mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCHybSet.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Oct 28, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.util.Random;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 /**
2 26 Feb 07 jari 12  * A set of USCHyb objects.  Basically used to separate a training set from a
2 26 Feb 07 jari 13  * test set.
2 26 Feb 07 jari 14  * 
2 26 Feb 07 jari 15  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 16  */
2 26 Feb 07 jari 17 public class USCHybSet {
2 26 Feb 07 jari 18   private int hybKount;
2 26 Feb 07 jari 19   private int numClasses;
2 26 Feb 07 jari 20   private int foldKount;
2 26 Feb 07 jari 21   private int hybPerFold;
2 26 Feb 07 jari 22   private int hybRemain;
2 26 Feb 07 jari 23   
2 26 Feb 07 jari 24   private int[] iPermuted;
2 26 Feb 07 jari 25   //private int[] geneIndices;      //uid is common for all hybs
2 26 Feb 07 jari 26   
2 26 Feb 07 jari 27   private float s0;
2 26 Feb 07 jari 28   
2 26 Feb 07 jari 29   private float[] sis;          //s value for each gene
2 26 Feb 07 jari 30   private float[] geneCentroids;      //mean ratio for each gene across all hybs
2 26 Feb 07 jari 31   private float[][] classCentroids;    //mean ratio within each class for each gene
2 26 Feb 07 jari 32   private float[] classMks;        //mk for each class
2 26 Feb 07 jari 33   private String[] uniqueClasses;      //class names
2 26 Feb 07 jari 34   
2 26 Feb 07 jari 35   private USCHyb[] hybs;
2 26 Feb 07 jari 36   private USCHyb[][] testArray;      //[ foldIndex ][ hybPerFold ]
2 26 Feb 07 jari 37   private USCHyb[][] trainArray;      //same
2 26 Feb 07 jari 38   
2 26 Feb 07 jari 39   private USCGene[] genes;
2 26 Feb 07 jari 40   
2 26 Feb 07 jari 41   
2 26 Feb 07 jari 42   /**
2 26 Feb 07 jari 43    * Constructor for Testing Data from MeV
2 26 Feb 07 jari 44    * @param hybArray
2 26 Feb 07 jari 45    * @param hybSetTypeP
2 26 Feb 07 jari 46    * @param hybKountP
2 26 Feb 07 jari 47    * @param geneKountP
2 26 Feb 07 jari 48    * @param geneNamesP
2 26 Feb 07 jari 49    */
2 26 Feb 07 jari 50   public USCHybSet( USCHyb[] hybArray, USCGene[] geneListP ) {
2 26 Feb 07 jari 51     this.hybs = hybArray;
2 26 Feb 07 jari 52     this.hybKount = hybArray.length;
2 26 Feb 07 jari 53     this.genes = geneListP;
2 26 Feb 07 jari 54     
2 26 Feb 07 jari 55     this.uniqueClasses = this.findUniqueClasses( this );
2 26 Feb 07 jari 56     this.numClasses = this.uniqueClasses.length;
2 26 Feb 07 jari 57     this.assignClassIndices();
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     this.iPermuted = this.randomize( this.hybKount );
2 26 Feb 07 jari 60   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 61   /*
2 26 Feb 07 jari 62   public USCHybSet( USCHyb[] hybArray ) {
2 26 Feb 07 jari 63     this.hybs = hybArray;
2 26 Feb 07 jari 64     this.hybKount = hybArray.length;
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     this.uniqueClasses = this.findUniqueClasses( this );
2 26 Feb 07 jari 67     this.numClasses = this.uniqueClasses.length;
2 26 Feb 07 jari 68     this.assignClassIndices();
2 26 Feb 07 jari 69     
2 26 Feb 07 jari 70     this.iPermuted = this.randomize( this.hybKount );
2 26 Feb 07 jari 71   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 72   public USCHybSet( USCHyb[] hybArray, int[] uidP ) {
2 26 Feb 07 jari 73     this.uid = uidP;
2 26 Feb 07 jari 74     this.hybs = hybArray;
2 26 Feb 07 jari 75     this.hybKount = hybArray.length;
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     this.uniqueClasses = this.findUniqueClasses( this );
