mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/cluster/gui/impl/usc/USCTrainFileLoader.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Oct 28, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.impl.usc;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.io.File;
2 26 Feb 07 jari 7 import java.io.IOException;
2 26 Feb 07 jari 8 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 9 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 10
2 26 Feb 07 jari 11 import org.tigr.microarray.mev.cluster.gui.IData;
2 26 Feb 07 jari 12 import org.tigr.microarray.mev.r.ClassAssigner;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 /**
2 26 Feb 07 jari 15  * General loader.  
2 26 Feb 07 jari 16  * 
2 26 Feb 07 jari 17  * Handles the specific cases:
2 26 Feb 07 jari 18  * 1  Read all the data that was already loaded into MeV
2 26 Feb 07 jari 19  * 2  Read only the test hybs that were loaded into MeV
2 26 Feb 07 jari 20  * 3  Read a training file
2 26 Feb 07 jari 21  * 
2 26 Feb 07 jari 22  * In every case, the data is formatted into USCHybSets
2 26 Feb 07 jari 23  * 
2 26 Feb 07 jari 24  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 25  */
2 26 Feb 07 jari 26 public class USCTrainFileLoader {
2 26 Feb 07 jari 27   //member variables
2 26 Feb 07 jari 28   private USCHybSet trainHybSet;
2 26 Feb 07 jari 29   private USCHybSet testHybSet;
2 26 Feb 07 jari 30   private double delta;
2 26 Feb 07 jari 31   private double rho;
2 26 Feb 07 jari 32   
2 26 Feb 07 jari 33   
2 26 Feb 07 jari 34   /**
2 26 Feb 07 jari 35    * Creates a USCHybSet from an IData implementation
2 26 Feb 07 jari 36    * @param data
2 26 Feb 07 jari 37    * @param hybLabels  [ String ] names of hybs that are "Unknown (Test)"
2 26 Feb 07 jari 38    */
2 26 Feb 07 jari 39   public USCTrainFileLoader( IData data, String[] hybLabels ) {
2 26 Feb 07 jari 40     //gene indices
2 26 Feb 07 jari 41     int[] sortedIndices = data.getSortedIndices( 0 );
2 26 Feb 07 jari 42     
2 26 Feb 07 jari 43     //get the hybIndices of the labeled (training) hybs
2 26 Feb 07 jari 44     Vector vInclude = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 45     Vector vTest = new Vector();
2 26 Feb 07 jari 46     
2 26 Feb 07 jari 47     //don't include the hybs labeled "Unknown (Test)"
2 26 Feb 07 jari 48     for( int i = 0; i < hybLabels.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 49       if( ! hybLabels[ i ].equals( ClassAssigner.TEST_CLASS_STRING ) ) {
2 26 Feb 07 jari 50         vInclude.add( new Integer( i ) );
2 26 Feb 07 jari 51       } else {
2 26 Feb 07 jari 52         vTest.add( new Integer( i ) );
2 26 Feb 07 jari 53       }
2 26 Feb 07 jari 54     }
2 26 Feb 07 jari 55     
2 26 Feb 07 jari 56     int hybKount = vInclude.size();
2 26 Feb 07 jari 57     int testKount = vTest.size();
2 26 Feb 07 jari 58     
2 26 Feb 07 jari 59     //create a USCHyb[ numHybs ]
2 26 Feb 07 jari 60     USCHyb[] hybArray = new USCHyb[ hybKount ];
2 26 Feb 07 jari 61     USCHyb[] testArray = new USCHyb[ testKount ];
2 26 Feb 07 jari 62     
2 26 Feb 07 jari 63     //ratios [ numHybs ][ numGenes ]
2 26 Feb 07 jari 64     double[][] ratios = USCGUI.castFloatToDoubleArray( this.transpose( data.getExperiment().getValues() ) );
2 26 Feb 07 jari 65     
