mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/tfa/TFAGUI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * TFAGUI.java
2 26 Feb 07 jari 7  *
2 26 Feb 07 jari 8  * Created on February 12, 2004, 10:44 AM
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.tfa;
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 import java.awt.event.ActionEvent;
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.event.WindowEvent;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import javax.swing.JFrame;
2 26 Feb 07 jari 18 import javax.swing.JOptionPane;
2 26 Feb 07 jari 19 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
2 26 Feb 07 jari 20
2 26 Feb 07 jari 21 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Cluster;
2 26 Feb 07 jari 22 import org.tigr.microarray.mev.cluster.Node;
2 26 Feb 07 jari 23 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeList;
2 26 Feb 07 jari 24 import org.tigr.microarray.mev.cluster.NodeValueList;
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AbortException;
2 26 Feb 07 jari 26 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.Algorithm;
2 26 Feb 07 jari 27 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmData;
2 26 Feb 07 jari 28 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmEvent;
2 26 Feb 07 jari 29 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmException;
2 26 Feb 07 jari 30 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmListener;
2 26 Feb 07 jari 31 import org.tigr.microarray.mev.cluster.algorithm.AlgorithmParameters;
2 26 Feb 07 jari 32 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.Experiment;
2 26 Feb 07 jari 33 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IClusterGUI;
2 26 Feb 07 jari 34 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 35 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IDistanceMenu;
2 26 Feb 07 jari 36 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IFramework;
2 26 Feb 07 jari 37 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IViewer;
2 26 Feb 07 jari 38 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.LeafInfo;
2 26 Feb 07 jari 39 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.CentroidUserObject;
2 26 Feb 07 jari 40 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.helpers.ClusterTableViewer;
2 26 Feb 07 jari 41 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.DialogListener;
2 26 Feb 07 jari 42 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.dialogs.Progress;
2 26 Feb 07 jari 43 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLGUI;
2 26 Feb 07 jari 44 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLInitDialog;
2 26 Feb 07 jari 45 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLTreeData;
2 26 Feb 07 jari 46 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.hcl.HCLViewer;
2 26 Feb 07 jari 47 import org.tigr.microarray.mev.script.scriptGUI.IScriptGUI;
2 26 Feb 07 jari 48 import org.tigr.util.FloatMatrix;
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50 /**
2 26 Feb 07 jari 51  *
2 26 Feb 07 jari 52  * @author  nbhagaba
2 26 Feb 07 jari 53  */
2 26 Feb 07 jari 54 public class TFAGUI implements IClusterGUI, IScriptGUI {
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     public static final int JUST_ALPHA = 4;
2 26 Feb 07 jari 57     public static final int STD_BONFERRONI = 5;
2 26 Feb 07 jari 58     public static final int ADJ_BONFERRONI = 6;
2 26 Feb 07 jari 59     public static final int MAX_T = 9;
2 26 Feb 07 jari 60     public static final int MIN_P = 10;
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     private Algorithm algorithm;
2 26 Feb 07 jari 63     private Progress progress;
2 26 Feb 07 jari 64     private Experiment experiment;
2 26 Feb 07 jari 65     private IData data;
2 26 Feb 07 jari 66     private int[][] clusters;
2 26 Feb 07 jari 67     private FloatMatrix means;
2 26 Feb 07 jari 68     private FloatMatrix variances;
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     Vector exptNamesVector;
2 26 Feb 07 jari 71     String[] factorNames;
2 26 Feb 07 jari 72     int[] numFactorLevels;
2 26 Feb 07 jari 73     int[] factorAAssignments, factorBAssignments;
2 26 Feb 07 jari 74     
2 26 Feb 07 jari 75     private Object[][] auxData;
2 26 Feb 07 jari 76     private String[] auxTitles;
2 26 Feb 07 jari 77     String[] clusterLabels;
2 26 Feb 07 jari 78     private boolean usePerms, drawSigTreesOnly;
2 26 Feb 07 jari 79     
2 26 Feb 07 jari 80     /** Creates a new instance of TFAGUI */
2 26 Feb 07 jari 81     public TFAGUI() {
2 26 Feb 07 jari 82     }
2 26 Feb 07 jari 83     
2 26 Feb 07 jari 84     /**
2 26 Feb 07 jari 85      * This method should return a tree with calculation results or
2 26 Feb 07 jari 86      *
2 26 Feb 07 jari 87      * null, if analysis start was canceled.
2 26 Feb 07 jari 88      *
2 26 Feb 07 jari 89      *
2 26 Feb 07 jari 90      *
2 26 Feb 07 jari 91      * @param framework the reference to <code>IFramework</code> implementation,
2 26 Feb 07 jari 92      *
2 26 Feb 07 jari 93      *        which is used to obtain an initial analysis data and parameters.
2 26 Feb 07 jari 94      *
2 26 Feb 07 jari 95      * @throws AlgorithmException if calculation was failed.
2 26 Feb 07 jari 96      *
2 26 Feb 07 jari 97      * @throws AbortException if calculation was canceled.
