightGroup.addChild(new Sphere(0.01f, Sphere.GENERATE_NORMALS, 15, appearance));
2 26 Feb 07 jari 365         Light light = new PointLight(color, new Point3f(0.0f, 0.0f, 0.0f), new Point3f(1.0f, 0.0f, 0.0f));
2 26 Feb 07 jari 366         light.setInfluencingBounds(bounds);
2 26 Feb 07 jari 367         lightGroup.addChild(light);
2 26 Feb 07 jari 368         return lightGroup;
2 26 Feb 07 jari 369     }
2 26 Feb 07 jari 370
2 26 Feb 07 jari 371     private Billboard createLabelBillboard(TransformGroup label_tg) {
2 26 Feb 07 jari 372         label_tg.setCapability(TransformGroup.ALLOW_TRANSFORM_WRITE);
2 26 Feb 07 jari 373         Billboard billboard = new TerrainBillboard(label_tg, Billboard.ROTATE_ABOUT_POINT, BILLBOARD_P3F, this.view_tg);
2 26 Feb 07 jari 374         billboard.setSchedulingBounds(BILLBOARD_BOUNDS);
2 26 Feb 07 jari 375         return billboard;
2 26 Feb 07 jari 376     }
2 26 Feb 07 jari 377
2 26 Feb 07 jari 378     private BranchGroup createLabelsGroup(int labelIndex, float[][] locations, Point2f start, Point2f end) {
2 26 Feb 07 jari 379         PolygonAttributes pa = new PolygonAttributes();
2 26 Feb 07 jari 380         pa.setCullFace(PolygonAttributes.CULL_NONE);
2 26 Feb 07 jari 381
2 26 Feb 07 jari 382         BranchGroup labels = new BranchGroup(); 
2 26 Feb 07 jari 383         labels.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 384         if (this.isGenes && labelIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 385             return labels;
2 26 Feb 07 jari 386
2 26 Feb 07 jari 387         Transform3D transform = new Transform3D();
2 26 Feb 07 jari 388         Vector3f vector3f = new Vector3f();
2 26 Feb 07 jari 389         TransformGroup position_tg;
2 26 Feb 07 jari 390         TransformGroup label_tg;
2 26 Feb 07 jari 391         float scale = Math.max(Math.abs(start.x-end.x), Math.abs(start.y-end.y));
2 26 Feb 07 jari 392         for (int i=0; i<locations.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 393             float x = locations[i][0];
2 26 Feb 07 jari 394             float y = locations[i][1];
2 26 Feb 07 jari 395             if (x >= start.x && x <= start.x+scale && y >= start.y && y <= start.y+scale) {
2 26 Feb 07 jari 396                 vector3f.set((x-start.x)/scale+0.008f, -0.008f, (y-start.y)/scale);
2 26 Feb 07 jari 397                 transform.set(vector3f);
2 26 Feb 07 jari 398                 position_tg = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 399                 label_tg = new TransformGroup();
2 26 Feb 07 jari 400                 String label = this.isGenes ? this.data.getElementAttribute(i, labelIndex) : this.data.getSampleName(i); 
2 26 Feb 07 jari 401                 label_tg.addChild(createText2D(label, WHITE_COLOR, pa));
2 26 Feb 07 jari 402                 position_tg.addChild(label_tg);
2 26 Feb 07 jari 403                 labels.addChild(position_tg);
2 26 Feb 07 jari 404                 if (this.isBillboard) {
2 26 Feb 07 jari 405                     Billboard billboard = createLabelBillboard(label_tg);
2 26 Feb 07 jari 406                     labels.addChild(billboard);
2 26 Feb 07 jari 407                 }
2 26 Feb 07 jari 408             }
2 26 Feb 07 jari 409         }
2 26 Feb 07 jari 410         labels.compile();
2 26 Feb 07 jari 411         return labels;
2 26 Feb 07 jari 412     }
2 26 Feb 07 jari 413
2 26 Feb 07 jari 414     private BranchGroup createViewBehavior(TransformGroup tg, Point3d basis, BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 415         BranchGroup behRoot = new BranchGroup();
2 26 Feb 07 jari 416         behRoot.setCapability(BranchGroup.ALLOW_DETACH);
2 26 Feb 07 jari 417         behRoot.addChild(createKeyMotionBehavior(tg, basis, boundingLeaf));
2 26 Feb 07 jari 418         return behRoot;
2 26 Feb 07 jari 419     }
2 26 Feb 07 jari 420
2 26 Feb 07 jari 421     private KeyMotionBehavior createKeyMotionBehavior(TransformGroup tg, Point3d basis, BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 422         KeyMotionBehavior key = new KeyMotionBehavior(tg);
2 26 Feb 07 jari 423         key.setSchedulingBoundingLeaf(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 424         key.setBasis(basis);
2 26 Feb 07 jari 425         return key;
2 26 Feb 07 jari 426     }
2 26 Feb 07 jari 427
2 26 Feb 07 jari 428     private AmbientLight createAmbientLight(BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 429         AmbientLight light = new AmbientLight();
2 26 Feb 07 jari 430         light.setInfluencingBoundingLeaf(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 431         return light;
2 26 Feb 07 jari 432     }
2 26 Feb 07 jari 433
2 26 Feb 07 jari 434     private Light createDirectionLight(BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 435         DirectionalLight light = new DirectionalLight(WHITE_COLOR, new Vector3f(-1, 0, -1));
2 26 Feb 07 jari 436         light.setInfluencingBoundingLeaf(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 437         return light;
2 26 Feb 07 jari 438     }
2 26 Feb 07 jari 439
2 26 Feb 07 jari 440     private PointLight createPointLight(Point3f position, BoundingLeaf boundingLeaf) {
2 26 Feb 07 jari 441         PointLight light = new PointLight(WHITE_COLOR, position, new Point3f(1f, 0f, 0f));
2 26 Feb 07 jari 442         light.setInfluencingBoundingLeaf(boundingLeaf);
2 26 Feb 07 jari 443         return light;
2 26 Feb 07 jari 444     }
2 26 Feb 07 jari 445
2 26 Feb 07 jari 446     private Node createTransformGroup(Transform3D transform, Node node) {
2 26 Feb 07 jari 447         TransformGroup tg = new TransformGroup(transform);
2 26 Feb 07 jari 448         tg.addChild(node);
2 26 Feb 07 jari 449         return tg;
2 26 Feb 07 jari 450     }
2 26 Feb 07 jari 451
2 26 Feb 07 jari 452     private Text2D createText2D(String text, Color3f color, PolygonAttributes pa) {
2 26 Feb 07 jari 453         Text2D text2D = new Text2D("", color, "Arial", 12, Font.BOLD);
2 26 Feb 07 jari 454         text2D.setRectangleScaleFactor(0.001f);
2 26 Feb 07 jari 455         text2D.setString(text);
2 26 Feb 07 jari 456         text2D.getAppearance().setPolygonAttributes(pa);
2 26 Feb 07 jari 457         text2D.setCapability(Shape3D.ALLOW_GEOMETRY_READ);
2 26 Feb 07 jari 458         text2D.getGeometry().setCapability(Geometry.ALLOW_INTERSECT);
2 26 Feb 07 jari 459         text2D.getGeometry().setCapability(GeometryArray.ALLOW_COUNT_READ);
2 26 Feb 07 jari 460         text2D.getGeometry().setCapability(GeometryArray.ALLOW_FORMAT_READ);
2 26 Feb 07 jari 461         text2D.getGeometry().setCapability(GeometryArray.ALLOW_COORDINATE_READ);
2 26 Feb 07 jari 462         return text2D;
2 26 Feb 07 jari 463     }
2 26 Feb 07 jari 464
2 26 Feb 07 jari 465     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 466         JPopupMenu menu = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 467         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 468
2 26 Feb 07 jari 469         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Control Panel");
2 26 Feb 07 jari 470         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 471         menuItem.setActionCommand(SHOW_CONTROLS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 472         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 473         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 474
2 26 Feb 07 jari 475         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 476         
