mev-4.0.01/source/org/tigr/microarray/mev/motif/Alphabet.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2 26 Feb 07 jari 1 /*
2 26 Feb 07 jari 2 Copyright @ 1999-2005, The Institute for Genomic Research (TIGR).
2 26 Feb 07 jari 3 All rights reserved.
2 26 Feb 07 jari 4 */
2 26 Feb 07 jari 5 /*
2 26 Feb 07 jari 6  * $RCSfile: Alphabet.java,v $
2 26 Feb 07 jari 7  * $Revision: 1.3 $
2 26 Feb 07 jari 8  * $Date: 2005/03/10 15:40:35 $
2 26 Feb 07 jari 9  * $Author: braistedj $
2 26 Feb 07 jari 10  * $State: Exp $
2 26 Feb 07 jari 11  */
2 26 Feb 07 jari 12 package org.tigr.microarray.mev.motif;
2 26 Feb 07 jari 13
2 26 Feb 07 jari 14 public class Alphabet {
2 26 Feb 07 jari 15     public int n;                /* number of LETTERS */
2 26 Feb 07 jari 16     private String alphabet;    /* ALPHABET */
2 26 Feb 07 jari 17     public  String code2let;    /* CODE2LETTER */
2 26 Feb 07 jari 18     public  String code2lower;     /* CODE2LETTER lower case */
2 26 Feb 07 jari 19     public char[] let2code;        /* LETTER2CODE */
2 26 Feb 07 jari 20     private String C;             /* complementary bases */
2 26 Feb 07 jari 21     private String prs;           /* pairs string */
2 26 Feb 07 jari 22     private char[][] R;           /* relatedness scoring matrix */
2 26 Feb 07 jari 23     private char[][] pairs;        /* residue pairs */
2 26 Feb 07 jari 24     private long loR;             /* lowest value in R */
2 26 Feb 07 jari 25     private long hiR;             /* highest value in R */
2 26 Feb 07 jari 26     private long npairs;          /* number of pairs */
2 26 Feb 07 jari 27     private boolean[] paired;  /* is residue r paired? */
2 26 Feb 07 jari 28     private int ALPHA_NUM_SYMBOLS=127;
2 26 Feb 07 jari 29     
2 26 Feb 07 jari 30     public Alphabet(String Letters, char[] R) {
2 26 Feb 07 jari 31   int i;
2 26 Feb 07 jari 32   char c;
2 26 Feb 07 jari 33   this.n = Letters.length();
2 26 Feb 07 jari 34   this.alphabet=new String(Letters);       /* ALPHABET */
2 26 Feb 07 jari 35   this.code2let=new String(Letters);       /* CODE2LETTER */
2 26 Feb 07 jari 36   this.code2lower=new String(Letters);     /* LETTER2CODE */
2 26 Feb 07 jari 37   this.let2code=new char[ALPHA_NUM_SYMBOLS];
2 26 Feb 07 jari 38   for (i=0; i<ALPHA_NUM_SYMBOLS; i++) {
2 26 Feb 07 jari 39       let2code[i]=0;   /* =error */
2 26 Feb 07 jari 40   }
2 26 Feb 07 jari 41   for (i=0; i<this.n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 42       c = Letters.charAt(i);
2 26 Feb 07 jari 43       this.let2code[c] = (char)i;
2 26 Feb 07 jari 44   }
2 26 Feb 07 jari 45   if (R==null) {                      /* RELATION */
2 26 Feb 07 jari 46       this.R = null;
2 26 Feb 07 jari 47   }
2 26 Feb 07 jari 48   this.paired=new boolean[this.n+1];
2 26 Feb 07 jari 49   for (i=0; i<=this.n; i++) {
2 26 Feb 07 jari 50       this.paired[i]=false;
2 26 Feb 07 jari 51   }
2 26 Feb 07 jari 52   this.pairs = null;
2 26 Feb 07 jari 53   this.prs = null;
2 26 Feb 07 jari 54   this.C = null;
2 26 Feb 07 jari 55     }
2 26 Feb 07 jari 56 }

Generated on Thu Jul 20 09:30:03 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)