2 26 Feb 07 jari 98      *
2 26 Feb 07 jari 99      * @see IFramework
2 26 Feb 07 jari 100      *
2 26 Feb 07 jari 101      */
2 26 Feb 07 jari 102     public DefaultMutableTreeNode execute(IFramework framework) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 103         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 104         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 105         
2 26 Feb 07 jari 106         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 107         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 108         
2 26 Feb 07 jari 109         exptNamesVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 110         for (int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 111             exptNamesVector.add(framework.getData().getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(i)));
2 26 Feb 07 jari 112         }
2 26 Feb 07 jari 113         
2 26 Feb 07 jari 114         TFAInitBox1 t1Box = new TFAInitBox1((JFrame)framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 115         t1Box.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 116         if (!t1Box.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 117         
2 26 Feb 07 jari 118         factorNames = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 119         numFactorLevels = new int[2];
2 26 Feb 07 jari 120         
2 26 Feb 07 jari 121         factorNames[0] = t1Box.getFactorAName();
2 26 Feb 07 jari 122         factorNames[1] = t1Box.getFactorBName();
2 26 Feb 07 jari 123         
2 26 Feb 07 jari 124         String[] localClustNames =  {factorNames[0] + " significant", factorNames[1] + " significant", "Interaction signficant", factorNames[0] + " non-significant", factorNames[1] + " non-significant", "Interaction non-signficant", "Non-significant for all effects"};
2 26 Feb 07 jari 125         clusterLabels = new String[localClustNames.length];
2 26 Feb 07 jari 126         
2 26 Feb 07 jari 127         for (int i = 0; i < clusterLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 128             clusterLabels[i] = localClustNames[i];
2 26 Feb 07 jari 129         }
2 26 Feb 07 jari 130         
2 26 Feb 07 jari 131         numFactorLevels[0] = t1Box.getNumFactorALevels();
2 26 Feb 07 jari 132         numFactorLevels[1] = t1Box.getNumFactorBLevels();
2 26 Feb 07 jari 133         
2 26 Feb 07 jari 134         TFAInitBox2 t2Box  = new TFAInitBox2((JFrame)framework.getFrame(), true, exptNamesVector, factorNames, numFactorLevels);
2 26 Feb 07 jari 135         t2Box.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 136         
2 26 Feb 07 jari 137         if (!t2Box.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 138         
2 26 Feb 07 jari 139         boolean allCellsHaveOneSample = t2Box.allCellsHaveOneSample();
2 26 Feb 07 jari 140         boolean isHierarchicalTree = t2Box.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 141         drawSigTreesOnly = true;
2 26 Feb 07 jari 142         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 143             drawSigTreesOnly = t2Box.drawSigTreesOnly();
2 26 Feb 07 jari 144         }        
2 26 Feb 07 jari 145         int adjustmentMethod = t2Box.getAdjustmentMethod();
2 26 Feb 07 jari 146         float alpha = t2Box.getAlpha();
2 26 Feb 07 jari 147         factorAAssignments = t2Box.getFactorAAssignments();
2 26 Feb 07 jari 148         factorBAssignments = t2Box.getFactorBAssignments();
2 26 Feb 07 jari 149         Vector[][] bothFactorAssignments = t2Box.getBothFactorAssignments();
2 26 Feb 07 jari 150         boolean isBalancedDesign = false;
2 26 Feb 07 jari 151         if (!allCellsHaveOneSample) {
2 26 Feb 07 jari 152             isBalancedDesign = t2Box.isBalancedDesign();
2 26 Feb 07 jari 153         }
2 26 Feb 07 jari 154         usePerms = t2Box.usePerms();
2 26 Feb 07 jari 155         int numPerms = 0;
2 26 Feb 07 jari 156         if (usePerms) {
2 26 Feb 07 jari 157             numPerms = t2Box.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 158         }
2 26 Feb 07 jari 159
2 26 Feb 07 jari 160         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();        
2 26 Feb 07 jari 161         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 162         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 163             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 164         }
2 26 Feb 07 jari 165     
2 26 Feb 07 jari 166         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 167         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 168         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 169         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 170         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 171         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 172         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 173             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 174             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 175                 return null;
2 26 Feb 07 jari 176             }
2 26 Feb 07 jari 177             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 178             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 179             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 180             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 181             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 182         }
2 26 Feb 07 jari 183         
2 26 Feb 07 jari 184         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 185         
2 26 Feb 07 jari 186         try {
2 26 Feb 07 jari 187             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("TFA");
2 26 Feb 07 jari 188             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 189             
2 26 Feb 07 jari 190             int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 191             
2 26 Feb 07 jari 192             this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "Finding significant genes", listener);
2 26 Feb 07 jari 193             this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 194             
2 26 Feb 07 jari 195             AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 196             
2 26 Feb 07 jari 197             data.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 198             data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 199             data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 200                         
2 26 Feb 07 jari 201             data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 202             data.addIntArray("numFactorLevels", numFactorLevels);
2 26 Feb 07 jari 203             data.addParam("allCellsHaveOneSample", String.valueOf(allCellsHaveOneSample));
2 26 Feb 07 jari 204             data.addParam("adjustmentMethod", String.valueOf(adjustmentMethod));
2 26 Feb 07 jari 205             data.addParam("alpha", String.valueOf(alpha));
2 26 Feb 07 jari 206             data.addIntArray("factorAAssignments", factorAAssignments);
2 26 Feb 07 jari 207             data.addIntArray("factorBAssignments", factorBAssignments);
2 26 Feb 07 jari 208             data.addObjectMatrix("bothFactorAssignments", bothFactorAssignments);
2 26 Feb 07 jari 209             data.addParam("isBalancedDesign", String.valueOf(isBalancedDesign));
2 26 Feb 07 jari 210             data.addParam("usePerms", String.valueOf(usePerms));
2 26 Feb 07 jari 211             data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 212             // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 213             if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 214                 data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 215                 data.addParam("draw-sig-trees-only", String.valueOf(drawSigTreesOnly));                
