mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/file/agilent/EightFeature.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2  * Created on Jan 22, 2004
2 26 Feb 07 jari 3  */
2 26 Feb 07 jari 4 package org.tigr.microarray.mev.file.agilent;
2 26 Feb 07 jari 5
2 26 Feb 07 jari 6 import java.util.StringTokenizer;
2 26 Feb 07 jari 7
2 26 Feb 07 jari 8 /**
2 26 Feb 07 jari 9  * A basic extension of AgilentFeature to parse AgilentFeatures containing 8 columns.
2 26 Feb 07 jari 10  * 
2 26 Feb 07 jari 11  * @author vu
2 26 Feb 07 jari 12  */
2 26 Feb 07 jari 13 public class EightFeature extends AgilentFeature {
2 26 Feb 07 jari 14   /**
2 26 Feb 07 jari 15    * Constructor.  Parses a line representing a single feature and stores as local variables.
2 26 Feb 07 jari 16    * @param line One line from an Agilent Pattern File NOT containing a TopHit column
2 26 Feb 07 jari 17    */
2 26 Feb 07 jari 18   public EightFeature(String line) {
2 26 Feb 07 jari 19     StringTokenizer st = new StringTokenizer(line,"\t");
2 26 Feb 07 jari 20     int kount = st.countTokens();
2 26 Feb 07 jari 21     if( kount != 8 ) {
2 26 Feb 07 jari 22       //big problems here
2 26 Feb 07 jari 23       System.out.println("kount != 8:" + line);
2 26 Feb 07 jari 24     } else {
2 26 Feb 07 jari 25       //we're ok
2 26 Feb 07 jari 26       String one = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 27       String two = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 28       String three = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 29       String four = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 30       String five = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 31       String six = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 32       String seven = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 33       String eight = st.nextToken();
2 26 Feb 07 jari 34       
2 26 Feb 07 jari 35       this.setCol(this.s2int(one));
2 26 Feb 07 jari 36       this.setRow(this.s2int(two));
2 26 Feb 07 jari 37       this.setName(three);
2 26 Feb 07 jari 38       this.setSysName(four);
2 26 Feb 07 jari 39       this.setRefNumber(this.s2int(five));
2 26 Feb 07 jari 40       this.setControlType(six);
2 26 Feb 07 jari 41       this.setGeneName(seven);
2 26 Feb 07 jari 42       this.setDesc(eight);
2 26 Feb 07 jari 43       
2 26 Feb 07 jari 44       this.assignFeatureType();
2 26 Feb 07 jari 45     }
2 26 Feb 07 jari 46   }//end constructor
2 26 Feb 07 jari 47   
2 26 Feb 07 jari 48   
2 26 Feb 07 jari 49   public String stripHylon(String s) {
2 26 Feb 07 jari 50     String toReturn;
2 26 Feb 07 jari 51     
2 26 Feb 07 jari 52     int iDot = s.indexOf(".");
2 26 Feb 07 jari 53     int iDash = s.indexOf("-");
2 26 Feb 07 jari 54     if(iDot != -1) {
2 26 Feb 07 jari 55       toReturn = s.substring(0,iDot);
2 26 Feb 07 jari 56     } else if(iDash != -1) {
2 26 Feb 07 jari 57       toReturn = s.substring(0,iDash);
2 26 Feb 07 jari 58     } else {
2 26 Feb 07 jari 59       toReturn = s;
2 26 Feb 07 jari 60     }
2 26 Feb 07 jari 61     
2 26 Feb 07 jari 62     return toReturn;
2 26 Feb 07 jari 63   }
2 26 Feb 07 jari 64   
2 26 Feb 07 jari 65   
2 26 Feb 07 jari 66   /**
2 26 Feb 07 jari 67    * Converts a String to an int
2 26 Feb 07 jari 68    * @param s  String value representing an int
2 26 Feb 07 jari 69    * @return  int
2 26 Feb 07 jari 70    */
2 26 Feb 07 jari 71   public int s2int(String s) {
2 26 Feb 07 jari 72     Integer I = new Integer(s);
2 26 Feb 07 jari 73     return I.intValue();
2 26 Feb 07 jari 74   }
2 26 Feb 07 jari 75 }

Generated on Thu Jul 20 09:29:45 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)