2 26 Feb 07 jari 78     this.numClasses = this.uniqueClasses.length;
2 26 Feb 07 jari 79     this.assignClassIndices();
2 26 Feb 07 jari 80     
2 26 Feb 07 jari 81     this.iPermuted = this.randomize( this.hybKount );
2 26 Feb 07 jari 82   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 83   public USCHybSet( USCHyb[] hybArray, int[] uidP, USCGeneList geneListP ) {
2 26 Feb 07 jari 84     this.geneIndices = uidP;
2 26 Feb 07 jari 85     this.hybs = hybArray;
2 26 Feb 07 jari 86     this.hybKount = hybArray.length;
2 26 Feb 07 jari 87     this.geneList = geneListP;
2 26 Feb 07 jari 88     
2 26 Feb 07 jari 89     this.uniqueClasses = this.findUniqueClasses( this );
2 26 Feb 07 jari 90     this.numClasses = this.uniqueClasses.length;
2 26 Feb 07 jari 91     this.assignClassIndices();
2 26 Feb 07 jari 92     
2 26 Feb 07 jari 93     this.iPermuted = this.randomize( this.hybKount );
2 26 Feb 07 jari 94   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 95   */
2 26 Feb 07 jari 96   
2 26 Feb 07 jari 97   
2 26 Feb 07 jari 98   /**
2 26 Feb 07 jari 99    * 
2 26 Feb 07 jari 100    */
2 26 Feb 07 jari 101   private void assignClassIndices() {
2 26 Feb 07 jari 102     //loop through the hybs in this hybset
2 26 Feb 07 jari 103     for( int h = 0; h < this.hybs.length; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 104       String sLabel = this.hybs[ h ].getHybLabel();
2 26 Feb 07 jari 105       
2 26 Feb 07 jari 106       //loop through the uniqueClasse
2 26 Feb 07 jari 107       for( int c = 0; c < this.uniqueClasses.length; c ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 108         if( sLabel.equals( this.uniqueClasses[ c ] ) ) {
2 26 Feb 07 jari 109           this.hybs[ h ].setUniqueLabelIndex( c );
2 26 Feb 07 jari 110           break;
2 26 Feb 07 jari 111         }
2 26 Feb 07 jari 112       }
2 26 Feb 07 jari 113     }
2 26 Feb 07 jari 114   }//end assignClassIndices()
2 26 Feb 07 jari 115   
2 26 Feb 07 jari 116   
2 26 Feb 07 jari 117   /**
2 26 Feb 07 jari 118    * Permute calls randomize() and createTestArrays()
2 26 Feb 07 jari 119    * @param foldKountP
2 26 Feb 07 jari 120    */
2 26 Feb 07 jari 121   public void permute( int foldKountP ) {
2 26 Feb 07 jari 122     this.foldKount = foldKountP;
2 26 Feb 07 jari 123     this.hybPerFold = this.hybKount / this.foldKount;
2 26 Feb 07 jari 124     this.hybRemain = this.hybKount % this.foldKount;
2 26 Feb 07 jari 125     this.createTestArrays();
2 26 Feb 07 jari 126   }//end permute()
2 26 Feb 07 jari 127   
2 26 Feb 07 jari 128   
2 26 Feb 07 jari 129   /**
2 26 Feb 07 jari 130    * Creates 2 2D USCHyb[ foldKount ][ hybPerFold ]
2 26 Feb 07 jari 131    */
2 26 Feb 07 jari 132   private void createTestArrays() {
2 26 Feb 07 jari 133     this.testArray = new USCHyb[ this.foldKount ][];
2 26 Feb 07 jari 134     this.trainArray = new USCHyb[ this.foldKount ][];
2 26 Feb 07 jari 135     
2 26 Feb 07 jari 136     //when foldKount=1, the entire set should be used to find relevant/uncorr genes
2 26 Feb 07 jari 137     if( this.foldKount == 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 138       this.testArray[ 0 ] = new USCHyb[ 0 ];
2 26 Feb 07 jari 139       this.trainArray[ 0 ] = this.hybs;
2 26 Feb 07 jari 140     } else {
2 26 Feb 07 jari 141       //
2 26 Feb 07 jari 142       for( int i = 0; i < this.foldKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 143         //System.out.println( "Fold:" + i );
2 26 Feb 07 jari 144         
2 26 Feb 07 jari 145         int iStart = i * this.hybPerFold;
