mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tfa/TFAExperimentViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * TFAExperimentViewer.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on February 27, 2004, 11:10 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tfa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 /**
2 26 Feb 07 jari 14  *
2 26 Feb 07 jari 15  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 19 import java.awt.Frame;
2 26 Feb 07 jari 20 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 21 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 22 import java.awt.event.ActionListener;
2 26 Feb 07 jari 23 import java.awt.event.MouseAdapter;
2 26 Feb 07 jari 24 import java.awt.event.MouseEvent;
2 26 Feb 07 jari 25 import java.beans.Expression;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 import javax.swing.JColorChooser;
2 26 Feb 07 jari 28 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 29 import javax.swing.JPopupMenu;
2 26 Feb 07 jari 30
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidViewer;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentHeader;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentUtil;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ExperimentViewer;
2 26 Feb 07 jari 36
2 26 Feb 07 jari 37 public class TFAExperimentViewer extends ExperimentViewer {
2 26 Feb 07 jari 38
2 26 Feb 07 jari 39     private JPopupMenu popup;
2 26 Feb 07 jari 40     String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 41     Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     /** Creates a new instance of TFAExperimentViewer */
2 26 Feb 07 jari 44     public TFAExperimentViewer(Experiment experiment, int[][] clusters, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 45   super(experiment, clusters);
2 26 Feb 07 jari 46       initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 47     }
2 26 Feb 07 jari 48     
2 26 Feb 07 jari 49     /**
2 26 Feb 07 jari 50      * @inheritDoc
2 26 Feb 07 jari 51      */ 
2 26 Feb 07 jari 52     public TFAExperimentViewer(Experiment e, int[][] clusters, int[] samplesOrder, boolean drawAnnotations, ExperimentHeader header, Insets insets, String[] auxTitles, Object[][] auxData) {
2 26 Feb 07 jari 53       super(e, clusters, samplesOrder, drawAnnotations, header, insets);
2 26 Feb 07 jari 54       initialize(auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 55     } 
2 26 Feb 07 jari 56     
2 26 Feb 07 jari 57   public Expression getExpression(){
2 26 Feb 07 jari 58     Object[] parentConstructorArgs = super.getExpression().getArguments();
2 26 Feb 07 jari 59     Object[] temp = new Object[parentConstructorArgs.length + 2];
2 26 Feb 07 jari 60     int i=0;
2 26 Feb 07 jari 61     for(i=0; i<parentConstructorArgs.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 62       temp[i] = parentConstructorArgs[i];
2 26 Feb 07 jari 63     }
2 26 Feb 07 jari 64     temp[i] = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 65     temp[i+1] = auxData;
2 26 Feb 07 jari 66     return new Expression(this, this.getClass(), "new", temp);
2 26 Feb 07 jari 67   }
2 26 Feb 07 jari 68   
2 26 Feb 07 jari 69     private void initialize(String[] auxTitles, Object[][] auxData){
2 26 Feb 07 jari 70         this.auxTitles = auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 71         this.auxData = auxData;
2 26 Feb 07 jari 72         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 73         this.popup = createJPopupMenu(listener);
2 26 Feb 07 jari 74         getContentComponent().addMouseListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 75         getHeaderComponent().addMouseListener(listener);        
2 26 Feb 07 jari 76     }
2 26 Feb 07 jari 77     
2 26 Feb 07 jari 78     /**
2 26 Feb 07 jari 79      * Creates a popup menu.
2 26 Feb 07 jari 80      */
2 26 Feb 07 jari 81     private JPopupMenu createJPopupMenu(Listener listener) {
2 26 Feb 07 jari 82   JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
2 26 Feb 07 jari 83   addMenuItems(popup, listener);
2 26 Feb 07 jari 84   return popup;
2 26 Feb 07 jari 85     }   
2 26 Feb 07 jari 86     
2 26 Feb 07 jari 87     /**
2 26 Feb 07 jari 88      * Saves clusters.
2 26 Feb 07 jari 89      */
2 26 Feb 07 jari 90     private void onSaveClusters() {
2 26 Feb 07 jari 91   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 92   try {
2 26 Feb 07 jari 93       //saveClusters(frame);
2 26 Feb 07 jari 94             ExperimentUtil.saveAllGeneClustersWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getClusters(), auxTitles, auxData);            
2 26 Feb 07 jari 95   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 96       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save clusters!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 97       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99     }    
2 26 Feb 07 jari 100     
2 26 Feb 07 jari 101     /**
2 26 Feb 07 jari 102
2 26 Feb 07 jari 103      * Save the viewer cluster.
