mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/file/agilent/AgilentFeature.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Jan 22, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.file.agilent;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 /**
2 26 Feb 07 jari 7  * Base class for all Pattern Features.  Agilent patterns are notoriously inconsistent, but
2 26 Feb 07 jari 8  * every pattern should at least contain:
2 26 Feb 07 jari 9  * 
2 26 Feb 07 jari 10  * column
2 26 Feb 07 jari 11  * row
2 26 Feb 07 jari 12  * refnumber
2 26 Feb 07 jari 13  * sampleid
2 26 Feb 07 jari 14  * geneid
2 26 Feb 07 jari 15  * genedescription
2 26 Feb 07 jari 16  * controltype
2 26 Feb 07 jari 17  * 
2 26 Feb 07 jari 18  * All other fields should be dealt with in subclasses.
2 26 Feb 07 jari 19  * 
2 26 Feb 07 jari 20  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 21  */
2 26 Feb 07 jari 22 public class AgilentFeature {
2 26 Feb 07 jari 23   //featureType values
2 26 Feb 07 jari 24   static final int REPORTER = 1;
2 26 Feb 07 jari 25   static final int POSITIVE_CONTROL = 2;
2 26 Feb 07 jari 26   static final int NEGATIVE_CONTROL = 3;
2 26 Feb 07 jari 27   static final int IGNORE = 4;
2 26 Feb 07 jari 28   
2 26 Feb 07 jari 29   //Strings that appear regularly in Agilent Pattern File
2 26 Feb 07 jari 30   static final String sPos = "pos";
2 26 Feb 07 jari 31   static final String sNeg = "neg";
2 26 Feb 07 jari 32   static final String sFalse = "FALSE";
2 26 Feb 07 jari 33   static final String sIgnore = "ignore";
2 26 Feb 07 jari 34   static final String sNa = "NA";
2 26 Feb 07 jari 35   
2 26 Feb 07 jari 36   private int col;
2 26 Feb 07 jari 37   private int row;
2 26 Feb 07 jari 38   private int refNumber;
2 26 Feb 07 jari 39   private int featureType;
2 26 Feb 07 jari 40   private String name;
2 26 Feb 07 jari 41   private String geneName;
2 26 Feb 07 jari 42   private String sysName;
2 26 Feb 07 jari 43   private String desc;
2 26 Feb 07 jari 44   private String controlType;
2 26 Feb 07 jari 45   
2 26 Feb 07 jari 46   
2 26 Feb 07 jari 47   /**
2 26 Feb 07 jari 48    * Compares controlType to Feature.strings to see what type of Feature this is.
2 26 Feb 07 jari 49    */
2 26 Feb 07 jari 50   public void assignFeatureType() {
2 26 Feb 07 jari 51     if(this.getControlType().toLowerCase().equals(AgilentFeature.sPos.toLowerCase())) {
2 26 Feb 07 jari 52       this.setFeatureType(AgilentFeature.POSITIVE_CONTROL);
2 26 Feb 07 jari 53     } else if(this.getControlType().toLowerCase().equals(AgilentFeature.sNeg.toLowerCase())) {
2 26 Feb 07 jari 54       this.setFeatureType(AgilentFeature.NEGATIVE_CONTROL);
2 26 Feb 07 jari 55     } else if(this.getControlType().toLowerCase().equals(AgilentFeature.sIgnore.toLowerCase())) {
2 26 Feb 07 jari 56       this.setFeatureType(AgilentFeature.IGNORE);
2 26 Feb 07 jari 57     } else if(this.getControlType().toLowerCase().equals(AgilentFeature.sFalse.toLowerCase())) {
2 26 Feb 07 jari 58       this.setFeatureType(AgilentFeature.REPORTER);
2 26 Feb 07 jari 59     } else {
2 26 Feb 07 jari 60       //problem
2 26 Feb 07 jari 61       System.out.println("ProblemWithFeatureType");
2 26 Feb 07 jari 62       this.setFeatureType(AgilentFeature.REPORTER);
2 26 Feb 07 jari 63     }
2 26 Feb 07 jari 64   }
2 26 Feb 07 jari 65
2 26 Feb 07 jari 66   public void setCol(int col) {
2 26 Feb 07 jari 67     this.col = col;
2 26 Feb 07 jari 68   }
2 26 Feb 07 jari 69   public int getCol() {
2 26 Feb 07 jari 70     return col;
2 26 Feb 07 jari 71   }
2 26 Feb 07 jari 72   public void setRow(int row) {
2 26 Feb 07 jari 73     this.row = row;
2 26 Feb 07 jari 74   }
2 26 Feb 07 jari 75   public int getRow() {
2 26 Feb 07 jari 76     return row;
2 26 Feb 07 jari 77   }
2 26 Feb 07 jari 78   public void setRefNumber(int fNum) {
2 26 Feb 07 jari 79     this.refNumber = fNum;
2 26 Feb 07 jari 80   }
2 26 Feb 07 jari 81   public int getRefNumber() {
2 26 Feb 07 jari 82     return refNumber;
2 26 Feb 07 jari 83   }
2 26 Feb 07 jari 84   public void setName(String internalId) {
2 26 Feb 07 jari 85     this.name = internalId;
2 26 Feb 07 jari 86   }
2 26 Feb 07 jari 87   public String getName() {
2 26 Feb 07 jari 88     return name;
2 26 Feb 07 jari 89   }
2 26 Feb 07 jari 90   public void setGeneName(String geneId) {
2 26 Feb 07 jari 91     this.geneName = geneId;
2 26 Feb 07 jari 92   }
2 26 Feb 07 jari 93   public String getGeneName() {
2 26 Feb 07 jari 94     return geneName;
2 26 Feb 07 jari 95   }
2 26 Feb 07 jari 96   public void setDesc(String desc) {
2 26 Feb 07 jari 97     this.desc = desc;
2 26 Feb 07 jari 98   }
2 26 Feb 07 jari 99   public String getDesc() {
2 26 Feb 07 jari 100     if(this.desc.equals("MOTHRA")) {
2 26 Feb 07 jari 101       return "";
2 26 Feb 07 jari 102     } else {
2 26 Feb 07 jari 103       return desc;
2 26 Feb 07 jari 104     }
2 26 Feb 07 jari 105   }
2 26 Feb 07 jari 106   public void setControlType(String controlType) {
2 26 Feb 07 jari 107     this.controlType = controlType;
2 26 Feb 07 jari 108   }
2 26 Feb 07 jari 109   public String getControlType() {
2 26 Feb 07 jari 110     return controlType;
2 26 Feb 07 jari 111   }
2 26 Feb 07 jari 112
2 26 Feb 07 jari 113   public void setFeatureType(int featureType) {
2 26 Feb 07 jari 114     this.featureType = featureType;
2 26 Feb 07 jari 115   }
2 26 Feb 07 jari 116
2 26 Feb 07 jari 117   public int getFeatureType() {
2 26 Feb 07 jari 118     return featureType;
2 26 Feb 07 jari 119   }
2 26 Feb 07 jari 120
2 26 Feb 07 jari 121   public void setSysName(String sysName) {
2 26 Feb 07 jari 122     this.sysName = sysName;
2 26 Feb 07 jari 123   }
2 26 Feb 07 jari 124
2 26 Feb 07 jari 125   public String getSysName() {
2 26 Feb 07 jari 126     return sysName;
2 26 Feb 07 jari 127   }
2 26 Feb 07 jari 128 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)