2 26 Feb 07 jari 146         
2 26 Feb 07 jari 147         if( i == ( this.foldKount - 1 ) ) {
2 26 Feb 07 jari 148           this.testArray[ i ] = new USCHyb[ ( this.hybPerFold + this.hybRemain ) ];
2 26 Feb 07 jari 149           this.trainArray[ i ] = new USCHyb[ this.hybKount - ( this.hybPerFold + this.hybRemain ) ];
2 26 Feb 07 jari 150         } else {
2 26 Feb 07 jari 151           this.testArray[ i ] = new USCHyb[ this.hybPerFold ];
2 26 Feb 07 jari 152           this.trainArray[ i ] = new USCHyb[ this.hybKount - this.hybPerFold ];
2 26 Feb 07 jari 153         }
2 26 Feb 07 jari 154         
2 26 Feb 07 jari 155         //
2 26 Feb 07 jari 156         for( int j = 0; j < this.testArray[ i ].length; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 157           this.testArray[ i ][ j ] = this.getHyb( this.iPermuted[ iStart + j ] );
2 26 Feb 07 jari 158           //System.out.println( this.testArray[ i ][ j ].getHybName() + " added to testArray" );
2 26 Feb 07 jari 159         }
2 26 Feb 07 jari 160         
2 26 Feb 07 jari 161         int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 162         //
2 26 Feb 07 jari 163         for( int j = 0; j < this.hybKount; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 164           boolean add = true;
2 26 Feb 07 jari 165           
2 26 Feb 07 jari 166           for( int k = 0; k < this.testArray[ i ].length; k ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 167             if( this.getHyb( j ).getIndexInFullSet() == this.testArray[ i ][ k ].getIndexInFullSet() ) {
2 26 Feb 07 jari 168               add = false;
2 26 Feb 07 jari 169               break; 
2 26 Feb 07 jari 170             }
2 26 Feb 07 jari 171           }
2 26 Feb 07 jari 172           
2 26 Feb 07 jari 173           if( add ) {
2 26 Feb 07 jari 174             this.trainArray[ i ][ index ] = this.getHyb( j );
2 26 Feb 07 jari 175             //System.out.println( this.trainArray[ i ][ index ].getHybName() + " added to trainArray" );
2 26 Feb 07 jari 176             index ++;
2 26 Feb 07 jari 177           }
2 26 Feb 07 jari 178         }//end j(testHybs)
2 26 Feb 07 jari 179       }//end i(folds)
2 26 Feb 07 jari 180     }//end else
2 26 Feb 07 jari 181   }//end createTestArrays()
2 26 Feb 07 jari 182   
2 26 Feb 07 jari 183   
2 26 Feb 07 jari 184   /**
2 26 Feb 07 jari 185    * Randomize kount integers (0-based) and store in hybIndices array
2 26 Feb 07 jari 186    * @param kount  The # of integers to randomize
2 26 Feb 07 jari 187    */
2 26 Feb 07 jari 188   public int[] randomize( int hybKount ) {
2 26 Feb 07 jari 189     Vector vIndices = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 190     int[] toReturn = new int[ hybKount ];
2 26 Feb 07 jari 191     
2 26 Feb 07 jari 192     Random r = new Random();
2 26 Feb 07 jari 193     
2 26 Feb 07 jari 194     for( int i = 0; i < toReturn.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 195       int iTry = -1;
2 26 Feb 07 jari 196       
2 26 Feb 07 jari 197       while( ! isNew( iTry, vIndices ) ) {
2 26 Feb 07 jari 198         iTry = r.nextInt( hybKount );
2 26 Feb 07 jari 199       }
2 26 Feb 07 jari 200       
2 26 Feb 07 jari 201       vIndices.add( new Integer( iTry ) );
2 26 Feb 07 jari 202       toReturn[ i ] = iTry;
2 26 Feb 07 jari 203       //System.out.println( "iTry:" + ( iTry + 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 204     }//end i
2 26 Feb 07 jari 205     
2 26 Feb 07 jari 206     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 207   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 208   /**