2 26 Feb 07 jari 477         menuItem = new JMenuItem("Grid...");
2 26 Feb 07 jari 478         menuItem.setActionCommand(GRID_SIZE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 479         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 480         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 481         
2 26 Feb 07 jari 482         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Fill Polygon");
2 26 Feb 07 jari 483         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 484         menuItem.setActionCommand(FILL_POLYGON_CMD);
2 26 Feb 07 jari 485         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 486         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 487      
2 26 Feb 07 jari 488         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 489         JMenu shape_menu = new JMenu("Element Shape");
2 26 Feb 07 jari 490         ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
2 26 Feb 07 jari 491
2 26 Feb 07 jari 492         menuItem = new JRadioButtonMenuItem("Point");
2 26 Feb 07 jari 493         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 494         menuItem.setActionCommand(POINTS_SHAPE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 495         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 496         buttonGroup.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 497         shape_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 498
2 26 Feb 07 jari 499         menuItem = new JRadioButtonMenuItem("Cube");
2 26 Feb 07 jari 500         menuItem.setActionCommand(CUBES_SHAPE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 501         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 502         buttonGroup.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 503         shape_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 504
2 26 Feb 07 jari 505         menuItem = new JRadioButtonMenuItem("Sphere");
2 26 Feb 07 jari 506         menuItem.setActionCommand(SPHERES_SHAPE_CMD);
2 26 Feb 07 jari 507         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 508         buttonGroup.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 509         shape_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 510
2 26 Feb 07 jari 511         menu.add(shape_menu);
2 26 Feb 07 jari 512         
2 26 Feb 07 jari 513         JMenu labels_menu = new JMenu("Labels");
2 26 Feb 07 jari 514         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Hide");
2 26 Feb 07 jari 515         menuItem.setSelected(true);
2 26 Feb 07 jari 516         menuItem.setActionCommand(HIDE_LABELS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 517         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 518         labels_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 519
2 26 Feb 07 jari 520         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Billboard");
2 26 Feb 07 jari 521         menuItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 522         menuItem.setActionCommand(USE_BILLBOARD_CMD);
2 26 Feb 07 jari 523         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 524         labels_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 525
2 26 Feb 07 jari 526         menu.add(labels_menu);
2 26 Feb 07 jari 527  
2 26 Feb 07 jari 528         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 529         
2 26 Feb 07 jari 530         JMenu zoom_menu = new JMenu("Zoom");
2 26 Feb 07 jari 531
2 26 Feb 07 jari 532         menuItem = new JMenuItem("In");
2 26 Feb 07 jari 533         menuItem.setActionCommand(ZOOM_IN_CMD);
2 26 Feb 07 jari 534         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 535         zoom_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 536
2 26 Feb 07 jari 537         menuItem = new JMenuItem("Undo");
2 26 Feb 07 jari 538         menuItem.setActionCommand(UNDO_CMD);
2 26 Feb 07 jari 539         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 540         zoom_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 541
2 26 Feb 07 jari 542         menuItem = new JMenuItem("Show All");
2 26 Feb 07 jari 543         menuItem.setActionCommand(SHOW_ALL_CMD);
2 26 Feb 07 jari 544         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 545         zoom_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 546
2 26 Feb 07 jari 547         menu.add(zoom_menu);
2 26 Feb 07 jari 548         
2 26 Feb 07 jari 549         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 550         
2 26 Feb 07 jari 551         JMenu links_menu = new JMenu("Links");
2 26 Feb 07 jari 552
2 26 Feb 07 jari 553         menuItem = new JCheckBoxMenuItem("Show");
2 26 Feb 07 jari 554         menuItem.setSelected(false);
2 26 Feb 07 jari 555         menuItem.setActionCommand(SHOW_LINKS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 556         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 557         links_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 558
2 26 Feb 07 jari 559         menuItem = new JMenuItem("Threshold...");
2 26 Feb 07 jari 560         menuItem.setActionCommand(LINKS_THRESHOLD_CMD);
2 26 Feb 07 jari 561         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 562         links_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 563
2 26 Feb 07 jari 564         menuItem = new JMenuItem("Thickness...");
2 26 Feb 07 jari 565         menuItem.setActionCommand(LINKS_WIDTH_CMD);
2 26 Feb 07 jari 566         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 567         links_menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 568
2 26 Feb 07 jari 569         menu.add(links_menu);
2 26 Feb 07 jari 570                 
2 26 Feb 07 jari 571         menu.addSeparator();
2 26 Feb 07 jari 572
2 26 Feb 07 jari 573         menuItem = new JMenuItem("Store cluster");
2 26 Feb 07 jari 574         menuItem.setActionCommand(SET_CLUSTER_CMD);
2 26 Feb 07 jari 575         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 576         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 577         
2 26 Feb 07 jari 578         menuItem = new JMenuItem("Launch New Session");
2 26 Feb 07 jari 579         menuItem.setActionCommand(LAUNCH_SESSION_CMD);
2 26 Feb 07 jari 580         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 581         menu.add(menuItem);       
2 26 Feb 07 jari 582         
2 26 Feb 07 jari 583         menuItem = new JMenuItem("Deselect");
2 26 Feb 07 jari 584         menuItem.setActionCommand(DESELECT_CMD);
2 26 Feb 07 jari 585         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 586         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 587
2 26 Feb 07 jari 588         menuItem = new JMenuItem("Show Elements");
2 26 Feb 07 jari 589         menuItem.setActionCommand(SHOW_ELEMENTS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 590         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 591         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 592
2 26 Feb 07 jari 593         menuItem = new JMenuItem("Drift...");
2 26 Feb 07 jari 594         menuItem.setActionCommand(DRIFT_DIALOG_CMD);
2 26 Feb 07 jari 595         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 596         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 597         
2 26 Feb 07 jari 598
2 26 Feb 07 jari 599         return menu;
2 26 Feb 07 jari 600     }
2 26 Feb 07 jari 601
2 26 Feb 07 jari 602     /**
2 26 Feb 07 jari 603      * Returns a menu item by specified action command.