2 26 Feb 07 jari 66     for( int i = 0; i < ratios.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 67       for( int j = 0; j < ratios[ i ].length; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 68         if( ratios[ i ][ j ] == Float.NaN ) {
2 26 Feb 07 jari 69           System.out.println( "Nan" );
2 26 Feb 07 jari 70         } else if( ratios[ i ][ j ] == Float.NEGATIVE_INFINITY || ratios[ i ][ j ] == 
2 26 Feb 07 jari 71         Float.POSITIVE_INFINITY ) {
2 26 Feb 07 jari 72           System.out.println( "Infinity" );
2 26 Feb 07 jari 73         }
2 26 Feb 07 jari 74       }
2 26 Feb 07 jari 75     }
2 26 Feb 07 jari 76     
2 26 Feb 07 jari 77     //loop through the hybs, creating USCHyb objects and store in hybArray
2 26 Feb 07 jari 78     for( int h = 0; h < hybKount; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 79       Integer I = ( Integer ) vInclude.elementAt( h );
2 26 Feb 07 jari 80       int iIndex = I.intValue();
2 26 Feb 07 jari 81       
2 26 Feb 07 jari 82       String sHybName = data.getFullSampleName( iIndex );
2 26 Feb 07 jari 83       
2 26 Feb 07 jari 84       USCHyb hyb = new USCHyb( h, hybLabels[ iIndex ], sHybName, ratios[ iIndex ] );
2 26 Feb 07 jari 85       hybArray[ h ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 86     }//end h (hybs)
2 26 Feb 07 jari 87     
2 26 Feb 07 jari 88     //loop through the test
2 26 Feb 07 jari 89     for( int h = 0; h < testKount; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 90       Integer I = ( Integer ) vTest.elementAt( h );
2 26 Feb 07 jari 91       int iIndex = I.intValue();
2 26 Feb 07 jari 92       
2 26 Feb 07 jari 93       String sHybName = data.getFullSampleName( iIndex );
2 26 Feb 07 jari 94       
2 26 Feb 07 jari 95       USCHyb hyb = new USCHyb( h, ClassAssigner.TEST_CLASS_STRING, sHybName, ratios[ iIndex ] );
2 26 Feb 07 jari 96       testArray[ h ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 97     }
2 26 Feb 07 jari 98     
2 26 Feb 07 jari 99     //create the USCHybSet
2 26 Feb 07 jari 100     this.trainHybSet = new USCHybSet( hybArray, this.createGeneList( data ) );
2 26 Feb 07 jari 101     this.testHybSet = new USCHybSet( testArray, this.createGeneList( data ) );
2 26 Feb 07 jari 102   }//end USCTrainFileLoader();
2 26 Feb 07 jari 103   
2 26 Feb 07 jari 104   
2 26 Feb 07 jari 105   /**
2 26 Feb 07 jari 106    * Creates a USCHybSet from an IData implementation.  Used when getting test
2 26 Feb 07 jari 107    * data to test against Saved Train Data
2 26 Feb 07 jari 108    * @param data
2 26 Feb 07 jari 109    */
2 26 Feb 07 jari 110   public USCTrainFileLoader( IData data ) {
2 26 Feb 07 jari 111     //gene indices
2 26 Feb 07 jari 112     int[] sortedIndices = data.getSortedIndices( 0 );
2 26 Feb 07 jari 113     
2 26 Feb 07 jari 114     //all hybs will be tested
2 26 Feb 07 jari 115     int testKount = data.getFeaturesCount();
2 26 Feb 07 jari 116     USCHyb[] testArray = new USCHyb[ testKount ];
2 26 Feb 07 jari 117   
2 26 Feb 07 jari 118     //now, get all the ratios [ numGenes ][ numHybs ]
2 26 Feb 07 jari 119     float[][] tempRatios = data.getExperiment().getValues();
2 26 Feb 07 jari 120     //pull out only those used for training and transpose [ numHybs ][ numGenes ]
