mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCResult.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Dec 7, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /**
2 26 Feb 07 jari 7  * This class stores the results of testing a USCHyb[] against a training USCHyb[]
2 26 Feb 07 jari 8  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 9  */
2 26 Feb 07 jari 10 public class USCResult implements java.io.Serializable {
2 26 Feb 07 jari 11   private int iDeltaBin;
2 26 Feb 07 jari 12   private int iRhoBin;
2 26 Feb 07 jari 13   private double delta;
2 26 Feb 07 jari 14   private double rho;
2 26 Feb 07 jari 15
2 26 Feb 07 jari 16   /**
2 26 Feb 07 jari 17    * [ numTestHybs ][ numClasses ]
2 26 Feb 07 jari 18    */
2 26 Feb 07 jari 19   private double[][] discScores;
2 26 Feb 07 jari 20   private int numGenesUsed;
2 26 Feb 07 jari 21   private USCOrder[] order;
2 26 Feb 07 jari 22   
2 26 Feb 07 jari 23   
2 26 Feb 07 jari 24   /**
2 26 Feb 07 jari 25    * Constructor
2 26 Feb 07 jari 26    * @param discScores
2 26 Feb 07 jari 27    * @param numGenes
2 26 Feb 07 jari 28    * @param delta
2 26 Feb 07 jari 29    * @param rho
2 26 Feb 07 jari 30    * @param order
2 26 Feb 07 jari 31    */
2 26 Feb 07 jari 32   public USCResult( double[][] discScores, 
2 26 Feb 07 jari 33   int numGenes, double delta, double rho, USCOrder[] order ) {
2 26 Feb 07 jari 34     this.discScores = discScores;
2 26 Feb 07 jari 35     this.numGenesUsed = numGenes;
2 26 Feb 07 jari 36     this.delta = delta;
2 26 Feb 07 jari 37     this.rho = rho;
2 26 Feb 07 jari 38     this.order = order;
2 26 Feb 07 jari 39   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 40   /**
2 26 Feb 07 jari 41    * EH - Null constructor added to allow state-saving
2 26 Feb 07 jari 42    *
2 26 Feb 07 jari 43    */
2 26 Feb 07 jari 44   public USCResult (){}
2 26 Feb 07 jari 45   
2 26 Feb 07 jari 46   public USCOrder[] getOrder() {
2 26 Feb 07 jari 47     return this.order;
2 26 Feb 07 jari 48   }
2 26 Feb 07 jari 49
2 26 Feb 07 jari 50   public void setDiscScores( double[][] discScores ) {
2 26 Feb 07 jari 51     this.discScores = discScores;
2 26 Feb 07 jari 52   }
2 26 Feb 07 jari 53   public double[][] getDiscScores() {
2 26 Feb 07 jari 54     return this.discScores;
2 26 Feb 07 jari 55   }
2 26 Feb 07 jari 56   public int getAssignedClassIndex( int hybIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 57     double fMin = 99999999;
2 26 Feb 07 jari 58     int iMin = 0;
2 26 Feb 07 jari 59     
2 26 Feb 07 jari 60     for( int i = 0; i < this.discScores[ hybIndex ].length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 61       if( this.discScores[ hybIndex ][ i ] < fMin ) {
2 26 Feb 07 jari 62         fMin = this.discScores[ hybIndex ][ i ];
2 26 Feb 07 jari 63         iMin = i;
2 26 Feb 07 jari 64       }
2 26 Feb 07 jari 65     }
2 26 Feb 07 jari 66     
2 26 Feb 07 jari 67     return iMin;
2 26 Feb 07 jari 68   }
2 26 Feb 07 jari 69   public int getNumGenesUsed() {
2 26 Feb 07 jari 70     return this.numGenesUsed;
2 26 Feb 07 jari 71   }
2 26 Feb 07 jari 72   public double getDelta() {
2 26 Feb 07 jari 73     return this.delta;
2 26 Feb 07 jari 74   }
2 26 Feb 07 jari 75   public double getRho() {
2 26 Feb 07 jari 76     return this.rho;
2 26 Feb 07 jari 77   }
2 26 Feb 07 jari 78   
2 26 Feb 07 jari 79   //EH - get/set methods added for state-saving
2 26 Feb 07 jari 80   /**
2 26 Feb 07 jari 81    * @return Returns the iDeltaBin.
2 26 Feb 07 jari 82    */
2 26 Feb 07 jari 83   public int getIDeltaBin() {
2 26 Feb 07 jari 84     return iDeltaBin;
2 26 Feb 07 jari 85   }
2 26 Feb 07 jari 86   /**
2 26 Feb 07 jari 87    * @param deltaBin The iDeltaBin to set.
2 26 Feb 07 jari 88    */
2 26 Feb 07 jari 89   public void setIDeltaBin(int deltaBin) {
2 26 Feb 07 jari 90     iDeltaBin = deltaBin;
2 26 Feb 07 jari 91   }
2 26 Feb 07 jari 92   /**
2 26 Feb 07 jari 93    * @return Returns the iRhoBin.
2 26 Feb 07 jari 94    */
2 26 Feb 07 jari 95   public int getIRhoBin() {
2 26 Feb 07 jari 96     return iRhoBin;
2 26 Feb 07 jari 97   }
2 26 Feb 07 jari 98   /**
2 26 Feb 07 jari 99    * @param rhoBin The iRhoBin to set.
2 26 Feb 07 jari 100    */
2 26 Feb 07 jari 101   public void setIRhoBin(int rhoBin) {
2 26 Feb 07 jari 102     iRhoBin = rhoBin;
2 26 Feb 07 jari 103   }
2 26 Feb 07 jari 104   /**
2 26 Feb 07 jari 105    * @param delta The delta to set.
2 26 Feb 07 jari 106    */
2 26 Feb 07 jari 107   public void setDelta(double delta) {
2 26 Feb 07 jari 108     this.delta = delta;
2 26 Feb 07 jari 109   }
2 26 Feb 07 jari 110   /**
2 26 Feb 07 jari 111    * @param numGenesUsed The numGenesUsed to set.
2 26 Feb 07 jari 112    */
2 26 Feb 07 jari 113   public void setNumGenesUsed(int numGenesUsed) {
2 26 Feb 07 jari 114     this.numGenesUsed = numGenesUsed;
2 26 Feb 07 jari 115   }
2 26 Feb 07 jari 116   /**
2 26 Feb 07 jari 117    * @param rho The rho to set.
2 26 Feb 07 jari 118    */
2 26 Feb 07 jari 119   public void setRho(double rho) {
2 26 Feb 07 jari 120     this.rho = rho;
2 26 Feb 07 jari 121   }
2 26 Feb 07 jari 122   public void setOrder(USCOrder[] u){
2 26 Feb 07 jari 123     this.order = u;
2 26 Feb 07 jari 124   }
2 26 Feb 07 jari 125 }//end class

Generated on Thu Jul 20 09:29:28 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)