2 26 Feb 07 jari 604      */
2 26 Feb 07 jari 605     private JMenuItem getJMenuItem(JPopupMenu menu, String command) {
2 26 Feb 07 jari 606         Component[] components = menu.getComponents();
2 26 Feb 07 jari 607         for (int i=0; i<components.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 608             if (components[i] instanceof JMenu) {
2 26 Feb 07 jari 609                 JMenuItem item = getJMenuItem(((JMenu)components[i]).getPopupMenu(), command);
2 26 Feb 07 jari 610                 if (item != null)
2 26 Feb 07 jari 611                     return item;
2 26 Feb 07 jari 612             }
2 26 Feb 07 jari 613             if (components[i] instanceof JMenuItem) {
2 26 Feb 07 jari 614                 if (((JMenuItem)components[i]).getActionCommand().equals(command))
2 26 Feb 07 jari 615                     return(JMenuItem)components[i];
2 26 Feb 07 jari 616             }
2 26 Feb 07 jari 617         }
2 26 Feb 07 jari 618         return null;
2 26 Feb 07 jari 619     }
2 26 Feb 07 jari 620
2 26 Feb 07 jari 621     /**
2 26 Feb 07 jari 622      * Sets a menu item state.
2 26 Feb 07 jari 623      */
2 26 Feb 07 jari 624     private void setEnableMenuItem(String command, boolean enable) {
2 26 Feb 07 jari 625         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, command);
2 26 Feb 07 jari 626         if (item == null) {
2 26 Feb 07 jari 627             return;
2 26 Feb 07 jari 628         }
2 26 Feb 07 jari 629         item.setEnabled(enable);
2 26 Feb 07 jari 630     }
2 26 Feb 07 jari 631
2 26 Feb 07 jari 632     private void onPicked(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 633         canvas.setShapeLocation(event);
2 26 Feb 07 jari 634         PickResult pickResult = canvas.pickClosest();
2 26 Feb 07 jari 635         if (pickResult != null && pickResult.getObject() == this.genesShape) {
2 26 Feb 07 jari 636             PickIntersection pi = pickResult.getClosestIntersection(canvas.getStartPosition());
2 26 Feb 07 jari 637             int[] indices = pi.getPrimitiveVertexIndices();
2 26 Feb 07 jari 638             final int index = this.genesShape.getShapeIndex(indices[0]);
2 26 Feb 07 jari 639             if (index < 0)
2 26 Feb 07 jari 640                 return;
2 26 Feb 07 jari 641             SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
2 26 Feb 07 jari 642                                            public void run() {
2 26 Feb 07 jari 643                                                onPicked(index);
2 26 Feb 07 jari 644                                            }
2 26 Feb 07 jari 645                                        });
2 26 Feb 07 jari 646         }
2 26 Feb 07 jari 647     }
2 26 Feb 07 jari 648
2 26 Feb 07 jari 649     private void onPicked(int shapeIndex) {
2 26 Feb 07 jari 650         if (isGenes)
2 26 Feb 07 jari 651             this.framework.displaySlideElementInfo(0, shapeIndex);
2 26 Feb 07 jari 652         else
2 26 Feb 07 jari 653             this.framework.displaySingleArrayViewer(shapeIndex);
2 26 Feb 07 jari 654     }
2 26 Feb 07 jari 655
2 26 Feb 07 jari 656     private void onCtrlPicked(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 657         canvas.setShapeLocation(event);
2 26 Feb 07 jari 658         PickResult pickResult = canvas.pickClosest();
2 26 Feb 07 jari 659         if (pickResult != null) {
2 26 Feb 07 jari 660             if (pickResult.getObject() == this.genesShape) {
2 26 Feb 07 jari 661                 PickIntersection pi = pickResult.getClosestIntersection(canvas.getStartPosition());
2 26 Feb 07 jari 662                 int[] indices = pi.getPrimitiveVertexIndices();
2 26 Feb 07 jari 663                 int index = this.genesShape.getShapeIndex(indices[0]);
2 26 Feb 07 jari 664                 if (index < 0) {
2 26 Feb 07 jari 665                     return;
2 26 Feb 07 jari 666                 }
2 26 Feb 07 jari 667                 float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 668                 float x = (locations[index][0]-this.up_left_point.x)/scale;
2 26 Feb 07 jari 669                 float y = (locations[index][1]-this.up_left_point.y)/scale;
2 26 Feb 07 jari 670                 this.driftInterpolator.drift(new Point3d(x, 0, y), new Vector3f(0, 0, 1));
2 26 Feb 07 jari 671             } else if (pickResult.getObject() == this.landscape) {
2 26 Feb 07 jari 672                 PickIntersection pi = pickResult.getClosestIntersection(canvas.getStartPosition());
2 26 Feb 07 jari 673                 Point3d point = pi.getPointCoordinates();
2 26 Feb 07 jari 674                 point.y += this.controlPanel.getSliderValue();
2 26 Feb 07 jari 675                 Vector3f normal = pi.getPointNormal();
2 26 Feb 07 jari 676                 this.driftInterpolator.drift(point, normal);
2 26 Feb 07 jari 677             }
2 26 Feb 07 jari 678         }
2 26 Feb 07 jari 679     }
2 26 Feb 07 jari 680
2 26 Feb 07 jari 681     private void onSetCluster() {
2 26 Feb 07 jari 682
2 26 Feb 07 jari 683         float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 684         Point2f start = this.selectionShape.getStartCoords();
2 26 Feb 07 jari 685         Point2f end   = this.selectionShape.getEndCoords();
2 26 Feb 07 jari 686         start.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 687         end.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 688         start.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 689         end.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 690         IntArray ids = new IntArray();
2 26 Feb 07 jari 691         for (int i=0; i<this.locations.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 692             float x = this.locations[i][0];
2 26 Feb 07 jari 693             float y = this.locations[i][1];
2 26 Feb 07 jari 694             if (x>start.x && x<end.x && y>start.y && y<end.y)
2 26 Feb 07 jari 695                 ids.add(i);
2 26 Feb 07 jari 696         }
2 26 Feb 07 jari 697
2 26 Feb 07 jari 698         if (isGenes) {
2 26 Feb 07 jari 699               framework.storeSubCluster(ids.toArray(), this.experiment, Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 700               this.genesShape.updateColors(this.data.getColorIndices(), this.data.getColors());
2 26 Feb 07 jari 701         } else {
2 26 Feb 07 jari 702             framework.storeSubCluster(ids.toArray(), this.experiment, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 703             this.genesShape.updateColors(this.data.getExperimentColorIndices(), this.data.getExperimentColors());
2 26 Feb 07 jari 704         }
