mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/file/MevParser.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: MevParser.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:39:40 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12
2 26 Feb 07 jari 13 package org.tigr.microarray.mev.file;
2 26 Feb 07 jari 14
2 26 Feb 07 jari 15 import java.util.Vector;
2 26 Feb 07 jari 16
2 26 Feb 07 jari 17 import org.tigr.microarray.file.MevFileParser;
2 26 Feb 07 jari 18 import org.tigr.microarray.mev.SpotInformationData;
2 26 Feb 07 jari 19
2 26 Feb 07 jari 20 public class MevParser extends MevFileParser {
2 26 Feb 07 jari 21
2 26 Feb 07 jari 22     /** Creates new MeVLoader */
2 26 Feb 07 jari 23     public MevParser() {
2 26 Feb 07 jari 24         super();
2 26 Feb 07 jari 25     }
2 26 Feb 07 jari 26     
2 26 Feb 07 jari 27     
2 26 Feb 07 jari 28     public SpotInformationData getSpotInformation(){
2 26 Feb 07 jari 29         if(this.isMevFileLoaded()){
2 26 Feb 07 jari 30             String [][] data = this.getDataMatrix();
2 26 Feb 07 jari 31             Vector headers = this.getColumnHeaders();
2 26 Feb 07 jari 32             if(headers.size() < 9)
2 26 Feb 07 jari 33                 return null;
2 26 Feb 07 jari 34             int numberOfFields = headers.size()-9;
2 26 Feb 07 jari 35             String [][] spotData = new String[data.length][numberOfFields];
2 26 Feb 07 jari 36             for(int i = 0; i < spotData.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 37                 for(int j = 0; j < spotData[i].length; j++){
2 26 Feb 07 jari 38                     spotData[i][j] = data[i][j+9];
2 26 Feb 07 jari 39                 }                    
2 26 Feb 07 jari 40             }
2 26 Feb 07 jari 41             String [] headerStrings = new String[headers.size()-9];
2 26 Feb 07 jari 42             for(int i = 0; i < headerStrings.length; i++){
2 26 Feb 07 jari 43                 headerStrings[i] = (String)(headers.elementAt(i+9));
2 26 Feb 07 jari 44             }
2 26 Feb 07 jari 45             return new SpotInformationData(headerStrings, spotData);            
2 26 Feb 07 jari 46         } else
2 26 Feb 07 jari 47             return null;
2 26 Feb 07 jari 48     }
2 26 Feb 07 jari 49     
2 26 Feb 07 jari 50
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:58 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)