2 26 Feb 07 jari 121     //double[][] ratios = USCGUI.castFloatToDoubleArray( this.transpose( this.condenseRatios( tempRatios, geneIndex ) ) );
2 26 Feb 07 jari 122     double[][] ratios = USCGUI.castFloatToDoubleArray( this.transpose( tempRatios ) );
2 26 Feb 07 jari 123     
2 26 Feb 07 jari 124     //loop through the hybs
2 26 Feb 07 jari 125     for( int h = 0; h < ratios.length; h ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 126       testArray[ h ] = new USCHyb( h, ClassAssigner.TEST_CLASS_STRING,
2 26 Feb 07 jari 127       data.getFullSampleName( h ), ratios[ h ] );
2 26 Feb 07 jari 128     }//end h
2 26 Feb 07 jari 129     
2 26 Feb 07 jari 130     this.testHybSet = new USCHybSet( testArray, this.createGeneList( data ) );
2 26 Feb 07 jari 131   }//end USCTrainFileLoader();
2 26 Feb 07 jari 132   
2 26 Feb 07 jari 133   
2 26 Feb 07 jari 134   /**
2 26 Feb 07 jari 135    * Parse the Training File into USCHybSet
2 26 Feb 07 jari 136    * <p>
2 26 Feb 07 jari 137    * 'GeneID'  Hyb1Name  Hyb2Name  etc<br>
2 26 Feb 07 jari 138    * 'blank'  Hyb1Label  Hyb2Label  etc<br>
2 26 Feb 07 jari 139    * GeneID1  UID1    ratio1    ratio2    etc<br>
2 26 Feb 07 jari 140    * GeneID2  UID2    ratio1    ratio2    etc<br>
2 26 Feb 07 jari 141    * etc    etc      etc      etc<br>
2 26 Feb 07 jari 142    * <p>
2 26 Feb 07 jari 143    * Important: When the labels are unknown, 'blank' should be used in lieu of labels
2 26 Feb 07 jari 144    */
2 26 Feb 07 jari 145   public USCTrainFileLoader( File f ) throws IOException {
2 26 Feb 07 jari 146     int hybKount = 0;
2 26 Feb 07 jari 147     int geneKount = 0;
2 26 Feb 07 jari 148     String[] geneNames = null;
2 26 Feb 07 jari 149     String[] geneIndex = null;
2 26 Feb 07 jari 150     USCHyb[] hybs = null;
2 26 Feb 07 jari 151     
2 26 Feb 07 jari 152     //read the file
2 26 Feb 07 jari 153     Reader r  = new Reader();
2 26 Feb 07 jari 154     r.readFile( f );
2 26 Feb 07 jari 155     Vector v = r.getVNullLine( USCGUI.NULL_REPLACER );
2 26 Feb 07 jari 156
2 26 Feb 07 jari 157     //loop through the lines of the File
2 26 Feb 07 jari 158     for( int i = 0; i < v.size(); i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 159       String line = ( String ) v.elementAt( i );
2 26 Feb 07 jari 160       StringTokenizer st = new StringTokenizer( line, USCGUI.TAB );
2 26 Feb 07 jari 161       int tokenKount = st.countTokens();
2 26 Feb 07 jari 162       
2 26 Feb 07 jari 163       if( i == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 164         //initialize stuff
2 26 Feb 07 jari 165         //there is 1 column of gene names, rest are hybs
2 26 Feb 07 jari 166         hybKount = tokenKount - 2;
2 26 Feb 07 jari 167         hybs = new USCHyb[ hybKount ];
2 26 Feb 07 jari 168         //there are 2 rows of headers, rest are genes
2 26 Feb 07 jari 169         geneKount = v.size() - 2;
2 26 Feb 07 jari 170         geneNames = new String[ geneKount ];
2 26 Feb 07 jari 171         geneIndex = new String[ geneKount ];
2 26 Feb 07 jari 172         
2 26 Feb 07 jari 173         //this is the 1st header line
2 26 Feb 07 jari 174         for( int j = 0; j < tokenKount; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 175           //these tokens are the hyb names
2 26 Feb 07 jari 176           String hybName = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 177           