2 26 Feb 07 jari 705         this.selectionShape.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 706     }
2 26 Feb 07 jari 707     
2 26 Feb 07 jari 708     
2 26 Feb 07 jari 709     private void onLaunchNewSession() {
2 26 Feb 07 jari 710         
2 26 Feb 07 jari 711         float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 712         Point2f start = this.selectionShape.getStartCoords();
2 26 Feb 07 jari 713         Point2f end   = this.selectionShape.getEndCoords();
2 26 Feb 07 jari 714         start.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 715         end.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 716         start.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 717         end.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 718         IntArray ids = new IntArray();
2 26 Feb 07 jari 719         for (int i=0; i<this.locations.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 720             float x = this.locations[i][0];
2 26 Feb 07 jari 721             float y = this.locations[i][1];
2 26 Feb 07 jari 722             if (x>start.x && x<end.x && y>start.y && y<end.y)
2 26 Feb 07 jari 723                 ids.add(i);
2 26 Feb 07 jari 724         }
2 26 Feb 07 jari 725
2 26 Feb 07 jari 726 //        int [] indices = ids.toArray();
2 26 Feb 07 jari 727   //      if(indices.length > 0) {
2 26 Feb 07 jari 728             if (isGenes) {
2 26 Feb 07 jari 729             framework.launchNewMAV(ids.toArray(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.GENE_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 730
2 26 Feb 07 jari 731             } else {
2 26 Feb 07 jari 732             framework.launchNewMAV(ids.toArray(), this.experiment, "Multiple Experiment Viewer - Cluster Viewer", Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER);
2 26 Feb 07 jari 733
2 26 Feb 07 jari 734             }
2 26 Feb 07 jari 735     //    }
2 26 Feb 07 jari 736         this.selectionShape.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 737         
2 26 Feb 07 jari 738     }
2 26 Feb 07 jari 739     
2 26 Feb 07 jari 740     
2 26 Feb 07 jari 741     /**
2 26 Feb 07 jari 742      * Converts cluster indicies from the experiment to IData rows which could be different
2 26 Feb 07 jari 743      */
2 26 Feb 07 jari 744     private int [] getIDataRowIndices(int [] expIndices){
2 26 Feb 07 jari 745         int [] dataIndices = new int[expIndices.length];
2 26 Feb 07 jari 746         for(int i = 0; i < expIndices.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 747             dataIndices[i] = this.experiment.getGeneIndexMappedToData(i);
2 26 Feb 07 jari 748         }
2 26 Feb 07 jari 749         return dataIndices;
2 26 Feb 07 jari 750     }
2 26 Feb 07 jari 751     
2 26 Feb 07 jari 752
2 26 Feb 07 jari 753     private void onFillPolygon() {
2 26 Feb 07 jari 754         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, FILL_POLYGON_CMD);
2 26 Feb 07 jari 755         if (item.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 756             this.landscape.setPoligonMode(PolygonAttributes.POLYGON_FILL);
2 26 Feb 07 jari 757         } else {
2 26 Feb 07 jari 758             this.landscape.setPoligonMode(PolygonAttributes.POLYGON_LINE);
2 26 Feb 07 jari 759         }
2 26 Feb 07 jari 760     }
2 26 Feb 07 jari 761
2 26 Feb 07 jari 762     private void onShowControls() {
2 26 Feb 07 jari 763         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, SHOW_CONTROLS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 764         if (item.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 765             this.controlPanel.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 766         } else {
2 26 Feb 07 jari 767             this.controlPanel.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 768         }
2 26 Feb 07 jari 769     }
2 26 Feb 07 jari 770
2 26 Feb 07 jari 771     /**
2 26 Feb 07 jari 772      * Returns intersection point the view ray and x-z flat.
2 26 Feb 07 jari 773      */
2 26 Feb 07 jari 774     private Point3d getIntersectionPoint(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 775         float tolerance = canvas.getTolerance();
2 26 Feb 07 jari 776         canvas.setTolerance(2f);
2 26 Feb 07 jari 777         Point3d o3d = new Point3d();
2 26 Feb 07 jari 778         Vector3d d3d = new Vector3d();
2 26 Feb 07 jari 779         canvas.setShapeLocation(event);
2 26 Feb 07 jari 780         PickCone ps = (PickCone)canvas.getPickShape();
2 26 Feb 07 jari 781         canvas.setTolerance(tolerance); // restore tolerance
2 26 Feb 07 jari 782         ps.getOrigin(o3d);
2 26 Feb 07 jari 783         ps.getDirection(d3d);
2 26 Feb 07 jari 784         double x0 = o3d.x - o3d.y*d3d.x/d3d.y;
2 26 Feb 07 jari 785         double z0 = o3d.z - o3d.y*d3d.z/d3d.y;
2 26 Feb 07 jari 786         if (o3d.y < 0 || x0 < 0 || z0 < 0 || x0 > 1 || z0 > 1)
2 26 Feb 07 jari 787             return null;
2 26 Feb 07 jari 788         return new Point3d(x0, 0, z0);
2 26 Feb 07 jari 789     }
2 26 Feb 07 jari 790
2 26 Feb 07 jari 791     private void onStartSelection(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 792         this.selectionShape.startSelection(getIntersectionPoint(event, canvas));
2 26 Feb 07 jari 793     }
2 26 Feb 07 jari 794
2 26 Feb 07 jari 795     private void onDragSelection(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 796         this.selectionShape.dragSelection(getIntersectionPoint(event, canvas));
2 26 Feb 07 jari 797     }
2 26 Feb 07 jari 798
2 26 Feb 07 jari 799     private void onReleaseSelection() {
2 26 Feb 07 jari 800     }
2 26 Feb 07 jari 801
2 26 Feb 07 jari 802     private void onDeselect() {
2 26 Feb 07 jari 803         this.selectionShape.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 804     }
2 26 Feb 07 jari 805
2 26 Feb 07 jari 806     private void onShowAll() {
2 26 Feb 07 jari 807         doZoom(new Point2f(0f, 0f), new Point2f(1f, 1f));
2 26 Feb 07 jari 808     }
2 26 Feb 07 jari 809
2 26 Feb 07 jari 810     private void onZoom() {
2 26 Feb 07 jari 811         this.undoManager.addEdit(new ZoomUndoable(this.up_left_point, this.bottom_right_point));
2 26 Feb 07 jari 812
2 26 Feb 07 jari 813         Point2f start = this.selectionShape.getStartCoords();
2 26 Feb 07 jari 814         Point2f end   = this.selectionShape.getEndCoords();
2 26 Feb 07 jari 815         float minSide = Math.min(end.x-start.x, end.y-start.y);
2 26 Feb 07 jari 816         end.set(start.x+minSide, start.y+minSide);
