mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tfa/TFACentroidViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * TFACentroidViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on February 27, 2004, 11:43 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tfa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 /**
2 26 Feb 07 jari 28  *
2 26 Feb 07 jari 29  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 30  */
2 26 Feb 07 jari 31 public class TFACentroidViewer extends CentroidViewer {
2 26 Feb 07 jari 32     
2 26 Feb 07 jari 33     private JPopupMenu popup;  
2 26 Feb 07 jari 34     String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 35     Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 36     
2 26 Feb 07 jari 37     /** Creates a new instance of TFACentroidViewer */
2 26 Feb 07 jari 38     public TFACentroidViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 39   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 40       initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 41     }
2 26 Feb 07 jari 42     /**
2 26 Feb 07 jari 43      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 44      */
2 26 Feb 07 jari 45     public TFACentroidViewer(Experiment e, int[][] clusters, float[][] variances, float[][] means, float[][] codes, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 46       super(e, clusters, variances, means, codes);
2 26 Feb 07 jari 47       initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49   public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 50     Object[] parentConstructorArgs = super.getExpression().getArguments();
2 26 Feb 07 jari 51     return new Expression(this, this.getClass(), "new", 
2 26 Feb 07 jari 52         new Object[]{parentConstructorArgs[0], parentConstructorArgs[1], parentConstructorArgs[2], parentConstructorArgs[3], parentConstructorArgs[4], 
2 26 Feb 07 jari 53         auxTitles, auxData});
2 26 Feb 07 jari 54   }
2 26 Feb 07 jari 55     public void initialize(String[] auxTitles, Object[][] auxData){          
2 26 Feb 07 jari 56         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 57         this.auxData = auxData;        
2 26 Feb 07 jari 58   Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 59   this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 60   getContentComponent().addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 61     }
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     /**
2 26 Feb 07 jari 64      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 65      */
2 26 Feb 07 jari 66     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 67   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 68   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 69   return popup;
2 26 Feb 07 jari 70     }
2 26 Feb 07 jari 71     
2 26 Feb 07 jari 72     /**
2 26 Feb 07 jari 73      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 74      */
2 26 Feb 07 jari 75     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 76   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 77   try {
2 26 Feb 07 jari 78       //ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 79             ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getClusters(), auxTitles, auxData);           
2 26 Feb 07 jari 80   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 81       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 82       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 83   }
2 26 Feb 07 jari 84     }    
2 26 Feb 07 jari 85
2 26 Feb 07 jari 86     /**
2 26 Feb 07 jari 87      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 88      */
2 26 Feb 07 jari 89     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 90   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 91   try {
2 26 Feb 07 jari 92       //ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getCluster());
2 26 Feb 07 jari 93             ExperimentUtil.saveGeneClusterWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getCluster(), auxTitles, auxData);            
2 26 Feb 07 jari 94   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 95       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 96       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 97   }
2 26 Feb 07 jari 98     }   
2 26 Feb 07 jari 99     
2 26 Feb 07 jari 100     /**
2 26 Feb 07 jari 101      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 102      */
2 26 Feb 07 jari 103     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 104   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 105     }  
2 26 Feb 07 jari 106     
2 26 Feb 07 jari 107     /**
2 26 Feb 07 jari 108      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 109      */
2 26 Feb 07 jari 110     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 111   
2 26 Feb 07 jari 112   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 113       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 114       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 115     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 116       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 117     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 118       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 119     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 120       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 121     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 122       } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 123                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX;
2 26 Feb 07 jari 124                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 125                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 126                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 127             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 128                 yRangeOption = CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX;
2 26 Feb 07 jari 129                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 130                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 131                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 132             } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 133                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 134             } else if(command.equals(TOGGLE_REF_LINE_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 135                 showRefLine = !showRefLine;
2 26 Feb 07 jari 136                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 137             }
2 26 Feb 07 jari 138             
2 26 Feb 07 jari 139   }
2 26 Feb 07 jari 140   
2 26 Feb 07 jari 141   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 142       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 143   }
2 26 Feb 07 jari 144   
2 26 Feb 07 jari 145   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 146       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 147   }
2 26 Feb 07 jari 148   
2 26 Feb 07 jari 149   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 150       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 151     return;
2 26 Feb 07 jari 152       }
2 26 Feb 07 jari 153       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 154   }
2 26 Feb 07 jari 155     }    
2 26 Feb 07 jari 156     
2 26 Feb 07 jari 157 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)