2 26 Feb 07 jari 178           if( j == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 179             //delta
2 26 Feb 07 jari 180             this.delta = this.parseDR( hybName );
2 26 Feb 07 jari 181           } else if( j == 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 182             //nothing here
2 26 Feb 07 jari 183           } else {
2 26 Feb 07 jari 184             //Instantiate the USCHyb objects
2 26 Feb 07 jari 185             USCHyb hyb = new USCHyb( ( j - 1 ), hybName, geneKount );
2 26 Feb 07 jari 186             hybs[ ( j - 2 ) ] = hyb;
2 26 Feb 07 jari 187           }
2 26 Feb 07 jari 188         }//end j
2 26 Feb 07 jari 189       } else if( i == 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 190         //this is the 2nd header line
2 26 Feb 07 jari 191         for( int j = 0; j < tokenKount; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 192           //these tokens are the labels
2 26 Feb 07 jari 193           String s = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 194           
2 26 Feb 07 jari 195           if( j == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 196             //rho
2 26 Feb 07 jari 197             this.rho = this.parseDR( s );
2 26 Feb 07 jari 198           }  else if( j == 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 199             //nothing here
2 26 Feb 07 jari 200           } else {
2 26 Feb 07 jari 201             //set the labels for these hybs
2 26 Feb 07 jari 202             hybs[ ( j - 2 ) ].setHybLabel( s );
2 26 Feb 07 jari 203           }
2 26 Feb 07 jari 204         }//end j
2 26 Feb 07 jari 205       } else {
2 26 Feb 07 jari 206         //these are rows of data
2 26 Feb 07 jari 207         for( int j = 0; j < tokenKount; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 208           //these tokens are ratios
2 26 Feb 07 jari 209           String s = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 210           /*
2 26 Feb 07 jari 211           if( s.equals("M55998_s_at")) {
2 26 Feb 07 jari 212               System.out.println( "M55998_s_at = " + ( i - 2 ) );
2 26 Feb 07 jari 213           }
2 26 Feb 07 jari 214           */
2 26 Feb 07 jari 215           
2 26 Feb 07 jari 216           if( j == 0 ) {
2 26 Feb 07 jari 217             //(2,0) gene names
2 26 Feb 07 jari 218             geneNames[ ( i - 2 ) ] = s;
2 26 Feb 07 jari 219           }  else if( j == 1 ) {
2 26 Feb 07 jari 220             //this is a uid
2 26 Feb 07 jari 221             geneIndex[ ( i - 2 ) ] = s;
2 26 Feb 07 jari 222           } else {
2 26 Feb 07 jari 223             Float FRatio = new Float( s );
2 26 Feb 07 jari 224             if( FRatio.isNaN() ) {
2 26 Feb 07 jari 225               //if there is no ratio, enter a 0
2 26 Feb 07 jari 226               hybs[ ( j - 2 ) ].setRatio( ( i - 2 ), 0.0f );
2 26 Feb 07 jari 227             } else {
2 26 Feb 07 jari 228               //set the ratio for this gene for this hyb
2 26 Feb 07 jari 229               hybs[ ( j - 2 ) ].setRatio( ( i - 2 ), FRatio.doubleValue() );
2 26 Feb 07 jari 230             }
2 26 Feb 07 jari 231           }
2 26 Feb 07 jari 232         }//end j
2 26 Feb 07 jari 233       }
2 26 Feb 07 jari 234     }//end i
2 26 Feb 07 jari 235     