2 26 Feb 07 jari 817         float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 818         start.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 819         end.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 820         start.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 821         end.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 822         doZoom(start, end);
2 26 Feb 07 jari 823     }
2 26 Feb 07 jari 824
2 26 Feb 07 jari 825     private void doZoom(Point2f start, Point2f end) {
2 26 Feb 07 jari 826         this.up_left_point.set(start);
2 26 Feb 07 jari 827         this.bottom_right_point.set(end);
2 26 Feb 07 jari 828         float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 829         float[][] heights = DomainUtil.getHeights(this.locations, this.grid_size, this.sigma*scale, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 830         this.landscape.setHeights(heights);
2 26 Feb 07 jari 831         this.genesShape.setZoom(this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 832         this.linksShape.setZoom(this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 833         this.selectionShape.clearSelection();
2 26 Feb 07 jari 834         updateLabelsGroup();
2 26 Feb 07 jari 835     }
2 26 Feb 07 jari 836
2 26 Feb 07 jari 837     private void onUndo() {
2 26 Feb 07 jari 838         this.undoManager.undo();
2 26 Feb 07 jari 839     }
2 26 Feb 07 jari 840
2 26 Feb 07 jari 841     private void onPointsShape() {
2 26 Feb 07 jari 842         this.pickBehavior.setTolerance(1f);
2 26 Feb 07 jari 843         this.genesShape.setType(GenesShape.POINTS);
2 26 Feb 07 jari 844     }
2 26 Feb 07 jari 845
2 26 Feb 07 jari 846     private void onSpheresShape() {
2 26 Feb 07 jari 847         this.pickBehavior.setTolerance(0f);
2 26 Feb 07 jari 848         this.genesShape.setType(GenesShape.SPHERES);
2 26 Feb 07 jari 849     }
2 26 Feb 07 jari 850
2 26 Feb 07 jari 851     private void onCubesShape() {
2 26 Feb 07 jari 852         this.pickBehavior.setTolerance(0f);
2 26 Feb 07 jari 853         this.genesShape.setType(GenesShape.CUBES);
2 26 Feb 07 jari 854     }
2 26 Feb 07 jari 855
2 26 Feb 07 jari 856     private void onGridSize() {
2 26 Feb 07 jari 857         String value = (String)JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter in a number of the grid cells per side.", "Input", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, null, null, String.valueOf(this.grid_size-1));
2 26 Feb 07 jari 858         if (value == null || value.equals(""))
2 26 Feb 07 jari 859             return;
2 26 Feb 07 jari 860         try {
2 26 Feb 07 jari 861             int size = Integer.parseInt(value);
2 26 Feb 07 jari 862             if (size <= 2 || size >= 500) {
2 26 Feb 07 jari 863                 throw new NumberFormatException("value must be more than 2 and less than 500.");
2 26 Feb 07 jari 864             }
2 26 Feb 07 jari 865             this.grid_size = size+1;
2 26 Feb 07 jari 866             float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 867             float[][] heights = DomainUtil.getHeights(this.locations, this.grid_size, this.sigma*scale, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 868             this.landscape.setHeights(heights);
2 26 Feb 07 jari 869         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 870             JOptionPane.showMessageDialog(this, "Illegal number: "+e.getMessage(), "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 871         }
2 26 Feb 07 jari 872     }
2 26 Feb 07 jari 873
2 26 Feb 07 jari 874     private void onDriftDialog() {
2 26 Feb 07 jari 875         String value = (String)JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter in a minimal distance.", "Input", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, null, null, String.valueOf(this.driftInterpolator.getMinDistance()));
2 26 Feb 07 jari 876         if (value == null || value.equals(""))
2 26 Feb 07 jari 877             return;
2 26 Feb 07 jari 878         try {
2 26 Feb 07 jari 879             float distance = Float.parseFloat(value);
2 26 Feb 07 jari 880             if (distance <= 0f || distance >= 1f)
2 26 Feb 07 jari 881                 throw new NumberFormatException("value must be more than 0 and less than 1.");
2 26 Feb 07 jari 882             this.driftInterpolator.setMinDistance(distance);
2 26 Feb 07 jari 883         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 884             JOptionPane.showMessageDialog(this, "Illegal number: "+e.getMessage(), "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 885         }
2 26 Feb 07 jari 886     }
2 26 Feb 07 jari 887
2 26 Feb 07 jari 888     private void onShowLinks() {
2 26 Feb 07 jari 889         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, SHOW_LINKS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 890         if (item.isSelected())
2 26 Feb 07 jari 891             this.linksShape.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 892         else
2 26 Feb 07 jari 893             this.linksShape.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 894     }
2 26 Feb 07 jari 895
2 26 Feb 07 jari 896     private void onLinksThreshold() {
2 26 Feb 07 jari 897         String value = (String)JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter in links threshold (between 0 and 1).", "Input", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, null, null, String.valueOf(this.linksShape.getThreshold()));
2 26 Feb 07 jari 898         if (value == null || value.equals(""))
2 26 Feb 07 jari 899             return;
2 26 Feb 07 jari 900         try {
2 26 Feb 07 jari 901             float threshold = Float.parseFloat(value);
2 26 Feb 07 jari 902             if (threshold < 0f || threshold > 1f)
2 26 Feb 07 jari 903                 throw new NumberFormatException("value must be between 0 and 1.");
2 26 Feb 07 jari 904             this.linksShape.setThreshold(threshold);
2 26 Feb 07 jari 905         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 906             JOptionPane.showMessageDialog(this, "Illegal number: "+e.getMessage(), "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 907         }
2 26 Feb 07 jari 908     }
2 26 Feb 07 jari 909
2 26 Feb 07 jari 910     private void onLinksWidth() {
2 26 Feb 07 jari 911         String value = (String)JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter in links thickness (between 1 and 10).", "Input", JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, null, null, String.valueOf(this.linksShape.getLinksWidth()));
2 26 Feb 07 jari 912         if (value == null || value.equals(""))
2 26 Feb 07 jari 913             return;
2 26 Feb 07 jari 914         try {
