mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCGeneList.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Oct 29, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /**
2 26 Feb 07 jari 7  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 8  */
2 26 Feb 07 jari 9 public class USCGeneList {
2 26 Feb 07 jari 10   private String[] genes;
2 26 Feb 07 jari 11   /**
2 26 Feb 07 jari 12    * Extra annotation fields
2 26 Feb 07 jari 13    * [ iGeneIndex ][ extraFieldIndex ]
2 26 Feb 07 jari 14    */
2 26 Feb 07 jari 15   private String[][] extraFields;
2 26 Feb 07 jari 16   private int[] indices;
2 26 Feb 07 jari 17   
2 26 Feb 07 jari 18   
2 26 Feb 07 jari 19   /**
2 26 Feb 07 jari 20    * 
2 26 Feb 07 jari 21    * @param genesP
2 26 Feb 07 jari 22    */
2 26 Feb 07 jari 23   /*
2 26 Feb 07 jari 24   public USCGeneList( String[] genesP ) {
2 26 Feb 07 jari 25     this.genes = genesP;
2 26 Feb 07 jari 26   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 27   */
2 26 Feb 07 jari 28   public USCGeneList( String[] genesP, String[][] extraFieldsP, int[] indicesP ) {
2 26 Feb 07 jari 29     this.genes = genesP;
2 26 Feb 07 jari 30     this.extraFields = extraFieldsP;
2 26 Feb 07 jari 31     this.indices = indicesP;
2 26 Feb 07 jari 32   }
2 26 Feb 07 jari 33   
2 26 Feb 07 jari 34   
2 26 Feb 07 jari 35   public String[] getGenes() {
2 26 Feb 07 jari 36     return this.genes;
2 26 Feb 07 jari 37   }
2 26 Feb 07 jari 38   public String getGene( int i ) {
2 26 Feb 07 jari 39     return this.genes[ i ];
2 26 Feb 07 jari 40   }
2 26 Feb 07 jari 41   public String[][] getExtraFields() {
2 26 Feb 07 jari 42     return this.extraFields;
2 26 Feb 07 jari 43   }
2 26 Feb 07 jari 44   public String[] getExtraFields( int iGeneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 45     return this.extraFields[ iGeneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 46   }
2 26 Feb 07 jari 47   public int[] getIndices() {
2 26 Feb 07 jari 48     return this.indices;
2 26 Feb 07 jari 49   }
2 26 Feb 07 jari 50   public int getIndex( int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 51     return this.indices[ geneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 52   }
2 26 Feb 07 jari 53   public int getGeneKount() {
2 26 Feb 07 jari 54     return this.genes.length;
2 26 Feb 07 jari 55   }
2 26 Feb 07 jari 56 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)