2 26 Feb 07 jari 209    * Tests to see if this integer has already been recorded
2 26 Feb 07 jari 210    * @param iTry  int to test
2 26 Feb 07 jari 211    * @param v  Vector of recorded Integer objects
2 26 Feb 07 jari 212    * @return  true if this is a new int, false if this int has already been recorded
2 26 Feb 07 jari 213    */
2 26 Feb 07 jari 214   private boolean isNew( int iTry, Vector v ) {
2 26 Feb 07 jari 215     if( iTry == -1 ) {
2 26 Feb 07 jari 216       return false;
2 26 Feb 07 jari 217     } else {
2 26 Feb 07 jari 218       boolean toReturn = true;
2 26 Feb 07 jari 219       
2 26 Feb 07 jari 220       for( int i = 0; i < v.size(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 221         Integer I = ( Integer ) v.elementAt( i );
2 26 Feb 07 jari 222         if( iTry == I.intValue() ) {
2 26 Feb 07 jari 223           toReturn = false;
2 26 Feb 07 jari 224           break; 
2 26 Feb 07 jari 225         }
2 26 Feb 07 jari 226       }
2 26 Feb 07 jari 227       
2 26 Feb 07 jari 228       return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 229     }
2 26 Feb 07 jari 230   }//end isNew()
2 26 Feb 07 jari 231   
2 26 Feb 07 jari 232   
2 26 Feb 07 jari 233   /**
2 26 Feb 07 jari 234    * Look through the classes and store the unique class labels in uniqueClassArray
2 26 Feb 07 jari 235    * @param hybSet
2 26 Feb 07 jari 236    * @return
2 26 Feb 07 jari 237    */
2 26 Feb 07 jari 238   private String[] findUniqueClasses( USCHybSet hybSet ) {
2 26 Feb 07 jari 239     String[] toReturn;
2 26 Feb 07 jari 240     
2 26 Feb 07 jari 241     /*
2 26 Feb 07 jari 242     Hashtable ht = new Hashtable();
2 26 Feb 07 jari 243     
2 26 Feb 07 jari 244     for( int i = 0; i < hybSet.getHybs().length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 245       ht.put( hybSet.getHyb( i ).getHybLabel(), hybSet.getHyb( i ).getHybLabel() );
2 26 Feb 07 jari 246     }
2 26 Feb 07 jari 247     
2 26 Feb 07 jari 248     toReturn = new String[ ht.size() ];
2 26 Feb 07 jari 249     
2 26 Feb 07 jari 250     Enumeration en = ht.elements();
2 26 Feb 07 jari 251     int index = 0;
2 26 Feb 07 jari 252     while( en.hasMoreElements() ) {
2 26 Feb 07 jari 253       String s = ( String ) en.nextElement();
2 26 Feb 07 jari 254       toReturn[ index ] = s;
2 26 Feb 07 jari 255       index ++; 
2 26 Feb 07 jari 256     }//end while
2 26 Feb 07 jari 257     
2 26 Feb 07 jari 258     Arrays.sort( toReturn );
2 26 Feb 07 jari 259     */
2 26 Feb 07 jari 260     
2 26 Feb 07 jari 261     Vector vUniqueLabel = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 262     
2 26 Feb 07 jari 263     for( int i = 0; i < hybSet.getHybs().length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 264         String sLabel = hybSet.getHyb( i ).getHybLabel();
2 26 Feb 07 jari 265         
2 26 Feb 07 jari 266         boolean labelFound = false;
2 26 Feb 07 jari 267         
2 26 Feb 07 jari 268         //loop through the
2 26 Feb 07 jari 269         for( int j = 0; j < vUniqueLabel.size(); j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 270             String jLabel = ( String ) vUniqueLabel.elementAt( j );
2 26 Feb 07 jari 271             if( sLabel.equals( jLabel ) ) {
2 26 Feb 07 jari 272                 labelFound = true;
2 26 Feb 07 jari 273                 break;
2 26 Feb 07 jari 274             }
2 26 Feb 07 jari 275         }
2 26 Feb 07 jari 276         
2 26 Feb 07 jari 277         if( ! labelFound ) {
2 26 Feb 07 jari 278             vUniqueLabel.add( sLabel );