2 26 Feb 07 jari 915             float thickness = Float.parseFloat(value);
2 26 Feb 07 jari 916             if (thickness < 1f || thickness > 10f)
2 26 Feb 07 jari 917                 throw new NumberFormatException("value must be between 1 and 10.");
2 26 Feb 07 jari 918             this.linksShape.setLinksWidth(thickness);
2 26 Feb 07 jari 919         } catch (NumberFormatException e) {
2 26 Feb 07 jari 920             JOptionPane.showMessageDialog(this, "Illegal number: "+e.getMessage(), "Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 921         }
2 26 Feb 07 jari 922     }
2 26 Feb 07 jari 923
2 26 Feb 07 jari 924     private void onHideLabels() {
2 26 Feb 07 jari 925         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, HIDE_LABELS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 926         if (!item.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 927             this.labelsGroup = createLabelsGroup(this.labelIndex, this.locations, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 928             this.sceneGroup.addChild(this.labelsGroup);
2 26 Feb 07 jari 929         } else {
2 26 Feb 07 jari 930             this.labelsGroup.detach();
2 26 Feb 07 jari 931             this.labelsGroup = null;
2 26 Feb 07 jari 932         }
2 26 Feb 07 jari 933     }
2 26 Feb 07 jari 934
2 26 Feb 07 jari 935     private void onUseBillboard() {
2 26 Feb 07 jari 936         JMenuItem bill_item = getJMenuItem(this.popup, USE_BILLBOARD_CMD);
2 26 Feb 07 jari 937         this.isBillboard = bill_item.isSelected();
2 26 Feb 07 jari 938         if (this.labelsGroup != null) {
2 26 Feb 07 jari 939             this.labelsGroup.detach();
2 26 Feb 07 jari 940         }
2 26 Feb 07 jari 941         JMenuItem hide_item = getJMenuItem(this.popup, HIDE_LABELS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 942         if (!hide_item.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 943             this.labelsGroup = createLabelsGroup(this.labelIndex, this.locations, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 944             this.sceneGroup.addChild(this.labelsGroup);
2 26 Feb 07 jari 945         }
2 26 Feb 07 jari 946     }
2 26 Feb 07 jari 947
2 26 Feb 07 jari 948     private void onShowElements() {
2 26 Feb 07 jari 949         float scale = Math.max(Math.abs(this.up_left_point.x-this.bottom_right_point.x), Math.abs(this.up_left_point.y-this.bottom_right_point.y));
2 26 Feb 07 jari 950         Point2f start = this.selectionShape.getStartCoords();
2 26 Feb 07 jari 951         Point2f end   = this.selectionShape.getEndCoords();
2 26 Feb 07 jari 952         start.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 953         end.scale(scale);
2 26 Feb 07 jari 954         start.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 955         end.add(this.up_left_point);
2 26 Feb 07 jari 956         
2 26 Feb 07 jari 957         
2 26 Feb 07 jari 958
2 26 Feb 07 jari 959         ArrayList info = new ArrayList();
2 26 Feb 07 jari 960         for (int i=0; i<locations.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 961             float x = locations[i][0];
2 26 Feb 07 jari 962             float y = locations[i][1];
2 26 Feb 07 jari 963             if (x >= start.x && x <= end.x && y >= start.y && y <= end.y) {
2 26 Feb 07 jari 964                 info.add(new String("Element["+String.valueOf(i)+1+"]: "+(isGenes ? this.data.getElementAttribute(this.experiment.getGeneIndexMappedToData(i), labelIndex) : this.data.getSampleName(i) )));
2 26 Feb 07 jari 965             }
2 26 Feb 07 jari 966         }
2 26 Feb 07 jari 967         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 968         String title = "Selected Elements";
2 26 Feb 07 jari 969         ListDialog list = new ListDialog(frame, title, info.toArray(new String[info.size()]));
2 26 Feb 07 jari 970         list.showModal();
2 26 Feb 07 jari 971     }
2 26 Feb 07 jari 972
2 26 Feb 07 jari 973     private void updateLabelsGroup() {
2 26 Feb 07 jari 974         if (this.labelsGroup != null) {
2 26 Feb 07 jari 975             this.labelsGroup.detach();
2 26 Feb 07 jari 976             this.labelsGroup = null;
2 26 Feb 07 jari 977         }
2 26 Feb 07 jari 978         JMenuItem item = getJMenuItem(this.popup, HIDE_LABELS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 979         if (!item.isSelected()) {
2 26 Feb 07 jari 980             this.labelsGroup = createLabelsGroup(this.labelIndex, this.locations, this.up_left_point, this.bottom_right_point);
2 26 Feb 07 jari 981             this.sceneGroup.addChild(this.labelsGroup);
2 26 Feb 07 jari 982         }
2 26 Feb 07 jari 983     }
2 26 Feb 07 jari 984
2 26 Feb 07 jari 985     private void showElementTip(int x, int y) {
2 26 Feb 07 jari 986         if (isGenes && this.labelIndex < 0)
2 26 Feb 07 jari 987             return;
2 26 Feb 07 jari 988         PickCanvas canvas = new PickCanvas(this.onScreenCanvas, this.sceneGroup);
2 26 Feb 07 jari 989         canvas.setTolerance(this.pickBehavior.getTolerance());
2 26 Feb 07 jari 990         canvas.setShapeLocation(x, y);
2 26 Feb 07 jari 991         PickResult[] pickResult = canvas.pickAllSorted();
2 26 Feb 07 jari 992         if (pickResult == null)
2 26 Feb 07 jari 993             return;
2 26 Feb 07 jari 994         for (int i=0; i<pickResult.length; i++)
2 26 Feb 07 jari 995             if (pickResult[i].getObject() == this.genesShape) {
2 26 Feb 07 jari 996                 PickIntersection pi = pickResult[i].getClosestIntersection(canvas.getStartPosition());
2 26 Feb 07 jari 997                 if (pi == null)
2 26 Feb 07 jari 998                     return;
2 26 Feb 07 jari 999                 int[] indices = pi.getPrimitiveVertexIndices();
2 26 Feb 07 jari 1000                 final int index = this.genesShape.getShapeIndex(indices[0]);
2 26 Feb 07 jari 1001                 if (index < 0)
2 26 Feb 07 jari 1002                     return;
2 26 Feb 07 jari 1003                 String text = this.isGenes ? this.data.getElementAttribute(index, this.labelIndex) : this.data.getSampleName(index);
2 26 Feb 07 jari 1004
2 26 Feb 07 jari 1005                 JToolTip tooltip = new JToolTip();
2 26 Feb 07 jari 1006                 tooltip.setTipText(text);
2 26 Feb 07 jari 1007                 Dimension size = tooltip.getPreferredSize();
2 26 Feb 07 jari 1008
2 26 Feb 07 jari 1009                 Point screenLocation = this.onScreenCanvas.getLocationOnScreen();
2 26 Feb 07 jari 1010
2 26 Feb 07 jari 1011                 this.tipWindow.getContentPane().add(tooltip, BorderLayout.CENTER);