2 26 Feb 07 jari 236     USCGene[] genes = new USCGene[ geneNames.length ];
2 26 Feb 07 jari 237     
2 26 Feb 07 jari 238     for( int i = 0; i < geneNames.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 239       genes[ i ] = new USCGene( geneNames[ i ], null );
2 26 Feb 07 jari 240     }
2 26 Feb 07 jari 241     
2 26 Feb 07 jari 242     int[] geneIndices = this.intifyStringArray( geneIndex );
2 26 Feb 07 jari 243     this.trainHybSet = new USCHybSet( hybs,  genes );
2 26 Feb 07 jari 244   }//end USCTrainFileLoader()
2 26 Feb 07 jari 245   
2 26 Feb 07 jari 246   
2 26 Feb 07 jari 247   /**
2 26 Feb 07 jari 248    * 
2 26 Feb 07 jari 249    * @param data
2 26 Feb 07 jari 250    * @param geneIndices
2 26 Feb 07 jari 251    * @return
2 26 Feb 07 jari 252    */
2 26 Feb 07 jari 253   private USCGene[] createGeneList( IData data ) {
2 26 Feb 07 jari 254     int numGenes = data.getFeaturesSize();
2 26 Feb 07 jari 255     
2 26 Feb 07 jari 256     USCGene[] genes = new USCGene[ numGenes ];
2 26 Feb 07 jari 257     
2 26 Feb 07 jari 258     //which genes weren't specified, so do them all
2 26 Feb 07 jari 259     for( int i = 0; i < numGenes; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 260       String geneName = data.getGeneName( i );
2 26 Feb 07 jari 261       String[] extraFields = data.getSlideDataElement( 0, i ).getExtraFields();
2 26 Feb 07 jari 262       USCGene gene = new USCGene( geneName, extraFields );
2 26 Feb 07 jari 263       genes[ i ] = gene;
2 26 Feb 07 jari 264     }
2 26 Feb 07 jari 265     
2 26 Feb 07 jari 266     return genes;
2 26 Feb 07 jari 267   }//createGeneList()
2 26 Feb 07 jari 268   
2 26 Feb 07 jari 269   
2 26 Feb 07 jari 270   /**
2 26 Feb 07 jari 271    * Removes ratios that were not used during training and thus are not present in 
2 26 Feb 07 jari 272    * the Training Result File and will not be used for classification
2 26 Feb 07 jari 273    * @param ratios
2 26 Feb 07 jari 274    * @param geneIndex
2 26 Feb 07 jari 275    * @return
2 26 Feb 07 jari 276    */
2 26 Feb 07 jari 277   private float[][] condenseRatios( float[][] ratios, int[] geneIndex ) {
2 26 Feb 07 jari 278     float[][] toReturn = new float[ geneIndex.length ][ ratios.length ];
2 26 Feb 07 jari 279     
2 26 Feb 07 jari 280     for( int i = 0; i < geneIndex.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 281       toReturn[ i ] = ratios[ geneIndex[ i ] ];
2 26 Feb 07 jari 282     }
2 26 Feb 07 jari 283     
2 26 Feb 07 jari 284     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 285   }//condenseRatios()
2 26 Feb 07 jari 286   
2 26 Feb 07 jari 287   
2 26 Feb 07 jari 288   /**
2 26 Feb 07 jari 289    * Converst the String[] to an int[]
2 26 Feb 07 jari 290    * @param sInts
2 26 Feb 07 jari 291    * @return
2 26 Feb 07 jari 292    */
2 26 Feb 07 jari 293   private int[] intifyStringArray( String[] sInts ) {
2 26 Feb 07 jari 294     int[] toReturn = new int[ sInts.length ];
2 26 Feb 07 jari 295     
2 26 Feb 07 jari 296     for( int i = 0; i < sInts.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 297       toReturn[ i ] = new Integer( sInts[ i ] ).intValue();
2 26 Feb 07 jari 298     }
2 26 Feb 07 jari 299     
2 26 Feb 07 jari 300     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 301   }//intifyStringArray()