2 26 Feb 07 jari 216                 data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 217                 data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 218                 data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 219                 data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 220                 data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));
2 26 Feb 07 jari 221             }
2 26 Feb 07 jari 222             
2 26 Feb 07 jari 223             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 224             AlgorithmData result = algorithm.execute(data);
2 26 Feb 07 jari 225             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 226             
2 26 Feb 07 jari 227             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 228             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 229             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 230             //AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 231             int k = 7; //resultMap.getInt("number-of-clusters"); // NEED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 232             
2 26 Feb 07 jari 233             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 234             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 235                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 236             }
2 26 Feb 07 jari 237             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 238             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 239             FloatMatrix factorAFValuesMatrix = result.getMatrix("factorAFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 240             FloatMatrix factorBFValuesMatrix = result.getMatrix("factorBFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 241             FloatMatrix interactionFValuesMatrix = result.getMatrix("interactionFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 242             
2 26 Feb 07 jari 243             FloatMatrix factorADfValuesMatrix = result.getMatrix("factorADfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 244             FloatMatrix factorBDfValuesMatrix = result.getMatrix("factorBDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 245             FloatMatrix interactionDfValuesMatrix = result.getMatrix("interactionDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 246             FloatMatrix errorDfValuesMatrix = result.getMatrix("errorDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 247             
2 26 Feb 07 jari 248             FloatMatrix origFactorAPValuesMatrix = result.getMatrix("origFactorAPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 249             FloatMatrix origFactorBPValuesMatrix = result.getMatrix("origFactorBPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 250             FloatMatrix origInteractionPValuesMatrix = result.getMatrix("origInteractionPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 251             
2 26 Feb 07 jari 252             FloatMatrix adjFactorAPValuesMatrix = result.getMatrix("adjFactorAPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 253             FloatMatrix adjFactorBPValuesMatrix = result.getMatrix("adjFactorBPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 254             FloatMatrix adjInteractionPValuesMatrix = result.getMatrix("adjInteractionPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 255             
2 26 Feb 07 jari 256             auxTitles = new String[13];
2 26 Feb 07 jari 257             //auxTitles = {"Adj. p-values (" + factorNames[0] + ")", "Adj. p-values (" + factorNames[1] + ")",  "Adj. p-values (interaction)", factorName[0] + " Orig. p-values", factorNames[0] + " F-ratio", factorNames[1] + "F-Ratio", "Interaction F-Ratio" };
2 26 Feb 07 jari 258             auxTitles[0] = "Adj. p-values (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 259             auxTitles[1] = "Adj. p-values (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 260             auxTitles[2] = "Adj. p-values (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 261             auxTitles[3] = "Orig. p-values (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 262             auxTitles[4] = "Orig. p-values (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 263             auxTitles[5] = "Orig. p-values (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 264             auxTitles[6] = "F-ratio (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 265             auxTitles[7] = "F-ratio (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 266             auxTitles[8] = "F-ratio (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 267             auxTitles[9] = "df (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 268             auxTitles[10] = "df (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 269             auxTitles[11] = "df (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 270             auxTitles[12] = "df (error)";
2 26 Feb 07 jari 271             
2 26 Feb 07 jari 272             auxData = new Object[factorAFValuesMatrix.A.length][13];
2 26 Feb 07 jari 273             
2 26 Feb 07 jari 274             for (int i = 0; i < auxData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 275                 auxData[i][0] = new Float(adjFactorAPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 276                 auxData[i][1] = new Float(adjFactorBPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 277                 auxData[i][2] = new Float(adjInteractionPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 278                 auxData[i][3] = new Float(origFactorAPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 279                 auxData[i][4] = new Float(origFactorBPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 280                 auxData[i][5] = new Float(origInteractionPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 281                 auxData[i][6] = new Float(factorAFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 282                 auxData[i][7] = new Float(factorBFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 283                 auxData[i][8] = new Float(interactionFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 284                 auxData[i][9] = new Integer((int)(factorADfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 285                 auxData[i][10] = new Integer((int)(factorBDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 286                 auxData[i][11] = new Integer((int)(interactionDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 287                 auxData[i][12] = new Integer((int)(errorDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 288             }
2 26 Feb 07 jari 289             
2 26 Feb 07 jari 290             
2 26 Feb 07 jari 291             
2 26 Feb 07 jari 292             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 293             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 294             //ADD MORE INFO PARAMETERS HERE
2 26 Feb 07 jari 295             info.alpha = alpha;
2 26 Feb 07 jari 296             info.adjMethod = getAdjMethod(adjustmentMethod);
2 26 Feb 07 jari 297             info.pValueBasedOn = getPValueBasedOn(usePerms);
2 26 Feb 07 jari 298             if (usePerms) {
2 26 Feb 07 jari 299                 //info.useAllCombs = useAllCombs;
2 26 Feb 07 jari 300                 info.numPerms = numPerms;
2 26 Feb 07 jari 301             }
2 26 Feb 07 jari 302             info.function = menu.getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 303             info.hcl = isHierarchicalTree;
2 26 Feb 07 jari 304             info.hcl_genes = hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 305             info.hcl_samples = hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 306             info.hcl_method = hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 307             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 308             