2 26 Feb 07 jari 104
2 26 Feb 07 jari 105      */
2 26 Feb 07 jari 106
2 26 Feb 07 jari 107     private void onSaveCluster() {
2 26 Feb 07 jari 108   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 109   try {
2 26 Feb 07 jari 110       //expViewer.saveCluster(frame);
2 26 Feb 07 jari 111             ExperimentUtil.saveGeneClusterWithAux(frame, this.getExperiment(), this.getData(), this.getCluster(), auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 112   } catch (Exception e) {
2 26 Feb 07 jari 113       JOptionPane.showMessageDialog(frame, "Can not save cluster!", e.toString(), JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2 26 Feb 07 jari 114       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 115   }
2 26 Feb 07 jari 116     }
2 26 Feb 07 jari 117
2 26 Feb 07 jari 118     /**
2 26 Feb 07 jari 119      * Sets a public color.
2 26 Feb 07 jari 120      */
2 26 Feb 07 jari 121     private void onSetColor() {
2 26 Feb 07 jari 122   Frame frame = JOptionPane.getFrameForComponent(getContentComponent());
2 26 Feb 07 jari 123   Color newColor = JColorChooser.showDialog(frame, "Choose color", CentroidViewer.DEF_CLUSTER_COLOR);
2 26 Feb 07 jari 124   if (newColor != null) {
2 26 Feb 07 jari 125       setClusterColor(newColor);
2 26 Feb 07 jari 126   }
2 26 Feb 07 jari 127     }
2 26 Feb 07 jari 128     
2 26 Feb 07 jari 129     /**
2 26 Feb 07 jari 130      * Removes a public color.
2 26 Feb 07 jari 131      */
2 26 Feb 07 jari 132     private void onSetDefaultColor() {
2 26 Feb 07 jari 133   setClusterColor(null);
2 26 Feb 07 jari 134     }    
2 26 Feb 07 jari 135
2 26 Feb 07 jari 136     /**
2 26 Feb 07 jari 137      * The class to listen to mouse and action events.
2 26 Feb 07 jari 138      */
2 26 Feb 07 jari 139     private class Listener extends MouseAdapter implements ActionListener {
2 26 Feb 07 jari 140   
2 26 Feb 07 jari 141   public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 142       String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 143       if (command.equals(SAVE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 144     onSaveCluster();
2 26 Feb 07 jari 145       } else if (command.equals(SAVE_ALL_CLUSTERS_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 146     onSaveClusters();
2 26 Feb 07 jari 147       } else if (command.equals(STORE_CLUSTER_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 148     storeCluster();
2 26 Feb 07 jari 149       } else if (command.equals(SET_DEF_COLOR_CMD)) {
2 26 Feb 07 jari 150     onSetDefaultColor();
2 26 Feb 07 jari 151       } else if(command.equals(LAUNCH_NEW_SESSION_CMD)){
2 26 Feb 07 jari 152                 launchNewSession();
2 26 Feb 07 jari 153             }
2 26 Feb 07 jari 154   }
2 26 Feb 07 jari 155   
2 26 Feb 07 jari 156   public void mouseReleased(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 157       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 158   }
2 26 Feb 07 jari 159   
2 26 Feb 07 jari 160   public void mousePressed(MouseEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 161       maybeShowPopup(event);
2 26 Feb 07 jari 162   }
2 26 Feb 07 jari 163   
2 26 Feb 07 jari 164   private void maybeShowPopup(MouseEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 165       
2 26 Feb 07 jari 166       if (!e.isPopupTrigger() || getCluster() == null || getCluster().length == 0) {
2 26 Feb 07 jari 167     return;
2 26 Feb 07 jari 168       }
2 26 Feb 07 jari 169       popup.show(e.getComponent(), e.getX(), e.getY());
2 26 Feb 07 jari 170   }
2 26 Feb 07 jari 171     }    
2 26 Feb 07 jari 172     
2 26 Feb 07 jari 173 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)