2 26 Feb 07 jari 279         }
2 26 Feb 07 jari 280     }//i
2 26 Feb 07 jari 281     
2 26 Feb 07 jari 282     toReturn = new String[ vUniqueLabel.size() ];
2 26 Feb 07 jari 283     
2 26 Feb 07 jari 284     for(int i = 0; i < vUniqueLabel.size(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 285         toReturn[ i ] = ( String ) vUniqueLabel.elementAt( i );
2 26 Feb 07 jari 286     }
2 26 Feb 07 jari 287     
2 26 Feb 07 jari 288     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 289   }//end parseClass()
2 26 Feb 07 jari 290   
2 26 Feb 07 jari 291   
2 26 Feb 07 jari 292   /*------------------------------Getters & Setters--------------------------------*/
2 26 Feb 07 jari 293   /*
2 26 Feb 07 jari 294   public void setGeneIndex( int geneIndex, int uid ) {
2 26 Feb 07 jari 295     this.geneIndices[ geneIndex ] = uid;
2 26 Feb 07 jari 296   }
2 26 Feb 07 jari 297   public void setGeneIndices( int[] uids ) {
2 26 Feb 07 jari 298     this.geneIndices = uids;
2 26 Feb 07 jari 299   }
2 26 Feb 07 jari 300   public int getGeneIndex( int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 301     return this.geneIndices[ geneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 302   }
2 26 Feb 07 jari 303   public int[] getGeneIndices() {
2 26 Feb 07 jari 304     return this.geneIndices;
2 26 Feb 07 jari 305   }
2 26 Feb 07 jari 306   */
2 26 Feb 07 jari 307   public int getHybKount() {
2 26 Feb 07 jari 308     return this.hybKount;
2 26 Feb 07 jari 309   }
2 26 Feb 07 jari 310   public USCHyb[] getHybs() {
2 26 Feb 07 jari 311     return this.hybs;
2 26 Feb 07 jari 312   }
2 26 Feb 07 jari 313   public USCHyb getHyb( int index ) {
2 26 Feb 07 jari 314     return this.hybs[ index ];
2 26 Feb 07 jari 315   }
2 26 Feb 07 jari 316   public USCGene[] getGenes() {
2 26 Feb 07 jari 317     return this.genes;
2 26 Feb 07 jari 318   }
2 26 Feb 07 jari 319   public USCGene getGene( int iGene ) {
2 26 Feb 07 jari 320     return this.genes[ iGene ];
2 26 Feb 07 jari 321   }
2 26 Feb 07 jari 322   public int getNumClasses() {
2 26 Feb 07 jari 323     return this.numClasses;
2 26 Feb 07 jari 324   }
2 26 Feb 07 jari 325   public int getNumGenes() {
2 26 Feb 07 jari 326     return this.getHyb( 0 ).getNumGenes();
2 26 Feb 07 jari 327   }
2 26 Feb 07 jari 328   public void setS0( float s0P ) {
2 26 Feb 07 jari 329     this.s0 = s0P;
2 26 Feb 07 jari 330   }
2 26 Feb 07 jari 331   public float getS0() {
2 26 Feb 07 jari 332      return this.s0;
2 26 Feb 07 jari 333   }
2 26 Feb 07 jari 334   public void setSis( float[] sisP ) {
2 26 Feb 07 jari 335     this.sis = sisP;
2 26 Feb 07 jari 336   }
2 26 Feb 07 jari 337   public void setSi( float siP, int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 338     this.sis[ geneIndex ] = siP;
2 26 Feb 07 jari 339   }
2 26 Feb 07 jari 340   public float getSi( int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 341     return this.sis[ geneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 342   }
2 26 Feb 07 jari 343   public float[] getSis() {
2 26 Feb 07 jari 344     return this.sis;
2 26 Feb 07 jari 345   }
2 26 Feb 07 jari 346   public void setGeneCentroids( float[] geneCentroidsP ) {
2 26 Feb 07 jari 347     this.geneCentroids = geneCentroidsP;
2 26 Feb 07 jari 348   }
2 26 Feb 07 jari 349   public void setGeneCentroid( float geneCentroid, int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 350     this.geneCentroids[ geneIndex ] = geneCentroid;
2 26 Feb 07 jari 351   }