2 26 Feb 07 jari 309         } finally {
2 26 Feb 07 jari 310             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 311                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 312             }
2 26 Feb 07 jari 313             if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 314                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 315             }
2 26 Feb 07 jari 316             /*
2 26 Feb 07 jari 317             if (monitor != null) {
2 26 Feb 07 jari 318                 monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 319             }
2 26 Feb 07 jari 320              */
2 26 Feb 07 jari 321         }
2 26 Feb 07 jari 322         
2 26 Feb 07 jari 323         //return null; // for now
2 26 Feb 07 jari 324     }
2 26 Feb 07 jari 325     
2 26 Feb 07 jari 326     
2 26 Feb 07 jari 327     
2 26 Feb 07 jari 328     public AlgorithmData getScriptParameters(IFramework framework) {
2 26 Feb 07 jari 329         this.experiment = framework.getData().getExperiment();
2 26 Feb 07 jari 330         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 331         
2 26 Feb 07 jari 332         int number_of_samples = experiment.getNumberOfSamples();
2 26 Feb 07 jari 333         int number_of_genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 334         
2 26 Feb 07 jari 335         exptNamesVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 336         for (int i = 0; i < number_of_samples; i++) {
2 26 Feb 07 jari 337             exptNamesVector.add(framework.getData().getFullSampleName(experiment.getSampleIndex(i)));            
2 26 Feb 07 jari 338         }
2 26 Feb 07 jari 339         
2 26 Feb 07 jari 340         TFAInitBox1 t1Box = new TFAInitBox1((JFrame)framework.getFrame(), true);
2 26 Feb 07 jari 341         t1Box.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 342         if (!t1Box.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 343         
2 26 Feb 07 jari 344         factorNames = new String[2];
2 26 Feb 07 jari 345         numFactorLevels = new int[2];
2 26 Feb 07 jari 346         
2 26 Feb 07 jari 347         factorNames[0] = t1Box.getFactorAName();
2 26 Feb 07 jari 348         factorNames[1] = t1Box.getFactorBName();
2 26 Feb 07 jari 349         
2 26 Feb 07 jari 350         String[] localClustNames =  {factorNames[0] + " significant", factorNames[1] + " significant", "Interaction signficant", factorNames[0] + " non-significant", factorNames[1] + " non-significant", "Interaction non-signficant", "Non-significant for all effects"};
2 26 Feb 07 jari 351         clusterLabels = new String[localClustNames.length];
2 26 Feb 07 jari 352         
2 26 Feb 07 jari 353         for (int i = 0; i < clusterLabels.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 354             clusterLabels[i] = localClustNames[i];
2 26 Feb 07 jari 355         }
2 26 Feb 07 jari 356         
2 26 Feb 07 jari 357         numFactorLevels[0] = t1Box.getNumFactorALevels();
2 26 Feb 07 jari 358         numFactorLevels[1] = t1Box.getNumFactorBLevels();
2 26 Feb 07 jari 359         
2 26 Feb 07 jari 360         TFAInitBox2 t2Box  = new TFAInitBox2((JFrame)framework.getFrame(), true, exptNamesVector, factorNames, numFactorLevels);
2 26 Feb 07 jari 361         t2Box.setVisible(true);
2 26 Feb 07 jari 362         
2 26 Feb 07 jari 363         if (!t2Box.isOkPressed()) return null;
2 26 Feb 07 jari 364         
2 26 Feb 07 jari 365         boolean allCellsHaveOneSample = t2Box.allCellsHaveOneSample();
2 26 Feb 07 jari 366         boolean isHierarchicalTree = t2Box.drawTrees();
2 26 Feb 07 jari 367         drawSigTreesOnly = true;
2 26 Feb 07 jari 368         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 369             drawSigTreesOnly = t2Box.drawSigTreesOnly();
2 26 Feb 07 jari 370         }        
2 26 Feb 07 jari 371         
2 26 Feb 07 jari 372         int adjustmentMethod = t2Box.getAdjustmentMethod();
2 26 Feb 07 jari 373         float alpha = t2Box.getAlpha();
2 26 Feb 07 jari 374         factorAAssignments = t2Box.getFactorAAssignments();
2 26 Feb 07 jari 375         factorBAssignments = t2Box.getFactorBAssignments();
2 26 Feb 07 jari 376         Vector[][] bothFactorAssignments = t2Box.getBothFactorAssignments();
2 26 Feb 07 jari 377         boolean isBalancedDesign = false;
2 26 Feb 07 jari 378         if (!allCellsHaveOneSample) {
2 26 Feb 07 jari 379             isBalancedDesign = t2Box.isBalancedDesign();
2 26 Feb 07 jari 380         }
2 26 Feb 07 jari 381         usePerms = t2Box.usePerms();
2 26 Feb 07 jari 382         int numPerms = 0;
2 26 Feb 07 jari 383         if (usePerms) {
2 26 Feb 07 jari 384             numPerms = t2Box.getNumPerms();
2 26 Feb 07 jari 385         }
2 26 Feb 07 jari 386         
2 26 Feb 07 jari 387         IDistanceMenu menu = framework.getDistanceMenu();        
2 26 Feb 07 jari 388         int function = menu.getDistanceFunction();
2 26 Feb 07 jari 389         if (function == Algorithm.DEFAULT) {
2 26 Feb 07 jari 390             function = Algorithm.EUCLIDEAN;
2 26 Feb 07 jari 391         }
2 26 Feb 07 jari 392         
2 26 Feb 07 jari 393         // hcl init
2 26 Feb 07 jari 394         int hcl_method = 0;
2 26 Feb 07 jari 395         boolean hcl_samples = false;
2 26 Feb 07 jari 396         boolean hcl_genes = false;
2 26 Feb 07 jari 397         int hcl_function = 4;
2 26 Feb 07 jari 398         boolean hcl_absolute = false;
2 26 Feb 07 jari 399         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 400             HCLInitDialog hcl_dialog = new HCLInitDialog(framework.getFrame(), menu.getFunctionName(function), menu.isAbsoluteDistance(), true);
2 26 Feb 07 jari 401             if (hcl_dialog.showModal() != JOptionPane.OK_OPTION) {
2 26 Feb 07 jari 402                 return null;
2 26 Feb 07 jari 403             }
2 26 Feb 07 jari 404             hcl_method = hcl_dialog.getMethod();
2 26 Feb 07 jari 405             hcl_samples = hcl_dialog.isClusterExperiments();
2 26 Feb 07 jari 406             hcl_genes = hcl_dialog.isClusterGenes();
2 26 Feb 07 jari 407             hcl_function = hcl_dialog.getDistanceMetric();
2 26 Feb 07 jari 408             hcl_absolute = hcl_dialog.getAbsoluteSelection();
2 26 Feb 07 jari 409         }
2 26 Feb 07 jari 410         
2 26 Feb 07 jari 411         int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 412         
2 26 Feb 07 jari 413         AlgorithmData data = new AlgorithmData();
2 26 Feb 07 jari 414         data.addStringArray("cluster-labels", this.clusterLabels);
2 26 Feb 07 jari 415         data.addStringArray("factor-names", this.factorNames);
2 26 Feb 07 jari 416         data.addParam("distance-factor", String.valueOf(1.0f));
2 26 Feb 07 jari 417
2 26 Feb 07 jari 418         data.addParam("distance-absolute", String.valueOf(menu.isAbsoluteDistance()));
2 26 Feb 07 jari 419         
2 26 Feb 07 jari 420         data.addParam("distance-function", String.valueOf(function));
2 26 Feb 07 jari 421         data.addIntArray("numFactorLevels", numFactorLevels);
2 26 Feb 07 jari 422         data.addParam("allCellsHaveOneSample", String.valueOf(allCellsHaveOneSample));
2 26 Feb 07 jari 423         data.addParam("adjustmentMethod", String.valueOf(adjustmentMethod));
2 26 Feb 07 jari 424         data.addParam("alpha", String.valueOf(alpha));
2 26 Feb 07 jari 425         data.addIntArray("factorAAssignments", factorAAssignments);
2 26 Feb 07 jari 426         data.addIntArray("factorBAssignments", factorBAssignments);
2 26 Feb 07 jari 427         data.addObjectMatrix("bothFactorAssignments", bothFactorAssignments);
2 26 Feb 07 jari 428         data.addParam("isBalancedDesign", String.valueOf(isBalancedDesign));
2 26 Feb 07 jari 429         data.addParam("usePerms", String.valueOf(usePerms));
2 26 Feb 07 jari 430         data.addParam("numPerms", String.valueOf(numPerms));
2 26 Feb 07 jari 431         // hcl parameters
2 26 Feb 07 jari 432         if (isHierarchicalTree) {
2 26 Feb 07 jari 433             data.addParam("hierarchical-tree", String.valueOf(true));