2 26 Feb 07 jari 1012                 this.tipWindow.setLocation((int)(screenLocation.x+x), (int)(screenLocation.y+y+20));
2 26 Feb 07 jari 1013                 this.tipWindow.pack();
2 26 Feb 07 jari 1014                 this.tipWindow.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 1015                 return;
2 26 Feb 07 jari 1016             }
2 26 Feb 07 jari 1017     }
2 26 Feb 07 jari 1018
2 26 Feb 07 jari 1019     private void hideElementTip() {
2 26 Feb 07 jari 1020         this.tipWindow.getContentPane().removeAll();
2 26 Feb 07 jari 1021         this.tipWindow.setVisible(false);
2 26 Feb 07 jari 1022     }
2 26 Feb 07 jari 1023
2 26 Feb 07 jari 1024     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 1025      */
2 26 Feb 07 jari 1026     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 1027         return null;
2 26 Feb 07 jari 1028     }
2 26 Feb 07 jari 1029     
2 26 Feb 07 jari 1030     /** Returns the corner component corresponding to the indicated corner,
2 26 Feb 07 jari 1031      * posibly null
2 26 Feb 07 jari 1032      */
2 26 Feb 07 jari 1033     public JComponent getCornerComponent(int cornerIndex) {
2 26 Feb 07 jari 1034         return null;
2 26 Feb 07 jari 1035     }
2 26 Feb 07 jari 1036     
2 26 Feb 07 jari 1037     /** Returns the viewer's clusters or null
2 26 Feb 07 jari 1038      */
2 26 Feb 07 jari 1039     public int[][] getClusters() {
2 26 Feb 07 jari 1040         return this.clusters;
2 26 Feb 07 jari 1041     }    
2 26 Feb 07 jari 1042     
2 26 Feb 07 jari 1043     /**  Returns the viewer's experiment or null
2 26 Feb 07 jari 1044      */
2 26 Feb 07 jari 1045     public Experiment getExperiment() {
2 26 Feb 07 jari 1046         return this.experiment;
2 26 Feb 07 jari 1047     }    
2 26 Feb 07 jari 1048
2 26 Feb 07 jari 1049     /** Returns int value indicating viewer type
2 26 Feb 07 jari 1050      * Cluster.GENE_CLUSTER, Cluster.EXPERIMENT_CLUSTER, or -1 for both or unspecified
2 26 Feb 07 jari 1051      */
2 26 Feb 07 jari 1052     public int getViewerType() {
2 26 Feb 07 jari 1053         return -1;
2 26 Feb 07 jari 1054     }
2 26 Feb 07 jari 1055     
2 26 Feb 07 jari 1056     /**
2 26 Feb 07 jari 1057      * The listener to listen to menu, mouse and keyboard events.
2 26 Feb 07 jari 1058      */
2 26 Feb 07 jari 1059     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener, MouseMotionListener, KeyListener, PickListener {
2 26 Feb 07 jari 1060         public void actionPerformed(ActionEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 1061             if (event.getSource() == this.timer) {
2 26 Feb 07 jari 1062                 onTimerEvent();
2 26 Feb 07 jari 1063                 return;
2 26 Feb 07 jari 1064             }
2 26 Feb 07 jari 1065             String command = event.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 1066             if (command.equals(SET_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1067                 TerrainViewer.this.onSetCluster();
2 26 Feb 07 jari 1068             } else if (command.equals(SHOW_ELEMENTS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1069                 TerrainViewer.this.onShowElements();
2 26 Feb 07 jari 1070             } else if (command.equals(FILL_POLYGON_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1071                 TerrainViewer.this.onFillPolygon();
2 26 Feb 07 jari 1072             } else if (command.equals(SHOW_CONTROLS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1073                 TerrainViewer.this.onShowControls();
2 26 Feb 07 jari 1074             } else if (command.equals(ZOOM_IN_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1075                 TerrainViewer.this.onZoom();
2 26 Feb 07 jari 1076             } else if (command.equals(UNDO_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1077                 TerrainViewer.this.onUndo();
2 26 Feb 07 jari 1078             } else if (command.equals(DESELECT_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1079                 TerrainViewer.this.onDeselect();
2 26 Feb 07 jari 1080             } else if (command.equals(SHOW_ALL_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1081                 TerrainViewer.this.onShowAll();
2 26 Feb 07 jari 1082             } else if (command.equals(POINTS_SHAPE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1083                 TerrainViewer.this.onPointsShape();
2 26 Feb 07 jari 1084             } else if (command.equals(SPHERES_SHAPE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1085                 TerrainViewer.this.onSpheresShape();
2 26 Feb 07 jari 1086             } else if (command.equals(CUBES_SHAPE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1087                 TerrainViewer.this.onCubesShape();
2 26 Feb 07 jari 1088             } else if (command.equals(GRID_SIZE_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1089                 TerrainViewer.this.onGridSize();
2 26 Feb 07 jari 1090             } else if (command.equals(DRIFT_DIALOG_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1091                 TerrainViewer.this.onDriftDialog();
2 26 Feb 07 jari 1092             } else if (command.equals(SHOW_LINKS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1093                 TerrainViewer.this.onShowLinks();
2 26 Feb 07 jari 1094             } else if (command.equals(HIDE_LABELS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1095                 TerrainViewer.this.onHideLabels();
2 26 Feb 07 jari 1096             } else if (command.equals(USE_BILLBOARD_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1097                 TerrainViewer.this.onUseBillboard();
2 26 Feb 07 jari 1098             } else if (command.equals(LINKS_THRESHOLD_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1099                 TerrainViewer.this.onLinksThreshold();
2 26 Feb 07 jari 1100             } else if (command.equals(LINKS_WIDTH_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1101                 TerrainViewer.this.onLinksWidth();
2 26 Feb 07 jari 1102             } else if (command.equals(LAUNCH_SESSION_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 1103                 TerrainViewer.this.onLaunchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 1104             }
2 26 Feb 07 jari 1105         }
2 26 Feb 07 jari 1106
2 26 Feb 07 jari 1107         public void mouseReleased(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1108             if (e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 1109                 setEnableMenuItem(ZOOM_IN_CMD, TerrainViewer.this.selectionShape.hasSelection());