2 26 Feb 07 jari 352   public float getGeneCentroid( int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 353     return this.geneCentroids[ geneIndex ];
2 26 Feb 07 jari 354   }
2 26 Feb 07 jari 355   public float[] getGeneCentroids() {
2 26 Feb 07 jari 356     return this.geneCentroids;
2 26 Feb 07 jari 357   }
2 26 Feb 07 jari 358   public void setClassCentroids( float[] classCentroidsP, int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 359     this.classCentroids[ geneIndex ] = classCentroidsP;
2 26 Feb 07 jari 360   }
2 26 Feb 07 jari 361   public float[][] getClassCentroids() {
2 26 Feb 07 jari 362     return this.classCentroids;
2 26 Feb 07 jari 363   }
2 26 Feb 07 jari 364   public float getClassCentroid( int classIndex, int geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 365     return this.classCentroids[ geneIndex ][ classIndex ];
2 26 Feb 07 jari 366   }
2 26 Feb 07 jari 367   public void setClassMks( float[] classMksP ) {
2 26 Feb 07 jari 368     this.classMks = classMksP;
2 26 Feb 07 jari 369   }
2 26 Feb 07 jari 370   public float[] getClassMks() {
2 26 Feb 07 jari 371     return this.classMks;
2 26 Feb 07 jari 372   }
2 26 Feb 07 jari 373   public float getClassMk( int classIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 374     return this.classMks[ classIndex ];
2 26 Feb 07 jari 375   }
2 26 Feb 07 jari 376   public String[] getUniqueClasses() {
2 26 Feb 07 jari 377     return this.uniqueClasses;
2 26 Feb 07 jari 378   }
2 26 Feb 07 jari 379   public String getUniqueClass( int classIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 380     return this.uniqueClasses[ classIndex ];
2 26 Feb 07 jari 381   }
2 26 Feb 07 jari 382   public USCHyb[] getHybsInClass( int classIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 383     Vector v = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 384     String classLabel = this.uniqueClasses[ classIndex ];
2 26 Feb 07 jari 385     
2 26 Feb 07 jari 386     for( int i = 0; i < this.hybKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 387       USCHyb hyb = this.hybs[ i ];
2 26 Feb 07 jari 388       if( hyb.getHybLabel().equalsIgnoreCase( classLabel ) ) {
2 26 Feb 07 jari 389         v.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 390       }
2 26 Feb 07 jari 391     }//end i
2 26 Feb 07 jari 392     
2 26 Feb 07 jari 393     USCHyb[] toReturn = new USCHyb[ v.size() ];
2 26 Feb 07 jari 394     for( int i = 0; i < v.size(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 395       USCHyb hyb = ( USCHyb ) v.elementAt( i );
2 26 Feb 07 jari 396       toReturn[ i ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 397     }
2 26 Feb 07 jari 398     
2 26 Feb 07 jari 399     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 400   }
2 26 Feb 07 jari 401   public int getNumHybsInClass( int classIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 402     Vector v = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 403     String classLabel = this.uniqueClasses[ classIndex ];
2 26 Feb 07 jari 404     
2 26 Feb 07 jari 405     for( int i = 0; i < this.hybKount; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 406       USCHyb hyb = this.hybs[ i ];
2 26 Feb 07 jari 407       if( hyb.getHybLabel().equalsIgnoreCase( classLabel ) ) {
2 26 Feb 07 jari 408         v.add( hyb );
2 26 Feb 07 jari 409       }
2 26 Feb 07 jari 410     }//end i
2 26 Feb 07 jari 411     
2 26 Feb 07 jari 412     return v.size();
2 26 Feb 07 jari 413   }
2 26 Feb 07 jari 414   /**
2 26 Feb 07 jari 415    * Create and return a 2 D matrix of the ratios for the hybs in the hyb set.