2 26 Feb 07 jari 434             data.addParam("draw-sig-trees-only", String.valueOf(drawSigTreesOnly));            
2 26 Feb 07 jari 435             data.addParam("method-linkage", String.valueOf(hcl_method));
2 26 Feb 07 jari 436             data.addParam("calculate-genes", String.valueOf(hcl_genes));
2 26 Feb 07 jari 437             data.addParam("calculate-experiments", String.valueOf(hcl_samples));
2 26 Feb 07 jari 438             data.addParam("hcl-distance-function", String.valueOf(hcl_function));
2 26 Feb 07 jari 439             data.addParam("hcl-distance-absolute", String.valueOf(hcl_absolute));            
2 26 Feb 07 jari 440         }
2 26 Feb 07 jari 441         
2 26 Feb 07 jari 442         // alg name
2 26 Feb 07 jari 443         data.addParam("name", "2 Fact. ANOVA");
2 26 Feb 07 jari 444         
2 26 Feb 07 jari 445         // alg type
2 26 Feb 07 jari 446         data.addParam("alg-type", "cluster-genes");
2 26 Feb 07 jari 447         
2 26 Feb 07 jari 448         // output class
2 26 Feb 07 jari 449         data.addParam("output-class", "partition-output");
2 26 Feb 07 jari 450         
2 26 Feb 07 jari 451         //output nodes
2 26 Feb 07 jari 452         data.addStringArray("output-nodes", clusterLabels);
2 26 Feb 07 jari 453         return data;
2 26 Feb 07 jari 454     }
2 26 Feb 07 jari 455     
2 26 Feb 07 jari 456     
2 26 Feb 07 jari 457     public DefaultMutableTreeNode executeScript(IFramework framework, AlgorithmData algData, Experiment experiment) throws AlgorithmException {
2 26 Feb 07 jari 458         this.experiment = experiment;
2 26 Feb 07 jari 459         this.data = framework.getData();
2 26 Feb 07 jari 460         exptNamesVector = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 461         for (int i = 0; i < data.getFeaturesCount(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 462             exptNamesVector.add(framework.getData().getFullSampleName(i));
2 26 Feb 07 jari 463         }        
2 26 Feb 07 jari 464         this.clusterLabels = algData.getStringArray("cluster-labels");
2 26 Feb 07 jari 465         this.factorNames = algData.getStringArray("factor-names");
2 26 Feb 07 jari 466         this.factorAAssignments = algData.getIntArray("factorAAssignments");
2 26 Feb 07 jari 467         this.factorBAssignments = algData.getIntArray("factorBAssignments");
2 26 Feb 07 jari 468         this.drawSigTreesOnly = algData.getParams().getBoolean("draw-sig-trees-only");        
2 26 Feb 07 jari 469         algData.addMatrix("experiment", experiment.getMatrix());
2 26 Feb 07 jari 470         Listener listener = new Listener();
2 26 Feb 07 jari 471         
2 26 Feb 07 jari 472         try {
2 26 Feb 07 jari 473             algorithm = framework.getAlgorithmFactory().getAlgorithm("TFA");
2 26 Feb 07 jari 474             algorithm.addAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 475             
2 26 Feb 07 jari 476             int genes = experiment.getNumberOfGenes();
2 26 Feb 07 jari 477             
2 26 Feb 07 jari 478             this.progress = new Progress(framework.getFrame(), "Finding significant genes", listener);
2 26 Feb 07 jari 479             this.progress.show();
2 26 Feb 07 jari 480             
2 26 Feb 07 jari 481             long start = System.currentTimeMillis();
2 26 Feb 07 jari 482             AlgorithmData result = algorithm.execute(algData);
2 26 Feb 07 jari 483             long time = System.currentTimeMillis() - start;
2 26 Feb 07 jari 484             
2 26 Feb 07 jari 485             // getting the results
2 26 Feb 07 jari 486             Cluster result_cluster = result.getCluster("cluster");
2 26 Feb 07 jari 487             NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 488             //AlgorithmParameters resultMap = result.getParams();
2 26 Feb 07 jari 489             int k = 7; //resultMap.getInt("number-of-clusters"); // NEED THIS TO GET THE VALUE OF NUMBER-OF-CLUSTERS
2 26 Feb 07 jari 490             
2 26 Feb 07 jari 491             this.clusters = new int[k][];
2 26 Feb 07 jari 492             for (int i=0; i<k; i++) {
2 26 Feb 07 jari 493                 clusters[i] = nodeList.getNode(i).getFeaturesIndexes();
2 26 Feb 07 jari 494             }
2 26 Feb 07 jari 495             this.means = result.getMatrix("clusters_means");
2 26 Feb 07 jari 496             this.variances = result.getMatrix("clusters_variances");
2 26 Feb 07 jari 497             FloatMatrix factorAFValuesMatrix = result.getMatrix("factorAFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 498             FloatMatrix factorBFValuesMatrix = result.getMatrix("factorBFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 499             FloatMatrix interactionFValuesMatrix = result.getMatrix("interactionFValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 500             
2 26 Feb 07 jari 501             FloatMatrix factorADfValuesMatrix = result.getMatrix("factorADfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 502             FloatMatrix factorBDfValuesMatrix = result.getMatrix("factorBDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 503             FloatMatrix interactionDfValuesMatrix = result.getMatrix("interactionDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 504             FloatMatrix errorDfValuesMatrix = result.getMatrix("errorDfValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 505             
2 26 Feb 07 jari 506             FloatMatrix origFactorAPValuesMatrix = result.getMatrix("origFactorAPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 507             FloatMatrix origFactorBPValuesMatrix = result.getMatrix("origFactorBPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 508             FloatMatrix origInteractionPValuesMatrix = result.getMatrix("origInteractionPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 509             
2 26 Feb 07 jari 510             FloatMatrix adjFactorAPValuesMatrix = result.getMatrix("adjFactorAPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 511             FloatMatrix adjFactorBPValuesMatrix = result.getMatrix("adjFactorBPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 512             FloatMatrix adjInteractionPValuesMatrix = result.getMatrix("adjInteractionPValuesMatrix");
2 26 Feb 07 jari 513             
2 26 Feb 07 jari 514             auxTitles = new String[13];
2 26 Feb 07 jari 515             //auxTitles = {"Adj. p-values (" + factorNames[0] + ")", "Adj. p-values (" + factorNames[1] + ")",  "Adj. p-values (interaction)", factorName[0] + " Orig. p-values", factorNames[0] + " F-ratio", factorNames[1] + "F-Ratio", "Interaction F-Ratio" };
2 26 Feb 07 jari 516             auxTitles[0] = "Adj. p-values (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 517             auxTitles[1] = "Adj. p-values (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 518             auxTitles[2] = "Adj. p-values (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 519             auxTitles[3] = "Orig. p-values (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 520             auxTitles[4] = "Orig. p-values (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 521             auxTitles[5] = "Orig. p-values (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 522             auxTitles[6] = "F-ratio (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 523             auxTitles[7] = "F-ratio (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 524             auxTitles[8] = "F-ratio (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 525             auxTitles[9] = "df (" + factorNames[0] + ")";
2 26 Feb 07 jari 526             auxTitles[10] = "df (" + factorNames[1] + ")";
2 26 Feb 07 jari 527             auxTitles[11] = "df (interaction)";
2 26 Feb 07 jari 528             auxTitles[12] = "df (error)";
2 26 Feb 07 jari 529             
2 26 Feb 07 jari 530             auxData = new Object[factorAFValuesMatrix.A.length][13];
2 26 Feb 07 jari 531             
