mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCHyb.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Oct 28, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /**
2 26 Feb 07 jari 7  * Represents a hyb
2 26 Feb 07 jari 8  * 
2 26 Feb 07 jari 9  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 10  */
2 26 Feb 07 jari 11 public class USCHyb {
2 26 Feb 07 jari 12   private int indexInSet;        //it's index in the USCHybSet
2 26 Feb 07 jari 13   private String label;        //class label
2 26 Feb 07 jari 14   private String hybName;        //name
2 26 Feb 07 jari 15   private double[] ratios;      //ratios
2 26 Feb 07 jari 16   private int numGenes;        //
2 26 Feb 07 jari 17   private int uniqueLabelIndex;    //label's index in the uniqueLabel array
2 26 Feb 07 jari 18   
2 26 Feb 07 jari 19   
2 26 Feb 07 jari 20   //constructor
2 26 Feb 07 jari 21   public USCHyb( int index, String hybNameP ) {
2 26 Feb 07 jari 22     this.hybName = hybNameP;
2 26 Feb 07 jari 23     this.indexInSet = index;
2 26 Feb 07 jari 24   }
2 26 Feb 07 jari 25   public USCHyb( int index, String hybNameP, int geneKountP ) {
2 26 Feb 07 jari 26     this.hybName = hybNameP;
2 26 Feb 07 jari 27     this.indexInSet = index;
2 26 Feb 07 jari 28     this.ratios = new double[ geneKountP ];
2 26 Feb 07 jari 29     this.numGenes = this.ratios.length;
2 26 Feb 07 jari 30   }
2 26 Feb 07 jari 31   public USCHyb( int index, String labelP, String hybNameP, double[] ratiosP ) {
2 26 Feb 07 jari 32     this.hybName = hybNameP;
2 26 Feb 07 jari 33     this.indexInSet = index;
2 26 Feb 07 jari 34     this.label = labelP;
2 26 Feb 07 jari 35     this.ratios = ratiosP;
2 26 Feb 07 jari 36     this.numGenes = this.ratios.length;
2 26 Feb 07 jari 37   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 38   
2 26 Feb 07 jari 39   
2 26 Feb 07 jari 40   public int getIndexInFullSet() {
2 26 Feb 07 jari 41     return this.indexInSet;
2 26 Feb 07 jari 42   }
2 26 Feb 07 jari 43   public void setHybLabel( String labelP ) {
2 26 Feb 07 jari 44     this.label = labelP;
2 26 Feb 07 jari 45   }
2 26 Feb 07 jari 46   public String getHybLabel() { 
2 26 Feb 07 jari 47     return this.label;
2 26 Feb 07 jari 48   }
2 26 Feb 07 jari 49   public String getHybName() { 
2 26 Feb 07 jari 50     return this.hybName;
2 26 Feb 07 jari 51   }
2 26 Feb 07 jari 52   public void setRatios( double[] ratiosP ) {
2 26 Feb 07 jari 53     this.ratios = ratiosP;
2 26 Feb 07 jari 54   }
2 26 Feb 07 jari 55   public void setRatio( int i, double d ) {
2 26 Feb 07 jari 56     this.ratios[ i ] = d;
2 26 Feb 07 jari 57   }
2 26 Feb 07 jari 58   public double[] getRatios() {
2 26 Feb 07 jari 59     return this.ratios;
2 26 Feb 07 jari 60   }
2 26 Feb 07 jari 61   public double getRatio( int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 62     return this.ratios[ geneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 63   }
2 26 Feb 07 jari 64   public int getNumGenes() {
2 26 Feb 07 jari 65     return this.numGenes;
2 26 Feb 07 jari 66   }
2 26 Feb 07 jari 67   public void setUniqueLabelIndex(int uniqueLabelIndex) {
2 26 Feb 07 jari 68     this.uniqueLabelIndex = uniqueLabelIndex;
2 26 Feb 07 jari 69   }
2 26 Feb 07 jari 70   public int getUniqueLabelIndex() {
2 26 Feb 07 jari 71     return uniqueLabelIndex;
2 26 Feb 07 jari 72   }
2 26 Feb 07 jari 73 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:29:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)