mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/ttest/TtestInfoViewer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: TtestInfoViewer.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.12 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2006/03/24 15:52:09 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: eleanorahowe $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ttest;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 import java.awt.Color;
2 26 Feb 07 jari 15 import java.awt.Dimension;
2 26 Feb 07 jari 16 import java.awt.GridBagConstraints;
2 26 Feb 07 jari 17 import java.awt.GridBagLayout;
2 26 Feb 07 jari 18 import java.awt.Insets;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 import javax.swing.JComponent;
2 26 Feb 07 jari 21 import javax.swing.JLabel;
2 26 Feb 07 jari 22 import javax.swing.JPanel;
2 26 Feb 07 jari 23 import javax.swing.JTextArea;
2 26 Feb 07 jari 24
2 26 Feb 07 jari 25 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.ViewerAdapter;
2 26 Feb 07 jari 26
2 26 Feb 07 jari 27 public class TtestInfoViewer extends ViewerAdapter implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 28     
2 26 Feb 07 jari 29     private JComponent header;
2 26 Feb 07 jari 30     private JTextArea  content;
2 26 Feb 07 jari 31     
2 26 Feb 07 jari 32     /**
2 26 Feb 07 jari 33      * Constructs a <code>TtestInfoViewer</code> with specified
2 26 Feb 07 jari 34      * clusters and number of genes.
2 26 Feb 07 jari 35      */
2 26 Feb 07 jari 36     public TtestInfoViewer(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 37   header  = createHeader();
2 26 Feb 07 jari 38   content = createContent(clusters, genes);
2 26 Feb 07 jari 39   setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 40     }
2 26 Feb 07 jari 41     public TtestInfoViewer(JTextArea content, JComponent header){
2 26 Feb 07 jari 42       this.header = header;
2 26 Feb 07 jari 43       this.content = content;
2 26 Feb 07 jari 44     setMaxWidth(content, header);
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     /**
2 26 Feb 07 jari 48      * Returns component to be inserted into the framework scroll pane.
2 26 Feb 07 jari 49      */
2 26 Feb 07 jari 50     public JComponent getContentComponent() {
2 26 Feb 07 jari 51   return content;
2 26 Feb 07 jari 52     }
2 26 Feb 07 jari 53     
2 26 Feb 07 jari 54     /**
2 26 Feb 07 jari 55      * Returns the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 56      */
2 26 Feb 07 jari 57     public JComponent getHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 58   return header;
2 26 Feb 07 jari 59     }
2 26 Feb 07 jari 60     
2 26 Feb 07 jari 61     /**
2 26 Feb 07 jari 62      * Creates the viewer header.
2 26 Feb 07 jari 63      */
2 26 Feb 07 jari 64     private JComponent createHeader() {
2 26 Feb 07 jari 65   JPanel panel = new JPanel(new GridBagLayout());
2 26 Feb 07 jari 66   panel.setBackground(Color.white);
2 26 Feb 07 jari 67   GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
2 26 Feb 07 jari 68   gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
2 26 Feb 07 jari 69   gbc.insets = new Insets(10, 0, 10, 0);
2 26 Feb 07 jari 70   panel.add(new JLabel("<html><body bgcolor='#FFFFFF'><font face='serif' size='5' color='#000080'><b>Cluster Information</b></font></body></html>"), gbc);
2 26 Feb 07 jari 71   return panel;
2 26 Feb 07 jari 72     }
2 26 Feb 07 jari 73     
2 26 Feb 07 jari 74     /**
2 26 Feb 07 jari 75      * Creates the viewer content component.
2 26 Feb 07 jari 76      */
2 26 Feb 07 jari 77     private JTextArea createContent(int[][] clusters, int genes) {
2 26 Feb 07 jari 78   JTextArea area = new JTextArea(clusters.length*3, 20);
2 26 Feb 07 jari 79   area.setEditable(false);
2 26 Feb 07 jari 80         area.setMargin(new Insets(0, 10, 0, 0));            
2 26 Feb 07 jari 81   StringBuffer sb = new StringBuffer(clusters.length*3*10);
2 26 Feb 07 jari 82   for (int counter = 0; counter < clusters.length; counter++) {
2 26 Feb 07 jari 83       if (counter == 0) {
2 26 Feb 07 jari 84     sb.append("Significant genes ");
2 26 Feb 07 jari 85     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 86     sb.append("# of Significant Genes: " +clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 87     sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 88     sb.append("% of Genes that are Signficant: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 89     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 90       } else {
2 26 Feb 07 jari 91     sb.append("Non-significant genes ");
2 26 Feb 07 jari 92     sb.append("\t");
2 26 Feb 07 jari 93     sb.append("# of non-significant Genes: " +clusters[counter].length);
2 26 Feb 07 jari 94     sb.append("\n\t\t");
2 26 Feb 07 jari 95     sb.append("% of Genes that are not signficant: "+Math.round((float)clusters[counter].length/(float)genes*100f)+"%");
2 26 Feb 07 jari 96     sb.append("\n\n");
2 26 Feb 07 jari 97       }
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99   area.setText(sb.toString());
2 26 Feb 07 jari 100   area.setCaretPosition(0);
2 26 Feb 07 jari 101   return area;
2 26 Feb 07 jari 102     }
2 26 Feb 07 jari 103     
2 26 Feb 07 jari 104     /**
2 26 Feb 07 jari 105      * Synchronize content and header sizes.
2 26 Feb 07 jari 106      */
2 26 Feb 07 jari 107     private void setMaxWidth(JComponent content, JComponent header) {
2 26 Feb 07 jari 108   int c_width = content.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 109   int h_width = header.getPreferredSize().width;
2 26 Feb 07 jari 110   if (c_width > h_width) {
2 26 Feb 07 jari 111       header.setPreferredSize(new Dimension(c_width, header.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 112   } else {
2 26 Feb 07 jari 113       content.setPreferredSize(new Dimension(h_width, content.getPreferredSize().height));
2 26 Feb 07 jari 114   }
2 26 Feb 07 jari 115     }
2 26 Feb 07 jari 116     
2 26 Feb 07 jari 117     /** Returns a component to be inserted into the scroll pane row header
2 26 Feb 07 jari 118      */
2 26 Feb 07 jari 119     public JComponent getRowHeaderComponent() {
2 26 Feb 07 jari 120         return null;
2 26 Feb 07 jari 121     }
2 26 Feb 07 jari 122     
2 26 Feb 07 jari 123 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)