2 26 Feb 07 jari 532             for (int i = 0; i < auxData.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 533                 auxData[i][0] = new Float(adjFactorAPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 534                 auxData[i][1] = new Float(adjFactorBPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 535                 auxData[i][2] = new Float(adjInteractionPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 536                 auxData[i][3] = new Float(origFactorAPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 537                 auxData[i][4] = new Float(origFactorBPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 538                 auxData[i][5] = new Float(origInteractionPValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 539                 auxData[i][6] = new Float(factorAFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 540                 auxData[i][7] = new Float(factorBFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 541                 auxData[i][8] = new Float(interactionFValuesMatrix.A[i][0]);
2 26 Feb 07 jari 542                 auxData[i][9] = new Integer((int)(factorADfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 543                 auxData[i][10] = new Integer((int)(factorBDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 544                 auxData[i][11] = new Integer((int)(interactionDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 545                 auxData[i][12] = new Integer((int)(errorDfValuesMatrix.A[i][0]));
2 26 Feb 07 jari 546             }
2 26 Feb 07 jari 547             
2 26 Feb 07 jari 548             AlgorithmParameters params = algData.getParams();
2 26 Feb 07 jari 549             
2 26 Feb 07 jari 550             
2 26 Feb 07 jari 551             GeneralInfo info = new GeneralInfo();
2 26 Feb 07 jari 552             info.time = time;
2 26 Feb 07 jari 553             //ADD MORE INFO PARAMETERS HERE
2 26 Feb 07 jari 554             info.alpha = params.getFloat("alpha");
2 26 Feb 07 jari 555             info.adjMethod = this.getAdjMethod(params.getInt("adjustmentMethod"));
2 26 Feb 07 jari 556             info.pValueBasedOn = getPValueBasedOn(params.getBoolean("usePerms"));
2 26 Feb 07 jari 557             if (usePerms) {
2 26 Feb 07 jari 558                 //info.useAllCombs = useAllCombs;
2 26 Feb 07 jari 559                 info.numPerms = params.getInt("numPerms");
2 26 Feb 07 jari 560             }
2 26 Feb 07 jari 561             int function = params.getInt("distance-function");
2 26 Feb 07 jari 562             info.function = framework.getDistanceMenu().getFunctionName(function);
2 26 Feb 07 jari 563             info.hcl = params.getBoolean("hierarchical-tree");
2 26 Feb 07 jari 564             info.hcl_genes = params.getBoolean("calculate-genes");
2 26 Feb 07 jari 565             info.hcl_samples = params.getBoolean("calculate-experiments");
2 26 Feb 07 jari 566             if(info.hcl)
2 26 Feb 07 jari 567                 info.hcl_method = params.getInt("method-linkage");
2 26 Feb 07 jari 568             return createResultTree(result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 569             
2 26 Feb 07 jari 570         } finally {
2 26 Feb 07 jari 571             if (algorithm != null) {
2 26 Feb 07 jari 572                 algorithm.removeAlgorithmListener(listener);
2 26 Feb 07 jari 573             }
2 26 Feb 07 jari 574             if (progress != null) {
2 26 Feb 07 jari 575                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 576             }
2 26 Feb 07 jari 577         }
2 26 Feb 07 jari 578     }
2 26 Feb 07 jari 579     
2 26 Feb 07 jari 580     
2 26 Feb 07 jari 581     private String getPValueBasedOn(boolean isPerm) {
2 26 Feb 07 jari 582         String str = "";
2 26 Feb 07 jari 583         if (isPerm) {
2 26 Feb 07 jari 584             str = "permutation";
2 26 Feb 07 jari 585         } else {
2 26 Feb 07 jari 586             str = "F-distribution";
2 26 Feb 07 jari 587         }
2 26 Feb 07 jari 588         
2 26 Feb 07 jari 589         return str;
2 26 Feb 07 jari 590     }
2 26 Feb 07 jari 591     
2 26 Feb 07 jari 592     private String getAdjMethod(int adjMethod) {
2 26 Feb 07 jari 593         String methodName = "";
2 26 Feb 07 jari 594         
2 26 Feb 07 jari 595         if (adjMethod == JUST_ALPHA) {
2 26 Feb 07 jari 596             methodName = "None";
2 26 Feb 07 jari 597         } else if (adjMethod == STD_BONFERRONI) {
2 26 Feb 07 jari 598             methodName = "Standard Bonferroni correction";
2 26 Feb 07 jari 599         } else if (adjMethod == ADJ_BONFERRONI) {
2 26 Feb 07 jari 600             methodName = "Adjusted Bonferroni correction";
2 26 Feb 07 jari 601         } else if (adjMethod == MIN_P) {
2 26 Feb 07 jari 602             methodName = "Step-down Westfall Young: Min P";
2 26 Feb 07 jari 603         } else if (adjMethod == MAX_T) {
2 26 Feb 07 jari 604             methodName = "Step-down Westfall Young: Max T";
2 26 Feb 07 jari 605         }
2 26 Feb 07 jari 606         
2 26 Feb 07 jari 607         return methodName;
2 26 Feb 07 jari 608     }
2 26 Feb 07 jari 609     
2 26 Feb 07 jari 610     /**
2 26 Feb 07 jari 611      * Creates a result tree to be inserted into the framework analysis node.
2 26 Feb 07 jari 612      */
2 26 Feb 07 jari 613     private DefaultMutableTreeNode createResultTree(Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 614         DefaultMutableTreeNode root = new DefaultMutableTreeNode("Two-factor ANOVA");
2 26 Feb 07 jari 615         addResultNodes(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 616         return root;
2 26 Feb 07 jari 617     }
2 26 Feb 07 jari 618     
2 26 Feb 07 jari 619     /**
2 26 Feb 07 jari 620      * Adds result nodes into the tree root.
2 26 Feb 07 jari 621      */
2 26 Feb 07 jari 622     private void addResultNodes(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 623         addExpressionImages(root);
2 26 Feb 07 jari 624         addHierarchicalTrees(root, result_cluster, info);
2 26 Feb 07 jari 625         addCentroidViews(root);
2 26 Feb 07 jari 626         addClusterInfo(root);
2 26 Feb 07 jari 627         addTableViews(root);
2 26 Feb 07 jari 628         addGeneralInfo(root, info);
2 26 Feb 07 jari 629     }
2 26 Feb 07 jari 630     
2 26 Feb 07 jari 631     /**
2 26 Feb 07 jari 632      * Adds nodes to display clusters data.
2 26 Feb 07 jari 633      */
2 26 Feb 07 jari 634     private void addExpressionImages(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 635         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Expression Images");
2 26 Feb 07 jari 636         IViewer expViewer = new TFAExperimentViewer(this.experiment, this.clusters, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 637         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 638             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], expViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 639         }
2 26 Feb 07 jari 640         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 641     }
2 26 Feb 07 jari 642     
2 26 Feb 07 jari 643     private void addTableViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 644         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Table views");
2 26 Feb 07 jari 645         IViewer tableViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, data, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 646         //IViewer tableViewer = new ClusterTableViewer(this.experiment, this.clusters, data);
2 26 Feb 07 jari 647         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 648             node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], tableViewer, new Integer(i))));
2 26 Feb 07 jari 649         }
2 26 Feb 07 jari 650         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 651     }
2 26 Feb 07 jari 652     
2 26 Feb 07 jari 653     /**
2 26 Feb 07 jari 654      * Adds nodes to display hierarchical trees.
