mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCOrder.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Nov 16, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /**
2 26 Feb 07 jari 7  * This is a lightweight class used to keep track of gene order.  iOriginal is this gene's 
2 26 Feb 07 jari 8  * index in its original sort order when the USC algorithm was called.<br>
2 26 Feb 07 jari 9  * <br>
2 26 Feb 07 jari 10  * iSorted is the gene's index after it has been sorted on Beta.<br>
2 26 Feb 07 jari 11  * isRelevant true if this gene is found to be relevant<br>
2 26 Feb 07 jari 12  * isCorrelated true if this gene's corr < rho (remove if true)<br>
2 26 Feb 07 jari 13  * beta is the greatest dikShrunk value for this gene<br>
2 26 Feb 07 jari 14  * <br>
2 26 Feb 07 jari 15  * Note: The genes are sorted AFTER removing irrelavant genes.  Consequently, 
2 26 Feb 07 jari 16  * only the subset of relevant genes will have an iSorted value.
2 26 Feb 07 jari 17  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 18  */
2 26 Feb 07 jari 19 public class USCOrder implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 20   private int iOriginal;
2 26 Feb 07 jari 21   private int iRelevant;
2 26 Feb 07 jari 22
2 26 Feb 07 jari 23   private boolean isRelevant;
2 26 Feb 07 jari 24   private boolean isCorrelated;
2 26 Feb 07 jari 25   private double beta;
2 26 Feb 07 jari 26   
2 26 Feb 07 jari 27   public USCOrder(){
2 26 Feb 07 jari 28     this.isRelevant = false;
2 26 Feb 07 jari 29     this.isCorrelated = false;
2 26 Feb 07 jari 30   }
2 26 Feb 07 jari 31   
2 26 Feb 07 jari 32   public USCOrder( int iOriginal ) {
2 26 Feb 07 jari 33     this.iOriginal = iOriginal;
2 26 Feb 07 jari 34     this.isRelevant = false;
2 26 Feb 07 jari 35     this.isCorrelated = false;
2 26 Feb 07 jari 36   }
2 26 Feb 07 jari 37   
2 26 Feb 07 jari 38   
2 26 Feb 07 jari 39   public void setIRelevant( int iSorted ) {
2 26 Feb 07 jari 40     this.iRelevant = iSorted;
2 26 Feb 07 jari 41   }
2 26 Feb 07 jari 42   public void setRelevant( boolean isRelevant ) {
2 26 Feb 07 jari 43     this.isRelevant = isRelevant;
2 26 Feb 07 jari 44   }
2 26 Feb 07 jari 45   public void setBeta( double maxDik ) {
2 26 Feb 07 jari 46     this.beta = maxDik;
2 26 Feb 07 jari 47   }
2 26 Feb 07 jari 48   public int getIOriginal() {
2 26 Feb 07 jari 49     return this.iOriginal;
2 26 Feb 07 jari 50   }
2 26 Feb 07 jari 51   public int getIRelevant() {
2 26 Feb 07 jari 52     return this.iRelevant;
2 26 Feb 07 jari 53   }
2 26 Feb 07 jari 54   public boolean isRelevant() {
2 26 Feb 07 jari 55     return this.isRelevant;
2 26 Feb 07 jari 56   }
2 26 Feb 07 jari 57   public double getBeta() {
2 26 Feb 07 jari 58     return this.beta;
2 26 Feb 07 jari 59   }
2 26 Feb 07 jari 60   public void setCorrelated(boolean isCorrelated) {
2 26 Feb 07 jari 61     this.isCorrelated = isCorrelated;
2 26 Feb 07 jari 62   }
2 26 Feb 07 jari 63   public boolean isCorrelated() {
2 26 Feb 07 jari 64     return isCorrelated;
2 26 Feb 07 jari 65   }
2 26 Feb 07 jari 66   public boolean use() {
2 26 Feb 07 jari 67     if( this.isRelevant && ! this.isCorrelated ) {
2 26 Feb 07 jari 68       return true;
2 26 Feb 07 jari 69     } else {
2 26 Feb 07 jari 70       return false;
2 26 Feb 07 jari 71     }
2 26 Feb 07 jari 72   }
2 26 Feb 07 jari 73   /**
2 26 Feb 07 jari 74    * @param original The iOriginal to set.
2 26 Feb 07 jari 75    */
2 26 Feb 07 jari 76   public void setIOriginal(int original) {
2 26 Feb 07 jari 77     iOriginal = original;
2 26 Feb 07 jari 78   }
2 26 Feb 07 jari 79   
2 26 Feb 07 jari 80   public static void main( String[] args ) {
2 26 Feb 07 jari 81     boolean one = true;
2 26 Feb 07 jari 82     boolean two = false;
2 26 Feb 07 jari 83     if( one && ! two ) {
2 26 Feb 07 jari 84       System.out.println( "true" );
2 26 Feb 07 jari 85     } else {
2 26 Feb 07 jari 86       System.out.println( "false" );
2 26 Feb 07 jari 87     }
2 26 Feb 07 jari 88   }
2 26 Feb 07 jari 89 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:29:27 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)