2 26 Feb 07 jari 1110                 setEnableMenuItem(DESELECT_CMD, TerrainViewer.this.selectionShape.hasSelection());
2 26 Feb 07 jari 1111                 setEnableMenuItem(SET_CLUSTER_CMD, TerrainViewer.this.selectionShape.hasSelection());
2 26 Feb 07 jari 1112                 setEnableMenuItem(SHOW_ELEMENTS_CMD, TerrainViewer.this.selectionShape.hasSelection());
2 26 Feb 07 jari 1113                 setEnableMenuItem(UNDO_CMD, TerrainViewer.this.undoManager.canUndo());
2 26 Feb 07 jari 1114                 TerrainViewer.this.popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 1115             }
2 26 Feb 07 jari 1116         }
2 26 Feb 07 jari 1117
2 26 Feb 07 jari 1118         public void onMousePressed(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 1119             TerrainViewer.this.hideElementTip();
2 26 Feb 07 jari 1120             if (event.isMetaDown() || event.isAltDown())
2 26 Feb 07 jari 1121                 return;
2 26 Feb 07 jari 1122             if (event.isShiftDown()) {
2 26 Feb 07 jari 1123                 // selection
2 26 Feb 07 jari 1124                 TerrainViewer.this.onStartSelection(event, canvas);
2 26 Feb 07 jari 1125             } else {
2 26 Feb 07 jari 1126                 if (event.isControlDown())
2 26 Feb 07 jari 1127                     TerrainViewer.this.onCtrlPicked(event, canvas);
2 26 Feb 07 jari 1128                 else
2 26 Feb 07 jari 1129                     TerrainViewer.this.onPicked(event, canvas);
2 26 Feb 07 jari 1130             }
2 26 Feb 07 jari 1131         }
2 26 Feb 07 jari 1132
2 26 Feb 07 jari 1133         public void onMouseDragged(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 1134             if (event.isShiftDown())
2 26 Feb 07 jari 1135                 TerrainViewer.this.onDragSelection(event, canvas);
2 26 Feb 07 jari 1136         }
2 26 Feb 07 jari 1137
2 26 Feb 07 jari 1138         public void onMouseReleased(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 1139             TerrainViewer.this.onReleaseSelection();
2 26 Feb 07 jari 1140         }
2 26 Feb 07 jari 1141
2 26 Feb 07 jari 1142         private PickResult[] getPickSortedResult(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 1143             canvas.setShapeLocation(event);
2 26 Feb 07 jari 1144             return canvas.pickAllSorted();
2 26 Feb 07 jari 1145         }
2 26 Feb 07 jari 1146
2 26 Feb 07 jari 1147         private PickResult[] getPickAllResult(MouseEvent event, PickCanvas canvas) {
2 26 Feb 07 jari 1148             canvas.setShapeLocation(event);
2 26 Feb 07 jari 1149             return canvas.pickAll();
2 26 Feb 07 jari 1150         }
2 26 Feb 07 jari 1151
2 26 Feb 07 jari 1152         public void keyTyped(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1153         public void keyPressed(KeyEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1154             // awt canvas events have to be used because of J3D bug
2 26 Feb 07 jari 1155             TerrainViewer.this.keyMotionBehavior.onKeyEvent(e);
2 26 Feb 07 jari 1156         }
2 26 Feb 07 jari 1157         public void keyReleased(KeyEvent e) {}
2 26 Feb 07 jari 1158
2 26 Feb 07 jari 1159         // tips monitoring
2 26 Feb 07 jari 1160         private Timer timer;
2 26 Feb 07 jari 1161         private int x = 0, y = 0;
2 26 Feb 07 jari 1162
2 26 Feb 07 jari 1163         public Listener() {
2 26 Feb 07 jari 1164             this.timer = new Timer(1000, this);
2 26 Feb 07 jari 1165             this.timer.setRepeats(false);
2 26 Feb 07 jari 1166         }
2 26 Feb 07 jari 1167
2 26 Feb 07 jari 1168         public void mouseEntered(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1169             this.timer.start();
2 26 Feb 07 jari 1170         }
2 26 Feb 07 jari 1171
2 26 Feb 07 jari 1172         public void mouseExited(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1173             this.timer.stop();
2 26 Feb 07 jari 1174         }
2 26 Feb 07 jari 1175
2 26 Feb 07 jari 1176         public void mouseMoved(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1177             this.x = e.getX();
2 26 Feb 07 jari 1178             this.y = e.getY();
2 26 Feb 07 jari 1179             TerrainViewer.this.hideElementTip();
2 26 Feb 07 jari 1180             this.timer.restart();
2 26 Feb 07 jari 1181         }
2 26 Feb 07 jari 1182
2 26 Feb 07 jari 1183         private void onTimerEvent() {
2 26 Feb 07 jari 1184             TerrainViewer.this.showElementTip(this.x, this.y);
2 26 Feb 07 jari 1185         }
2 26 Feb 07 jari 1186
2 26 Feb 07 jari 1187         public void mouseDragged(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 1188         }
2 26 Feb 07 jari 1189     }
2 26 Feb 07 jari 1190
2 26 Feb 07 jari 1191     // Undo commands
2 26 Feb 07 jari 1192     private class ZoomUndoable extends AbstractUndoableEdit {
2 26 Feb 07 jari 1193
2 26 Feb 07 jari 1194         private Point2f start;
2 26 Feb 07 jari 1195         private Point2f end;
2 26 Feb 07 jari 1196
2 26 Feb 07 jari 1197         public ZoomUndoable(Point2f start, Point2f end) {
2 26 Feb 07 jari 1198             this.start = new Point2f(start);
2 26 Feb 07 jari 1199             this.end = new Point2f(end);
2 26 Feb 07 jari 1200         }
2 26 Feb 07 jari 1201
2 26 Feb 07 jari 1202         public void undo() throws CannotUndoException {
2 26 Feb 07 jari 1203             TerrainViewer.this.doZoom(this.start, this.end);
2 26 Feb 07 jari 1204         }
2 26 Feb 07 jari 1205
2 26 Feb 07 jari 1206         public void redo() throws CannotRedoException {
2 26 Feb 07 jari 1207         }
2 26 Feb 07 jari 1208
2 26 Feb 07 jari 1209         public String getPresentationName() {
2 26 Feb 07 jari 1210             return "Zoom";
2 26 Feb 07 jari 1211         }
2 26 Feb 07 jari 1212     }
2 26 Feb 07 jari 1213
2 26 Feb 07 jari 1214
2 26 Feb 07 jari 1215
2 26 Feb 07 jari 1216   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1217    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#getExperimentID()
2 26 Feb 07 jari 1218    */
2 26 Feb 07 jari 1219   public int getExperimentID() {
2 26 Feb 07 jari 1220     return this.exptID;
2 26 Feb 07 jari 1221   }
2 26 Feb 07 jari 1222
2 26 Feb 07 jari 1223   /* (non-Javadoc)
2 26 Feb 07 jari 1224    * @see org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer#setExperimentID(int)
2 26 Feb 07 jari 1225    */
2 26 Feb 07 jari 1226   public void setExperimentID(int id) {
2 26 Feb 07 jari 1227     this.exptID = id;
2 26 Feb 07 jari 1228   }
2 26 Feb 07 jari 1229
2 26 Feb 07 jari 1230 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)