2 26 Feb 07 jari 655      */
2 26 Feb 07 jari 656     private void addHierarchicalTrees(DefaultMutableTreeNode root, Cluster result_cluster, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 657         if (!info.hcl) {
2 26 Feb 07 jari 658             return;
2 26 Feb 07 jari 659         }
2 26 Feb 07 jari 660         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Hierarchical Trees");
2 26 Feb 07 jari 661         NodeList nodeList = result_cluster.getNodeList();
2 26 Feb 07 jari 662         
2 26 Feb 07 jari 663         if (!drawSigTreesOnly) {
2 26 Feb 07 jari 664             for (int i=0; i<nodeList.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 665                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info))));
2 26 Feb 07 jari 666             }
2 26 Feb 07 jari 667         } else {
2 26 Feb 07 jari 668             for (int i=0; i<nodeList.getSize(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 669                 if (i <= 2) {
2 26 Feb 07 jari 670                 node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], createHCLViewer(nodeList.getNode(i), info))));
2 26 Feb 07 jari 671                 }
2 26 Feb 07 jari 672             }            
2 26 Feb 07 jari 673         }
2 26 Feb 07 jari 674         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 675     }
2 26 Feb 07 jari 676     
2 26 Feb 07 jari 677     /**
2 26 Feb 07 jari 678      * Creates an <code>HCLViewer</code>.
2 26 Feb 07 jari 679      */
2 26 Feb 07 jari 680     private IViewer createHCLViewer(Node clusterNode, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 681         HCLTreeData genes_result = info.hcl_genes ? getResult(clusterNode, 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 682         HCLTreeData samples_result = info.hcl_samples ? getResult(clusterNode, info.hcl_genes ? 4 : 0) : null;
2 26 Feb 07 jari 683         return new HCLViewer(this.experiment, clusterNode.getFeaturesIndexes(), genes_result, samples_result);
2 26 Feb 07 jari 684     }
2 26 Feb 07 jari 685     
2 26 Feb 07 jari 686     /**
2 26 Feb 07 jari 687      * Adds nodes to display centroid charts.
2 26 Feb 07 jari 688      */
2 26 Feb 07 jari 689     private void addCentroidViews(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 690         DefaultMutableTreeNode centroidNode = new DefaultMutableTreeNode("Centroid Graphs");
2 26 Feb 07 jari 691         DefaultMutableTreeNode expressionNode = new DefaultMutableTreeNode("Expression Graphs");
2 26 Feb 07 jari 692         TFACentroidViewer centroidViewer = new TFACentroidViewer(this.experiment, clusters, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 693         centroidViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 694         centroidViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 695         for (int i=0; i<this.clusters.length; i++) {
2 26 Feb 07 jari 696             centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 697             expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo(clusterLabels[i], centroidViewer, new CentroidUserObject(i, CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 698         }
2 26 Feb 07 jari 699         
2 26 Feb 07 jari 700         TFACentroidsViewer centroidsViewer = new TFACentroidsViewer(this.experiment, clusters, auxTitles, auxData);
2 26 Feb 07 jari 701         centroidsViewer.setMeans(this.means.A);
2 26 Feb 07 jari 702         centroidsViewer.setVariances(this.variances.A);
2 26 Feb 07 jari 703         
2 26 Feb 07 jari 704         centroidNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Genes", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VARIANCES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 705         expressionNode.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("All Genes", centroidsViewer, new Integer(CentroidUserObject.VALUES_MODE))));
2 26 Feb 07 jari 706         
2 26 Feb 07 jari 707         root.add(centroidNode);
2 26 Feb 07 jari 708         root.add(expressionNode);
2 26 Feb 07 jari 709     }
2 26 Feb 07 jari 710     
2 26 Feb 07 jari 711     /**
2 26 Feb 07 jari 712      * Returns a hcl tree data from the specified cluster node.
2 26 Feb 07 jari 713      */
2 26 Feb 07 jari 714     private HCLTreeData getResult(Node clusterNode, int pos) {
2 26 Feb 07 jari 715         HCLTreeData data = new HCLTreeData();
2 26 Feb 07 jari 716         NodeValueList valueList = clusterNode.getValues();
2 26 Feb 07 jari 717         data.child_1_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos).value;
2 26 Feb 07 jari 718         data.child_2_array = (int[])valueList.getNodeValue(pos+1).value;
2 26 Feb 07 jari 719         data.node_order = (int[])valueList.getNodeValue(pos+2).value;
2 26 Feb 07 jari 720         data.height = (float[])valueList.getNodeValue(pos+3).value;
2 26 Feb 07 jari 721         return data;
2 26 Feb 07 jari 722     }
2 26 Feb 07 jari 723     
2 26 Feb 07 jari 724     /**
2 26 Feb 07 jari 725      * Adds node with cluster information.
2 26 Feb 07 jari 726      */
2 26 Feb 07 jari 727     private void addClusterInfo(DefaultMutableTreeNode root) {
2 26 Feb 07 jari 728         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("Cluster Information");
2 26 Feb 07 jari 729         node.add(new DefaultMutableTreeNode(new LeafInfo("Results (#,%)", new TFAInfoViewer(this.clusters, this.experiment.getNumberOfGenes(), factorNames))));
2 26 Feb 07 jari 730         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 731     }
2 26 Feb 07 jari 732     
2 26 Feb 07 jari 733     /**
2 26 Feb 07 jari 734      * Adds node with general iformation.