2 26 Feb 07 jari 302   
2 26 Feb 07 jari 303   
2 26 Feb 07 jari 304   /**
2 26 Feb 07 jari 305    * 
2 26 Feb 07 jari 306    * @param sDR
2 26 Feb 07 jari 307    * @return
2 26 Feb 07 jari 308    */
2 26 Feb 07 jari 309   private double parseDR( String sDR ) {
2 26 Feb 07 jari 310     int iEqual = sDR.indexOf( "=" );
2 26 Feb 07 jari 311     Float F = new Float( sDR.substring( iEqual + 1 ) );
2 26 Feb 07 jari 312     return F.doubleValue();
2 26 Feb 07 jari 313   }
2 26 Feb 07 jari 314   
2 26 Feb 07 jari 315   
2 26 Feb 07 jari 316   /**
2 26 Feb 07 jari 317    * Constructor for testing purposes
2 26 Feb 07 jari 318    * @param m
2 26 Feb 07 jari 319    */
2 26 Feb 07 jari 320   public USCTrainFileLoader( double[][] m ) {
2 26 Feb 07 jari 321     //this.transpose( m );
2 26 Feb 07 jari 322   }//end USCTrainFileLoader();
2 26 Feb 07 jari 323   
2 26 Feb 07 jari 324   
2 26 Feb 07 jari 325   /**
2 26 Feb 07 jari 326    * Transposes the ith and jth elements of a 2D double[ i ][ j ] matrix
2 26 Feb 07 jari 327    * @param m
2 26 Feb 07 jari 328    * @return
2 26 Feb 07 jari 329    */
2 26 Feb 07 jari 330   private float[][] transpose( float[][] m ) {
2 26 Feb 07 jari 331     float[][] toReturn = new float[ m[ 0 ].length ][ m.length ];
2 26 Feb 07 jari 332     
2 26 Feb 07 jari 333     for( int i = 0; i < m.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 334       for( int j = 0; j < m[ 0 ].length; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 335         toReturn[ j ][ i ] = m[ i ][ j ];
2 26 Feb 07 jari 336       }
2 26 Feb 07 jari 337     }
2 26 Feb 07 jari 338     
2 26 Feb 07 jari 339     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 340   }//end transpose()
2 26 Feb 07 jari 341   
2 26 Feb 07 jari 342   
2 26 Feb 07 jari 343   public static void main( String[] args ) {
2 26 Feb 07 jari 344     double[][] m = new double[ 3 ][ 2 ];
2 26 Feb 07 jari 345     
2 26 Feb 07 jari 346     m[ 0 ][ 0 ] = 0;
2 26 Feb 07 jari 347     m[ 1 ][ 0 ] = 1;
2 26 Feb 07 jari 348     m[ 2 ][ 0 ] = 2;
2 26 Feb 07 jari 349     m[ 0 ][ 1 ] = 3;
2 26 Feb 07 jari 350     m[ 1 ][ 1 ] = 4;
2 26 Feb 07 jari 351     m[ 2 ][ 1 ] = 5;
2 26 Feb 07 jari 352
2 26 Feb 07 jari 353     for( int i = 0; i < m.length; i ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 354       for( int j = 0; j < m[ 0 ].length; j ++ ) {
2 26 Feb 07 jari 355         System.out.println( i + "," + j + " = " + m[ i ][ j ] );
2 26 Feb 07 jari 356       }
2 26 Feb 07 jari 357     }
2 26 Feb 07 jari 358     
2 26 Feb 07 jari 359     USCTrainFileLoader loader = new USCTrainFileLoader( m );
2 26 Feb 07 jari 360   }
2 26 Feb 07 jari 361   
2 26 Feb 07 jari 362   
2 26 Feb 07 jari 363   public USCHybSet getTrainHybSet() {
2 26 Feb 07 jari 364     return this.trainHybSet;
2 26 Feb 07 jari 365   }
2 26 Feb 07 jari 366   public USCHybSet getTestHybSet() {
2 26 Feb 07 jari 367     return this.testHybSet;
2 26 Feb 07 jari 368   }
2 26 Feb 07 jari 369   public double getDelta() {
2 26 Feb 07 jari 370     return this.delta;
2 26 Feb 07 jari 371   }
2 26 Feb 07 jari 372   public double getRho() {
2 26 Feb 07 jari 373     return this.rho;
2 26 Feb 07 jari 374   }
2 26 Feb 07 jari 375 }//end class 

Generated on Thu Jul 20 09:29:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)