2 26 Feb 07 jari 416    * @return  float[ Hybs ][ Genes ]
2 26 Feb 07 jari 417    */
2 26 Feb 07 jari 418   public double[][] getRatioMatrix() {
2 26 Feb 07 jari 419     double[][] toReturn = new double[ this.hybs.length ][];
2 26 Feb 07 jari 420     
2 26 Feb 07 jari 421     for( int i = 0; i < this.hybs.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 422       USCHyb hyb = ( USCHyb ) this.hybs[ i ];
2 26 Feb 07 jari 423       toReturn[ i ] = hyb.getRatios();
2 26 Feb 07 jari 424     }
2 26 Feb 07 jari 425     
2 26 Feb 07 jari 426     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 427   }//end getRatioMatrix()
2 26 Feb 07 jari 428   public USCHyb[] getTestArray( int foldIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 429     return this.testArray[ foldIndex ];
2 26 Feb 07 jari 430   }
2 26 Feb 07 jari 431   public USCHyb[] getTrainArray( int foldIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 432     return this.trainArray[ foldIndex ];
2 26 Feb 07 jari 433   }
2 26 Feb 07 jari 434   
2 26 Feb 07 jari 435   
2 26 Feb 07 jari 436   public static void main( String [] args ) {
2 26 Feb 07 jari 437     System.out.println( "Invoked by main" );
2 26 Feb 07 jari 438     
2 26 Feb 07 jari 439     File f = new File( "C:" + File.separator + "Dev" + File.separator + "MeV" +
2 26 Feb 07 jari 440       File.separator + "files" + File.separator + "human" + File.separator + 
2 26 Feb 07 jari 441       "NewTrainFormat.txt" );
2 26 Feb 07 jari 442     
2 26 Feb 07 jari 443     try {
2 26 Feb 07 jari 444       USCTrainFileLoader loader = new USCTrainFileLoader( f );
2 26 Feb 07 jari 445       USCHybSet hs = loader.getTrainHybSet();
2 26 Feb 07 jari 446       hs.permute( 5 );
2 26 Feb 07 jari 447       //USCCrossValidation cv = new USCCrossValidation( hs, 50, 20, 0.5, 1.0, 0.1, 5 );
2 26 Feb 07 jari 448       //cv.crossValidate();
2 26 Feb 07 jari 449
2 26 Feb 07 jari 450       /*
2 26 Feb 07 jari 451       System.out.println( "hybKount:" + hs.getHybKount() );
2 26 Feb 07 jari 452       for( int j = 0; j < hs.getHybs().length; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 453         USCHyb hyb = ( USCHyb ) hs.getHybs()[ j ];
2 26 Feb 07 jari 454         System.out.println( "\r\nlabel:" + hyb.getHybLabel() + "\tname:" + hyb.getHybName() );
2 26 Feb 07 jari 455         float[] ratios = hyb.getRatios();
2 26 Feb 07 jari 456         for( int i = 0; i < ratios.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 457           System.out.println( ratios[ i ] );
2 26 Feb 07 jari 458         }
2 26 Feb 07 jari 459       }
2 26 Feb 07 jari 460       */
2 26 Feb 07 jari 461     } catch (IOException e) {
2 26 Feb 07 jari 462       e.printStackTrace();
2 26 Feb 07 jari 463     }
2 26 Feb 07 jari 464   }//end main
2 26 Feb 07 jari 465 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:29:26 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)