2 26 Feb 07 jari 735      */
2 26 Feb 07 jari 736     private void addGeneralInfo(DefaultMutableTreeNode root, GeneralInfo info) {
2 26 Feb 07 jari 737         DefaultMutableTreeNode node = new DefaultMutableTreeNode("General Information");
2 26 Feb 07 jari 738         //node.add(new DefaultMutableTreeNode("Test design: " + info.getTestDesign()));
2 26 Feb 07 jari 739         node.add(getGroupAssignmentInfo());
2 26 Feb 07 jari 740         
2 26 Feb 07 jari 741         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Alpha (overall threshold p-value): "+info.alpha));
2 26 Feb 07 jari 742         node.add(new DefaultMutableTreeNode("P-values based on: "+info.pValueBasedOn));
2 26 Feb 07 jari 743         if (usePerms) {
2 26 Feb 07 jari 744             node.add(new DefaultMutableTreeNode("Number of permutations per gene: " + info.numPerms));
2 26 Feb 07 jari 745         }
2 26 Feb 07 jari 746         node.add(new DefaultMutableTreeNode("P-value adjustment: "+info.adjMethod));
2 26 Feb 07 jari 747         node.add(new DefaultMutableTreeNode("HCL: "+info.getMethodName()));
2 26 Feb 07 jari 748         node.add(new DefaultMutableTreeNode("Time: "+String.valueOf(info.time)+" ms"));
2 26 Feb 07 jari 749         node.add(new DefaultMutableTreeNode(info.function));
2 26 Feb 07 jari 750         root.add(node);
2 26 Feb 07 jari 751     }
2 26 Feb 07 jari 752     
2 26 Feb 07 jari 753     private DefaultMutableTreeNode getGroupAssignmentInfo() {
2 26 Feb 07 jari 754         DefaultMutableTreeNode groupAssignmentInfo = new DefaultMutableTreeNode("Factor Assignments");
2 26 Feb 07 jari 755         DefaultMutableTreeNode factorANode = new DefaultMutableTreeNode(factorNames[0]);
2 26 Feb 07 jari 756         DefaultMutableTreeNode factorBNode = new DefaultMutableTreeNode(factorNames[1]);
2 26 Feb 07 jari 757         for (int i = 0; i < exptNamesVector.size(); i++) {
2 26 Feb 07 jari 758             if (factorAAssignments[i] != 0) {
2 26 Feb 07 jari 759                 factorANode.add(new DefaultMutableTreeNode((String)(exptNamesVector.get(i)) + ": Group " + factorAAssignments[i]));
2 26 Feb 07 jari 760             } else {
2 26 Feb 07 jari 761                 factorANode.add(new DefaultMutableTreeNode((String)(exptNamesVector.get(i)) + ": Unassigned"));
2 26 Feb 07 jari 762             }
2 26 Feb 07 jari 763             if (factorBAssignments[i] != 0) {
2 26 Feb 07 jari 764                 factorBNode.add(new DefaultMutableTreeNode((String)(exptNamesVector.get(i)) + ": Group " + factorBAssignments[i]));
2 26 Feb 07 jari 765             } else {
2 26 Feb 07 jari 766                 factorBNode.add(new DefaultMutableTreeNode((String)(exptNamesVector.get(i)) + ": Unassigned"));
2 26 Feb 07 jari 767             }
2 26 Feb 07 jari 768         }
2 26 Feb 07 jari 769         groupAssignmentInfo.add(factorANode);
2 26 Feb 07 jari 770         groupAssignmentInfo.add(factorBNode);
2 26 Feb 07 jari 771         
2 26 Feb 07 jari 772         return groupAssignmentInfo;
2 26 Feb 07 jari 773     }
2 26 Feb 07 jari 774     
2 26 Feb 07 jari 775     
2 26 Feb 07 jari 776     
2 26 Feb 07 jari 777     /**
2 26 Feb 07 jari 778      * The class to listen to progress, monitor and algorithms events.
2 26 Feb 07 jari 779      */
2 26 Feb 07 jari 780     private class Listener extends DialogListener implements AlgorithmListener {
2 26 Feb 07 jari 781         
2 26 Feb 07 jari 782         public void valueChanged(AlgorithmEvent event) {
2 26 Feb 07 jari 783             switch (event.getId()) {
2 26 Feb 07 jari 784                 case AlgorithmEvent.SET_UNITS:
2 26 Feb 07 jari 785                     progress.setUnits(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 786                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 787                     break;
2 26 Feb 07 jari 788                 case AlgorithmEvent.PROGRESS_VALUE:
2 26 Feb 07 jari 789                     progress.setValue(event.getIntValue());
2 26 Feb 07 jari 790                     progress.setDescription(event.getDescription());
2 26 Feb 07 jari 791                     break;
2 26 Feb 07 jari 792                 case AlgorithmEvent.MONITOR_VALUE:
2 26 Feb 07 jari 793                     int value = event.getIntValue();
2 26 Feb 07 jari 794                     if (value == -1) {
2 26 Feb 07 jari 795                         //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 796                     } else {
2 26 Feb 07 jari 797                         //monitor.update(value);
2 26 Feb 07 jari 798                     }
2 26 Feb 07 jari 799                     break;
2 26 Feb 07 jari 800             }
2 26 Feb 07 jari 801         }
2 26 Feb 07 jari 802         
2 26 Feb 07 jari 803         public void actionPerformed(ActionEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 804             String command = e.getActionCommand();
2 26 Feb 07 jari 805             if (command.equals("cancel-command")) {
2 26 Feb 07 jari 806                 algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 807                 progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 808                 //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 809             }
2 26 Feb 07 jari 810         }
2 26 Feb 07 jari 811         
2 26 Feb 07 jari 812         public void windowClosing(WindowEvent e) {
2 26 Feb 07 jari 813             algorithm.abort();
2 26 Feb 07 jari 814             progress.dispose();
2 26 Feb 07 jari 815             //monitor.dispose();
2 26 Feb 07 jari 816         }
2 26 Feb 07 jari 817     }
2 26 Feb 07 jari 818     
2 26 Feb 07 jari 819     private class GeneralInfo {
2 26 Feb 07 jari 820         public int clusters;
2 26 Feb 07 jari 821         public String adjMethod;
2 26 Feb 07 jari 822         public String pValueBasedOn;
2 26 Feb 07 jari 823         public float alpha;
2 26 Feb 07 jari 824         public int numPerms;
2 26 Feb 07 jari 825         public long time;
2 26 Feb 07 jari 826         public String function;
2 26 Feb 07 jari 827         
2 26 Feb 07 jari 828         private boolean hcl;
2 26 Feb 07 jari 829         private int hcl_method;
2 26 Feb 07 jari 830         private boolean hcl_genes;
2 26 Feb 07 jari 831         private boolean hcl_samples;
2 26 Feb 07 jari 832         
2 26 Feb 07 jari 833         public String getMethodName() {
2 26 Feb 07 jari 834             return hcl ? HCLGUI.GeneralInfo.getMethodName(hcl_method) : "no linkage";
2 26 Feb 07 jari 835         }
2 26 Feb 07 jari 836         
2 26 Feb 07 jari 837     }
2 26 Feb 07 jari 838     
2 26 Feb 07 jari 839 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:13 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)