mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tfa/TFACentroidsViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * TFACentroidsViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on February 27, 2004, 11:56 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tfa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 23
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidsViewer;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.GUIFactory;
2 26 Feb 07 jari 29
2 26 Feb 07 jari 30 /**
2 26 Feb 07 jari 31  *
2 26 Feb 07 jari 32  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 33  */
2 26 Feb 07 jari 34 public class TFACentroidsViewer extends CentroidsViewer {
2 26 Feb 07 jari 35     
2 26 Feb 07 jari 36     private static final String SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD = "save-all-clusters-cmd";
2 26 Feb 07 jari 37     private static final String SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD = "set-y-to-exp-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 38     private static final String SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD = "set-y-to-cluster-max-cmd";
2 26 Feb 07 jari 39     
2 26 Feb 07 jari 40     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 41     private JMenuItem setOverallMaxMenuItem;
2 26 Feb 07 jari 42     private JMenuItem setClusterMaxMenuItem; 
2 26 Feb 07 jari 43     String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 44     Object[][] auxData;    
2 26 Feb 07 jari 45     
2 26 Feb 07 jari 46     /** Creates a new instance of TFACentroidsViewer */
2 26 Feb 07 jari 47     public TFACentroidsViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 48         super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 49     initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 50     }
2 26 Feb 07 jari 51   /**
2 26 Feb 07 jari 52    * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 53    */
2 26 Feb 07 jari 54   public TFACentroidsViewer(CentroidViewer cv, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 55     super(cv);
2 26 Feb 07 jari 56     initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 57   }
2 26 Feb 07 jari 58   
2 26 Feb 07 jari 59   public Expression getExpression(){    
2 26 Feb 07 jari 60     Object[] parentConstructorArgs = super.getExpression().getArguments();
2 26 Feb 07 jari 61     Object[] temp = new Object[parentConstructorArgs.length + 2];
2 26 Feb 07 jari 62     int i=0;
2 26 Feb 07 jari 63     for(i=0; i<parentConstructorArgs.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 64       temp[i] = parentConstructorArgs[i];
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     temp[i] = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 67     temp[i+1] = auxData;
2 26 Feb 07 jari 68     return new Expression(this, this.getClass(), "new", temp);
2 26 Feb 07 jari 69   }
2 26 Feb 07 jari 70   
2 26 Feb 07 jari 71   private void initialize(String[] auxTitles, Object[][] auxData){
2 26 Feb 07 jari 72         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 73         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 74         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 75         this.auxData = auxData;        
2 26 Feb 07 jari 76         getContentComponent().addMouseListener(listener);         
2 26 Feb 07 jari 77     }
2 26 Feb 07 jari 78     
2 26 Feb 07 jari 79     /**
2 26 Feb 07 jari 80      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 81      */
2 26 Feb 07 jari 82     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 83         JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 84         addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 85         return popup;
2 26 Feb 07 jari 86     }   
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     /**
2 26 Feb 07 jari 89      * Adds the viewer specific menu items.
2 26 Feb 07 jari 90      */
2 26 Feb 07 jari 91     private void addMenuItems(JPopupMenu menu, Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 92         JMenuItem menuItem;
2 26 Feb 07 jari 93         menuItem = new JMenuItem("Save all clusters", GUIFactory.getIcon("save16.gif"));
2 26 Feb 07 jari 94         menuItem.setActionCommand(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD);
2 26 Feb 07 jari 95         menuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 96         menu.add(menuItem);
2 26 Feb 07 jari 97         
2 26 Feb 07 jari 98         setOverallMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to overall max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 99         setOverallMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 100         setOverallMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 101         setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 102         menu.add(setOverallMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 103         
2 26 Feb 07 jari 104         setClusterMaxMenuItem = new JMenuItem("Set Y to cluster max...", GUIFactory.getIcon("Y_range_expand.gif"));
2 26 Feb 07 jari 105         setClusterMaxMenuItem.setActionCommand(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD);
2 26 Feb 07 jari 106         setClusterMaxMenuItem.addActionListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 107         menu.add(setClusterMaxMenuItem);
2 26 Feb 07 jari 108     } 
2 26 Feb 07 jari 109     
2 26 Feb 07 jari 110     /**
2 26 Feb 07 jari 111      * Saves all clusters.
2 26 Feb 07 jari 112      */
2 26 Feb 07 jari 113     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 114         Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 115         try {
2 26 Feb 07 jari 116             //ExperimentUtil.saveExperiment(frame, getExperiment(), getData(), getClusters());
2 26 Feb 07 jari 117             ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getClusters(), auxTitles, auxData);            
2 26 Feb 07 jari 118         } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 119             JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 120             e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 121         }
2 26 Feb 07 jari 122     }    
2 26 Feb 07 jari 123
2 26 Feb 07 jari 124     /**
2 26 Feb 07 jari 125      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 126      */
2 26 Feb 07 jari 127     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 128         
2 26 Feb 07 jari 129         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 130             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 131             if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 132                 onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 133             } else if(command.equals(SET_Y_TO_EXPERIMENT_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 134                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_EXPERIMENT_MAX);
2 26 Feb 07 jari 135                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 136                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 137                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 138             } else if(command.equals(SET_Y_TO_CLUSTER_MAX_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 139                 setAllYRanges(CentroidViewer.USE_CLUSTER_MAX);
2 26 Feb 07 jari 140                 setClusterMaxMenuItem.setEnabled(false);
2 26 Feb 07 jari 141                 setOverallMaxMenuItem.setEnabled(true);
2 26 Feb 07 jari 142                 repaint();
2 26 Feb 07 jari 143             }
2 26 Feb 07 jari 144         }
2 26 Feb 07 jari 145         
2 26 Feb 07 jari 146         private void setAllYRanges(int yRangeOption){
2 26 Feb 07 jari 147             int numClusters = getClusters().length;
2 26 Feb 07 jari 148             for(int i = 0; i < numClusters; i++){
2 26 Feb 07 jari 149                 centroidViewer.setClusterIndex(i);
2 26 Feb 07 jari 150                 centroidViewer.setYRangeOption(yRangeOption);
2 26 Feb 07 jari 151             }
2 26 Feb 07 jari 152         }
2 26 Feb 07 jari 153         
2 26 Feb 07 jari 154         public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 155             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 156         }
2 26 Feb 07 jari 157         
2 26 Feb 07 jari 158         public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 159             maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 160         }
2 26 Feb 07 jari 161         
2 26 Feb 07 jari 162         private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 163             if (!e.isPopupTrigger()) {
2 26 Feb 07 jari 164                 return;
2 26 Feb 07 jari 165             }
2 26 Feb 07 jari 166             popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 167         }
2 26 Feb 07 jari 168     }    
2 26 Feb 07 jari 169     
2 26 Feb 07 jari 170 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)